136 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_1048 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_1048  cytochrome oxidase complex biogenesis factor transmembrane protein  100 
 
 		 241 aa  488  1e-137  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.520132  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0650  Surfeit locus 1 family protein  63.03 
 
 		 250 aa  301  4.0000000000000003e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.767888  normal  0.0835238 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0610  Surfeit locus 1 family protein  62.45 
 
 		 244 aa  300  2e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.613322  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0474  SurF1 family protein  58.12 
 
 		 249 aa  272  4.0000000000000004e-72  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.901732  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0479  SurF1 family protein  57.69 
 
 		 249 aa  270  1e-71  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.436956  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0526  Surfeit locus 1 family protein  59.15 
 
 		 247 aa  266  2e-70  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0259384  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0747  Surfeit locus 1  54.05 
 
 		 250 aa  265  5e-70  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00346081  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0588  Surfeit locus 1 family protein  54.67 
 
 		 264 aa  259  3e-68  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0160113  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1735  Surfeit locus 1 family protein  42.37 
 
 		 261 aa  172  3.9999999999999995e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7139  Surfeit locus 1 family protein  42.33 
 
 		 263 aa  169  4e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.503615  normal  0.656684 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6212  SurF1 family protein  41.55 
 
 		 250 aa  165  5e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.493038  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3580  Surfeit locus 1 family protein  41.08 
 
 		 256 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3256  Surfeit locus 1 family protein  39.83 
 
 		 256 aa  159  5e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0933698 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3452  Surfeit locus 1 family protein  39.15 
 
 		 256 aa  157  1e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.48157  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2342  Surfeit locus 1 family protein  39.09 
 
 		 253 aa  155  7e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.667411 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5989  Surfeit locus 1 family protein  41.41 
 
 		 250 aa  155  8e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0267  Surfeit locus 1 family protein  38.02 
 
 		 253 aa  151  8.999999999999999e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4641  Surfeit locus 1 family protein  39.92 
 
 		 260 aa  150  1e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.136929  normal  0.114046 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3555  Surfeit locus 1 family protein  40.19 
 
 		 252 aa  148  7e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.270006  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2034  putative SURF1 family protein  39.55 
 
 		 281 aa  145  4.0000000000000006e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4368  Surfeit locus 1 family protein  40.43 
 
 		 251 aa  145  5e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4850  Surfeit locus 1 family protein  38.3 
 
 		 233 aa  143  2e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.104247  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0528  SurF1 family protein  37.38 
 
 		 253 aa  142  6e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.73889  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0458  SurF1 family protein  37.38 
 
 		 253 aa  142  6e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1504  Surfeit locus 1  37.5 
 
 		 233 aa  137  1e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.323689  normal  0.555394 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0599  Surfeit locus 1  38.39 
 
 		 278 aa  135  6.0000000000000005e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4702  Surfeit locus 1 family protein  37.75 
 
 		 229 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.134361  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4333  Surfeit locus 1 family protein  36.84 
 
 		 244 aa  130  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.994849  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0026  Surfeit locus 1 family protein  39.5 
 
 		 254 aa  129  6e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.13352  normal  0.706144 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0238  Surfeit protein  37.73 
 
 		 278 aa  128  7.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4774  Surfeit locus 1 family protein  38.21 
 
 		 287 aa  125  6e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0076  SurF1 family protein  32.92 
 
 		 268 aa  122  5e-27  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.219165  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0675  Surfeit locus 1 family protein  34.6 
 
 		 246 aa  121  9e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.529756 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5731  Surfeit locus 1 family protein  36.95 
 
 		 231 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.440846  normal  0.0198979 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4061  Surfeit locus 1 family protein  37.56 
 
 		 237 aa  118  7e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0914927  normal  0.293936 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0723  Surfeit locus 1 family protein  32.91 
 
 		 247 aa  114  1.0000000000000001e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0931291 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4050  Surfeit locus 1 family protein  37.75 
 
 		 285 aa  114  2.0000000000000002e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.548136  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2219  Surfeit locus 1 family protein  35.8 
 
 		 282 aa  112  5e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.127472  normal  0.185361 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5104  Surfeit locus 1 family protein  35.89 
 
 		 230 aa  109  4.0000000000000004e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.009439  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1250  Surfeit locus 1 family protein  37.1 
 
 		 247 aa  108  1e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2288  Surfeit locus 1  33.8 
 
 		 243 aa  106  4e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0619  hypothetical protein  30.13 
 
 		 223 aa  104  2e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2779  Surfeit locus 1 family protein  31.9 
 
 		 269 aa  103  4e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.764047 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2269  Surfeit locus 1 family protein  31.9 
 
 		 269 aa  102  4e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1830  Surf1 protein  29.78 
 
 		 223 aa  99.8  3e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0479  SURF1 protein  29.78 
 
 		 223 aa  99.4  5e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4581  surfeit protein  31.49 
 
 		 259 aa  98.2  9e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0906  Surfeit locus 1 family protein  30.99 
 
 		 267 aa  95.9  5e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.496773  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3150  SURF1 family protein  29.39 
 
 		 224 aa  95.5  7e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.806351 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0821  putative surfeit 1  32.61 
 
 		 268 aa  94  2e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.314622 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2331  SURF1 family protein  30.28 
 
 		 220 aa  93.6  2e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.486362  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3456  Surfeit locus 1  30.84 
 
 		 249 aa  91.3  1e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04753  COX1 assembly protein Shy1, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G06340)  30.09 
 
 		 324 aa  90.5  2e-17  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2163  hypothetical protein  30.86 
 
 		 238 aa  86.7  3e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4794  Surfeit locus 1  30.26 
 
 		 259 aa  86.3  4e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1081  SURF1 family protein  27.57 
 
 		 210 aa  85.9  5e-16  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.5204  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4316  SURF1 protein  28.26 
 
 		 223 aa  84.7  0.000000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.113316  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0768  surfeit locus 1  30.42 
 
 		 250 aa  84.3  0.000000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.211943  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1145  hypothetical protein  30.66 
 
 		 233 aa  82.8  0.000000000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0869  hypothetical protein  27.78 
 
 		 208 aa  81.3  0.00000000000001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006694  CNI00150  mitochondrial protein required for respiration, putative  26.67 
 
 		 335 aa  78.2  0.0000000000001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.303199  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4071  hypothetical protein  29.46 
 
 		 245 aa  72.8  0.000000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0835  putative surfeit 1 protein  28.28 
 
 		 251 aa  67.8  0.0000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1199  hypothetical protein  28.85 
 
 		 246 aa  64.3  0.000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.310167  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4165  hypothetical protein  27.42 
 
 		 238 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.99645 
 
 
-
 
NC_002978  WD1248  hypothetical protein  25.23 
 
 		 205 aa  62.8  0.000000005  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0067  hypothetical protein  26.41 
 
 		 249 aa  62.4  0.000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0189  SURF1 family protein  28.09 
 
 		 213 aa  62.4  0.000000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_55665  mitochondrial protein involved in respiration  30.81 
 
 		 359 aa  61.6  0.00000001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.585569  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2227  Surfeit locus 1  34.17 
 
 		 347 aa  58.9  0.00000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0283  hypothetical protein  27.24 
 
 		 255 aa  58.5  0.00000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2840  surfeit locus 1  29.73 
 
 		 237 aa  58.5  0.00000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.415708  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2757  SURF1 family protein  32.2 
 
 		 243 aa  58.5  0.00000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.65912  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4385  putative transmembrane cytochrome oxidase  31.11 
 
 		 244 aa  57.8  0.0000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6170  hypothetical protein  28.11 
 
 		 237 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0514  surf1 family protein  33.94 
 
 		 237 aa  57  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0463  SURF1 family protein  29.05 
 
 		 236 aa  57  0.0000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.295448  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4499  SurF1 family protein  28.88 
 
 		 229 aa  57  0.0000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.204379  normal  0.335507 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2851  hypothetical protein  31.65 
 
 		 237 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0863874  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0679  SURF1 family protein  34.71 
 
 		 342 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.318515  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2897  SURF1 family protein  29.93 
 
 		 347 aa  57  0.0000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3530  putative transmembrane cytochrome oxidase  25.2 
 
 		 258 aa  57  0.0000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.163991  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0163  hypothetical protein  33.94 
 
 		 237 aa  57  0.0000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0551  hypothetical protein  27.63 
 
 		 238 aa  57  0.0000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.139431  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1429  hypothetical protein  33.94 
 
 		 237 aa  57  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0496  surf1 family protein  33.94 
 
 		 237 aa  57  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2856  hypothetical protein  33.94 
 
 		 237 aa  57  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3176  hypothetical protein  28.03 
 
 		 295 aa  56.2  0.0000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.118302  normal  0.813724 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3882  hypothetical protein  26.07 
 
 		 210 aa  55.8  0.0000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2280  hypothetical protein  28.93 
 
 		 303 aa  55.5  0.0000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.142793  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0148  hypothetical protein  29.73 
 
 		 256 aa  55.1  0.000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.720241  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1934  SURF1 family protein  28.09 
 
 		 240 aa  54.7  0.000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0131  hypothetical protein  34.69 
 
 		 222 aa  53.1  0.000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.254409  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0432  hypothetical protein  31.48 
 
 		 237 aa  53.1  0.000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2566  membrane spanning protein  33.33 
 
 		 304 aa  53.1  0.000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0665826  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2853  putative transmembrane cytochrome oxidase  24.4 
 
 		 258 aa  53.1  0.000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.283903  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06910  hypothetical protein  25.85 
 
 		 301 aa  52.8  0.000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.0836319 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1465  Surfeit locus 1  25.99 
 
 		 228 aa  52.8  0.000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3005  surfeit locus 1  30.28 
 
 		 245 aa  51.6  0.00001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.394184  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0122  hypothetical protein  26.92 
 
 		 245 aa  51.6  0.00001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.907496  normal  0.0246667 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>