130 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1145 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_1145  hypothetical protein  100 
 
 
233 aa  463  9.999999999999999e-131  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0619  hypothetical protein  60.27 
 
 
223 aa  251  5.000000000000001e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1830  Surf1 protein  61.19 
 
 
223 aa  251  6e-66  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0479  SURF1 protein  60.73 
 
 
223 aa  249  2e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4316  SURF1 protein  49.77 
 
 
223 aa  220  9.999999999999999e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.113316  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3150  SURF1 family protein  53.27 
 
 
224 aa  217  1e-55  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.806351 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2331  SURF1 family protein  47.62 
 
 
220 aa  192  3e-48  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.486362  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6212  SurF1 family protein  31.49 
 
 
250 aa  115  7.999999999999999e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.493038  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3452  Surfeit locus 1 family protein  35.71 
 
 
256 aa  109  3e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.48157  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3580  Surfeit locus 1 family protein  34.98 
 
 
256 aa  108  9.000000000000001e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3256  Surfeit locus 1 family protein  35.43 
 
 
256 aa  107  2e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0933698 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4641  Surfeit locus 1 family protein  34.31 
 
 
260 aa  105  4e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.136929  normal  0.114046 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0588  Surfeit locus 1 family protein  32.91 
 
 
264 aa  105  6e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0160113  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0267  Surfeit locus 1 family protein  33.92 
 
 
253 aa  100  2e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4368  Surfeit locus 1 family protein  32.16 
 
 
251 aa  99.4  4e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0479  SurF1 family protein  33.33 
 
 
249 aa  99.4  5e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.436956  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0768  surfeit locus 1  30.84 
 
 
250 aa  98.6  7e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.211943  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0675  Surfeit locus 1 family protein  34.11 
 
 
246 aa  98.6  7e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.529756 
 
 
-
 
NC_004310  BR0474  SurF1 family protein  32.92 
 
 
249 aa  97.4  2e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.901732  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2342  Surfeit locus 1 family protein  34.36 
 
 
253 aa  95.9  5e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.667411 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0650  Surfeit locus 1 family protein  31.92 
 
 
250 aa  94.4  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.767888  normal  0.0835238 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0906  Surfeit locus 1 family protein  34.53 
 
 
267 aa  94.7  1e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.496773  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1735  Surfeit locus 1 family protein  32.56 
 
 
261 aa  92  7e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4581  surfeit protein  31.65 
 
 
259 aa  90.1  2e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0599  Surfeit locus 1  33.48 
 
 
278 aa  90.5  2e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4061  Surfeit locus 1 family protein  30.86 
 
 
237 aa  90.5  2e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0914927  normal  0.293936 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0610  Surfeit locus 1 family protein  34.1 
 
 
244 aa  90.5  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.613322  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0026  Surfeit locus 1 family protein  33.77 
 
 
254 aa  89.7  3e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.13352  normal  0.706144 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2779  Surfeit locus 1 family protein  30.56 
 
 
269 aa  89.4  4e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.764047 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0723  Surfeit locus 1 family protein  31.93 
 
 
247 aa  87.8  1e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0931291 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4850  Surfeit locus 1 family protein  30.32 
 
 
233 aa  87.8  1e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.104247  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2269  Surfeit locus 1 family protein  30.09 
 
 
269 aa  87.4  2e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7139  Surfeit locus 1 family protein  29.41 
 
 
263 aa  87  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.503615  normal  0.656684 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0458  SurF1 family protein  30.87 
 
 
253 aa  86.3  4e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0528  SurF1 family protein  30.87 
 
 
253 aa  85.9  5e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.73889  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0821  putative surfeit 1  30.77 
 
 
268 aa  85.9  5e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.314622 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4794  Surfeit locus 1  30.74 
 
 
259 aa  85.1  9e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3456  Surfeit locus 1  29.92 
 
 
249 aa  82.4  0.000000000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0747  Surfeit locus 1  31.17 
 
 
250 aa  82.4  0.000000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00346081  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5104  Surfeit locus 1 family protein  33.64 
 
 
230 aa  82.4  0.000000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.009439  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3555  Surfeit locus 1 family protein  31.34 
 
 
252 aa  82  0.000000000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.270006  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2034  putative SURF1 family protein  31.75 
 
 
281 aa  81.6  0.000000000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4333  Surfeit locus 1 family protein  29.52 
 
 
244 aa  81.6  0.000000000000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.994849  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0076  SurF1 family protein  28.74 
 
 
268 aa  79.7  0.00000000000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.219165  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1504  Surfeit locus 1  30.95 
 
 
233 aa  78.6  0.00000000000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.323689  normal  0.555394 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0124  hypothetical protein  30.18 
 
 
253 aa  77.8  0.0000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0122  hypothetical protein  29.28 
 
 
245 aa  77  0.0000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.907496  normal  0.0246667 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4702  Surfeit locus 1 family protein  29.2 
 
 
229 aa  76.6  0.0000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.134361  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0238  Surfeit protein  32.42 
 
 
278 aa  75.5  0.0000000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1048  cytochrome oxidase complex biogenesis factor transmembrane protein  30.2 
 
 
241 aa  74.7  0.000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.520132  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0107  hypothetical protein  29.09 
 
 
333 aa  73.6  0.000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.481565 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1081  SURF1 family protein  25.49 
 
 
210 aa  72.8  0.000000000004  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.5204  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5989  Surfeit locus 1 family protein  28.86 
 
 
250 aa  71.2  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0332  SURF1 family protein  32.2 
 
 
238 aa  70.9  0.00000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.847542  normal  0.0106962 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1250  Surfeit locus 1 family protein  34.07 
 
 
247 aa  70.9  0.00000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0526  Surfeit locus 1 family protein  27.78 
 
 
247 aa  70.9  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0259384  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0835  putative surfeit 1 protein  28.64 
 
 
251 aa  70.1  0.00000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD1248  hypothetical protein  25.59 
 
 
205 aa  68.9  0.00000000006  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4050  Surfeit locus 1 family protein  26.17 
 
 
285 aa  68.6  0.00000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.548136  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2219  Surfeit locus 1 family protein  28.97 
 
 
282 aa  67.8  0.0000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.127472  normal  0.185361 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5731  Surfeit locus 1 family protein  29.95 
 
 
231 aa  68.2  0.0000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.440846  normal  0.0198979 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3882  hypothetical protein  31.28 
 
 
210 aa  67.4  0.0000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0127  hypothetical protein  28.9 
 
 
254 aa  66.2  0.0000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.894547 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0869  hypothetical protein  24.75 
 
 
208 aa  64.7  0.000000001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21810  hypothetical protein  29.53 
 
 
314 aa  62.8  0.000000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04753  COX1 assembly protein Shy1, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G06340)  27.35 
 
 
324 aa  62.4  0.000000006  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2163  hypothetical protein  29.78 
 
 
238 aa  62.4  0.000000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4774  Surfeit locus 1 family protein  29.29 
 
 
287 aa  61.6  0.000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006694  CNI00150  mitochondrial protein required for respiration, putative  28.35 
 
 
335 aa  60.8  0.00000002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.303199  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0920  hypothetical protein  28.51 
 
 
194 aa  59.7  0.00000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0661365  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2288  Surfeit locus 1  25.88 
 
 
243 aa  60.1  0.00000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2116  hypothetical protein  28.15 
 
 
288 aa  58.5  0.00000009  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.309272  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1465  Surfeit locus 1  29.03 
 
 
228 aa  57.8  0.0000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2897  SURF1 family protein  26.13 
 
 
347 aa  53.9  0.000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2840  surfeit locus 1  25.79 
 
 
237 aa  53.5  0.000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.415708  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4071  hypothetical protein  28.04 
 
 
245 aa  53.9  0.000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1199  hypothetical protein  26.52 
 
 
246 aa  53.9  0.000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.310167  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2757  SURF1 family protein  25.79 
 
 
243 aa  53.9  0.000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.65912  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2227  Surfeit locus 1  25.79 
 
 
347 aa  53.1  0.000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0663  hypothetical protein  30.51 
 
 
248 aa  53.5  0.000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.0000288611  hitchhiker  0.0000023563 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00970  surfeit locus 1-like protein  30.69 
 
 
255 aa  53.5  0.000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.90584  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0320  putative transmembrane cytochrome oxidase  32.03 
 
 
251 aa  52.4  0.000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0067  hypothetical protein  26.56 
 
 
249 aa  52  0.000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3488  hypothetical protein  26.52 
 
 
234 aa  51.6  0.00001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.115217 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4499  SurF1 family protein  27.88 
 
 
229 aa  51.6  0.00001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.204379  normal  0.335507 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2851  hypothetical protein  26.01 
 
 
237 aa  51.6  0.00001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0863874  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0452  hypothetical protein  21.72 
 
 
242 aa  50.8  0.00002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1869  hypothetical protein  27.56 
 
 
290 aa  50.8  0.00002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.10147 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_55665  mitochondrial protein involved in respiration  28.79 
 
 
359 aa  50.4  0.00002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.585569  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2227  SURF1 family protein  25.32 
 
 
237 aa  50.1  0.00003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.752396  normal  0.0142027 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0463  SURF1 family protein  26.55 
 
 
236 aa  50.1  0.00003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.295448  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0476  hypothetical protein  23.38 
 
 
242 aa  49.3  0.00005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0150  hypothetical protein  26.39 
 
 
254 aa  49.3  0.00005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4185  hypothetical protein  25.81 
 
 
254 aa  49.3  0.00006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3825  hypothetical protein  26.09 
 
 
251 aa  49.3  0.00006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.443917 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0873  putative SURF1 family protein  24.28 
 
 
292 aa  48.5  0.00008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.509642  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0074  hypothetical protein  25.74 
 
 
246 aa  48.5  0.00009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.332302  normal 
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4439  hypothetical protein  25.94 
 
 
302 aa  48.5  0.00009  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6170  hypothetical protein  24.89 
 
 
237 aa  48.1  0.0001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0283  hypothetical protein  36.28 
 
 
255 aa  48.1  0.0001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>