138 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc0369 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc0369  putative transmembrane cytochrome oxidase complex biogenesis factor transmembrane protein  100 
 
 		 256 aa  514  1.0000000000000001e-145  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0244  putative transmembrane cytochrome oxidase complex biogenesis factor transmembrane protein  81.82 
 
 		 256 aa  426  1e-118  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.581984  normal  0.0169307 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0225  putative transmembrane cytochrome oxidase complex biogenesis factor transmembrane protein  81.03 
 
 		 256 aa  422  1e-117  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.566785 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0320  putative transmembrane cytochrome oxidase  54.59 
 
 		 251 aa  238  8e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0267  hypothetical protein  53.33 
 
 		 272 aa  220  1.9999999999999999e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.749428 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2757  SURF1 family protein  45.85 
 
 		 243 aa  192  6e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.65912  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2897  SURF1 family protein  45.41 
 
 		 347 aa  191  1e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2840  surfeit locus 1  45.85 
 
 		 237 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.415708  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2227  Surfeit locus 1  45.85 
 
 		 347 aa  190  2e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0463  SURF1 family protein  44.98 
 
 		 236 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.295448  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2851  hypothetical protein  44.98 
 
 		 237 aa  189  4e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0863874  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6170  hypothetical protein  45.41 
 
 		 237 aa  185  5e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4165  hypothetical protein  45.54 
 
 		 238 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.99645 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0283  hypothetical protein  42.21 
 
 		 255 aa  182  3e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0551  hypothetical protein  45.75 
 
 		 238 aa  175  5e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.139431  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0163  hypothetical protein  42.8 
 
 		 237 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1429  hypothetical protein  42.8 
 
 		 237 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0496  surf1 family protein  42.8 
 
 		 237 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0514  surf1 family protein  42.8 
 
 		 237 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2856  hypothetical protein  42.8 
 
 		 237 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0679  SURF1 family protein  42.8 
 
 		 342 aa  171  1e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.318515  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0432  hypothetical protein  44.09 
 
 		 237 aa  167  1e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2853  putative transmembrane cytochrome oxidase  42.86 
 
 		 258 aa  166  4e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.283903  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3530  putative transmembrane cytochrome oxidase  42.46 
 
 		 258 aa  163  2.0000000000000002e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.163991  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0332  SURF1 family protein  42.08 
 
 		 238 aa  160  2e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.847542  normal  0.0106962 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0884  putative transmembrane cytochrome oxidase  39.75 
 
 		 248 aa  151  8.999999999999999e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0960911  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1251  putative transmembrane cytochrome oxidase  38.79 
 
 		 246 aa  147  2.0000000000000003e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.781859  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4385  putative transmembrane cytochrome oxidase  39.57 
 
 		 244 aa  144  9e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0189  SURF1 family protein  36.2 
 
 		 213 aa  140  1.9999999999999998e-32  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3176  hypothetical protein  40.51 
 
 		 295 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.118302  normal  0.813724 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1681  putative transmembrane cytochrome oxidase  37.65 
 
 		 257 aa  139  3.9999999999999997e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1686  hypothetical protein  38.33 
 
 		 223 aa  139  6e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.954659  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3902  hypothetical protein  40.25 
 
 		 283 aa  137  2e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.00331503  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1639  SURF1 family protein  35.34 
 
 		 240 aa  136  3.0000000000000003e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.168422  normal  0.830928 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1385  hypothetical protein  35.41 
 
 		 311 aa  136  4e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.319953  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1934  SURF1 family protein  33.76 
 
 		 240 aa  134  9.999999999999999e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3825  hypothetical protein  35.97 
 
 		 251 aa  127  1.0000000000000001e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.443917 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1465  Surfeit locus 1  32.88 
 
 		 228 aa  121  9.999999999999999e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0131  hypothetical protein  31.48 
 
 		 222 aa  97.1  2e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.254409  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4071  hypothetical protein  34.84 
 
 		 245 aa  90.9  2e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3042  hypothetical protein  25.93 
 
 		 243 aa  88.6  9e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00140413  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1199  hypothetical protein  35.25 
 
 		 246 aa  86.7  3e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.310167  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3005  surfeit locus 1  30.13 
 
 		 245 aa  83.2  0.000000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.394184  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0476  hypothetical protein  23.5 
 
 		 242 aa  82.4  0.000000000000007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0107  hypothetical protein  31.2 
 
 		 333 aa  79.3  0.00000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.481565 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0074  hypothetical protein  32.77 
 
 		 246 aa  79  0.00000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.332302  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0452  hypothetical protein  22.22 
 
 		 242 aa  78.6  0.0000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00970  surfeit locus 1-like protein  34.96 
 
 		 255 aa  77.8  0.0000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.90584  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0127  hypothetical protein  28.4 
 
 		 254 aa  77.4  0.0000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.894547 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0147  hypothetical protein  34.25 
 
 		 243 aa  75.9  0.0000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0124  hypothetical protein  28.63 
 
 		 253 aa  76.3  0.0000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0122  hypothetical protein  30.61 
 
 		 245 aa  75.5  0.0000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.907496  normal  0.0246667 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1161  hypothetical protein  31.85 
 
 		 303 aa  74.7  0.000000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.799724 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0232  hypothetical protein  27.34 
 
 		 272 aa  68.9  0.00000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0982408  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2404  hypothetical protein  29 
 
 		 247 aa  67.8  0.0000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0663  hypothetical protein  33.48 
 
 		 248 aa  67.8  0.0000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.0000288611  hitchhiker  0.0000023563 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3924  hypothetical protein  29.02 
 
 		 272 aa  67.8  0.0000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  decreased coverage  0.00286071  normal  0.0592694 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0185  hypothetical protein  33.63 
 
 		 243 aa  66.2  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3549  hypothetical protein  29.44 
 
 		 286 aa  65.5  0.0000000007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4665  hypothetical protein  28.46 
 
 		 256 aa  64.3  0.000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00140451 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01340  hypothetical protein  32.03 
 
 		 264 aa  62.4  0.000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.933077 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0067  hypothetical protein  29.61 
 
 		 249 aa  61.2  0.00000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3580  Surfeit locus 1 family protein  27 
 
 		 256 aa  61.2  0.00000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2280  hypothetical protein  28.38 
 
 		 303 aa  61.6  0.00000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.142793  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0298  hypothetical protein  28.64 
 
 		 255 aa  60.8  0.00000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.92247 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2907  hypothetical protein  38.1 
 
 		 319 aa  61.2  0.00000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.464449 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04025  hypothetical protein  32.2 
 
 		 239 aa  60.1  0.00000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3523  hypothetical protein  28.1 
 
 		 264 aa  60.1  0.00000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.766097 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21810  hypothetical protein  27.04 
 
 		 314 aa  60.1  0.00000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3452  Surfeit locus 1 family protein  28.57 
 
 		 256 aa  60.1  0.00000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.48157  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0041  hypothetical protein  23.68 
 
 		 255 aa  58.9  0.00000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0886197  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0120  hypothetical protein  26.87 
 
 		 251 aa  58.9  0.00000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4641  Surfeit locus 1 family protein  30.54 
 
 		 260 aa  58.2  0.0000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.136929  normal  0.114046 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3256  Surfeit locus 1 family protein  26.58 
 
 		 256 aa  58.5  0.0000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0933698 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1869  hypothetical protein  27.93 
 
 		 290 aa  58.5  0.0000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.10147 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2116  hypothetical protein  28.77 
 
 		 288 aa  56.6  0.0000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.309272  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0675  Surfeit locus 1 family protein  27.6 
 
 		 246 aa  57  0.0000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.529756 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4241  hypothetical protein  23.6 
 
 		 246 aa  56.2  0.0000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.922626  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04008  transmembrane cytochrome oxidase complex biogenesis factor  24.66 
 
 		 234 aa  55.8  0.0000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5350  hypothetical protein  29.05 
 
 		 324 aa  55.8  0.0000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.905977  normal  0.275204 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4117  hypothetical protein  24.69 
 
 		 254 aa  55.1  0.000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0474  SurF1 family protein  27.27 
 
 		 249 aa  54.3  0.000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.901732  n/a   
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4439  hypothetical protein  27.6 
 
 		 302 aa  54.3  0.000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0150  hypothetical protein  23.97 
 
 		 254 aa  53.9  0.000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4316  hypothetical protein  24.69 
 
 		 254 aa  53.9  0.000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1413  hypothetical protein  34.9 
 
 		 294 aa  53.9  0.000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.517061  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3488  hypothetical protein  28.57 
 
 		 234 aa  53.9  0.000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.115217 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0619  hypothetical protein  27.39 
 
 		 223 aa  53.9  0.000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4185  hypothetical protein  25.2 
 
 		 254 aa  53.5  0.000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06268  hypothetical protein  23.74 
 
 		 255 aa  53.9  0.000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3786  hypothetical protein  26 
 
 		 251 aa  52.8  0.000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0479  SurF1 family protein  27.67 
 
 		 249 aa  52.8  0.000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.436956  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13470  hypothetical protein  26.41 
 
 		 272 aa  52  0.000008  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.636015  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0148  hypothetical protein  28.88 
 
 		 256 aa  51.6  0.00001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.720241  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0747  Surfeit locus 1  26.05 
 
 		 250 aa  51.6  0.00001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00346081  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1683  hypothetical protein  30.35 
 
 		 301 aa  51.6  0.00001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0723  Surfeit locus 1 family protein  26.69 
 
 		 247 aa  52  0.00001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0931291 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1830  Surf1 protein  27.31 
 
 		 223 aa  50.8  0.00002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2269  Surfeit locus 1 family protein  31.91 
 
 		 269 aa  51.2  0.00002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2779  Surfeit locus 1 family protein  31.91 
 
 		 269 aa  51.2  0.00002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.764047 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>