More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_6249 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008392  Bamb_6249  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
313 aa  635    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5946  extracellular solute-binding protein  98.4 
 
 
313 aa  628  1e-179  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.310402  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5607  extracellular solute-binding protein  88.82 
 
 
313 aa  554  1e-157  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5971  extracellular solute-binding protein  88.82 
 
 
313 aa  554  1e-157  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.480702  normal  0.0122202 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6471  extracellular solute-binding protein  87.86 
 
 
313 aa  545  1e-154  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.264761  normal  0.0842287 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1172  extracellular solute-binding protein family 3  71.53 
 
 
306 aa  427  1e-118  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1123  extracellular solute-binding protein  54.14 
 
 
303 aa  312  3.9999999999999997e-84  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00011354  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2247  extracellular solute-binding protein  51.09 
 
 
301 aa  296  3e-79  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5423  extracellular solute-binding protein  54.38 
 
 
305 aa  279  5e-74  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.90503 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1546  extracellular solute-binding protein family 3  47.96 
 
 
295 aa  249  5e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4737  extracellular solute-binding protein  45.99 
 
 
296 aa  248  1e-64  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.765927  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0396  extracellular solute-binding protein  43 
 
 
302 aa  235  6e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07320  amino acid ABC transporter, perplasmic binding protein  46.32 
 
 
302 aa  235  7e-61  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0070  extracellular solute-binding protein  45.38 
 
 
293 aa  234  1.0000000000000001e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1225  glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  43.12 
 
 
298 aa  233  5e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.905296  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3434  glutamate/aspartate periplasmic binding protein precursor  43.12 
 
 
297 aa  232  7.000000000000001e-60  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.110135  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3396  glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  43.12 
 
 
328 aa  231  8.000000000000001e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3431  glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  43.12 
 
 
328 aa  231  8.000000000000001e-60  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0457  extracellular solute-binding protein  42.96 
 
 
299 aa  230  3e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2000  extracellular solute-binding protein  44.24 
 
 
294 aa  229  3e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.499289 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0334  extracellular solute-binding protein  42.72 
 
 
330 aa  228  9e-59  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0342  extracellular solute-binding protein  42.16 
 
 
302 aa  228  1e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0481  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  39.81 
 
 
313 aa  227  2e-58  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.43988 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0682  extracellular solute-binding protein  40.19 
 
 
334 aa  227  2e-58  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46910  putative binding protein component of ABC transporter  43.96 
 
 
302 aa  227  2e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00378951 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0597  ABC glutamate/aspartate transporter, periplasmic ligand binding protein  42.75 
 
 
297 aa  226  3e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.857613  normal  0.285453 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0186  extracellular solute-binding protein  43.87 
 
 
297 aa  226  3e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.947811  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0669  extracellular solute-binding protein  43.87 
 
 
297 aa  226  3e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4043  putative ABC transporter binding protein subunit  43.96 
 
 
302 aa  226  4e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2714  extracellular solute-binding protein  43.12 
 
 
297 aa  226  4e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.784297 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1071  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  43.07 
 
 
306 aa  226  5.0000000000000005e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.727682  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0636  extracellular solute-binding protein  43.87 
 
 
297 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0564  extracellular solute-binding protein  43.49 
 
 
297 aa  226  6e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3755  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  43.49 
 
 
297 aa  225  9e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2573  extracellular solute-binding protein  41.91 
 
 
297 aa  224  1e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0113062 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0590  extracellular solute-binding protein  43.45 
 
 
297 aa  224  2e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.325477 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3362  extracellular solute-binding protein family 3  42.38 
 
 
297 aa  224  2e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00667639  hitchhiker  0.00000266778 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1475  extracellular solute-binding protein family 3  45 
 
 
297 aa  222  6e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.027912  hitchhiker  0.000000000119497 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0399  extracellular solute-binding protein  42.38 
 
 
299 aa  222  6e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.12182 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1937  extracellular solute-binding protein  41.45 
 
 
295 aa  222  6e-57  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00990957 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3139  glutamate and aspartate transporter subunit  39.16 
 
 
298 aa  221  9.999999999999999e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1112  extracellular solute-binding protein  42.7 
 
 
305 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.455507 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1560  extracellular solute-binding protein family 3  41.26 
 
 
302 aa  221  9.999999999999999e-57  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000128549  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1127  extracellular solute-binding protein  44.87 
 
 
297 aa  221  1.9999999999999999e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.164793  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0357  extracellular solute-binding protein family 3  41.95 
 
 
302 aa  221  1.9999999999999999e-56  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.305977  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1100  extracellular solute-binding protein  42.7 
 
 
305 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.78404  normal  0.827755 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3991  extracellular solute-binding protein  38.69 
 
 
298 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.100601  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0303  ABC glutamate/aspartate transporter, periplasmic binding protein GltI  43.61 
 
 
319 aa  220  3e-56  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4081  extracellular solute-binding protein  40.98 
 
 
298 aa  219  3e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0372  extracellular solute-binding protein family 3  41.95 
 
 
302 aa  219  3e-56  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.227488  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67130  putative binding protein component of ABC transporter  45.56 
 
 
299 aa  219  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.72965  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4535  extracellular solute-binding protein  43.22 
 
 
304 aa  218  7.999999999999999e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.223425  normal  0.13554 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1284  extracellular solute-binding protein  37.87 
 
 
298 aa  218  7.999999999999999e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4455  extracellular solute-binding protein  38.36 
 
 
298 aa  218  7.999999999999999e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.104292  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4341  extracellular solute-binding protein  41.97 
 
 
305 aa  218  8.999999999999998e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.360351  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1214  glutamate and aspartate transporter subunit  39.33 
 
 
298 aa  218  8.999999999999998e-56  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.839124  normal  0.912461 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4171  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  42.7 
 
 
308 aa  218  1e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.464629  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2073  extracellular solute-binding protein family 3  42.65 
 
 
307 aa  218  1e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00884653  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4738  extracellular solute-binding protein  41.14 
 
 
299 aa  218  1e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6104  extracellular solute-binding protein  42.65 
 
 
289 aa  217  2e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.236954  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3908  extracellular solute-binding protein  43.22 
 
 
333 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.385814 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2361  extracellular solute-binding protein  42.08 
 
 
311 aa  217  2.9999999999999998e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.114762  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3806  extracellular solute-binding protein  39.85 
 
 
298 aa  217  2.9999999999999998e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0303858  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2466  extracellular solute-binding protein family 3  42.28 
 
 
307 aa  216  2.9999999999999998e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4562  extracellular solute-binding protein  39.85 
 
 
298 aa  217  2.9999999999999998e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1192  glutamate and aspartate transporter subunit  40.3 
 
 
298 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5742  extracellular solute-binding protein  39.85 
 
 
298 aa  217  2.9999999999999998e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.130247  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2089  extracellular solute-binding protein  41.26 
 
 
306 aa  216  4e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.881502  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1103  extracellular solute-binding protein family 3  40.75 
 
 
298 aa  216  5e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6965  extracellular solute-binding protein family 3  39.63 
 
 
312 aa  216  5e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2212  extracellular solute-binding protein  41.26 
 
 
330 aa  216  5.9999999999999996e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.424485  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0723  glutamate and aspartate transporter subunit  36.57 
 
 
302 aa  215  7e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2087  extracellular solute-binding protein  41.04 
 
 
305 aa  215  7e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0709  glutamate and aspartate transporter subunit  36.57 
 
 
302 aa  215  7e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.222651  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0770  glutamate and aspartate transporter subunit  36.57 
 
 
302 aa  215  7e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5821  putative ABC transporter binding protein subunit  44.44 
 
 
299 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0783  glutamate and aspartate transporter subunit  36.89 
 
 
302 aa  214  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.131708  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0819  glutamate and aspartate transporter subunit  36.25 
 
 
302 aa  214  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2212  putative glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  42.97 
 
 
359 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0084  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  40.07 
 
 
301 aa  213  2.9999999999999995e-54  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.767728  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0304  solute-binding family 1 protein  42.97 
 
 
299 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4612  extracellular solute-binding protein family 3  42.86 
 
 
302 aa  213  2.9999999999999995e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.527898  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1669  glutamate/aspartate periplasmic binding protein precursor  42.97 
 
 
299 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0214  solute-binding family 1 protein  42.97 
 
 
299 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1237  putative glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  42.97 
 
 
299 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.688343  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1934  putative glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  42.97 
 
 
298 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0949  putative glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  42.97 
 
 
298 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0748  glutamate and aspartate transporter subunit  39.16 
 
 
302 aa  212  4.9999999999999996e-54  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0700  glutamate and aspartate transporter subunit  39.16 
 
 
302 aa  212  4.9999999999999996e-54  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2990  glutamate and aspartate transporter subunit  39.16 
 
 
302 aa  212  4.9999999999999996e-54  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2953  extracellular solute-binding protein family 3  39.41 
 
 
297 aa  212  5.999999999999999e-54  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5289  extracellular solute-binding protein  43.2 
 
 
300 aa  212  7e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.444279 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0683  glutamate and aspartate transporter subunit  39.16 
 
 
302 aa  212  7e-54  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.457568  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4477  extracellular solute-binding protein family 3  39.63 
 
 
301 aa  212  7.999999999999999e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0222  glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  42.97 
 
 
299 aa  212  9e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4543  extracellular solute-binding protein  40 
 
 
301 aa  211  9e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.517654  normal  0.184602 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2920  glutamate and aspartate transporter subunit  36.57 
 
 
305 aa  211  1e-53  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.847133  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3010  glutamate and aspartate transporter subunit  36.57 
 
 
305 aa  211  1e-53  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.197195  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1835  glutamate and aspartate transporter subunit  36.57 
 
 
305 aa  211  1e-53  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3961  extracellular solute-binding protein  39.63 
 
 
303 aa  210  2e-53  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.323027  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>