More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc0973 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc0973  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  100 
 
 		 303 aa  625  1e-178  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00938185  normal  0.751269 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0897  extracellular solute-binding protein family 3  81.19 
 
 		 303 aa  469  1.0000000000000001e-131  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.529927  normal  0.529014 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0826  extracellular solute-binding protein family 3  83.21 
 
 		 302 aa  468  1.0000000000000001e-131  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.296945  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3315  extracellular solute-binding protein family 3  65.47 
 
 		 298 aa  395  1e-109  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2361  extracellular solute-binding protein  63.14 
 
 		 311 aa  392  1e-108  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.114762  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2540  extracellular solute-binding protein  66.06 
 
 		 310 aa  390  1e-107  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.438877 
 
 
-
 
NC_003296  RS05478  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  58.91 
 
 		 298 aa  363  2e-99  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.207429 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0122  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  53.47 
 
 		 299 aa  330  2e-89  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3638  extracellular solute-binding protein family 3  53.36 
 
 		 302 aa  322  5e-87  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3314  extracellular solute-binding protein family 3  53.52 
 
 		 302 aa  315  8e-85  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4420  extracellular solute-binding protein  47.16 
 
 		 297 aa  288  1e-76  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.353088  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0608  extracellular solute-binding protein  46.96 
 
 		 296 aa  283  2.0000000000000002e-75  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.400599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0587  extracellular solute-binding protein family 3  46.96 
 
 		 296 aa  282  5.000000000000001e-75  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07320  amino acid ABC transporter, perplasmic binding protein  45.79 
 
 		 302 aa  267  2e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4074  extracellular solute-binding protein  44.26 
 
 		 314 aa  261  8e-69  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3431  glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  41.22 
 
 		 328 aa  260  2e-68  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0636  extracellular solute-binding protein  41.64 
 
 		 297 aa  260  2e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3434  glutamate/aspartate periplasmic binding protein precursor  41.22 
 
 		 297 aa  260  2e-68  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.110135  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1225  glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  41.22 
 
 		 298 aa  260  2e-68  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.905296  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3396  glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  41.22 
 
 		 328 aa  260  2e-68  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2714  extracellular solute-binding protein  41.3 
 
 		 297 aa  259  4e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.784297 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1546  extracellular solute-binding protein family 3  46.84 
 
 		 295 aa  259  6e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0186  extracellular solute-binding protein  41.3 
 
 		 297 aa  258  7e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.947811  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0669  extracellular solute-binding protein  41.3 
 
 		 297 aa  258  7e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3755  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  41.64 
 
 		 297 aa  258  9e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0564  extracellular solute-binding protein  41.3 
 
 		 297 aa  257  2e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4438  extracellular solute-binding protein family 3  45.32 
 
 		 303 aa  255  6e-67  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.156595 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0590  extracellular solute-binding protein  40.96 
 
 		 297 aa  255  7e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.325477 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0597  ABC glutamate/aspartate transporter, periplasmic ligand binding protein  42.05 
 
 		 297 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.857613  normal  0.285453 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4543  extracellular solute-binding protein  45.32 
 
 		 301 aa  254  1.0000000000000001e-66  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.517654  normal  0.184602 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2573  extracellular solute-binding protein  42.05 
 
 		 297 aa  253  3e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0113062 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2087  extracellular solute-binding protein  43.7 
 
 		 305 aa  252  4.0000000000000004e-66  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3983  extracellular solute-binding protein  40.85 
 
 		 311 aa  252  6e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4737  extracellular solute-binding protein  44.52 
 
 		 296 aa  251  9.000000000000001e-66  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.765927  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4477  extracellular solute-binding protein family 3  42.09 
 
 		 301 aa  251  1e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0334  extracellular solute-binding protein  42.91 
 
 		 330 aa  251  1e-65  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3362  extracellular solute-binding protein family 3  41.37 
 
 		 297 aa  251  1e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00667639  hitchhiker  0.00000266778 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4043  putative ABC transporter binding protein subunit  42.42 
 
 		 302 aa  249  3e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46910  putative binding protein component of ABC transporter  42.42 
 
 		 302 aa  249  3e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00378951 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0342  extracellular solute-binding protein  39.74 
 
 		 302 aa  249  4e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2798  extracellular solute-binding protein  44.57 
 
 		 305 aa  249  5e-65  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.610128  normal  0.6873 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0303  ABC glutamate/aspartate transporter, periplasmic binding protein GltI  42.03 
 
 		 319 aa  248  1e-64  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0457  extracellular solute-binding protein  40.82 
 
 		 299 aa  248  1e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4583  glutamate/aspartate ABC transporter periplasmic solute-binding protein  42.86 
 
 		 304 aa  248  1e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.8955  decreased coverage  0.00199709 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0396  extracellular solute-binding protein  39.46 
 
 		 302 aa  247  2e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4738  extracellular solute-binding protein  39.32 
 
 		 299 aa  247  2e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3961  extracellular solute-binding protein  44.19 
 
 		 303 aa  246  2e-64  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.323027  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0399  extracellular solute-binding protein  40.14 
 
 		 299 aa  246  3e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.12182 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1560  extracellular solute-binding protein family 3  42.96 
 
 		 302 aa  246  4e-64  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000128549  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4329  extracellular solute-binding protein family 3  43.82 
 
 		 303 aa  243  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.240432 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0682  extracellular solute-binding protein  42.4 
 
 		 334 aa  244  1.9999999999999999e-63  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1937  extracellular solute-binding protein  41.41 
 
 		 295 aa  243  3.9999999999999997e-63  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00990957 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0481  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  40.4 
 
 		 313 aa  242  5e-63  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.43988 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2000  extracellular solute-binding protein  40.64 
 
 		 294 aa  241  1e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.499289 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2089  extracellular solute-binding protein  40.41 
 
 		 306 aa  240  2e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.881502  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4370  extracellular solute-binding protein  40.34 
 
 		 303 aa  239  2.9999999999999997e-62  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0214  solute-binding family 1 protein  41.18 
 
 		 299 aa  239  4e-62  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1934  putative glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  41.18 
 
 		 298 aa  239  4e-62  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1669  glutamate/aspartate periplasmic binding protein precursor  41.18 
 
 		 299 aa  239  4e-62  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0949  putative glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  41.18 
 
 		 298 aa  239  4e-62  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0304  solute-binding family 1 protein  41.18 
 
 		 299 aa  239  4e-62  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1237  putative glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  41.18 
 
 		 299 aa  239  4e-62  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.688343  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2212  putative glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  41.18 
 
 		 359 aa  239  5e-62  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6104  extracellular solute-binding protein  43.49 
 
 		 289 aa  238  8e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.236954  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2255  extracellular solute-binding protein  41.42 
 
 		 307 aa  237  1e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.947738  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0070  extracellular solute-binding protein  43.49 
 
 		 293 aa  237  2e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2212  extracellular solute-binding protein  39.73 
 
 		 330 aa  236  4e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.424485  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3139  glutamate and aspartate transporter subunit  40.61 
 
 		 298 aa  236  4e-61  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4171  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  42.24 
 
 		 308 aa  235  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.464629  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0205  extracellular solute-binding protein  41.26 
 
 		 305 aa  235  7e-61  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1475  extracellular solute-binding protein family 3  41.28 
 
 		 297 aa  235  8e-61  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.027912  hitchhiker  0.000000000119497 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2953  extracellular solute-binding protein family 3  42.34 
 
 		 297 aa  234  1.0000000000000001e-60  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1284  extracellular solute-binding protein  40.62 
 
 		 298 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1103  extracellular solute-binding protein family 3  40.89 
 
 		 298 aa  234  1.0000000000000001e-60  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3991  extracellular solute-binding protein  41.32 
 
 		 298 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.100601  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4709  extracellular solute-binding protein  39.86 
 
 		 299 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.866037  normal  0.0243654 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4612  extracellular solute-binding protein family 3  40 
 
 		 302 aa  233  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.527898  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4455  extracellular solute-binding protein  41.32 
 
 		 298 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.104292  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0222  glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  40.29 
 
 		 299 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3908  extracellular solute-binding protein  39.8 
 
 		 333 aa  232  5e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.385814 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0701  extracellular solute-binding protein  42.7 
 
 		 302 aa  232  5e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.969556  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0676  glutamate and aspartate transporter subunit  41.33 
 
 		 302 aa  232  6e-60  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0683  glutamate and aspartate transporter subunit  41.33 
 
 		 302 aa  232  7.000000000000001e-60  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.457568  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3932  extracellular solute-binding protein family 3  38.62 
 
 		 297 aa  232  7.000000000000001e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4081  extracellular solute-binding protein  41.85 
 
 		 298 aa  231  9e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0819  glutamate and aspartate transporter subunit  39.73 
 
 		 302 aa  231  1e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6965  extracellular solute-binding protein family 3  39.64 
 
 		 312 aa  231  1e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0709  glutamate and aspartate transporter subunit  39.6 
 
 		 302 aa  231  1e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.222651  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1214  glutamate and aspartate transporter subunit  39.45 
 
 		 298 aa  231  1e-59  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.839124  normal  0.912461 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5742  extracellular solute-binding protein  41.85 
 
 		 298 aa  231  1e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.130247  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3806  extracellular solute-binding protein  41.85 
 
 		 298 aa  231  1e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0303858  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0723  glutamate and aspartate transporter subunit  39.6 
 
 		 302 aa  231  1e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4562  extracellular solute-binding protein  41.85 
 
 		 298 aa  231  1e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0770  glutamate and aspartate transporter subunit  39.6 
 
 		 302 aa  231  1e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0783  glutamate and aspartate transporter subunit  39.6 
 
 		 302 aa  231  1e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.131708  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2971  extracellular solute-binding protein family 3  40.96 
 
 		 302 aa  231  2e-59  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.871919  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00623  glutamate and aspartate transporter subunit  40.96 
 
 		 302 aa  229  3e-59  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1127  extracellular solute-binding protein  43.12 
 
 		 297 aa  229  3e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.164793  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1192  glutamate and aspartate transporter subunit  40.96 
 
 		 298 aa  229  3e-59  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00613  hypothetical protein  40.96 
 
 		 302 aa  229  3e-59  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>