More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3576 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_3576  hypothetical protein  100 
 
 		 490 aa  1003    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.356057  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3763  hypothetical protein  91.39 
 
 		 490 aa  916    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0626  hypothetical protein  67.52 
 
 		 473 aa  632  1e-180  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0665  hypothetical protein  66.88 
 
 		 473 aa  622  1e-177  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0777  hypothetical protein  62.26 
 
 		 481 aa  576  1.0000000000000001e-163  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.336131 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3499  hypothetical protein  52.76 
 
 		 512 aa  516  1.0000000000000001e-145  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3371  hypothetical protein  52.76 
 
 		 512 aa  516  1.0000000000000001e-145  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1042  hypothetical protein  52.76 
 
 		 518 aa  514  1.0000000000000001e-145  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0653884 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00106  conserved protein with nucleoside triphosphate hydrolase domain  50.1 
 
 		 461 aa  463  1e-129  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3495  type II secretion system protein E  50.1 
 
 		 461 aa  463  1e-129  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0113  hypothetical protein  50.31 
 
 		 461 aa  464  1e-129  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00764351  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0110  hypothetical protein  50.1 
 
 		 461 aa  463  1e-129  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.157109  normal  0.596737 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3552  hypothetical protein  50.1 
 
 		 461 aa  463  1e-129  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000180133 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0111  hypothetical protein  50.1 
 
 		 461 aa  464  1e-129  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000253922  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0109  hypothetical protein  50.1 
 
 		 461 aa  463  1e-129  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000141775  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00105  hypothetical protein  50.1 
 
 		 461 aa  463  1e-129  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0163  hypothetical protein  49.26 
 
 		 461 aa  451  1e-125  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.104571  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0155  hypothetical protein  49.26 
 
 		 461 aa  449  1e-125  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0651  hypothetical protein  49.47 
 
 		 461 aa  450  1e-125  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.796568  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0160  hypothetical protein  49.26 
 
 		 461 aa  451  1e-125  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0156  hypothetical protein  49.26 
 
 		 461 aa  449  1e-125  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.836049  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0157  hypothetical protein  49.26 
 
 		 461 aa  450  1e-125  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.208845 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2174  type II secretion system protein E  45.73 
 
 		 579 aa  402  1e-111  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0480  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  43.19 
 
 		 562 aa  395  1e-108  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.942114  normal  0.860525 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0787  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  43.49 
 
 		 549 aa  389  1e-107  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0369  type IV pilus biogenesis protein PilB  50.26 
 
 		 568 aa  390  1e-107  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0217494  unclonable  0.0000124471 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3423  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  49.87 
 
 		 569 aa  390  1e-107  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0425  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  49.36 
 
 		 569 aa  386  1e-106  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00261577  hitchhiker  0.000552387 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3919  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  48.29 
 
 		 570 aa  385  1e-106  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00735332  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3867  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  48.29 
 
 		 570 aa  385  1e-106  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000581945 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2000  type IV pilus assembly protein PilB  51.68 
 
 		 562 aa  387  1e-106  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.758865  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0416  type IV pilus biogenesis protein PilB  48.35 
 
 		 569 aa  385  1e-105  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4060  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  48.29 
 
 		 570 aa  385  1e-105  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0244852  normal  0.314215 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4820  type II secretion system protein E  49.23 
 
 		 566 aa  384  1e-105  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.25811 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0313  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  47.74 
 
 		 569 aa  383  1e-105  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3942  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  49.74 
 
 		 570 aa  385  1e-105  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0420  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  49.36 
 
 		 569 aa  384  1e-105  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3605  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  48.84 
 
 		 569 aa  383  1e-105  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.464844  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58750  type 4 fimbrial biogenesis protein PilB  48.64 
 
 		 567 aa  383  1e-105  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.497058 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4447  type IV pilus biogenesis protein PilB  48.7 
 
 		 566 aa  380  1e-104  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3438  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  48.85 
 
 		 569 aa  381  1e-104  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.141365  normal  0.083139 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2630  type IV pilus assembly protein PilB  42.94 
 
 		 563 aa  382  1e-104  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5162  type 4 fimbrial biogenesis protein PilB  48.71 
 
 		 561 aa  380  1e-104  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2079  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  47.8 
 
 		 578 aa  379  1e-104  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.292786 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3783  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  48.84 
 
 		 568 aa  380  1e-104  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.458272  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0419  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  48.96 
 
 		 569 aa  379  1e-104  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.447977  hitchhiker  0.00974258 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1479  pilus assembly protein PilB  47.18 
 
 		 574 aa  375  1e-103  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1504  pilus assembly protein PilB  47 
 
 		 574 aa  377  1e-103  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0798  type II secretion system protein E  47.43 
 
 		 564 aa  376  1e-103  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002545  type 4 fimbrial assembly ATPase PilB  50.26 
 
 		 561 aa  375  1e-103  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.255614  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0413  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  49.74 
 
 		 568 aa  377  1e-103  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3389  type II secretion system protein E  48.7 
 
 		 569 aa  376  1e-103  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03469  hypothetical protein  50.13 
 
 		 561 aa  377  1e-103  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2184  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  48.45 
 
 		 572 aa  373  1e-102  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.48405  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0926  type IV pilus biogenesis protein PilB  47.43 
 
 		 564 aa  374  1e-102  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0064  pilin secretion/fimbrial assembly system protein, PilB  41.49 
 
 		 591 aa  371  1e-101  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.978792  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0863  type 4 fimbrial biogenesis protein PilB  47.44 
 
 		 573 aa  369  1e-101  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0069  type II secretion system protein E  40.28 
 
 		 570 aa  371  1e-101  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.73093  normal  0.361926 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1579  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  46.82 
 
 		 565 aa  366  1e-100  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12090  type IV pilus assembly protein  42.77 
 
 		 566 aa  366  1e-100  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04882  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  40.66 
 
 		 577 aa  366  1e-100  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.415694  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0312  type II secretion system protein E  41.96 
 
 		 571 aa  365  1e-100  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2114  pilus biogenesis protein  48.2 
 
 		 577 aa  365  1e-100  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0775  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  47.79 
 
 		 567 aa  363  3e-99  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.621188  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2034  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  47.68 
 
 		 577 aa  363  5.0000000000000005e-99  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.226289  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2902  type II secretion system protein E  39.71 
 
 		 577 aa  362  6e-99  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2681  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  46.94 
 
 		 572 aa  362  9e-99  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.722105  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3167  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  46.38 
 
 		 577 aa  360  4e-98  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.644973  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0766  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  46.07 
 
 		 578 aa  357  1.9999999999999998e-97  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.59759  normal  0.16115 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3680  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  39.96 
 
 		 578 aa  357  1.9999999999999998e-97  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0841  type II secretion system protein E  40.87 
 
 		 578 aa  355  1e-96  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0657263  normal  0.685721 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0550  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  46.61 
 
 		 574 aa  355  1e-96  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2020  type II secretion system protein E  48.95 
 
 		 386 aa  354  2e-96  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.453944  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3919  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  39.84 
 
 		 555 aa  352  5.9999999999999994e-96  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.762326  normal  0.0339341 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5488  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  45.36 
 
 		 580 aa  352  7e-96  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.388204  normal  0.1076 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4220  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  40.33 
 
 		 577 aa  352  7e-96  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0805  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  40.04 
 
 		 577 aa  351  1e-95  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0768  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  40.04 
 
 		 577 aa  351  2e-95  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0151  type II secretion system protein E  46.55 
 
 		 420 aa  350  3e-95  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1554  type II secretion system protein E  40.76 
 
 		 553 aa  350  4e-95  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.185461 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2141  type II secretion system protein E  43.37 
 
 		 569 aa  350  4e-95  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000466372  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0382  general secretory pathway protein E  45.18 
 
 		 507 aa  350  4e-95  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.432738 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0509  pilus biogenesis ATPase  44.44 
 
 		 572 aa  349  6e-95  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0385141 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2096  type IV pilus assembly protein PilB  44.31 
 
 		 571 aa  348  2e-94  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1951  type 4 pili biogenesis protein (nuleotide-binding protein)  44.04 
 
 		 517 aa  347  4e-94  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1280  general secretory pathway protein E  44.62 
 
 		 521 aa  345  1e-93  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3506  type IV pilus biogenesis protein PilB  47.15 
 
 		 407 aa  345  1e-93  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18700  type II secretion system protein E  45.17 
 
 		 514 aa  345  1e-93  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0594  general secretory pathway protein E  44.39 
 
 		 520 aa  344  2e-93  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0639  type II secretion system protein E  45.48 
 
 		 571 aa  343  2.9999999999999997e-93  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3531  type IV pilus biogenesis protein PilB  47.15 
 
 		 407 aa  343  2.9999999999999997e-93  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1136  type II/IV secretion system protein  44.81 
 
 		 423 aa  343  4e-93  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0608  general secretory pathway protein E  44.14 
 
 		 520 aa  343  5.999999999999999e-93  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000611826 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2705  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  44.61 
 
 		 575 aa  343  5.999999999999999e-93  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2377  general secretory pathway protein E  46.25 
 
 		 489 aa  342  8e-93  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3527  type IV fimbrial biogenesis protein,PilB  47.15 
 
 		 419 aa  342  8e-93  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1175  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  46.77 
 
 		 571 aa  342  8e-93  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.323553  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0453  type II/IV secretion system protein  46.89 
 
 		 407 aa  342  8e-93  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2531  type II/IV secretion system protein  46.89 
 
 		 419 aa  342  9e-93  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2825  type IV pilus assembly protein  44.11 
 
 		 575 aa  342  1e-92  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00509282  normal  0.0351792 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>