151 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4050 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_4050  Surfeit locus 1 family protein  100 
 
 		 285 aa  561  1.0000000000000001e-159  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.548136  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4850  Surfeit locus 1 family protein  64.66 
 
 		 233 aa  281  6.000000000000001e-75  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.104247  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1735  Surfeit locus 1 family protein  61.34 
 
 		 261 aa  270  2e-71  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0238  Surfeit protein  59.17 
 
 		 278 aa  268  1e-70  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2034  putative SURF1 family protein  64.07 
 
 		 281 aa  267  2e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0599  Surfeit locus 1  52.57 
 
 		 278 aa  262  4.999999999999999e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7139  Surfeit locus 1 family protein  58.3 
 
 		 263 aa  260  2e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.503615  normal  0.656684 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4774  Surfeit locus 1 family protein  59.15 
 
 		 287 aa  255  7e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4702  Surfeit locus 1 family protein  62.95 
 
 		 229 aa  254  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.134361  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4333  Surfeit locus 1 family protein  61.37 
 
 		 244 aa  254  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.994849  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4061  Surfeit locus 1 family protein  60.26 
 
 		 237 aa  253  3e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0914927  normal  0.293936 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4368  Surfeit locus 1 family protein  59.53 
 
 		 251 aa  244  1.9999999999999999e-63  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6212  SurF1 family protein  52.1 
 
 		 250 aa  240  2e-62  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.493038  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0528  SurF1 family protein  53.85 
 
 		 253 aa  238  6.999999999999999e-62  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.73889  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0458  SurF1 family protein  53.42 
 
 		 253 aa  236  3e-61  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1504  Surfeit locus 1  57.75 
 
 		 233 aa  235  8e-61  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.323689  normal  0.555394 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3555  Surfeit locus 1 family protein  49.8 
 
 		 252 aa  231  1e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.270006  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5731  Surfeit locus 1 family protein  64.53 
 
 		 231 aa  227  2e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.440846  normal  0.0198979 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2219  Surfeit locus 1 family protein  53.64 
 
 		 282 aa  227  2e-58  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.127472  normal  0.185361 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5989  Surfeit locus 1 family protein  60.1 
 
 		 250 aa  226  3e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2779  Surfeit locus 1 family protein  55.11 
 
 		 269 aa  217  2e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.764047 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2269  Surfeit locus 1 family protein  54.67 
 
 		 269 aa  214  9e-55  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0076  SurF1 family protein  39.77 
 
 		 268 aa  196  5.000000000000001e-49  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.219165  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5104  Surfeit locus 1 family protein  53.1 
 
 		 230 aa  194  2e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.009439  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3452  Surfeit locus 1 family protein  44.49 
 
 		 256 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.48157  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3580  Surfeit locus 1 family protein  43.1 
 
 		 256 aa  183  4.0000000000000006e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4641  Surfeit locus 1 family protein  45.45 
 
 		 260 aa  182  4.0000000000000006e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.136929  normal  0.114046 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3256  Surfeit locus 1 family protein  42.67 
 
 		 256 aa  179  4e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0933698 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0267  Surfeit locus 1 family protein  44.44 
 
 		 253 aa  179  7e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2342  Surfeit locus 1 family protein  44.77 
 
 		 253 aa  178  1e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.667411 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0026  Surfeit locus 1 family protein  44.5 
 
 		 254 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.13352  normal  0.706144 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2288  Surfeit locus 1  41.7 
 
 		 243 aa  162  5.0000000000000005e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0588  Surfeit locus 1 family protein  41.15 
 
 		 264 aa  161  1e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0160113  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0479  SurF1 family protein  41.32 
 
 		 249 aa  157  1e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.436956  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0474  SurF1 family protein  41.32 
 
 		 249 aa  156  3e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.901732  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0723  Surfeit locus 1 family protein  37.22 
 
 		 247 aa  147  2.0000000000000003e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0931291 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0675  Surfeit locus 1 family protein  38.72 
 
 		 246 aa  147  2.0000000000000003e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.529756 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1048  cytochrome oxidase complex biogenesis factor transmembrane protein  39.51 
 
 		 241 aa  142  9e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.520132  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0747  Surfeit locus 1  39.21 
 
 		 250 aa  140  1.9999999999999998e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00346081  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1250  Surfeit locus 1 family protein  42.73 
 
 		 247 aa  139  7e-32  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0610  Surfeit locus 1 family protein  37.77 
 
 		 244 aa  136  4e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.613322  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0650  Surfeit locus 1 family protein  37.73 
 
 		 250 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.767888  normal  0.0835238 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4794  Surfeit locus 1  36.33 
 
 		 259 aa  129  4.0000000000000003e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0526  Surfeit locus 1 family protein  38.54 
 
 		 247 aa  127  1.0000000000000001e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0259384  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3456  Surfeit locus 1  35.25 
 
 		 249 aa  119  4.9999999999999996e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0906  Surfeit locus 1 family protein  36.22 
 
 		 267 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.496773  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4581  surfeit protein  35.61 
 
 		 259 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0768  surfeit locus 1  32.64 
 
 		 250 aa  107  2e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.211943  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0821  putative surfeit 1  33.04 
 
 		 268 aa  105  6e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.314622 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04753  COX1 assembly protein Shy1, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G06340)  34.09 
 
 		 324 aa  103  3e-21  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0619  hypothetical protein  33.05 
 
 		 223 aa  99  7e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1830  Surf1 protein  33.47 
 
 		 223 aa  95.5  1e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0479  SURF1 protein  33.47 
 
 		 223 aa  95.1  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3150  SURF1 family protein  31.93 
 
 		 224 aa  91.3  2e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.806351 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1145  hypothetical protein  29.73 
 
 		 233 aa  89.4  6e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0835  putative surfeit 1 protein  28.57 
 
 		 251 aa  89.4  7e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2331  SURF1 family protein  31.25 
 
 		 220 aa  87.8  2e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.486362  normal  1 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_55665  mitochondrial protein involved in respiration  33.74 
 
 		 359 aa  74.3  0.000000000002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.585569  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1081  SURF1 family protein  23.98 
 
 		 210 aa  72.4  0.000000000008  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.5204  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4316  SURF1 protein  28.64 
 
 		 223 aa  72  0.00000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.113316  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD1248  hypothetical protein  26.91 
 
 		 205 aa  71.6  0.00000000002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0869  hypothetical protein  27.63 
 
 		 208 aa  70.5  0.00000000003  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4071  hypothetical protein  30.9 
 
 		 245 aa  69.3  0.00000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006694  CNI00150  mitochondrial protein required for respiration, putative  27.94 
 
 		 335 aa  68.9  0.00000000009  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.303199  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2163  hypothetical protein  26.81 
 
 		 238 aa  68.9  0.0000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0122  hypothetical protein  29.03 
 
 		 245 aa  68.2  0.0000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.907496  normal  0.0246667 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0873  putative SURF1 family protein  31.28 
 
 		 292 aa  68.2  0.0000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.509642  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06910  hypothetical protein  30.24 
 
 		 301 aa  67.4  0.0000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.0836319 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0267  hypothetical protein  32.24 
 
 		 272 aa  68.2  0.0000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.749428 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1199  hypothetical protein  32.63 
 
 		 246 aa  68.2  0.0000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.310167  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0320  putative transmembrane cytochrome oxidase  32.22 
 
 		 251 aa  67.4  0.0000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0148  hypothetical protein  36.57 
 
 		 256 aa  66.6  0.0000000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.720241  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2887  putative transmembrane protein  27.69 
 
 		 279 aa  66.6  0.0000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.13886  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12264  transmembrane protein  26.88 
 
 		 271 aa  65.9  0.0000000007  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0124  hypothetical protein  27.13 
 
 		 253 aa  65.9  0.0000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0107  hypothetical protein  27.53 
 
 		 333 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.481565 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0884  putative transmembrane cytochrome oxidase  32.05 
 
 		 248 aa  65.1  0.000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0960911  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3348  putative transmembrane protein  26.86 
 
 		 270 aa  64.3  0.000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.916577  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3410  putative transmembrane protein  26.86 
 
 		 270 aa  64.3  0.000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.673408  normal  0.54232 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3359  putative transmembrane protein  26.86 
 
 		 270 aa  64.3  0.000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.451355  normal  0.44953 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0679  SURF1 family protein  35.44 
 
 		 342 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.318515  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0476  hypothetical protein  22.12 
 
 		 242 aa  63.2  0.000000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0283  hypothetical protein  28.09 
 
 		 255 aa  63.2  0.000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0452  hypothetical protein  22.57 
 
 		 242 aa  62.8  0.000000006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0127  hypothetical protein  29.2 
 
 		 254 aa  62.8  0.000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.894547 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0551  hypothetical protein  30.49 
 
 		 238 aa  62  0.00000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.139431  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3005  surfeit locus 1  31.34 
 
 		 245 aa  60.8  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.394184  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2897  SURF1 family protein  28.1 
 
 		 347 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0163  hypothetical protein  35 
 
 		 237 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1429  hypothetical protein  35 
 
 		 237 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0496  surf1 family protein  35 
 
 		 237 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0514  surf1 family protein  35 
 
 		 237 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2856  hypothetical protein  35 
 
 		 237 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13470  hypothetical protein  28.31 
 
 		 272 aa  61.2  0.00000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.636015  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1869  hypothetical protein  29.54 
 
 		 290 aa  60.1  0.00000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.10147 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6170  hypothetical protein  28.44 
 
 		 237 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3623  putative transmembrane protein  26.98 
 
 		 280 aa  59.7  0.00000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.739735  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4385  putative transmembrane cytochrome oxidase  30.86 
 
 		 244 aa  59.7  0.00000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2757  SURF1 family protein  28.15 
 
 		 243 aa  59.7  0.00000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.65912  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2227  Surfeit locus 1  27.63 
 
 		 347 aa  58.9  0.00000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>