116 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2331 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_2331  SURF1 family protein  100 
 
 
220 aa  439  9.999999999999999e-123  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.486362  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0619  hypothetical protein  52.04 
 
 
223 aa  211  5.999999999999999e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1830  Surf1 protein  51.82 
 
 
223 aa  209  4e-53  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0479  SURF1 protein  51.82 
 
 
223 aa  208  6e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3150  SURF1 family protein  49.55 
 
 
224 aa  204  7e-52  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.806351 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4316  SURF1 protein  46.85 
 
 
223 aa  204  1e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.113316  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1145  hypothetical protein  47.62 
 
 
233 aa  192  3e-48  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0675  Surfeit locus 1 family protein  33.79 
 
 
246 aa  101  8e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.529756 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0650  Surfeit locus 1 family protein  31.34 
 
 
250 aa  101  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.767888  normal  0.0835238 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0528  SurF1 family protein  31.9 
 
 
253 aa  100  2e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.73889  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0479  SurF1 family protein  32.31 
 
 
249 aa  100  2e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.436956  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0474  SurF1 family protein  32.31 
 
 
249 aa  99  5e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.901732  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0458  SurF1 family protein  31.43 
 
 
253 aa  97.4  1e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0588  Surfeit locus 1 family protein  30 
 
 
264 aa  97.8  1e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0160113  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0768  surfeit locus 1  32.6 
 
 
250 aa  95.5  6e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.211943  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3456  Surfeit locus 1  33.62 
 
 
249 aa  95.1  8e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6212  SurF1 family protein  27.4 
 
 
250 aa  91.7  8e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.493038  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0610  Surfeit locus 1 family protein  30.51 
 
 
244 aa  91.7  9e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.613322  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4641  Surfeit locus 1 family protein  31.39 
 
 
260 aa  90.5  2e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.136929  normal  0.114046 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3555  Surfeit locus 1 family protein  29.91 
 
 
252 aa  89.4  4e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.270006  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3882  hypothetical protein  32.44 
 
 
210 aa  88.6  6e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0747  Surfeit locus 1  30.45 
 
 
250 aa  88.6  7e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00346081  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0723  Surfeit locus 1 family protein  32.56 
 
 
247 aa  87.8  1e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0931291 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0267  Surfeit locus 1 family protein  29.13 
 
 
253 aa  87.8  1e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1048  cytochrome oxidase complex biogenesis factor transmembrane protein  28.97 
 
 
241 aa  87.4  1e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.520132  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4794  Surfeit locus 1  31.25 
 
 
259 aa  85.9  4e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0906  Surfeit locus 1 family protein  30 
 
 
267 aa  85.1  7e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.496773  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4850  Surfeit locus 1 family protein  30.13 
 
 
233 aa  85.1  8e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.104247  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0599  Surfeit locus 1  32.6 
 
 
278 aa  84.7  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4581  surfeit protein  31.42 
 
 
259 aa  82.8  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7139  Surfeit locus 1 family protein  28.23 
 
 
263 aa  83.2  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.503615  normal  0.656684 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4368  Surfeit locus 1 family protein  32.37 
 
 
251 aa  82.8  0.000000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3452  Surfeit locus 1 family protein  31.34 
 
 
256 aa  82.8  0.000000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.48157  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1735  Surfeit locus 1 family protein  30.43 
 
 
261 aa  81.3  0.00000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1250  Surfeit locus 1 family protein  34.86 
 
 
247 aa  80.1  0.00000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0821  putative surfeit 1  27.12 
 
 
268 aa  79.7  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.314622 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3256  Surfeit locus 1 family protein  29.6 
 
 
256 aa  79  0.00000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0933698 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3580  Surfeit locus 1 family protein  29.6 
 
 
256 aa  78.6  0.00000000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0526  Surfeit locus 1 family protein  28.17 
 
 
247 aa  78.2  0.00000000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0259384  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0452  hypothetical protein  26.03 
 
 
242 aa  77.8  0.0000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0076  SurF1 family protein  25.31 
 
 
268 aa  77.8  0.0000000000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.219165  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2342  Surfeit locus 1 family protein  29.36 
 
 
253 aa  78.2  0.0000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.667411 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0835  putative surfeit 1 protein  29.72 
 
 
251 aa  76.6  0.0000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5104  Surfeit locus 1 family protein  30.05 
 
 
230 aa  76.3  0.0000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.009439  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0026  Surfeit locus 1 family protein  29.86 
 
 
254 aa  75.9  0.0000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.13352  normal  0.706144 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0476  hypothetical protein  24.44 
 
 
242 aa  75.5  0.0000000000006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0869  hypothetical protein  30.29 
 
 
208 aa  75.5  0.0000000000006  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04753  COX1 assembly protein Shy1, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G06340)  27.49 
 
 
324 aa  73.6  0.000000000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0238  Surfeit protein  27.75 
 
 
278 aa  73.9  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1081  SURF1 family protein  29.52 
 
 
210 aa  73.9  0.000000000002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.5204  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2269  Surfeit locus 1 family protein  27.11 
 
 
269 aa  72  0.000000000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2779  Surfeit locus 1 family protein  27.11 
 
 
269 aa  72  0.000000000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.764047 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4333  Surfeit locus 1 family protein  28.92 
 
 
244 aa  72  0.000000000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.994849  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5989  Surfeit locus 1 family protein  29.53 
 
 
250 aa  71.6  0.000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4702  Surfeit locus 1 family protein  29.41 
 
 
229 aa  71.6  0.000000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.134361  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2034  putative SURF1 family protein  28.78 
 
 
281 aa  71.2  0.00000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2163  hypothetical protein  28.7 
 
 
238 aa  70.1  0.00000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1248  hypothetical protein  26.17 
 
 
205 aa  69.3  0.00000000004  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2288  Surfeit locus 1  30.99 
 
 
243 aa  66.2  0.0000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4774  Surfeit locus 1 family protein  32.08 
 
 
287 aa  65.5  0.0000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4071  hypothetical protein  31.16 
 
 
245 aa  65.5  0.0000000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4050  Surfeit locus 1 family protein  30.24 
 
 
285 aa  63.9  0.000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.548136  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4061  Surfeit locus 1 family protein  28.07 
 
 
237 aa  62  0.000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0914927  normal  0.293936 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1199  hypothetical protein  29.91 
 
 
246 aa  62  0.000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.310167  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0148  hypothetical protein  33.33 
 
 
256 aa  57.8  0.0000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.720241  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_55665  mitochondrial protein involved in respiration  32.81 
 
 
359 aa  58.2  0.0000001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.585569  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5731  Surfeit locus 1 family protein  29.29 
 
 
231 aa  57.8  0.0000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.440846  normal  0.0198979 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1465  Surfeit locus 1  27.44 
 
 
228 aa  56.2  0.0000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1504  Surfeit locus 1  27.36 
 
 
233 aa  56.2  0.0000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.323689  normal  0.555394 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3825  hypothetical protein  27.9 
 
 
251 aa  55.8  0.0000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.443917 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2227  SURF1 family protein  29.95 
 
 
237 aa  54.3  0.000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.752396  normal  0.0142027 
 
 
-
 
NC_006694  CNI00150  mitochondrial protein required for respiration, putative  26.94 
 
 
335 aa  53.5  0.000002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.303199  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0189  SURF1 family protein  28.08 
 
 
213 aa  53.9  0.000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2219  Surfeit locus 1 family protein  25 
 
 
282 aa  53.5  0.000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.127472  normal  0.185361 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3005  surfeit locus 1  27.75 
 
 
245 aa  53.1  0.000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.394184  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4117  hypothetical protein  25.44 
 
 
254 aa  52.4  0.000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4185  hypothetical protein  25 
 
 
254 aa  51.2  0.00001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4316  hypothetical protein  25 
 
 
254 aa  51.2  0.00001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21810  hypothetical protein  33.04 
 
 
314 aa  49.7  0.00003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0150  hypothetical protein  24.56 
 
 
254 aa  50.1  0.00003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5350  hypothetical protein  30.22 
 
 
324 aa  49.3  0.00005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.905977  normal  0.275204 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13470  hypothetical protein  27.19 
 
 
272 aa  47.8  0.0001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.636015  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4385  putative transmembrane cytochrome oxidase  29.37 
 
 
244 aa  47  0.0002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2840  surfeit locus 1  31.36 
 
 
237 aa  47  0.0002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.415708  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1413  hypothetical protein  26.73 
 
 
294 aa  47.4  0.0002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.517061  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1683  hypothetical protein  27.31 
 
 
301 aa  47  0.0002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04008  transmembrane cytochrome oxidase complex biogenesis factor  25 
 
 
234 aa  47.4  0.0002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9301  hypothetical protein  29.6 
 
 
271 aa  46.6  0.0003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.656489  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3786  hypothetical protein  25 
 
 
251 aa  46.6  0.0003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0873  putative SURF1 family protein  33.66 
 
 
292 aa  46.6  0.0003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.509642  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0193  hypothetical protein  27.43 
 
 
252 aa  46.6  0.0003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4499  SurF1 family protein  28.19 
 
 
229 aa  46.6  0.0003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.204379  normal  0.335507 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00970  surfeit locus 1-like protein  30.93 
 
 
255 aa  46.2  0.0004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.90584  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1399  SurF1 family protein  29.81 
 
 
188 aa  45.8  0.0005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2227  Surfeit locus 1  34.04 
 
 
347 aa  45.8  0.0005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3488  hypothetical protein  26.55 
 
 
234 aa  45.8  0.0005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.115217 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0122  hypothetical protein  26.37 
 
 
245 aa  45.4  0.0006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.907496  normal  0.0246667 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2851  hypothetical protein  30.51 
 
 
237 aa  45.4  0.0006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0863874  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6170  hypothetical protein  31.36 
 
 
237 aa  44.3  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0147  hypothetical protein  34.51 
 
 
243 aa  45.1  0.001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>