More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_3315 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_3315  extracellular solute-binding protein family 3  100 
 
 		 298 aa  612  9.999999999999999e-175  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0973  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  63.18 
 
 		 303 aa  399  9.999999999999999e-111  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00938185  normal  0.751269 
 
 
-
 
NC_003296  RS05478  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  67.15 
 
 		 298 aa  392  1e-108  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.207429 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0897  extracellular solute-binding protein family 3  68.73 
 
 		 303 aa  386  1e-106  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.529927  normal  0.529014 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0826  extracellular solute-binding protein family 3  68.23 
 
 		 302 aa  385  1e-106  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.296945  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0122  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  59.25 
 
 		 299 aa  372  1e-102  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3638  extracellular solute-binding protein family 3  62.87 
 
 		 302 aa  372  1e-102  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2540  extracellular solute-binding protein  61.54 
 
 		 310 aa  367  1e-100  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.438877 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2361  extracellular solute-binding protein  60.89 
 
 		 311 aa  363  3e-99  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.114762  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3314  extracellular solute-binding protein family 3  61.4 
 
 		 302 aa  359  3e-98  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4420  extracellular solute-binding protein  48.6 
 
 		 297 aa  284  1.0000000000000001e-75  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.353088  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0608  extracellular solute-binding protein  48.11 
 
 		 296 aa  278  5e-74  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.400599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0587  extracellular solute-binding protein family 3  48.11 
 
 		 296 aa  277  2e-73  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4074  extracellular solute-binding protein  46.6 
 
 		 314 aa  270  2.9999999999999997e-71  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1546  extracellular solute-binding protein family 3  49.81 
 
 		 295 aa  268  8.999999999999999e-71  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4737  extracellular solute-binding protein  45.39 
 
 		 296 aa  261  8.999999999999999e-69  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.765927  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2000  extracellular solute-binding protein  43.2 
 
 		 294 aa  250  2e-65  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.499289 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0070  extracellular solute-binding protein  45.52 
 
 		 293 aa  249  3e-65  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1937  extracellular solute-binding protein  43.64 
 
 		 295 aa  249  3e-65  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00990957 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0457  extracellular solute-binding protein  42.12 
 
 		 299 aa  249  5e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4438  extracellular solute-binding protein family 3  45.19 
 
 		 303 aa  246  2e-64  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.156595 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07320  amino acid ABC transporter, perplasmic binding protein  43.1 
 
 		 302 aa  245  6.999999999999999e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6104  extracellular solute-binding protein  45.72 
 
 		 289 aa  244  1.9999999999999999e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.236954  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2212  extracellular solute-binding protein  40 
 
 		 330 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.424485  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2089  extracellular solute-binding protein  40 
 
 		 306 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.881502  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4477  extracellular solute-binding protein family 3  44.29 
 
 		 301 aa  243  3e-63  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0481  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  42.12 
 
 		 313 aa  243  3.9999999999999997e-63  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.43988 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4543  extracellular solute-binding protein  44.29 
 
 		 301 aa  243  3.9999999999999997e-63  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.517654  normal  0.184602 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1475  extracellular solute-binding protein family 3  42.52 
 
 		 297 aa  242  6e-63  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.027912  hitchhiker  0.000000000119497 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0597  ABC glutamate/aspartate transporter, periplasmic ligand binding protein  42.07 
 
 		 297 aa  242  6e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.857613  normal  0.285453 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0399  extracellular solute-binding protein  41.1 
 
 		 299 aa  242  7e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.12182 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2573  extracellular solute-binding protein  41.13 
 
 		 297 aa  241  1e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0113062 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3362  extracellular solute-binding protein family 3  42.07 
 
 		 297 aa  241  1e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00667639  hitchhiker  0.00000266778 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0636  extracellular solute-binding protein  39.13 
 
 		 297 aa  238  8e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3961  extracellular solute-binding protein  44.07 
 
 		 303 aa  237  1e-61  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.323027  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1127  extracellular solute-binding protein  41.95 
 
 		 297 aa  237  2e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.164793  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4583  glutamate/aspartate ABC transporter periplasmic solute-binding protein  42.12 
 
 		 304 aa  237  2e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.8955  decreased coverage  0.00199709 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0186  extracellular solute-binding protein  38.8 
 
 		 297 aa  236  3e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.947811  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0669  extracellular solute-binding protein  38.8 
 
 		 297 aa  236  3e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4738  extracellular solute-binding protein  39.18 
 
 		 299 aa  236  3e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3983  extracellular solute-binding protein  40.34 
 
 		 311 aa  236  4e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2714  extracellular solute-binding protein  38.81 
 
 		 297 aa  234  9e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.784297 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2087  extracellular solute-binding protein  41.2 
 
 		 305 aa  234  9e-61  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0564  extracellular solute-binding protein  39.16 
 
 		 297 aa  234  9e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1237  putative glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  40.13 
 
 		 299 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.688343  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0214  solute-binding family 1 protein  40.13 
 
 		 299 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1669  glutamate/aspartate periplasmic binding protein precursor  40.13 
 
 		 299 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3755  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  39.16 
 
 		 297 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0304  solute-binding family 1 protein  40.13 
 
 		 299 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2212  putative glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  40.13 
 
 		 359 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0303  ABC glutamate/aspartate transporter, periplasmic binding protein GltI  38.83 
 
 		 319 aa  233  2.0000000000000002e-60  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5483  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  38.08 
 
 		 306 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.266855  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0590  extracellular solute-binding protein  38.81 
 
 		 297 aa  233  3e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.325477 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0949  putative glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  40.2 
 
 		 298 aa  233  3e-60  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1934  putative glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  40.2 
 
 		 298 aa  233  3e-60  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0222  glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  40.13 
 
 		 299 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1225  glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  38.46 
 
 		 298 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.905296  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0372  extracellular solute-binding protein family 3  40.96 
 
 		 302 aa  233  4.0000000000000004e-60  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.227488  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4329  extracellular solute-binding protein family 3  43.33 
 
 		 303 aa  233  4.0000000000000004e-60  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.240432 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0084  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  39.24 
 
 		 301 aa  231  8.000000000000001e-60  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.767728  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0334  extracellular solute-binding protein  41.09 
 
 		 330 aa  231  8.000000000000001e-60  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67130  putative binding protein component of ABC transporter  41.11 
 
 		 299 aa  231  8.000000000000001e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.72965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0396  extracellular solute-binding protein  37.46 
 
 		 302 aa  231  9e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3434  glutamate/aspartate periplasmic binding protein precursor  38.8 
 
 		 297 aa  231  9e-60  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.110135  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0357  extracellular solute-binding protein family 3  40.59 
 
 		 302 aa  231  1e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.305977  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4455  extracellular solute-binding protein  42.54 
 
 		 298 aa  231  1e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.104292  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3396  glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  38.8 
 
 		 328 aa  231  1e-59  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5821  putative ABC transporter binding protein subunit  41.34 
 
 		 299 aa  231  1e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3431  glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  38.8 
 
 		 328 aa  231  1e-59  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4081  extracellular solute-binding protein  42.54 
 
 		 298 aa  230  2e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3991  extracellular solute-binding protein  42.16 
 
 		 298 aa  231  2e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.100601  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2255  extracellular solute-binding protein  42.86 
 
 		 307 aa  229  3e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.947738  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0342  extracellular solute-binding protein  36.86 
 
 		 302 aa  229  4e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5962  extracellular solute-binding protein family 3  38.41 
 
 		 291 aa  229  4e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2798  extracellular solute-binding protein  41.85 
 
 		 305 aa  229  5e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.610128  normal  0.6873 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4043  putative ABC transporter binding protein subunit  42.07 
 
 		 302 aa  229  5e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1284  extracellular solute-binding protein  41.42 
 
 		 298 aa  228  7e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46910  putative binding protein component of ABC transporter  41.7 
 
 		 302 aa  228  8e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00378951 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3806  extracellular solute-binding protein  41.79 
 
 		 298 aa  228  9e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0303858  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5904  extracellular solute-binding protein  38.08 
 
 		 306 aa  228  9e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.104324  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2190  extracellular solute-binding protein  38.08 
 
 		 306 aa  228  9e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0938958  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2173  extracellular solute-binding protein  38.08 
 
 		 306 aa  228  9e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.694416  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4562  extracellular solute-binding protein  41.79 
 
 		 298 aa  228  9e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5742  extracellular solute-binding protein  41.79 
 
 		 298 aa  228  9e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.130247  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4612  extracellular solute-binding protein family 3  40.07 
 
 		 302 aa  228  1e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.527898  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4740  extracellular solute-binding protein  37.59 
 
 		 302 aa  226  3e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.220117  normal  0.273761 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4370  extracellular solute-binding protein  41.57 
 
 		 303 aa  225  7e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0682  extracellular solute-binding protein  40 
 
 		 334 aa  224  1e-57  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4709  extracellular solute-binding protein  40.66 
 
 		 299 aa  223  4e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.866037  normal  0.0243654 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3601  extracellular solute-binding protein family 3  43.45 
 
 		 304 aa  223  4e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0485295  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1103  extracellular solute-binding protein family 3  39.3 
 
 		 298 aa  222  4.9999999999999996e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0906  extracellular solute-binding protein  39.78 
 
 		 304 aa  222  6e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.425834  normal  0.179529 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6965  extracellular solute-binding protein family 3  39.35 
 
 		 312 aa  222  7e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4578  extracellular solute-binding protein  42.64 
 
 		 296 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.575632 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0701  extracellular solute-binding protein  39.7 
 
 		 302 aa  219  3e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.969556  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1100  extracellular solute-binding protein  41.97 
 
 		 305 aa  219  5e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.78404  normal  0.827755 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2247  extracellular solute-binding protein  42.65 
 
 		 301 aa  218  8.999999999999998e-56  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1306  ABC glutamate/aspartate transporter, periplasmic ligand binding protein  38.36 
 
 		 292 aa  217  2e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.834436  normal  0.456996 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1560  extracellular solute-binding protein family 3  39.18 
 
 		 302 aa  217  2e-55  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000128549  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0205  extracellular solute-binding protein  38.68 
 
 		 305 aa  217  2e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>