108 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0502 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_0502  putative transcriptional regulator  100 
 
 		 191 aa  393  1e-109  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0721  putative transcriptional regulator  96.34 
 
 		 191 aa  380  1e-105  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3536  putative transcriptional regulator  70.16 
 
 		 191 aa  271  3e-72  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3685  putative transcriptional regulator  68.06 
 
 		 191 aa  268  2.9999999999999997e-71  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0732  putative transcriptional regulator  68.06 
 
 		 191 aa  268  2.9999999999999997e-71  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00595683  decreased coverage  0.00650584 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3832  putative transcriptional regulator  68.06 
 
 		 191 aa  268  2.9999999999999997e-71  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3411  putative transcriptional regulator  70.16 
 
 		 191 aa  268  4e-71  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.879169  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04005  predicted transcriptional regulator  64.92 
 
 		 191 aa  263  1e-69  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3857  transcriptional regulator, TetR family  64.92 
 
 		 191 aa  263  1e-69  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4376  putative transcriptional regulator  64.92 
 
 		 191 aa  263  1e-69  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00211026  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4690  putative transcriptional regulator  64.92 
 
 		 191 aa  263  1e-69  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3877  putative transcriptional regulator  64.92 
 
 		 191 aa  263  1e-69  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.859498  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4604  putative transcriptional regulator  64.92 
 
 		 191 aa  263  1e-69  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000800065  normal  0.777869 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4664  putative transcriptional regulator  64.92 
 
 		 191 aa  263  1e-69  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5651  putative transcriptional regulator  64.92 
 
 		 191 aa  263  1e-69  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000374909  normal  0.719853 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03967  hypothetical protein  64.92 
 
 		 191 aa  263  1e-69  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0402  putative transcriptional regulator  65.97 
 
 		 196 aa  260  1e-68  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.314976  normal  0.0133648 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4600  putative transcriptional regulator  63.87 
 
 		 191 aa  257  7e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4740  putative transcriptional regulator  63.87 
 
 		 191 aa  256  1e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.76084  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4592  putative transcriptional regulator  63.87 
 
 		 191 aa  256  1e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.457943  normal  0.315374 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4718  putative transcriptional regulator  63.87 
 
 		 191 aa  256  1e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.172421  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0322  putative transcriptional regulator  63.35 
 
 		 191 aa  255  3e-67  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000306279 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4683  putative transcriptional regulator  63.35 
 
 		 191 aa  254  4e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3701  transcriptional regulator of TetR family protein  31.15 
 
 		 206 aa  77.8  0.00000000000009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2721  TetR family transcriptional regulator  25.84 
 
 		 194 aa  72  0.000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2951  TetR family transcriptional regulator  25.28 
 
 		 188 aa  71.2  0.000000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00777364 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2715  transcriptional regulator, TetR family  25 
 
 		 189 aa  67.4  0.0000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2877  TetR family transcriptional regulator  24.86 
 
 		 188 aa  66.6  0.0000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.477107  normal  0.116943 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2003  transcriptional regulator, TetR family  25.43 
 
 		 189 aa  64.7  0.0000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.323672  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1527  HTH-type transcriptional regulator, TetR family  23.03 
 
 		 185 aa  63.2  0.000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.718491  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1305  TetR family transcriptional regulator  25.41 
 
 		 181 aa  62.4  0.000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24840  putative transcriptional regulator  26.23 
 
 		 185 aa  62  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3097  TetR family transcriptional regulator  25.28 
 
 		 189 aa  62  0.000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.127725  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0472  TetR family transcriptional regulator  22.73 
 
 		 190 aa  60.1  0.00000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.010781  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2105  putative transcriptional regulator  26.23 
 
 		 185 aa  60.5  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1371  transcriptional regulator, TetR family  24.72 
 
 		 189 aa  60.1  0.00000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.91689  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4037  TetR family transcriptional regulator  22.94 
 
 		 200 aa  59.3  0.00000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.580741 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0765  TetR family transcriptional regulator  23.2 
 
 		 196 aa  59.7  0.00000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.448904  normal  0.172153 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28340  transcriptional regulator, TetR family  23.76 
 
 		 188 aa  55.1  0.0000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0595085  normal  1 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5713  transcriptional regulator, TetR family  24.84 
 
 		 190 aa  55.1  0.0000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1405  TetR family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 203 aa  53.9  0.000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.520137 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3566  TetR family transcriptional regulator  23.7 
 
 		 187 aa  54.3  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.730164  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1932  TetR family transcriptional regulator  24.86 
 
 		 210 aa  53.1  0.000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5704  TetR family transcriptional regulator  22.29 
 
 		 201 aa  53.5  0.000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.013286 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0250  transcriptional regulator, TetR family  26.11 
 
 		 201 aa  53.5  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.804071  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3175  TetR family transcriptional regulator  21.69 
 
 		 201 aa  52.8  0.000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0228  TetR family transcriptional regulator  25.54 
 
 		 201 aa  52.4  0.000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.527328  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5155  TetR family transcriptional regulator  22.29 
 
 		 201 aa  52.4  0.000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4534  TetR family transcriptional regulator  21.69 
 
 		 201 aa  52.4  0.000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0239  transcriptional regulator, TetR family  25.56 
 
 		 201 aa  52.4  0.000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0220692  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3656  TetR family transcriptional regulator  24.84 
 
 		 207 aa  51.2  0.000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.311417  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2832  transcriptional regulator, TetR family  23.16 
 
 		 210 aa  51.6  0.000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5709  TetR family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 195 aa  50.8  0.00001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.92684  normal  0.162375 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5953  TetR family transcriptional regulator  26.14 
 
 		 195 aa  50.1  0.00002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0308427  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0127  transcriptional regulator, TetR family  27.21 
 
 		 191 aa  49.3  0.00003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00410003  normal  0.28897 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3230  transcriptional regulator, TetR family  28.76 
 
 		 191 aa  49.7  0.00003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0704446  hitchhiker  0.00000846551 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0421  transcriptional regulator, TetR family  24.29 
 
 		 189 aa  49.7  0.00003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0114693  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7001  transcriptional regulator, TetR family  22.02 
 
 		 221 aa  48.9  0.00004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0417  transcriptional regulator, TetR family  21.57 
 
 		 183 aa  48.9  0.00004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.137134 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1399  transcriptional regulator, TetR family  24.18 
 
 		 197 aa  48.5  0.00005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.377036  hitchhiker  0.00124362 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3475  TetR family transcriptional regulator  22.16 
 
 		 197 aa  48.9  0.00005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.213074  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0008  TetR family transcriptional regulator  23.03 
 
 		 205 aa  48.1  0.00007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1515  TetR family transcriptional regulator  23.03 
 
 		 205 aa  48.1  0.00007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.512381  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1156  TetR family transcriptional regulator  23.03 
 
 		 205 aa  48.1  0.00007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1436  TetR family transcriptional regulator  23.03 
 
 		 205 aa  48.1  0.00007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0010  TetR family transcriptional regulator  23.03 
 
 		 205 aa  48.1  0.00007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0010  TetR family transcriptional regulator  23.03 
 
 		 205 aa  48.1  0.00007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.387363  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0011  TetR family transcriptional regulator  23.03 
 
 		 205 aa  48.1  0.00007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5297  TetR family transcriptional regulator  22.16 
 
 		 197 aa  47  0.0001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.755351  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4955  transcriptional regulator, TetR family  24.32 
 
 		 218 aa  47.4  0.0001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00123858  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3018  TetR family transcriptional regulator  20.83 
 
 		 221 aa  46.6  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0627  transcriptional regulator, TetR family  25.5 
 
 		 191 aa  47  0.0002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0010  TetR family transcriptional regulator  22.89 
 
 		 205 aa  46.2  0.0003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0309  TetR family transcriptional regulator  23.73 
 
 		 184 aa  46.2  0.0003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.312076  normal  0.149076 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5689  transcriptional regulator, TetR family  25.81 
 
 		 219 aa  46.2  0.0003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.784661  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2611  TetR family transcriptional regulator  23.9 
 
 		 228 aa  46.2  0.0003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.620771 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2732  TetR family transcriptional regulator  23.16 
 
 		 222 aa  46.2  0.0003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0612  TetR family transcriptional regulator  22.16 
 
 		 202 aa  45.8  0.0004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0141452  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1449  transcriptional regulator, TetR family  24 
 
 		 203 aa  45.4  0.0004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0126985  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3995  regulatory protein, TetR  23.76 
 
 		 225 aa  45.4  0.0005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0355  TetR family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 192 aa  45.1  0.0006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0481105 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31550  transcriptional regulator  21.39 
 
 		 191 aa  45.1  0.0007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4472  transcriptional regulator, TetR family  25.16 
 
 		 205 aa  44.7  0.0008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.590949  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2742  transcriptional regulator, TetR family  26.51 
 
 		 207 aa  44.7  0.0009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2205  TetR family transcriptional regulator  21.31 
 
 		 202 aa  44.3  0.001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.270822 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4162  TetR family transcriptional regulator  23.31 
 
 		 210 aa  43.1  0.002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1626  TetR family transcriptional regulator  28 
 
 		 211 aa  42.7  0.003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2156  TetR family transcriptional regulator  24.38 
 
 		 211 aa  43.1  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000133556 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08110  transcriptional regulator  24.86 
 
 		 198 aa  42.7  0.003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.792237 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0894  TetR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 260 aa  42.4  0.004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2898  TetR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 206 aa  42.4  0.004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.881728  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1312  TetR family transcriptional regulator  24.38 
 
 		 211 aa  42.4  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000673566 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1327  TetR family transcriptional regulator  24.38 
 
 		 211 aa  42.4  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000128792 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1289  transcriptional regulator, TetR family  24.38 
 
 		 211 aa  42.4  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1972  transcriptional regulator, TetR family  24.38 
 
 		 211 aa  42.4  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.134426  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1985  transcriptional regulator, TetR family  19.38 
 
 		 206 aa  42.4  0.004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3418  transcriptional regulator protein  22.44 
 
 		 193 aa  42.4  0.004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5083  transcriptional regulator, TetR family  27.05 
 
 		 193 aa  42  0.005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1975  transcriptional regulator, TetR family  23.21 
 
 		 199 aa  42  0.005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.382484  normal  0.828211 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0835  TetR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 201 aa  42  0.006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.861936  normal  0.897725 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>