102 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_3456 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_3456  Surfeit locus 1  100 
 
 		 249 aa  504  9.999999999999999e-143  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0768  surfeit locus 1  77.46 
 
 		 250 aa  389  1e-107  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.211943  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4581  surfeit protein  66.67 
 
 		 259 aa  333  2e-90  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4794  Surfeit locus 1  65.84 
 
 		 259 aa  324  7e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0906  Surfeit locus 1 family protein  63.07 
 
 		 267 aa  313  9.999999999999999e-85  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.496773  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0835  putative surfeit 1 protein  65.83 
 
 		 251 aa  311  5.999999999999999e-84  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0821  putative surfeit 1  66.53 
 
 		 268 aa  306  2.0000000000000002e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.314622 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3452  Surfeit locus 1 family protein  38.2 
 
 		 256 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.48157  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3580  Surfeit locus 1 family protein  35.65 
 
 		 256 aa  131  9e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0599  Surfeit locus 1  36.51 
 
 		 278 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6212  SurF1 family protein  32.64 
 
 		 250 aa  130  2.0000000000000002e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.493038  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3256  Surfeit locus 1 family protein  35.22 
 
 		 256 aa  128  8.000000000000001e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0933698 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0723  Surfeit locus 1 family protein  39.08 
 
 		 247 aa  126  3e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0931291 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0267  Surfeit locus 1 family protein  34.31 
 
 		 253 aa  126  3e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3555  Surfeit locus 1 family protein  33.2 
 
 		 252 aa  126  4.0000000000000003e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.270006  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0458  SurF1 family protein  33.76 
 
 		 253 aa  122  4e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7139  Surfeit locus 1 family protein  32.73 
 
 		 263 aa  122  4e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.503615  normal  0.656684 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4368  Surfeit locus 1 family protein  33.18 
 
 		 251 aa  122  5e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0528  SurF1 family protein  33.76 
 
 		 253 aa  122  6e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.73889  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1250  Surfeit locus 1 family protein  39.82 
 
 		 247 aa  122  6e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0238  Surfeit protein  36.1 
 
 		 278 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2342  Surfeit locus 1 family protein  33.76 
 
 		 253 aa  116  3e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.667411 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0026  Surfeit locus 1 family protein  35.32 
 
 		 254 aa  115  6e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.13352  normal  0.706144 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0675  Surfeit locus 1 family protein  32.05 
 
 		 246 aa  114  1.0000000000000001e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.529756 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5989  Surfeit locus 1 family protein  35.47 
 
 		 250 aa  112  4.0000000000000004e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4641  Surfeit locus 1 family protein  33.73 
 
 		 260 aa  111  1.0000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.136929  normal  0.114046 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0076  SurF1 family protein  29.91 
 
 		 268 aa  110  3e-23  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.219165  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2779  Surfeit locus 1 family protein  31.67 
 
 		 269 aa  108  1e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.764047 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2269  Surfeit locus 1 family protein  31.67 
 
 		 269 aa  108  1e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1735  Surfeit locus 1 family protein  34.36 
 
 		 261 aa  106  4e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4850  Surfeit locus 1 family protein  33.33 
 
 		 233 aa  106  4e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.104247  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0610  Surfeit locus 1 family protein  30.77 
 
 		 244 aa  103  3e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.613322  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1504  Surfeit locus 1  30.56 
 
 		 233 aa  103  4e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.323689  normal  0.555394 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4061  Surfeit locus 1 family protein  34.65 
 
 		 237 aa  101  1e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0914927  normal  0.293936 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0650  Surfeit locus 1 family protein  29.86 
 
 		 250 aa  100  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.767888  normal  0.0835238 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4333  Surfeit locus 1 family protein  31.19 
 
 		 244 aa  100  3e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.994849  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5104  Surfeit locus 1 family protein  35.98 
 
 		 230 aa  99.8  4e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.009439  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4702  Surfeit locus 1 family protein  31.48 
 
 		 229 aa  99.8  4e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.134361  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0747  Surfeit locus 1  30.13 
 
 		 250 aa  97.1  2e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00346081  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4774  Surfeit locus 1 family protein  30.81 
 
 		 287 aa  97.4  2e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0526  Surfeit locus 1 family protein  32.14 
 
 		 247 aa  95.9  5e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0259384  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4050  Surfeit locus 1 family protein  34.51 
 
 		 285 aa  95.9  5e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.548136  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2331  SURF1 family protein  33.62 
 
 		 220 aa  95.1  1e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.486362  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0588  Surfeit locus 1 family protein  30.28 
 
 		 264 aa  94  2e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0160113  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0474  SurF1 family protein  31.05 
 
 		 249 aa  93.2  3e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.901732  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2034  putative SURF1 family protein  32.44 
 
 		 281 aa  92.8  5e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0479  SurF1 family protein  30.65 
 
 		 249 aa  91.7  1e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.436956  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5731  Surfeit locus 1 family protein  32.69 
 
 		 231 aa  89  6e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.440846  normal  0.0198979 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0619  hypothetical protein  29.54 
 
 		 223 aa  87  2e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2219  Surfeit locus 1 family protein  31.58 
 
 		 282 aa  85.9  6e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.127472  normal  0.185361 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3150  SURF1 family protein  28.29 
 
 		 224 aa  85.1  9e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.806351 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1830  Surf1 protein  29.24 
 
 		 223 aa  82.8  0.000000000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1145  hypothetical protein  29.92 
 
 		 233 aa  82.4  0.000000000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0479  SURF1 protein  29.24 
 
 		 223 aa  82  0.000000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1048  cytochrome oxidase complex biogenesis factor transmembrane protein  30.52 
 
 		 241 aa  81.3  0.00000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.520132  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04753  COX1 assembly protein Shy1, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G06340)  31.08 
 
 		 324 aa  77.4  0.0000000000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4316  SURF1 protein  30.71 
 
 		 223 aa  77  0.0000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.113316  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2163  hypothetical protein  27.97 
 
 		 238 aa  73.6  0.000000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2288  Surfeit locus 1  26.41 
 
 		 243 aa  72.4  0.000000000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4071  hypothetical protein  27.76 
 
 		 245 aa  61.2  0.00000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006694  CNI00150  mitochondrial protein required for respiration, putative  26.77 
 
 		 335 aa  59.3  0.00000005  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.303199  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1081  SURF1 family protein  24.15 
 
 		 210 aa  58.9  0.00000008  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.5204  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0869  hypothetical protein  25.91 
 
 		 208 aa  57.4  0.0000002  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1199  hypothetical protein  27 
 
 		 246 aa  55.1  0.000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.310167  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4499  SurF1 family protein  27.16 
 
 		 229 aa  55.1  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.204379  normal  0.335507 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0148  hypothetical protein  28.85 
 
 		 256 aa  54.7  0.000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.720241  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0884  putative transmembrane cytochrome oxidase  27.69 
 
 		 248 aa  53.9  0.000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0960911  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0452  hypothetical protein  22.18 
 
 		 242 aa  53.5  0.000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1869  hypothetical protein  27.04 
 
 		 290 aa  53.1  0.000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.10147 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0120  hypothetical protein  27.52 
 
 		 251 aa  52.8  0.000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2116  hypothetical protein  28.81 
 
 		 288 aa  52.8  0.000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.309272  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0514  surf1 family protein  33.85 
 
 		 237 aa  52.8  0.000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3176  hypothetical protein  30.8 
 
 		 295 aa  52.4  0.000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.118302  normal  0.813724 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0679  SURF1 family protein  33.08 
 
 		 342 aa  50.8  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.318515  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0163  hypothetical protein  33.08 
 
 		 237 aa  50.8  0.00002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1429  hypothetical protein  33.08 
 
 		 237 aa  50.8  0.00002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0496  surf1 family protein  33.08 
 
 		 237 aa  50.8  0.00002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2856  hypothetical protein  33.08 
 
 		 237 aa  50.8  0.00002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5350  hypothetical protein  25.83 
 
 		 324 aa  51.2  0.00002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.905977  normal  0.275204 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1251  putative transmembrane cytochrome oxidase  27.87 
 
 		 246 aa  49.3  0.00006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.781859  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2280  hypothetical protein  25.85 
 
 		 303 aa  49.3  0.00006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.142793  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0432  hypothetical protein  31.54 
 
 		 237 aa  49.3  0.00007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3488  hypothetical protein  30.97 
 
 		 234 aa  48.5  0.00009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.115217 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2227  SURF1 family protein  27.97 
 
 		 237 aa  48.5  0.0001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.752396  normal  0.0142027 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3530  putative transmembrane cytochrome oxidase  27.06 
 
 		 258 aa  47  0.0003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.163991  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0193  hypothetical protein  25.6 
 
 		 252 aa  47  0.0003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0663  hypothetical protein  28.15 
 
 		 248 aa  46.6  0.0004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.0000288611  hitchhiker  0.0000023563 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0476  hypothetical protein  21.34 
 
 		 242 aa  46.2  0.0005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2853  putative transmembrane cytochrome oxidase  27.06 
 
 		 258 aa  46.2  0.0005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.283903  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4316  hypothetical protein  26.45 
 
 		 254 aa  45.8  0.0006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0283  hypothetical protein  25.3 
 
 		 255 aa  45.8  0.0006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0150  hypothetical protein  26.47 
 
 		 254 aa  45.4  0.0008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1465  Surfeit locus 1  26.67 
 
 		 228 aa  45.1  0.001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4185  hypothetical protein  26.05 
 
 		 254 aa  44.7  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4117  hypothetical protein  25.63 
 
 		 254 aa  44.7  0.002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21810  hypothetical protein  24.08 
 
 		 314 aa  44.3  0.002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0369  putative transmembrane cytochrome oxidase complex biogenesis factor transmembrane protein  26.29 
 
 		 256 aa  43.5  0.003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1399  SurF1 family protein  27.69 
 
 		 188 aa  43.5  0.003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0244  putative transmembrane cytochrome oxidase complex biogenesis factor transmembrane protein  26.81 
 
 		 256 aa  43.1  0.005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.581984  normal  0.0169307 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6170  hypothetical protein  30 
 
 		 237 aa  42.7  0.006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>