134 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_6212 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_6212  SurF1 family protein  100 
 
 		 250 aa  514  1.0000000000000001e-145  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.493038  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7139  Surfeit locus 1 family protein  57.55 
 
 		 263 aa  266  2.9999999999999995e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.503615  normal  0.656684 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1504  Surfeit locus 1  57.28 
 
 		 233 aa  256  2e-67  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.323689  normal  0.555394 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4850  Surfeit locus 1 family protein  53.1 
 
 		 233 aa  251  8.000000000000001e-66  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.104247  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4368  Surfeit locus 1 family protein  58.21 
 
 		 251 aa  248  6e-65  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0458  SurF1 family protein  54.82 
 
 		 253 aa  246  2e-64  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0528  SurF1 family protein  55.71 
 
 		 253 aa  246  3e-64  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.73889  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1735  Surfeit locus 1 family protein  57.85 
 
 		 261 aa  246  3e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3555  Surfeit locus 1 family protein  57.55 
 
 		 252 aa  244  9e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.270006  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5989  Surfeit locus 1 family protein  60.77 
 
 		 250 aa  239  2e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2034  putative SURF1 family protein  57.67 
 
 		 281 aa  231  6e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0599  Surfeit locus 1  54.11 
 
 		 278 aa  231  1e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0238  Surfeit protein  53.55 
 
 		 278 aa  221  8e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4333  Surfeit locus 1 family protein  49.76 
 
 		 244 aa  220  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.994849  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4702  Surfeit locus 1 family protein  50.49 
 
 		 229 aa  219  3e-56  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.134361  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4774  Surfeit locus 1 family protein  51.87 
 
 		 287 aa  205  7e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4050  Surfeit locus 1 family protein  50.92 
 
 		 285 aa  202  5e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.548136  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5731  Surfeit locus 1 family protein  54.55 
 
 		 231 aa  198  6e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.440846  normal  0.0198979 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4641  Surfeit locus 1 family protein  45 
 
 		 260 aa  198  7.999999999999999e-50  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.136929  normal  0.114046 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3452  Surfeit locus 1 family protein  46.01 
 
 		 256 aa  196  3e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.48157  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0076  SurF1 family protein  41.6 
 
 		 268 aa  196  4.0000000000000005e-49  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.219165  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5104  Surfeit locus 1 family protein  50.23 
 
 		 230 aa  193  2e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.009439  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2779  Surfeit locus 1 family protein  45.26 
 
 		 269 aa  189  2.9999999999999997e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.764047 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2269  Surfeit locus 1 family protein  45.26 
 
 		 269 aa  189  4e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3580  Surfeit locus 1 family protein  44.69 
 
 		 256 aa  188  5.999999999999999e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3256  Surfeit locus 1 family protein  43.81 
 
 		 256 aa  186  3e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0933698 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2219  Surfeit locus 1 family protein  44.88 
 
 		 282 aa  182  4.0000000000000006e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.127472  normal  0.185361 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4061  Surfeit locus 1 family protein  46.4 
 
 		 237 aa  181  1e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0914927  normal  0.293936 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0588  Surfeit locus 1 family protein  43.1 
 
 		 264 aa  175  6e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0160113  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0267  Surfeit locus 1 family protein  38.79 
 
 		 253 aa  171  1e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2342  Surfeit locus 1 family protein  41.1 
 
 		 253 aa  166  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.667411 
 
 
-
 
NC_004310  BR0474  SurF1 family protein  38.74 
 
 		 249 aa  164  1.0000000000000001e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.901732  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0479  SurF1 family protein  38.34 
 
 		 249 aa  164  1.0000000000000001e-39  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.436956  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0747  Surfeit locus 1  37.87 
 
 		 250 aa  162  7e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00346081  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0650  Surfeit locus 1 family protein  40.54 
 
 		 250 aa  160  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.767888  normal  0.0835238 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0526  Surfeit locus 1 family protein  40.57 
 
 		 247 aa  159  3e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0259384  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0610  Surfeit locus 1 family protein  39.18 
 
 		 244 aa  156  3e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.613322  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1048  cytochrome oxidase complex biogenesis factor transmembrane protein  38.89 
 
 		 241 aa  153  2e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.520132  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0026  Surfeit locus 1 family protein  39.46 
 
 		 254 aa  152  4e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.13352  normal  0.706144 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1250  Surfeit locus 1 family protein  39.55 
 
 		 247 aa  147  1.0000000000000001e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2288  Surfeit locus 1  36.77 
 
 		 243 aa  145  6e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0723  Surfeit locus 1 family protein  37.18 
 
 		 247 aa  145  6e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0931291 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0675  Surfeit locus 1 family protein  35.65 
 
 		 246 aa  142  4e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.529756 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4581  surfeit protein  32.14 
 
 		 259 aa  132  6.999999999999999e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3456  Surfeit locus 1  32.64 
 
 		 249 aa  130  2.0000000000000002e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0768  surfeit locus 1  31.38 
 
 		 250 aa  129  4.0000000000000003e-29  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.211943  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4794  Surfeit locus 1  32.24 
 
 		 259 aa  125  8.000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0821  putative surfeit 1  32.14 
 
 		 268 aa  122  6e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.314622 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0906  Surfeit locus 1 family protein  31.65 
 
 		 267 aa  116  3e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.496773  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1145  hypothetical protein  31.49 
 
 		 233 aa  115  8.999999999999998e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0835  putative surfeit 1 protein  30.84 
 
 		 251 aa  114  1.0000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0619  hypothetical protein  31.74 
 
 		 223 aa  102  4e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04753  COX1 assembly protein Shy1, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G06340)  29.87 
 
 		 324 aa  102  7e-21  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4316  SURF1 protein  29.91 
 
 		 223 aa  99.8  4e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.113316  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1830  Surf1 protein  30.22 
 
 		 223 aa  99.4  5e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0479  SURF1 protein  30.22 
 
 		 223 aa  99  7e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3150  SURF1 family protein  30.3 
 
 		 224 aa  93.6  3e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.806351 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2331  SURF1 family protein  27.4 
 
 		 220 aa  91.7  1e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.486362  normal  1 
 
 
-
 
NC_006694  CNI00150  mitochondrial protein required for respiration, putative  27.07 
 
 		 335 aa  82  0.000000000000007  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.303199  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4071  hypothetical protein  27.64 
 
 		 245 aa  77.8  0.0000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0148  hypothetical protein  33.72 
 
 		 256 aa  75.1  0.000000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.720241  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1199  hypothetical protein  27.56 
 
 		 246 aa  74.7  0.000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.310167  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3005  surfeit locus 1  27.6 
 
 		 245 aa  67.8  0.0000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.394184  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1081  SURF1 family protein  25.81 
 
 		 210 aa  64.3  0.000000002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.5204  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0869  hypothetical protein  22.94 
 
 		 208 aa  63.2  0.000000004  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_55665  mitochondrial protein involved in respiration  24.31 
 
 		 359 aa  63.2  0.000000004  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.585569  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1251  putative transmembrane cytochrome oxidase  28.31 
 
 		 246 aa  61.6  0.00000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.781859  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5350  hypothetical protein  25.53 
 
 		 324 aa  61.2  0.00000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.905977  normal  0.275204 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2163  hypothetical protein  23.02 
 
 		 238 aa  61.2  0.00000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4499  SurF1 family protein  28 
 
 		 229 aa  59.3  0.00000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.204379  normal  0.335507 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0828  hypothetical protein  28.74 
 
 		 265 aa  59.7  0.00000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.315818 
 
 
-
 
NC_002978  WD1248  hypothetical protein  26.22 
 
 		 205 aa  59.3  0.00000006  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3523  hypothetical protein  31.91 
 
 		 264 aa  58.5  0.00000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.766097 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0147  hypothetical protein  29.91 
 
 		 243 aa  58.5  0.00000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1869  hypothetical protein  26.52 
 
 		 290 aa  57.8  0.0000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.10147 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0476  hypothetical protein  26.47 
 
 		 242 aa  57  0.0000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0320  putative transmembrane cytochrome oxidase  28.07 
 
 		 251 aa  56.6  0.0000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0163  hypothetical protein  29.93 
 
 		 237 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1429  hypothetical protein  29.93 
 
 		 237 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0496  surf1 family protein  29.93 
 
 		 237 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2856  hypothetical protein  29.93 
 
 		 237 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0514  surf1 family protein  29.93 
 
 		 237 aa  56.2  0.0000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0679  SURF1 family protein  29.93 
 
 		 342 aa  55.5  0.0000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.318515  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0131  hypothetical protein  27.23 
 
 		 222 aa  55.5  0.0000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.254409  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0432  hypothetical protein  30.66 
 
 		 237 aa  55.5  0.0000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2566  membrane spanning protein  27.05 
 
 		 304 aa  55.1  0.0000009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0665826  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3902  hypothetical protein  26.56 
 
 		 283 aa  55.5  0.0000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.00331503  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0884  putative transmembrane cytochrome oxidase  28.93 
 
 		 248 aa  54.7  0.000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0960911  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1465  Surfeit locus 1  25.11 
 
 		 228 aa  53.9  0.000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0332  SURF1 family protein  26.25 
 
 		 238 aa  54.3  0.000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.847542  normal  0.0106962 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2757  SURF1 family protein  25.64 
 
 		 243 aa  54.3  0.000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.65912  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0452  hypothetical protein  25.63 
 
 		 242 aa  53.5  0.000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4165  hypothetical protein  27.24 
 
 		 238 aa  53.1  0.000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.99645 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1413  hypothetical protein  25 
 
 		 294 aa  52.8  0.000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.517061  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3825  hypothetical protein  25.11 
 
 		 251 aa  52  0.000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.443917 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21810  hypothetical protein  27.2 
 
 		 314 aa  51.6  0.00001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4665  hypothetical protein  26.52 
 
 		 256 aa  51.2  0.00001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00140451 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2897  SURF1 family protein  26.38 
 
 		 347 aa  52  0.00001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2840  surfeit locus 1  24.55 
 
 		 237 aa  51.2  0.00001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.415708  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0463  SURF1 family protein  25.75 
 
 		 236 aa  50.4  0.00002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.295448  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>