More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4220 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_0766  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  75.04 
 
 		 578 aa  912    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.59759  normal  0.16115 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2825  type IV pilus assembly protein  58.41 
 
 		 575 aa  653    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00509282  normal  0.0351792 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5488  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  72.93 
 
 		 580 aa  862    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.388204  normal  0.1076 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1175  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  62.08 
 
 		 571 aa  708    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.323553  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3919  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  79.28 
 
 		 555 aa  917    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.762326  normal  0.0339341 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0639  type II secretion system protein E  62.1 
 
 		 571 aa  711    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2960  type II secretion system protein E  57.54 
 
 		 586 aa  654    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.548556  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2370  type IV pilus assembly protein, PilB  61.39 
 
 		 571 aa  707    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.881077  normal  0.0893992 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3070  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  58.93 
 
 		 575 aa  653    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0509  pilus biogenesis ATPase  70.27 
 
 		 572 aa  841    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0385141 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3680  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  79.24 
 
 		 578 aa  962    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2902  type II secretion system protein E  76.95 
 
 		 577 aa  927    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2141  type II secretion system protein E  60.46 
 
 		 569 aa  694    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000466372  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0841  type II secretion system protein E  78.16 
 
 		 578 aa  946    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0657263  normal  0.685721 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3108  type II secretion system protein E  58.29 
 
 		 573 aa  649    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.275217  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0768  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  78.07 
 
 		 577 aa  929    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0805  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  78.07 
 
 		 577 aa  930    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2705  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  59.45 
 
 		 575 aa  656    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0550  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  67.61 
 
 		 574 aa  818    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4220  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  100 
 
 		 577 aa  1176    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0312  type II secretion system protein E  55.18 
 
 		 571 aa  631  1e-179  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0787  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  54.97 
 
 		 549 aa  619  1e-176  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0069  type II secretion system protein E  53.62 
 
 		 570 aa  616  1e-175  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.73093  normal  0.361926 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2681  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  52.2 
 
 		 572 aa  612  9.999999999999999e-175  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.722105  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0064  pilin secretion/fimbrial assembly system protein, PilB  53.27 
 
 		 591 aa  608  1e-173  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.978792  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1579  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  54.32 
 
 		 565 aa  605  9.999999999999999e-173  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2184  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  54.74 
 
 		 572 aa  601  1.0000000000000001e-171  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.48405  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2079  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  53.03 
 
 		 578 aa  602  1.0000000000000001e-171  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.292786 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4820  type II secretion system protein E  52.3 
 
 		 566 aa  598  1e-169  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.25811 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58750  type 4 fimbrial biogenesis protein PilB  52.03 
 
 		 567 aa  595  1e-169  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.497058 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2034  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  52.71 
 
 		 577 aa  592  1e-168  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.226289  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2114  pilus biogenesis protein  52.28 
 
 		 577 aa  588  1e-167  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2096  type IV pilus assembly protein PilB  52.22 
 
 		 571 aa  585  1e-166  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5162  type 4 fimbrial biogenesis protein PilB  51.96 
 
 		 561 aa  583  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12090  type IV pilus assembly protein  52.38 
 
 		 566 aa  583  1.0000000000000001e-165  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0926  type IV pilus biogenesis protein PilB  50.61 
 
 		 564 aa  575  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0798  type II secretion system protein E  50.79 
 
 		 564 aa  577  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0775  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  51.5 
 
 		 567 aa  577  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.621188  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04882  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  50.62 
 
 		 577 aa  572  1.0000000000000001e-162  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.415694  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0416  type IV pilus biogenesis protein PilB  50.71 
 
 		 569 aa  568  1e-161  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3605  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  50.09 
 
 		 569 aa  571  1e-161  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.464844  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0419  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  50.53 
 
 		 569 aa  569  1e-161  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.447977  hitchhiker  0.00974258 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0369  type IV pilus biogenesis protein PilB  49.74 
 
 		 568 aa  569  1e-161  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0217494  unclonable  0.0000124471 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3919  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  49.83 
 
 		 570 aa  567  1e-160  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00735332  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0183  type IV pilus assembly protein  51.13 
 
 		 569 aa  564  1.0000000000000001e-159  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3942  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  50.62 
 
 		 570 aa  564  1.0000000000000001e-159  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3438  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  49.91 
 
 		 569 aa  565  1.0000000000000001e-159  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.141365  normal  0.083139 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4060  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  49.57 
 
 		 570 aa  564  1.0000000000000001e-159  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0244852  normal  0.314215 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0362  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  51.13 
 
 		 569 aa  564  1.0000000000000001e-159  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.388372 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3867  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  49.39 
 
 		 570 aa  564  1.0000000000000001e-159  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000581945 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0420  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  50.18 
 
 		 569 aa  562  1.0000000000000001e-159  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3423  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  50.26 
 
 		 569 aa  563  1.0000000000000001e-159  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0413  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  49.73 
 
 		 568 aa  565  1.0000000000000001e-159  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0313  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  49.47 
 
 		 569 aa  561  1e-158  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0863  type 4 fimbrial biogenesis protein PilB  51.58 
 
 		 573 aa  560  1e-158  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0425  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  50.28 
 
 		 569 aa  556  1e-157  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00261577  hitchhiker  0.000552387 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1479  pilus assembly protein PilB  49.38 
 
 		 574 aa  553  1e-156  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1504  pilus assembly protein PilB  49.03 
 
 		 574 aa  554  1e-156  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4447  type IV pilus biogenesis protein PilB  50.09 
 
 		 566 aa  549  1e-155  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3167  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  50.26 
 
 		 577 aa  550  1e-155  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.644973  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0480  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  48.66 
 
 		 562 aa  548  1e-154  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.942114  normal  0.860525 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3389  type II secretion system protein E  49.12 
 
 		 569 aa  546  1e-154  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3783  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  47.83 
 
 		 568 aa  542  1e-153  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.458272  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2174  type II secretion system protein E  47.13 
 
 		 579 aa  518  1e-146  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1393  type II secretion system protein E  47.99 
 
 		 568 aa  514  1e-144  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.733111 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1491  type IV pilus biogenesis protein PilB  47.87 
 
 		 568 aa  505  9.999999999999999e-143  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.10563  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1653  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  46.68 
 
 		 568 aa  505  9.999999999999999e-143  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2682  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  48.24 
 
 		 568 aa  503  1e-141  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1631  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  46.73 
 
 		 568 aa  501  1e-140  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2595  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  46.73 
 
 		 568 aa  498  1e-139  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0667  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  45.85 
 
 		 568 aa  494  9.999999999999999e-139  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0453527  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0622  type II secretion system protein E  46.22 
 
 		 568 aa  489  1e-137  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2514  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  47.72 
 
 		 568 aa  491  1e-137  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.066963  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0656  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  46.22 
 
 		 568 aa  487  1e-136  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0656  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  46.22 
 
 		 568 aa  487  1e-136  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2149  type II secretory pathway, ATPase PulE/Tfp pilus assembly pathway, ATPase PilB  47.93 
 
 		 566 aa  484  1e-135  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.365322  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03469  hypothetical protein  45.58 
 
 		 561 aa  481  1e-134  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2000  type IV pilus assembly protein PilB  46.96 
 
 		 562 aa  473  1e-132  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.758865  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1392  type II secretion system protein E  45.73 
 
 		 571 aa  474  1e-132  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.025124 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002545  type 4 fimbrial assembly ATPase PilB  47.24 
 
 		 561 aa  466  9.999999999999999e-131  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.255614  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4828  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  44.96 
 
 		 563 aa  454  1.0000000000000001e-126  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.436741 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0504  Type II secretory pathway ATPase PulE/Tfp pilus assembly pathway ATPase PilB  54.96 
 
 		 431 aa  451  1e-125  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.823394  normal  0.112253 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0117  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  44.95 
 
 		 571 aa  451  1e-125  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00247138  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3527  type IV fimbrial biogenesis protein,PilB  55.15 
 
 		 419 aa  444  1e-123  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3506  type IV pilus biogenesis protein PilB  54.9 
 
 		 407 aa  442  1e-123  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3531  type IV pilus biogenesis protein PilB  55.15 
 
 		 407 aa  443  1e-123  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2531  type II/IV secretion system protein  54.64 
 
 		 419 aa  440  9.999999999999999e-123  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1103  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  43.46 
 
 		 571 aa  439  9.999999999999999e-123  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.202418  decreased coverage  0.00743342 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0453  type II/IV secretion system protein  54.64 
 
 		 407 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2630  type IV pilus assembly protein PilB  43.27 
 
 		 563 aa  437  1e-121  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3251  type II/IV secretion system protein  54.38 
 
 		 407 aa  437  1e-121  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1311  type II/IV secretion system protein  54.38 
 
 		 407 aa  437  1e-121  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0151  type II secretion system protein E  49.75 
 
 		 420 aa  435  1e-120  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3452  type II secretion system protein E  54.87 
 
 		 431 aa  432  1e-120  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.190294  hitchhiker  0.00352779 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1136  type II/IV secretion system protein  55.01 
 
 		 423 aa  430  1e-119  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17740  type II secretion system protein E (GspE)  43.06 
 
 		 557 aa  431  1e-119  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.898246 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2818  type II secretion system protein E  53.08 
 
 		 455 aa  426  1e-118  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.016239  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2655  type II secretion system protein E  51.39 
 
 		 432 aa  423  1e-117  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.488787  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1347  type II secretion system protein E  40.56 
 
 		 556 aa  419  1e-116  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1322  type II secretion system protein E  42.5 
 
 		 553 aa  417  9.999999999999999e-116  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0787535 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>