133 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_0107 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_0107  hypothetical protein  100 
 
 		 333 aa  679    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.481565 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0124  hypothetical protein  96.84 
 
 		 253 aa  501  1e-141  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0122  hypothetical protein  89.39 
 
 		 245 aa  454  1e-127  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.907496  normal  0.0246667 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0127  hypothetical protein  82.68 
 
 		 254 aa  432  1e-120  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.894547 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0074  hypothetical protein  64.88 
 
 		 246 aa  296  2e-79  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.332302  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0147  hypothetical protein  59.58 
 
 		 243 aa  244  9.999999999999999e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01340  hypothetical protein  57.14 
 
 		 264 aa  231  2e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.933077 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00970  surfeit locus 1-like protein  58.3 
 
 		 255 aa  229  4e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.90584  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0185  hypothetical protein  55.04 
 
 		 243 aa  223  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0332  SURF1 family protein  35.04 
 
 		 238 aa  107  4e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.847542  normal  0.0106962 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0131  hypothetical protein  35.02 
 
 		 222 aa  106  7e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.254409  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0041  hypothetical protein  30.43 
 
 		 255 aa  103  5e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0886197  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2897  SURF1 family protein  28.57 
 
 		 347 aa  96.7  5e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2227  Surfeit locus 1  29.21 
 
 		 347 aa  95.9  8e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0679  SURF1 family protein  27.46 
 
 		 342 aa  94.7  2e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.318515  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4385  putative transmembrane cytochrome oxidase  33.03 
 
 		 244 aa  94  3e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0463  SURF1 family protein  32.76 
 
 		 236 aa  94  3e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.295448  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1686  hypothetical protein  29.46 
 
 		 223 aa  93.6  4e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.954659  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0298  hypothetical protein  33.75 
 
 		 255 aa  93.6  4e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.92247 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2404  hypothetical protein  31.62 
 
 		 247 aa  93.6  4e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2757  SURF1 family protein  32.07 
 
 		 243 aa  92  1e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.65912  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3005  surfeit locus 1  29.82 
 
 		 245 aa  91.3  2e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.394184  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2851  hypothetical protein  32.76 
 
 		 237 aa  91.3  2e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0863874  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1251  putative transmembrane cytochrome oxidase  30.32 
 
 		 246 aa  90.5  3e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.781859  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2853  putative transmembrane cytochrome oxidase  29.58 
 
 		 258 aa  90.1  4e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.283903  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1465  Surfeit locus 1  30 
 
 		 228 aa  90.1  5e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6170  hypothetical protein  32.33 
 
 		 237 aa  89.7  7e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2840  surfeit locus 1  32.33 
 
 		 237 aa  89  9e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.415708  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0189  SURF1 family protein  28.38 
 
 		 213 aa  88.6  1e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3530  putative transmembrane cytochrome oxidase  29.58 
 
 		 258 aa  89  1e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.163991  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04008  transmembrane cytochrome oxidase complex biogenesis factor  32.86 
 
 		 234 aa  88.6  1e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0320  putative transmembrane cytochrome oxidase  30.87 
 
 		 251 aa  88.2  2e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0067  hypothetical protein  33.63 
 
 		 249 aa  87.8  2e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0884  putative transmembrane cytochrome oxidase  30.67 
 
 		 248 aa  88.2  2e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0960911  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3176  hypothetical protein  31.97 
 
 		 295 aa  87  4e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.118302  normal  0.813724 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1681  putative transmembrane cytochrome oxidase  32.34 
 
 		 257 aa  87  4e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0244  putative transmembrane cytochrome oxidase complex biogenesis factor transmembrane protein  29.88 
 
 		 256 aa  84.7  0.000000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.581984  normal  0.0169307 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3042  hypothetical protein  33.99 
 
 		 243 aa  84.7  0.000000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00140413  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0163  hypothetical protein  30.23 
 
 		 237 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1429  hypothetical protein  30.23 
 
 		 237 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0496  surf1 family protein  30.23 
 
 		 237 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0514  surf1 family protein  30.23 
 
 		 237 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2856  hypothetical protein  30.23 
 
 		 237 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0432  hypothetical protein  31.25 
 
 		 237 aa  83.6  0.000000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0283  hypothetical protein  31.36 
 
 		 255 aa  83.6  0.000000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0476  hypothetical protein  27.2 
 
 		 242 aa  80.9  0.00000000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0452  hypothetical protein  26.18 
 
 		 242 aa  80.9  0.00000000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0225  putative transmembrane cytochrome oxidase complex biogenesis factor transmembrane protein  30.49 
 
 		 256 aa  80.5  0.00000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.566785 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04025  hypothetical protein  31.65 
 
 		 239 aa  80.5  0.00000000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3488  hypothetical protein  30.8 
 
 		 234 aa  80.1  0.00000000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.115217 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0267  hypothetical protein  30.4 
 
 		 272 aa  79.3  0.00000000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.749428 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0369  putative transmembrane cytochrome oxidase complex biogenesis factor transmembrane protein  31.2 
 
 		 256 aa  79.3  0.00000000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4165  hypothetical protein  30.17 
 
 		 238 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.99645 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0193  hypothetical protein  26.36 
 
 		 252 aa  76.3  0.0000000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3825  hypothetical protein  27.92 
 
 		 251 aa  75.1  0.000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.443917 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1934  SURF1 family protein  31.09 
 
 		 240 aa  74.3  0.000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1145  hypothetical protein  29.09 
 
 		 233 aa  73.6  0.000000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0173  hypothetical protein  27.8 
 
 		 231 aa  72.8  0.000000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1385  hypothetical protein  30.43 
 
 		 311 aa  72  0.00000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.319953  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3902  hypothetical protein  28.09 
 
 		 283 aa  71.6  0.00000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.00331503  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4071  hypothetical protein  27.95 
 
 		 245 aa  71.6  0.00000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1199  hypothetical protein  28.22 
 
 		 246 aa  71.6  0.00000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.310167  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0551  hypothetical protein  30.14 
 
 		 238 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.139431  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1830  Surf1 protein  28.97 
 
 		 223 aa  70.5  0.00000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0479  SURF1 protein  28.97 
 
 		 223 aa  70.1  0.00000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2713  transmembrane cytochrome oxidase complex biogenesis factor  26.61 
 
 		 249 aa  69.3  0.00000000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.183017 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1639  SURF1 family protein  28.63 
 
 		 240 aa  69.3  0.00000000009  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.168422  normal  0.830928 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4003  hypothetical protein  26.18 
 
 		 308 aa  67.4  0.0000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2116  hypothetical protein  26.51 
 
 		 288 aa  66.2  0.0000000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.309272  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21810  hypothetical protein  27.24 
 
 		 314 aa  66.2  0.0000000008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0599  Surfeit locus 1  28.86 
 
 		 278 aa  65.1  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0150  hypothetical protein  28.51 
 
 		 254 aa  65.1  0.000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0675  Surfeit locus 1 family protein  28.63 
 
 		 246 aa  64.3  0.000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.529756 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0120  hypothetical protein  26.42 
 
 		 251 aa  63.5  0.000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1869  hypothetical protein  25.54 
 
 		 290 aa  63.5  0.000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.10147 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4185  hypothetical protein  28.51 
 
 		 254 aa  63.5  0.000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0619  hypothetical protein  28.97 
 
 		 223 aa  63.2  0.000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4316  hypothetical protein  28.51 
 
 		 254 aa  63.2  0.000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3452  Surfeit locus 1 family protein  27.94 
 
 		 256 aa  62.8  0.000000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.48157  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3256  Surfeit locus 1 family protein  27.31 
 
 		 256 aa  62.4  0.000000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0933698 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0232  hypothetical protein  23.14 
 
 		 272 aa  62  0.00000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0982408  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3580  Surfeit locus 1 family protein  26.89 
 
 		 256 aa  62.4  0.00000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4241  hypothetical protein  25.68 
 
 		 246 aa  61.6  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.922626  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4117  hypothetical protein  28.1 
 
 		 254 aa  61.2  0.00000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_55665  mitochondrial protein involved in respiration  26.44 
 
 		 359 aa  60.8  0.00000003  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.585569  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1413  hypothetical protein  28.76 
 
 		 294 aa  60.5  0.00000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.517061  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0316  hypothetical protein  31.42 
 
 		 242 aa  59.7  0.00000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.141438 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3786  hypothetical protein  28.45 
 
 		 251 aa  59.7  0.00000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001450  cytochrome oxidase biogenesis protein Surf1 facilitates heme A insertion  25.73 
 
 		 236 aa  58.5  0.0000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06910  hypothetical protein  26.59 
 
 		 301 aa  58.9  0.0000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.0836319 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3521  hypothetical protein  25.9 
 
 		 263 aa  58.2  0.0000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5350  hypothetical protein  25.5 
 
 		 324 aa  57.8  0.0000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.905977  normal  0.275204 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0148  hypothetical protein  30.19 
 
 		 256 aa  57.8  0.0000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.720241  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0267  Surfeit locus 1 family protein  26.05 
 
 		 253 aa  57.8  0.0000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0253  hypothetical protein  25.49 
 
 		 275 aa  57.8  0.0000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3523  hypothetical protein  31.4 
 
 		 264 aa  55.1  0.000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.766097 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0238  Surfeit protein  28.69 
 
 		 278 aa  53.1  0.000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0873  putative SURF1 family protein  26.14 
 
 		 292 aa  53.1  0.000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.509642  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3150  SURF1 family protein  26.72 
 
 		 224 aa  52.8  0.000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.806351 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2034  putative SURF1 family protein  27.93 
 
 		 281 aa  52.8  0.000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>