More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1123 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_1123  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 303 aa  620  1e-176  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00011354  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1172  extracellular solute-binding protein family 3  52.33 
 
 		 306 aa  317  1e-85  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5946  extracellular solute-binding protein  54.18 
 
 		 313 aa  314  9.999999999999999e-85  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.310402  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6249  extracellular solute-binding protein  53.82 
 
 		 313 aa  312  4.999999999999999e-84  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6471  extracellular solute-binding protein  51.8 
 
 		 313 aa  308  8e-83  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.264761  normal  0.0842287 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5607  extracellular solute-binding protein  52.26 
 
 		 313 aa  306  3e-82  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5971  extracellular solute-binding protein  52.26 
 
 		 313 aa  306  3e-82  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.480702  normal  0.0122202 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5423  extracellular solute-binding protein  52.08 
 
 		 305 aa  268  1e-70  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.90503 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2247  extracellular solute-binding protein  49.62 
 
 		 301 aa  266  2.9999999999999995e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2573  extracellular solute-binding protein  43.73 
 
 		 297 aa  231  8.000000000000001e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0113062 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0597  ABC glutamate/aspartate transporter, periplasmic ligand binding protein  44.49 
 
 		 297 aa  230  3e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.857613  normal  0.285453 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3362  extracellular solute-binding protein family 3  44.12 
 
 		 297 aa  228  8e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00667639  hitchhiker  0.00000266778 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07320  amino acid ABC transporter, perplasmic binding protein  44.21 
 
 		 302 aa  226  5.0000000000000005e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0481  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  40.53 
 
 		 313 aa  223  2e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.43988 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1937  extracellular solute-binding protein  40.36 
 
 		 295 aa  224  2e-57  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00990957 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1225  glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  41.55 
 
 		 298 aa  222  6e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.905296  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3434  glutamate/aspartate periplasmic binding protein precursor  41.55 
 
 		 297 aa  221  9e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.110135  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3396  glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  41.55 
 
 		 328 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3431  glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  41.55 
 
 		 328 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2714  extracellular solute-binding protein  41.55 
 
 		 297 aa  219  3e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.784297 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2087  extracellular solute-binding protein  42.64 
 
 		 305 aa  219  3.9999999999999997e-56  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3755  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  42.45 
 
 		 297 aa  219  5e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3139  glutamate and aspartate transporter subunit  41.03 
 
 		 298 aa  219  5e-56  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1192  glutamate and aspartate transporter subunit  40.99 
 
 		 298 aa  218  1e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0084  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  38.51 
 
 		 301 aa  217  2e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.767728  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46910  putative binding protein component of ABC transporter  41.05 
 
 		 302 aa  217  2e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00378951 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4043  putative ABC transporter binding protein subunit  40.93 
 
 		 302 aa  216  4e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0457  extracellular solute-binding protein  40.78 
 
 		 299 aa  216  4e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2953  extracellular solute-binding protein family 3  44.4 
 
 		 297 aa  216  4e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0186  extracellular solute-binding protein  43.08 
 
 		 297 aa  216  4e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.947811  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0669  extracellular solute-binding protein  43.08 
 
 		 297 aa  216  4e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0636  extracellular solute-binding protein  43.08 
 
 		 297 aa  215  7e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0590  extracellular solute-binding protein  42.31 
 
 		 297 aa  215  9e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.325477 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1103  extracellular solute-binding protein family 3  43.85 
 
 		 298 aa  215  9e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0334  extracellular solute-binding protein  40 
 
 		 330 aa  214  9.999999999999999e-55  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0564  extracellular solute-binding protein  41.2 
 
 		 297 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2920  glutamate and aspartate transporter subunit  38.7 
 
 		 305 aa  214  1.9999999999999998e-54  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.847133  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3010  glutamate and aspartate transporter subunit  38.7 
 
 		 305 aa  214  1.9999999999999998e-54  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.197195  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1835  glutamate and aspartate transporter subunit  38.7 
 
 		 305 aa  214  1.9999999999999998e-54  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0682  extracellular solute-binding protein  40.37 
 
 		 334 aa  214  1.9999999999999998e-54  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1214  glutamate and aspartate transporter subunit  42.01 
 
 		 298 aa  214  1.9999999999999998e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.839124  normal  0.912461 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0070  extracellular solute-binding protein  40.15 
 
 		 293 aa  213  2.9999999999999995e-54  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0357  extracellular solute-binding protein family 3  40.59 
 
 		 302 aa  213  2.9999999999999995e-54  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.305977  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4737  extracellular solute-binding protein  36.68 
 
 		 296 aa  213  2.9999999999999995e-54  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.765927  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0303  ABC glutamate/aspartate transporter, periplasmic binding protein GltI  37.58 
 
 		 319 aa  213  3.9999999999999995e-54  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0608  extracellular solute-binding protein  39.57 
 
 		 296 aa  213  3.9999999999999995e-54  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.400599  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4543  extracellular solute-binding protein  41.34 
 
 		 301 aa  212  4.9999999999999996e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.517654  normal  0.184602 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0372  extracellular solute-binding protein family 3  40.59 
 
 		 302 aa  212  4.9999999999999996e-54  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.227488  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0587  extracellular solute-binding protein family 3  39.57 
 
 		 296 aa  212  4.9999999999999996e-54  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1546  extracellular solute-binding protein family 3  39.03 
 
 		 295 aa  212  5.999999999999999e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3991  extracellular solute-binding protein  40.93 
 
 		 298 aa  212  7e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.100601  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3315  extracellular solute-binding protein family 3  42.02 
 
 		 298 aa  211  9e-54  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4171  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  42.96 
 
 		 308 aa  211  1e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.464629  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6965  extracellular solute-binding protein family 3  41.22 
 
 		 312 aa  211  1e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05478  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  43.13 
 
 		 298 aa  211  2e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.207429 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4738  extracellular solute-binding protein  38.41 
 
 		 299 aa  210  2e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4477  extracellular solute-binding protein family 3  40.86 
 
 		 301 aa  210  2e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5821  putative ABC transporter binding protein subunit  40.28 
 
 		 299 aa  209  3e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3343  extracellular solute-binding protein family 3  37.72 
 
 		 301 aa  210  3e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0819  glutamate and aspartate transporter subunit  38.75 
 
 		 302 aa  209  3e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0770  glutamate and aspartate transporter subunit  38.75 
 
 		 302 aa  210  3e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0399  extracellular solute-binding protein  39.51 
 
 		 299 aa  210  3e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.12182 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0709  glutamate and aspartate transporter subunit  38.75 
 
 		 302 aa  210  3e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.222651  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0723  glutamate and aspartate transporter subunit  38.75 
 
 		 302 aa  210  3e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2000  extracellular solute-binding protein  37.45 
 
 		 294 aa  209  4e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.499289 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0700  glutamate and aspartate transporter subunit  40.15 
 
 		 302 aa  209  5e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1284  extracellular solute-binding protein  40.21 
 
 		 298 aa  209  5e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67130  putative binding protein component of ABC transporter  39.73 
 
 		 299 aa  209  7e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.72965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3666  extracellular solute-binding protein family 3  37.91 
 
 		 301 aa  208  8e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0783  glutamate and aspartate transporter subunit  38.64 
 
 		 302 aa  208  9e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.131708  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00623  glutamate and aspartate transporter subunit  40.3 
 
 		 302 aa  207  1e-52  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4438  extracellular solute-binding protein family 3  39.71 
 
 		 303 aa  208  1e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.156595 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00613  hypothetical protein  40.3 
 
 		 302 aa  207  1e-52  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1560  extracellular solute-binding protein family 3  40.51 
 
 		 302 aa  207  1e-52  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000128549  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0748  glutamate and aspartate transporter subunit  40.3 
 
 		 302 aa  207  1e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4455  extracellular solute-binding protein  40.57 
 
 		 298 aa  208  1e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.104292  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2990  glutamate and aspartate transporter subunit  40.3 
 
 		 302 aa  207  1e-52  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2170  extracellular solute-binding protein  39.59 
 
 		 304 aa  207  2e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.541811  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4341  extracellular solute-binding protein  42.59 
 
 		 305 aa  207  2e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.360351  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1182  glutamate and aspartate transporter subunit  38.19 
 
 		 301 aa  207  2e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0650836 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1100  extracellular solute-binding protein  42.22 
 
 		 305 aa  207  2e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.78404  normal  0.827755 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4612  extracellular solute-binding protein family 3  41.38 
 
 		 302 aa  206  3e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.527898  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4074  extracellular solute-binding protein  39.21 
 
 		 314 aa  206  4e-52  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0973  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  39.58 
 
 		 303 aa  206  5e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00938185  normal  0.751269 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3908  extracellular solute-binding protein  42.01 
 
 		 333 aa  206  5e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.385814 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1071  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  41.85 
 
 		 306 aa  205  6e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.727682  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5742  extracellular solute-binding protein  41 
 
 		 298 aa  205  7e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.130247  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3806  extracellular solute-binding protein  41 
 
 		 298 aa  205  7e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0303858  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4562  extracellular solute-binding protein  41 
 
 		 298 aa  205  7e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0683  glutamate and aspartate transporter subunit  39.93 
 
 		 302 aa  205  8e-52  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.457568  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0676  glutamate and aspartate transporter subunit  39.93 
 
 		 302 aa  205  8e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1112  extracellular solute-binding protein  41.85 
 
 		 305 aa  204  1e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.455507 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2361  extracellular solute-binding protein  42.52 
 
 		 311 aa  204  1e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.114762  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4370  extracellular solute-binding protein  40.08 
 
 		 303 aa  204  1e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0396  extracellular solute-binding protein  39.43 
 
 		 302 aa  204  2e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4535  extracellular solute-binding protein  41.64 
 
 		 304 aa  204  2e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.223425  normal  0.13554 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2255  extracellular solute-binding protein  41.13 
 
 		 307 aa  203  2e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.947738  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2540  extracellular solute-binding protein  40.08 
 
 		 310 aa  204  2e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.438877 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0826  extracellular solute-binding protein family 3  42.41 
 
 		 302 aa  204  2e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.296945  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2971  extracellular solute-binding protein family 3  39.55 
 
 		 302 aa  203  3e-51  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.871919  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>