More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3255 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_3255  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 297 aa  598  1e-170  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2988  extracellular solute-binding protein  45.45 
 
 		 313 aa  266  2e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.000000213748  normal  0.0196481 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2444  extracellular solute-binding protein  45.49 
 
 		 302 aa  257  2e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0447301  normal  0.17689 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5193  extracellular solute-binding protein  35.47 
 
 		 313 aa  159  7e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.441941 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6446  amino acid permease-associated region  35.42 
 
 		 750 aa  157  3e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.396159 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4035  extracellular solute-binding protein  34.1 
 
 		 296 aa  146  5e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.876944  normal  0.0228737 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0608  extracellular solute-binding protein  29.45 
 
 		 296 aa  125  8.000000000000001e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.400599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0587  extracellular solute-binding protein family 3  29.09 
 
 		 296 aa  123  4e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4074  extracellular solute-binding protein  27.68 
 
 		 314 aa  120  1.9999999999999998e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3314  extracellular solute-binding protein family 3  27.38 
 
 		 302 aa  119  6e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3315  extracellular solute-binding protein family 3  29.21 
 
 		 298 aa  119  7e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3638  extracellular solute-binding protein family 3  27.41 
 
 		 302 aa  116  3.9999999999999997e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0122  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  27.7 
 
 		 299 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2540  extracellular solute-binding protein  27.73 
 
 		 310 aa  115  1.0000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.438877 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4583  glutamate/aspartate ABC transporter periplasmic solute-binding protein  29.34 
 
 		 304 aa  109  7.000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.8955  decreased coverage  0.00199709 
 
 
-
 
NC_003296  RS05478  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  27.48 
 
 		 298 aa  108  1e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.207429 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4612  extracellular solute-binding protein family 3  28.68 
 
 		 302 aa  108  1e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.527898  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0826  extracellular solute-binding protein family 3  27.51 
 
 		 302 aa  107  3e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.296945  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0973  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  28.52 
 
 		 303 aa  106  5e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00938185  normal  0.751269 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4351  extracellular solute-binding protein  27.05 
 
 		 303 aa  105  7e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.44972  normal  0.442664 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4738  extracellular solute-binding protein  28.29 
 
 		 299 aa  105  8e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4420  extracellular solute-binding protein  25.84 
 
 		 297 aa  105  1e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.353088  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2361  extracellular solute-binding protein  26.56 
 
 		 311 aa  105  1e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.114762  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3983  extracellular solute-binding protein  28.95 
 
 		 311 aa  104  1e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0897  extracellular solute-binding protein family 3  26.69 
 
 		 303 aa  104  2e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.529927  normal  0.529014 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1123  extracellular solute-binding protein  25.27 
 
 		 303 aa  99.8  5e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00011354  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2798  extracellular solute-binding protein  27.48 
 
 		 305 aa  99.4  7e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.610128  normal  0.6873 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0682  extracellular solute-binding protein  27.14 
 
 		 334 aa  99.4  7e-20  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5026  extracellular solute-binding protein family 3  26.64 
 
 		 303 aa  97.8  2e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0334  extracellular solute-binding protein  25.87 
 
 		 330 aa  97.8  2e-19  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4543  extracellular solute-binding protein  28.11 
 
 		 301 aa  97.1  4e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.517654  normal  0.184602 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1669  glutamate/aspartate periplasmic binding protein precursor  27.13 
 
 		 299 aa  96.3  5e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1237  putative glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  27.13 
 
 		 299 aa  96.3  5e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.688343  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0214  solute-binding family 1 protein  27.13 
 
 		 299 aa  96.3  5e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0304  solute-binding family 1 protein  27.13 
 
 		 299 aa  96.3  5e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1934  putative glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  27.13 
 
 		 298 aa  96.3  6e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0949  putative glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  27.13 
 
 		 298 aa  96.3  6e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2212  putative glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  27.13 
 
 		 359 aa  96.3  6e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1225  glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  25.28 
 
 		 298 aa  95.9  7e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.905296  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0701  extracellular solute-binding protein  24.23 
 
 		 302 aa  95.9  7e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.969556  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0303  ABC glutamate/aspartate transporter, periplasmic binding protein GltI  25.48 
 
 		 319 aa  95.5  8e-19  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4222  extracellular solute-binding protein  26.89 
 
 		 303 aa  95.5  9e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.453219 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0396  extracellular solute-binding protein  28.72 
 
 		 302 aa  95.1  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6471  extracellular solute-binding protein  27.41 
 
 		 313 aa  95.1  1e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.264761  normal  0.0842287 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2573  extracellular solute-binding protein  25.1 
 
 		 297 aa  94.4  2e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0113062 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1172  extracellular solute-binding protein family 3  27.91 
 
 		 306 aa  94.4  2e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3434  glutamate/aspartate periplasmic binding protein precursor  25.19 
 
 		 297 aa  94.7  2e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.110135  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5607  extracellular solute-binding protein  27.03 
 
 		 313 aa  94.4  2e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5971  extracellular solute-binding protein  27.03 
 
 		 313 aa  94.4  2e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.480702  normal  0.0122202 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3431  glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  25 
 
 		 328 aa  94.7  2e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3396  glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  25 
 
 		 328 aa  94.7  2e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0186  extracellular solute-binding protein  25.27 
 
 		 297 aa  94  3e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.947811  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0669  extracellular solute-binding protein  25.27 
 
 		 297 aa  94  3e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0590  extracellular solute-binding protein  26.01 
 
 		 297 aa  93.6  3e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.325477 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6249  extracellular solute-binding protein  27.8 
 
 		 313 aa  93.6  4e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5946  extracellular solute-binding protein  27.03 
 
 		 313 aa  93.2  5e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.310402  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0636  extracellular solute-binding protein  25.27 
 
 		 297 aa  93.2  5e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3362  extracellular solute-binding protein family 3  24.33 
 
 		 297 aa  92.8  6e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00667639  hitchhiker  0.00000266778 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2255  extracellular solute-binding protein  27.48 
 
 		 307 aa  92.8  6e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.947738  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0597  ABC glutamate/aspartate transporter, periplasmic ligand binding protein  24.33 
 
 		 297 aa  92.8  7e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.857613  normal  0.285453 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4370  extracellular solute-binding protein  26.72 
 
 		 303 aa  92.4  8e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3755  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  25.71 
 
 		 297 aa  92  9e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0564  extracellular solute-binding protein  25.27 
 
 		 297 aa  92.4  9e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4477  extracellular solute-binding protein family 3  25.78 
 
 		 301 aa  92  9e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1937  extracellular solute-binding protein  26.6 
 
 		 295 aa  91.7  1e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00990957 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5110  extracellular solute-binding protein family 3  27.93 
 
 		 295 aa  91.7  1e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00738161 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2087  extracellular solute-binding protein  25.87 
 
 		 305 aa  91.3  2e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6783  extracellular solute-binding protein family 3  26.64 
 
 		 305 aa  90.5  3e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0990  extracellular solute-binding protein  21.69 
 
 		 304 aa  90.9  3e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07320  amino acid ABC transporter, perplasmic binding protein  29.34 
 
 		 302 aa  90.1  4e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4081  extracellular solute-binding protein  25.77 
 
 		 298 aa  90.1  4e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5742  extracellular solute-binding protein  25.87 
 
 		 298 aa  89.7  5e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.130247  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1429  extracellular solute-binding protein  25.09 
 
 		 271 aa  89.7  5e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0222  glutamate/aspartate ABC transporter, periplasmic glutamate/aspartate-binding protein  25.87 
 
 		 299 aa  89.7  5e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3806  extracellular solute-binding protein  25.87 
 
 		 298 aa  89.7  5e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0303858  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1475  extracellular solute-binding protein family 3  26.45 
 
 		 297 aa  89.7  5e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.027912  hitchhiker  0.000000000119497 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4562  extracellular solute-binding protein  25.87 
 
 		 298 aa  89.7  5e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2000  extracellular solute-binding protein  24.56 
 
 		 294 aa  89  9e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.499289 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3991  extracellular solute-binding protein  24.81 
 
 		 298 aa  88.6  1e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.100601  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0481  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  24.13 
 
 		 313 aa  88.2  2e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.43988 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2247  extracellular solute-binding protein  26.79 
 
 		 301 aa  87.8  2e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0342  extracellular solute-binding protein  27.76 
 
 		 302 aa  87.8  2e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4455  extracellular solute-binding protein  24.81 
 
 		 298 aa  87.8  2e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.104292  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3961  extracellular solute-binding protein  26.88 
 
 		 303 aa  87.8  2e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.323027  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2714  extracellular solute-binding protein  24.18 
 
 		 297 aa  87.4  2e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.784297 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4024  extracellular solute-binding protein  23.62 
 
 		 298 aa  87  3e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000078041 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0357  extracellular solute-binding protein family 3  23.55 
 
 		 302 aa  87  4e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.305977  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1560  extracellular solute-binding protein family 3  25 
 
 		 302 aa  87  4e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000128549  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4709  extracellular solute-binding protein  26.39 
 
 		 299 aa  86.3  5e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.866037  normal  0.0243654 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1284  extracellular solute-binding protein  24.23 
 
 		 298 aa  86.7  5e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0372  extracellular solute-binding protein family 3  23.55 
 
 		 302 aa  86.3  6e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.227488  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0457  extracellular solute-binding protein  23.08 
 
 		 299 aa  85.9  7e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2170  extracellular solute-binding protein  28.2 
 
 		 304 aa  85.9  8e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.541811  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4329  extracellular solute-binding protein family 3  26.6 
 
 		 303 aa  85.1  0.000000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.240432 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1214  glutamate and aspartate transporter subunit  24.43 
 
 		 298 aa  85.1  0.000000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.839124  normal  0.912461 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3601  extracellular solute-binding protein family 3  26.1 
 
 		 304 aa  84.3  0.000000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0485295  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4438  extracellular solute-binding protein family 3  26.3 
 
 		 303 aa  84.3  0.000000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.156595 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0906  extracellular solute-binding protein  23.57 
 
 		 304 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.425834  normal  0.179529 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3163  extracellular solute-binding protein  24.83 
 
 		 295 aa  84  0.000000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.180854  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0205  extracellular solute-binding protein  25.66 
 
 		 305 aa  84  0.000000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>