156 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_5104 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008688  Pden_5104  Surfeit locus 1 family protein  100 
 
 		 230 aa  445  1.0000000000000001e-124  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.009439  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4333  Surfeit locus 1 family protein  59.46 
 
 		 244 aa  230  1e-59  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.994849  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4850  Surfeit locus 1 family protein  56.33 
 
 		 233 aa  229  3e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.104247  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1504  Surfeit locus 1  59.52 
 
 		 233 aa  228  6e-59  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.323689  normal  0.555394 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3555  Surfeit locus 1 family protein  56 
 
 		 252 aa  228  8e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.270006  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0528  SurF1 family protein  55.71 
 
 		 253 aa  226  2e-58  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.73889  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0458  SurF1 family protein  55.24 
 
 		 253 aa  224  7e-58  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4702  Surfeit locus 1 family protein  59.26 
 
 		 229 aa  221  6e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.134361  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1735  Surfeit locus 1 family protein  56.65 
 
 		 261 aa  219  3e-56  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0599  Surfeit locus 1  55.14 
 
 		 278 aa  216  2e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6212  SurF1 family protein  48.33 
 
 		 250 aa  215  4e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.493038  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0238  Surfeit protein  54.84 
 
 		 278 aa  209  2e-53  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7139  Surfeit locus 1 family protein  52.88 
 
 		 263 aa  210  2e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.503615  normal  0.656684 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2034  putative SURF1 family protein  58.72 
 
 		 281 aa  204  1e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4368  Surfeit locus 1 family protein  54.46 
 
 		 251 aa  203  2e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4774  Surfeit locus 1 family protein  56.94 
 
 		 287 aa  199  3e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5989  Surfeit locus 1 family protein  55.96 
 
 		 250 aa  191  6e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5731  Surfeit locus 1 family protein  61.03 
 
 		 231 aa  190  1e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.440846  normal  0.0198979 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2269  Surfeit locus 1 family protein  52 
 
 		 269 aa  184  9e-46  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2779  Surfeit locus 1 family protein  51.11 
 
 		 269 aa  184  1.0000000000000001e-45  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.764047 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4050  Surfeit locus 1 family protein  51.83 
 
 		 285 aa  184  1.0000000000000001e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.548136  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4061  Surfeit locus 1 family protein  51.98 
 
 		 237 aa  183  2.0000000000000003e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0914927  normal  0.293936 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0076  SurF1 family protein  43.52 
 
 		 268 aa  176  4e-43  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.219165  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2219  Surfeit locus 1 family protein  47.72 
 
 		 282 aa  167  2e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.127472  normal  0.185361 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2288  Surfeit locus 1  44.05 
 
 		 243 aa  164  1.0000000000000001e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4641  Surfeit locus 1 family protein  43.04 
 
 		 260 aa  144  2e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.136929  normal  0.114046 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1250  Surfeit locus 1 family protein  45 
 
 		 247 aa  142  3e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3580  Surfeit locus 1 family protein  41.28 
 
 		 256 aa  141  6e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0723  Surfeit locus 1 family protein  39.66 
 
 		 247 aa  140  9.999999999999999e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0931291 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3452  Surfeit locus 1 family protein  42.4 
 
 		 256 aa  139  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.48157  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0267  Surfeit locus 1 family protein  40.44 
 
 		 253 aa  136  2e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0479  SurF1 family protein  40 
 
 		 249 aa  136  2e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.436956  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0675  Surfeit locus 1 family protein  41.01 
 
 		 246 aa  137  2e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.529756 
 
 
-
 
NC_004310  BR0474  SurF1 family protein  40 
 
 		 249 aa  135  5e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.901732  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3256  Surfeit locus 1 family protein  40.37 
 
 		 256 aa  134  8e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0933698 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0588  Surfeit locus 1 family protein  41.01 
 
 		 264 aa  132  3.9999999999999996e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0160113  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0747  Surfeit locus 1  38.43 
 
 		 250 aa  129  3e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00346081  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0026  Surfeit locus 1 family protein  43.2 
 
 		 254 aa  129  3e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.13352  normal  0.706144 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2342  Surfeit locus 1 family protein  39.45 
 
 		 253 aa  122  5e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.667411 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4581  surfeit protein  36.97 
 
 		 259 aa  117  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4794  Surfeit locus 1  38.4 
 
 		 259 aa  117  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3456  Surfeit locus 1  36.57 
 
 		 249 aa  117  9.999999999999999e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0906  Surfeit locus 1 family protein  37.07 
 
 		 267 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.496773  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04753  COX1 assembly protein Shy1, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G06340)  36.2 
 
 		 324 aa  116  3e-25  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0821  putative surfeit 1  38.64 
 
 		 268 aa  115  6e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.314622 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0835  putative surfeit 1 protein  35.06 
 
 		 251 aa  114  8.999999999999998e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0610  Surfeit locus 1 family protein  38.11 
 
 		 244 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.613322  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1830  Surf1 protein  38.2 
 
 		 223 aa  113  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0479  SURF1 protein  38.2 
 
 		 223 aa  113  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0619  hypothetical protein  38.63 
 
 		 223 aa  113  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0650  Surfeit locus 1 family protein  36.82 
 
 		 250 aa  112  4.0000000000000004e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.767888  normal  0.0835238 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1048  cytochrome oxidase complex biogenesis factor transmembrane protein  36 
 
 		 241 aa  111  9e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.520132  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0526  Surfeit locus 1 family protein  36.74 
 
 		 247 aa  111  1.0000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0259384  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0768  surfeit locus 1  35.19 
 
 		 250 aa  110  2.0000000000000002e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.211943  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3150  SURF1 family protein  32.47 
 
 		 224 aa  97.4  2e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.806351 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4316  SURF1 protein  32.86 
 
 		 223 aa  94.7  1e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.113316  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1145  hypothetical protein  33.91 
 
 		 233 aa  94  2e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006694  CNI00150  mitochondrial protein required for respiration, putative  30.98 
 
 		 335 aa  89  6e-17  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.303199  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2331  SURF1 family protein  31.19 
 
 		 220 aa  83.6  0.000000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.486362  normal  1 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_55665  mitochondrial protein involved in respiration  25.59 
 
 		 359 aa  77.8  0.0000000000001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.585569  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0148  hypothetical protein  39.26 
 
 		 256 aa  77  0.0000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.720241  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0869  hypothetical protein  27.59 
 
 		 208 aa  77.4  0.0000000000002  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2163  hypothetical protein  30.21 
 
 		 238 aa  75.1  0.0000000000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1199  hypothetical protein  28.75 
 
 		 246 aa  72  0.000000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.310167  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4071  hypothetical protein  30 
 
 		 245 aa  69.3  0.00000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2280  hypothetical protein  31.16 
 
 		 303 aa  68.2  0.00000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.142793  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3523  hypothetical protein  36.57 
 
 		 264 aa  67.8  0.0000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.766097 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2227  SURF1 family protein  32.06 
 
 		 237 aa  68.2  0.0000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.752396  normal  0.0142027 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4165  hypothetical protein  31.43 
 
 		 238 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.99645 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1081  SURF1 family protein  25.35 
 
 		 210 aa  66.6  0.0000000003  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.5204  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3005  surfeit locus 1  29.55 
 
 		 245 aa  63.9  0.000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.394184  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06910  hypothetical protein  36.61 
 
 		 301 aa  63.5  0.000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.0836319 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3176  hypothetical protein  33.06 
 
 		 295 aa  62.8  0.000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.118302  normal  0.813724 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1251  putative transmembrane cytochrome oxidase  31.48 
 
 		 246 aa  61.2  0.00000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.781859  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0267  hypothetical protein  38.24 
 
 		 272 aa  61.2  0.00000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.749428 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0150  hypothetical protein  30.04 
 
 		 254 aa  60.8  0.00000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9301  hypothetical protein  36.43 
 
 		 271 aa  60.5  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.656489  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1413  hypothetical protein  32.4 
 
 		 294 aa  60.5  0.00000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.517061  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21810  hypothetical protein  31.43 
 
 		 314 aa  60.5  0.00000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2714  putative transmembrane protein  28.93 
 
 		 294 aa  60.5  0.00000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12264  transmembrane protein  29.41 
 
 		 271 aa  60.5  0.00000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4185  hypothetical protein  29.6 
 
 		 254 aa  60.5  0.00000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3825  hypothetical protein  30.64 
 
 		 251 aa  60.1  0.00000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.443917 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2116  hypothetical protein  29.74 
 
 		 288 aa  60.1  0.00000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.309272  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4316  hypothetical protein  29.73 
 
 		 254 aa  59.3  0.00000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4117  hypothetical protein  29.6 
 
 		 254 aa  58.9  0.00000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0828  hypothetical protein  29.86 
 
 		 265 aa  57  0.0000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.315818 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0551  hypothetical protein  30.36 
 
 		 238 aa  56.6  0.0000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.139431  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2853  putative transmembrane cytochrome oxidase  28.76 
 
 		 258 aa  55.5  0.0000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.283903  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3530  putative transmembrane cytochrome oxidase  28.57 
 
 		 258 aa  55.1  0.0000009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.163991  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0514  surf1 family protein  31.02 
 
 		 237 aa  55.1  0.0000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0873  putative SURF1 family protein  31.14 
 
 		 292 aa  54.7  0.000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.509642  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0679  SURF1 family protein  31.02 
 
 		 342 aa  54.7  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.318515  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0432  hypothetical protein  32.62 
 
 		 237 aa  54.7  0.000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1869  hypothetical protein  28.64 
 
 		 290 aa  54.7  0.000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.10147 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0163  hypothetical protein  31.02 
 
 		 237 aa  55.1  0.000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1429  hypothetical protein  31.02 
 
 		 237 aa  55.1  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0496  surf1 family protein  31.02 
 
 		 237 aa  55.1  0.000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2856  hypothetical protein  31.02 
 
 		 237 aa  55.1  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3786  hypothetical protein  28.38 
 
 		 251 aa  55.1  0.000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>