92 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2288 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2288  Surfeit locus 1  100 
 
 		 243 aa  494  1e-139  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0599  Surfeit locus 1  43.91 
 
 		 278 aa  165  8e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4850  Surfeit locus 1 family protein  41.85 
 
 		 233 aa  156  3e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.104247  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5104  Surfeit locus 1 family protein  44.34 
 
 		 230 aa  153  2e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.009439  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4368  Surfeit locus 1 family protein  43.4 
 
 		 251 aa  152  4e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0528  SurF1 family protein  40.18 
 
 		 253 aa  151  8.999999999999999e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.73889  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0458  SurF1 family protein  39.73 
 
 		 253 aa  149  5e-35  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7139  Surfeit locus 1 family protein  38.08 
 
 		 263 aa  148  6e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.503615  normal  0.656684 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4333  Surfeit locus 1 family protein  41.85 
 
 		 244 aa  147  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.994849  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2034  putative SURF1 family protein  41.44 
 
 		 281 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1735  Surfeit locus 1 family protein  40.98 
 
 		 261 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6212  SurF1 family protein  36.77 
 
 		 250 aa  145  5e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.493038  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1504  Surfeit locus 1  43.35 
 
 		 233 aa  145  6e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.323689  normal  0.555394 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4774  Surfeit locus 1 family protein  39.72 
 
 		 287 aa  144  1e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2219  Surfeit locus 1 family protein  38.31 
 
 		 282 aa  143  2e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.127472  normal  0.185361 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4702  Surfeit locus 1 family protein  40.79 
 
 		 229 aa  143  3e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.134361  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3555  Surfeit locus 1 family protein  37.23 
 
 		 252 aa  142  6e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.270006  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0238  Surfeit protein  38.02 
 
 		 278 aa  136  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5989  Surfeit locus 1 family protein  43.01 
 
 		 250 aa  135  7.000000000000001e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4061  Surfeit locus 1 family protein  37.39 
 
 		 237 aa  135  7.000000000000001e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0914927  normal  0.293936 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4050  Surfeit locus 1 family protein  38.73 
 
 		 285 aa  132  3.9999999999999996e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.548136  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2779  Surfeit locus 1 family protein  37.44 
 
 		 269 aa  128  7.000000000000001e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.764047 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2269  Surfeit locus 1 family protein  37.44 
 
 		 269 aa  128  7.000000000000001e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5731  Surfeit locus 1 family protein  40 
 
 		 231 aa  125  7e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.440846  normal  0.0198979 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3580  Surfeit locus 1 family protein  30.77 
 
 		 256 aa  122  3e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0076  SurF1 family protein  33.64 
 
 		 268 aa  121  8e-27  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.219165  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0267  Surfeit locus 1 family protein  33.88 
 
 		 253 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3452  Surfeit locus 1 family protein  29.62 
 
 		 256 aa  119  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.48157  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3256  Surfeit locus 1 family protein  29.62 
 
 		 256 aa  118  7.999999999999999e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0933698 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1250  Surfeit locus 1 family protein  37.9 
 
 		 247 aa  109  4.0000000000000004e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0747  Surfeit locus 1  33.06 
 
 		 250 aa  106  4e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00346081  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4641  Surfeit locus 1 family protein  33.07 
 
 		 260 aa  105  5e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.136929  normal  0.114046 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0723  Surfeit locus 1 family protein  36.21 
 
 		 247 aa  105  7e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0931291 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0675  Surfeit locus 1 family protein  31.49 
 
 		 246 aa  103  3e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.529756 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2342  Surfeit locus 1 family protein  33.2 
 
 		 253 aa  103  3e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.667411 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0026  Surfeit locus 1 family protein  31.02 
 
 		 254 aa  102  5e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.13352  normal  0.706144 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1048  cytochrome oxidase complex biogenesis factor transmembrane protein  33.5 
 
 		 241 aa  101  1e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.520132  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0526  Surfeit locus 1 family protein  33.18 
 
 		 247 aa  98.2  1e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0259384  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0650  Surfeit locus 1 family protein  33.04 
 
 		 250 aa  96.7  3e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.767888  normal  0.0835238 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0610  Surfeit locus 1 family protein  32.08 
 
 		 244 aa  96.7  3e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.613322  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0588  Surfeit locus 1 family protein  31.3 
 
 		 264 aa  95.9  5e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0160113  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0479  SurF1 family protein  32.14 
 
 		 249 aa  93.2  3e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.436956  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0474  SurF1 family protein  32.14 
 
 		 249 aa  92.4  6e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.901732  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04753  COX1 assembly protein Shy1, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G06340)  29.63 
 
 		 324 aa  78.2  0.0000000000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0619  hypothetical protein  30.67 
 
 		 223 aa  75.9  0.0000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0906  Surfeit locus 1 family protein  28.74 
 
 		 267 aa  74.7  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.496773  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4581  surfeit protein  27.8 
 
 		 259 aa  74.7  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3456  Surfeit locus 1  26.41 
 
 		 249 aa  72.4  0.000000000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1830  Surf1 protein  29.28 
 
 		 223 aa  72  0.000000000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0479  SURF1 protein  29.28 
 
 		 223 aa  71.6  0.000000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0821  putative surfeit 1  28.38 
 
 		 268 aa  70.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.314622 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4794  Surfeit locus 1  28.51 
 
 		 259 aa  68.6  0.00000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2331  SURF1 family protein  30.99 
 
 		 220 aa  66.2  0.0000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.486362  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3150  SURF1 family protein  25.11 
 
 		 224 aa  65.1  0.000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.806351 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0768  surfeit locus 1  24.9 
 
 		 250 aa  63.5  0.000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.211943  normal  1 
 
 
-
 
NC_006694  CNI00150  mitochondrial protein required for respiration, putative  26.21 
 
 		 335 aa  61.6  0.00000001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.303199  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4316  SURF1 protein  28.5 
 
 		 223 aa  60.8  0.00000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.113316  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1145  hypothetical protein  25.88 
 
 		 233 aa  60.1  0.00000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0835  putative surfeit 1 protein  26.69 
 
 		 251 aa  58.2  0.0000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1869  hypothetical protein  28.51 
 
 		 290 aa  57  0.0000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.10147 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0869  hypothetical protein  25.24 
 
 		 208 aa  57  0.0000002  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3005  surfeit locus 1  29.15 
 
 		 245 aa  56.6  0.0000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.394184  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4385  putative transmembrane cytochrome oxidase  25.73 
 
 		 244 aa  56.6  0.0000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1081  SURF1 family protein  25.58 
 
 		 210 aa  56.2  0.0000004  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.5204  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2116  hypothetical protein  29.17 
 
 		 288 aa  55.5  0.0000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.309272  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4071  hypothetical protein  27.15 
 
 		 245 aa  55.1  0.000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3825  hypothetical protein  29.55 
 
 		 251 aa  55.1  0.000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.443917 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1251  putative transmembrane cytochrome oxidase  29.76 
 
 		 246 aa  53.9  0.000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.781859  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0189  SURF1 family protein  25.34 
 
 		 213 aa  53.5  0.000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1465  Surfeit locus 1  29.91 
 
 		 228 aa  52  0.000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4165  hypothetical protein  30.22 
 
 		 238 aa  51.6  0.00001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.99645 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0551  hypothetical protein  30 
 
 		 238 aa  50.8  0.00002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.139431  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2227  SURF1 family protein  27.62 
 
 		 237 aa  51.2  0.00002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.752396  normal  0.0142027 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3176  hypothetical protein  26.75 
 
 		 295 aa  50.1  0.00004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.118302  normal  0.813724 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11550  hypothetical protein  30.23 
 
 		 305 aa  49.3  0.00005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.773988  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1681  putative transmembrane cytochrome oxidase  28.63 
 
 		 257 aa  47.4  0.0002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_55665  mitochondrial protein involved in respiration  22.22 
 
 		 359 aa  47.8  0.0002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.585569  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1199  hypothetical protein  25.58 
 
 		 246 aa  45.8  0.0006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.310167  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4499  SurF1 family protein  25 
 
 		 229 aa  45.4  0.0008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.204379  normal  0.335507 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3101  hypothetical protein  26.45 
 
 		 327 aa  45.1  0.001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0177432  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12264  transmembrane protein  26.23 
 
 		 271 aa  44.7  0.001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2840  surfeit locus 1  25.43 
 
 		 237 aa  45.1  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.415708  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2227  Surfeit locus 1  25.44 
 
 		 347 aa  44.7  0.001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0122  hypothetical protein  25.96 
 
 		 245 aa  43.9  0.002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.907496  normal  0.0246667 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0074  hypothetical protein  27.7 
 
 		 246 aa  44.3  0.002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.332302  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15930  hypothetical protein  27.7 
 
 		 348 aa  43.9  0.002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.126803  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0147  hypothetical protein  26.47 
 
 		 243 aa  43.1  0.004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0131  hypothetical protein  29.06 
 
 		 222 aa  43.1  0.004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.254409  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0463  SURF1 family protein  25.55 
 
 		 236 aa  42.7  0.005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.295448  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00970  surfeit locus 1-like protein  27.49 
 
 		 255 aa  42.7  0.005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.90584  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0476  hypothetical protein  20.85 
 
 		 242 aa  42.4  0.007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0452  hypothetical protein  21.3 
 
 		 242 aa  42  0.009  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>