173 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0147 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_0147  hypothetical protein  100 
 
 		 243 aa  482  1e-135  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0107  hypothetical protein  59.58 
 
 		 333 aa  279  2e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.481565 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0122  hypothetical protein  58.85 
 
 		 245 aa  280  2e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.907496  normal  0.0246667 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0124  hypothetical protein  58.75 
 
 		 253 aa  277  1e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0127  hypothetical protein  59.07 
 
 		 254 aa  274  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.894547 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00970  surfeit locus 1-like protein  66.39 
 
 		 255 aa  263  2e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.90584  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0185  hypothetical protein  63.07 
 
 		 243 aa  257  9e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01340  hypothetical protein  62.66 
 
 		 264 aa  255  4e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.933077 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0074  hypothetical protein  58.75 
 
 		 246 aa  252  3e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.332302  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0131  hypothetical protein  40.38 
 
 		 222 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.254409  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2404  hypothetical protein  31.8 
 
 		 247 aa  107  2e-22  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3042  hypothetical protein  37.62 
 
 		 243 aa  105  7e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00140413  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2757  SURF1 family protein  32.74 
 
 		 243 aa  105  1e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.65912  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2897  SURF1 family protein  32.29 
 
 		 347 aa  103  2e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1465  Surfeit locus 1  29.77 
 
 		 228 aa  101  1e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0476  hypothetical protein  28.21 
 
 		 242 aa  100  2e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0332  SURF1 family protein  34.05 
 
 		 238 aa  100  2e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.847542  normal  0.0106962 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0041  hypothetical protein  28.82 
 
 		 255 aa  100  2e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0886197  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2227  Surfeit locus 1  31.39 
 
 		 347 aa  100  3e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2840  surfeit locus 1  31.39 
 
 		 237 aa  100  3e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.415708  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04008  transmembrane cytochrome oxidase complex biogenesis factor  32.68 
 
 		 234 aa  99.4  5e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2851  hypothetical protein  30.94 
 
 		 237 aa  97.8  1e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0863874  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0067  hypothetical protein  34.91 
 
 		 249 aa  97.1  2e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3005  surfeit locus 1  29.82 
 
 		 245 aa  96.7  3e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.394184  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6170  hypothetical protein  30.94 
 
 		 237 aa  95.5  7e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0369  putative transmembrane cytochrome oxidase complex biogenesis factor transmembrane protein  32.49 
 
 		 256 aa  94.7  1e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0452  hypothetical protein  27.78 
 
 		 242 aa  94.7  1e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0463  SURF1 family protein  30.04 
 
 		 236 aa  94.7  1e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.295448  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1686  hypothetical protein  33.33 
 
 		 223 aa  92.4  5e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.954659  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04025  hypothetical protein  35 
 
 		 239 aa  91.3  1e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1681  putative transmembrane cytochrome oxidase  34.07 
 
 		 257 aa  90.9  2e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0298  hypothetical protein  30.93 
 
 		 255 aa  89.4  5e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.92247 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0283  hypothetical protein  28.81 
 
 		 255 aa  89.4  5e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0244  putative transmembrane cytochrome oxidase complex biogenesis factor transmembrane protein  32.14 
 
 		 256 aa  89  6e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.581984  normal  0.0169307 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3825  hypothetical protein  31.91 
 
 		 251 aa  89  7e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.443917 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3488  hypothetical protein  33.19 
 
 		 234 aa  88.6  9e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.115217 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0225  putative transmembrane cytochrome oxidase complex biogenesis factor transmembrane protein  32.1 
 
 		 256 aa  87  2e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.566785 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0679  SURF1 family protein  29.77 
 
 		 342 aa  86.3  4e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.318515  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0320  putative transmembrane cytochrome oxidase  32.73 
 
 		 251 aa  85.9  5e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4165  hypothetical protein  29.41 
 
 		 238 aa  85.5  7e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.99645 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0163  hypothetical protein  29.44 
 
 		 237 aa  85.5  7e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1429  hypothetical protein  29.44 
 
 		 237 aa  85.5  7e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0496  surf1 family protein  29.44 
 
 		 237 aa  85.5  7e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2856  hypothetical protein  29.44 
 
 		 237 aa  85.5  7e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0514  surf1 family protein  29.44 
 
 		 237 aa  85.1  9e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4385  putative transmembrane cytochrome oxidase  31.42 
 
 		 244 aa  82.8  0.000000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1251  putative transmembrane cytochrome oxidase  31.98 
 
 		 246 aa  82.4  0.000000000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.781859  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0189  SURF1 family protein  26.94 
 
 		 213 aa  81.6  0.00000000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0884  putative transmembrane cytochrome oxidase  29 
 
 		 248 aa  80.9  0.00000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0960911  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3176  hypothetical protein  33.96 
 
 		 295 aa  80.9  0.00000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.118302  normal  0.813724 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0432  hypothetical protein  28.5 
 
 		 237 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0551  hypothetical protein  29.6 
 
 		 238 aa  77.8  0.0000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.139431  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2713  transmembrane cytochrome oxidase complex biogenesis factor  26.34 
 
 		 249 aa  77  0.0000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.183017 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0675  Surfeit locus 1 family protein  31.69 
 
 		 246 aa  77.4  0.0000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.529756 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4316  hypothetical protein  29 
 
 		 254 aa  76.6  0.0000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4117  hypothetical protein  28.57 
 
 		 254 aa  76.6  0.0000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4185  hypothetical protein  29 
 
 		 254 aa  76.3  0.0000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3530  putative transmembrane cytochrome oxidase  29.49 
 
 		 258 aa  75.9  0.0000000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.163991  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0150  hypothetical protein  29 
 
 		 254 aa  75.9  0.0000000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2853  putative transmembrane cytochrome oxidase  28.02 
 
 		 258 aa  75.1  0.0000000000009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.283903  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0173  hypothetical protein  27.57 
 
 		 231 aa  74.3  0.000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4071  hypothetical protein  27.95 
 
 		 245 aa  75.1  0.000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21810  hypothetical protein  30.13 
 
 		 314 aa  75.1  0.000000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0232  hypothetical protein  25.21 
 
 		 272 aa  74.3  0.000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0982408  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3523  hypothetical protein  29.36 
 
 		 264 aa  73.6  0.000000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.766097 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1199  hypothetical protein  28.77 
 
 		 246 aa  72.8  0.000000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.310167  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3902  hypothetical protein  29.61 
 
 		 283 aa  72.4  0.000000000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.00331503  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3786  hypothetical protein  26.47 
 
 		 251 aa  72.4  0.000000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4241  hypothetical protein  27.54 
 
 		 246 aa  72  0.000000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.922626  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0148  hypothetical protein  34.78 
 
 		 256 aa  71.2  0.00000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.720241  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0193  hypothetical protein  27.78 
 
 		 252 aa  71.2  0.00000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1830  Surf1 protein  32.69 
 
 		 223 aa  70.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6212  SurF1 family protein  30.89 
 
 		 250 aa  71.2  0.00000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.493038  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0479  SURF1 protein  32.69 
 
 		 223 aa  70.5  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0267  hypothetical protein  29.68 
 
 		 272 aa  70.1  0.00000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.749428 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4850  Surfeit locus 1 family protein  31.11 
 
 		 233 aa  69.3  0.00000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.104247  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0619  hypothetical protein  33.96 
 
 		 223 aa  68.9  0.00000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1413  hypothetical protein  28.63 
 
 		 294 aa  67.8  0.0000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.517061  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1934  SURF1 family protein  29.81 
 
 		 240 aa  68.6  0.0000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3580  Surfeit locus 1 family protein  30.34 
 
 		 256 aa  66.6  0.0000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0588  Surfeit locus 1 family protein  27.47 
 
 		 264 aa  66.6  0.0000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0160113  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1385  hypothetical protein  32.16 
 
 		 311 aa  66.2  0.0000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.319953  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3452  Surfeit locus 1 family protein  29.91 
 
 		 256 aa  65.9  0.0000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.48157  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1639  SURF1 family protein  28.88 
 
 		 240 aa  65.1  0.0000000009  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.168422  normal  0.830928 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4611  hypothetical protein  29.91 
 
 		 281 aa  63.9  0.000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3256  Surfeit locus 1 family protein  29.49 
 
 		 256 aa  63.9  0.000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0933698 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0599  Surfeit locus 1  30.74 
 
 		 278 aa  63.9  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1869  hypothetical protein  27.42 
 
 		 290 aa  63.9  0.000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.10147 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0316  hypothetical protein  29.68 
 
 		 242 aa  64.3  0.000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.141438 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_55665  mitochondrial protein involved in respiration  35.51 
 
 		 359 aa  64.3  0.000000002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.585569  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0120  hypothetical protein  28.46 
 
 		 251 aa  64.3  0.000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0458  SurF1 family protein  29.29 
 
 		 253 aa  63.5  0.000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5350  hypothetical protein  33.33 
 
 		 324 aa  63.5  0.000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.905977  normal  0.275204 
 
 
-
 
NC_004310  BR0474  SurF1 family protein  31.7 
 
 		 249 aa  62.8  0.000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.901732  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3150  SURF1 family protein  30.23 
 
 		 224 aa  63.2  0.000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.806351 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0873  putative SURF1 family protein  25.21 
 
 		 292 aa  62.8  0.000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.509642  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0528  SurF1 family protein  28.87 
 
 		 253 aa  62.4  0.000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.73889  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1145  hypothetical protein  29.95 
 
 		 233 aa  62.4  0.000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0663  hypothetical protein  33.48 
 
 		 248 aa  62.4  0.000000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.0000288611  hitchhiker  0.0000023563 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2566  membrane spanning protein  26.97 
 
 		 304 aa  62.4  0.000000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0665826  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>