93 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcDH1_3857 on replicon CP001637
Organism: Escherichia coli DH1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001637  EcDH1_3857  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 191 aa  394  1e-109  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03967  hypothetical protein  100 
 
 		 191 aa  394  1e-109  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5651  putative transcriptional regulator  100 
 
 		 191 aa  394  1e-109  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000374909  normal  0.719853 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4664  putative transcriptional regulator  100 
 
 		 191 aa  394  1e-109  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3877  putative transcriptional regulator  100 
 
 		 191 aa  394  1e-109  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.859498  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4690  putative transcriptional regulator  100 
 
 		 191 aa  394  1e-109  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4376  putative transcriptional regulator  100 
 
 		 191 aa  394  1e-109  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00211026  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04005  predicted transcriptional regulator  100 
 
 		 191 aa  394  1e-109  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4604  putative transcriptional regulator  99.48 
 
 		 191 aa  392  1e-108  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000800065  normal  0.777869 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4592  putative transcriptional regulator  88.48 
 
 		 191 aa  355  1.9999999999999998e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.457943  normal  0.315374 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4718  putative transcriptional regulator  88.48 
 
 		 191 aa  355  1.9999999999999998e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.172421  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4683  putative transcriptional regulator  87.96 
 
 		 191 aa  353  5.999999999999999e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0322  putative transcriptional regulator  86.39 
 
 		 191 aa  353  6.999999999999999e-97  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000306279 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4600  putative transcriptional regulator  87.96 
 
 		 191 aa  353  1e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4740  putative transcriptional regulator  87.96 
 
 		 191 aa  352  1e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.76084  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0721  putative transcriptional regulator  64.92 
 
 		 191 aa  265  2e-70  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0502  putative transcriptional regulator  64.92 
 
 		 191 aa  263  1e-69  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3832  putative transcriptional regulator  64.92 
 
 		 191 aa  258  4e-68  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0732  putative transcriptional regulator  64.92 
 
 		 191 aa  258  4e-68  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00595683  decreased coverage  0.00650584 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3685  putative transcriptional regulator  64.92 
 
 		 191 aa  258  4e-68  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0402  putative transcriptional regulator  61.26 
 
 		 196 aa  244  4.9999999999999997e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.314976  normal  0.0133648 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3536  putative transcriptional regulator  59.69 
 
 		 191 aa  238  2.9999999999999997e-62  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3411  putative transcriptional regulator  58.12 
 
 		 191 aa  233  9e-61  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.879169  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2721  TetR family transcriptional regulator  27.53 
 
 		 194 aa  80.5  0.00000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2951  TetR family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 188 aa  78.2  0.00000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00777364 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3701  transcriptional regulator of TetR family protein  29.67 
 
 		 206 aa  77.4  0.0000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2003  transcriptional regulator, TetR family  27.72 
 
 		 189 aa  72.8  0.000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.323672  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2715  transcriptional regulator, TetR family  24.44 
 
 		 189 aa  72.4  0.000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2877  TetR family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 188 aa  68.2  0.00000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.477107  normal  0.116943 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1371  transcriptional regulator, TetR family  24.16 
 
 		 189 aa  65.1  0.0000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.91689  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1527  HTH-type transcriptional regulator, TetR family  21.91 
 
 		 185 aa  63.2  0.000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.718491  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3836  putative transcriptional regulator, TetR family  25.99 
 
 		 179 aa  62.4  0.000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0612117 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3097  TetR family transcriptional regulator  24.58 
 
 		 189 aa  61.6  0.000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.127725  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0765  TetR family transcriptional regulator  23.76 
 
 		 196 aa  59.7  0.00000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.448904  normal  0.172153 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24840  putative transcriptional regulator  25.13 
 
 		 185 aa  57.8  0.00000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4037  TetR family transcriptional regulator  22.94 
 
 		 200 aa  57.8  0.0000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.580741 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0472  TetR family transcriptional regulator  21.34 
 
 		 190 aa  56.2  0.0000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.010781  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2105  putative transcriptional regulator  24.31 
 
 		 185 aa  55.1  0.0000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2205  TetR family transcriptional regulator  24.46 
 
 		 202 aa  53.9  0.000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.270822 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5713  transcriptional regulator, TetR family  24.18 
 
 		 190 aa  54.3  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5419  TetR family transcriptional regulator  23.24 
 
 		 257 aa  53.1  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3566  TetR family transcriptional regulator  22.41 
 
 		 187 aa  52.4  0.000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.730164  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0355  TetR family transcriptional regulator  24.31 
 
 		 192 aa  50.8  0.00001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0481105 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3230  transcriptional regulator, TetR family  26.8 
 
 		 191 aa  50.4  0.00001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0704446  hitchhiker  0.00000846551 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5709  TetR family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 195 aa  50.1  0.00002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.92684  normal  0.162375 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5953  TetR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 195 aa  49.3  0.00004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0308427  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4472  transcriptional regulator, TetR family  27.67 
 
 		 205 aa  49.3  0.00004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.590949  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1985  transcriptional regulator, TetR family  24 
 
 		 206 aa  48.5  0.00006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3878  transcriptional regulator, TetR family  28.9 
 
 		 200 aa  47.8  0.00009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0990278  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0627  transcriptional regulator, TetR family  23.65 
 
 		 191 aa  47.4  0.0001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2930  transcriptional regulator, TetR family  25 
 
 		 193 aa  47.4  0.0001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.585103  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2732  TetR family transcriptional regulator  22.1 
 
 		 222 aa  47  0.0002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1399  transcriptional regulator, TetR family  24.68 
 
 		 197 aa  46.6  0.0002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.377036  hitchhiker  0.00124362 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1405  TetR family transcriptional regulator  23.87 
 
 		 203 aa  46.2  0.0003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.520137 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0421  transcriptional regulator, TetR family  21.15 
 
 		 189 aa  46.2  0.0003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0114693  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5704  TetR family transcriptional regulator  22.89 
 
 		 201 aa  45.8  0.0004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.013286 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28340  transcriptional regulator, TetR family  23.94 
 
 		 188 aa  45.4  0.0004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0595085  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1305  TetR family transcriptional regulator  22.58 
 
 		 181 aa  45.8  0.0004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1932  TetR family transcriptional regulator  22.22 
 
 		 210 aa  45.8  0.0004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1790  TetR family transcriptional regulator  22.09 
 
 		 209 aa  45.4  0.0004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3175  TetR family transcriptional regulator  22.29 
 
 		 201 aa  45.4  0.0005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0417  transcriptional regulator, TetR family  22.58 
 
 		 183 aa  45.4  0.0005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.137134 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5155  TetR family transcriptional regulator  22.89 
 
 		 201 aa  45.1  0.0007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1449  transcriptional regulator, TetR family  25.24 
 
 		 203 aa  43.9  0.001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0126985  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5297  TetR family transcriptional regulator  23.57 
 
 		 197 aa  43.9  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.755351  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0010  TetR family transcriptional regulator  22.89 
 
 		 205 aa  44.3  0.001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4534  TetR family transcriptional regulator  22.29 
 
 		 201 aa  44.7  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3475  TetR family transcriptional regulator  23.57 
 
 		 197 aa  44.7  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.213074  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0612  TetR family transcriptional regulator  20 
 
 		 202 aa  43.1  0.002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0141452  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8687  transcriptional regulator, TetR family  24.18 
 
 		 176 aa  43.1  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2884  TetR family transcriptional regulator  21.74 
 
 		 202 aa  43.1  0.003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4372  transcriptional regulator, TetR family  21.23 
 
 		 187 aa  43.1  0.003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.733694  normal  0.0486392 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0250  transcriptional regulator, TetR family  22.03 
 
 		 201 aa  43.1  0.003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.804071  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0228  TetR family transcriptional regulator  21.91 
 
 		 201 aa  42.7  0.003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.527328  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3995  regulatory protein, TetR  26.21 
 
 		 225 aa  43.1  0.003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4442  TetR family transcriptional regulator  22.08 
 
 		 192 aa  42.7  0.003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75286  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3533  transcriptional regulator, TetR family  21.29 
 
 		 211 aa  42.7  0.003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.1353  normal  0.182077 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4516  TetR family transcriptional regulator  20.53 
 
 		 197 aa  42.4  0.004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.125793  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5341  transcriptional regulator, TetR family  24.68 
 
 		 204 aa  42.4  0.004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.087744  normal  0.833644 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0384  TetR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 191 aa  42.4  0.004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5257  transcriptional regulator, TetR family  22.16 
 
 		 194 aa  42.7  0.004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.570583  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1157  transcriptional regulator, TetR family  22.22 
 
 		 194 aa  42.4  0.004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0870204  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3845  transcriptional regulator, TetR family  36.21 
 
 		 209 aa  42.4  0.005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00359694  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1975  transcriptional regulator, TetR family  26.79 
 
 		 199 aa  42  0.005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.382484  normal  0.828211 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0235  TetR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 225 aa  41.6  0.006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2801  TetR family transcriptional regulator  21.74 
 
 		 202 aa  41.6  0.007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3287  TetR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 195 aa  41.6  0.007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.443656  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1393  TetR family transcriptional regulator  20.49 
 
 		 205 aa  41.6  0.007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0239  transcriptional regulator, TetR family  21.47 
 
 		 201 aa  41.6  0.007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0220692  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2890  TetR family transcriptional regulator  24.2 
 
 		 202 aa  41.2  0.008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03014  putative transcription regulator protein  22.88 
 
 		 216 aa  41.2  0.008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.262128 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2754  regulatory protein, TetR  27.45 
 
 		 219 aa  41.2  0.009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.396057  normal  0.0231562 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1824  TetR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 224 aa  41.2  0.009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.87921  normal  0.175095 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>