124 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_3832 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009708  YpsIP31758_3685  putative transcriptional regulator  100 
 
 		 191 aa  388  1e-107  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0732  putative transcriptional regulator  100 
 
 		 191 aa  388  1e-107  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00595683  decreased coverage  0.00650584 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3832  putative transcriptional regulator  100 
 
 		 191 aa  388  1e-107  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0402  putative transcriptional regulator  79.58 
 
 		 196 aa  306  1.0000000000000001e-82  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.314976  normal  0.0133648 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3536  putative transcriptional regulator  71.2 
 
 		 191 aa  279  2e-74  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3411  putative transcriptional regulator  68.59 
 
 		 191 aa  274  7e-73  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.879169  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0721  putative transcriptional regulator  69.11 
 
 		 191 aa  272  2.0000000000000002e-72  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0502  putative transcriptional regulator  68.06 
 
 		 191 aa  268  2.9999999999999997e-71  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04005  predicted transcriptional regulator  64.92 
 
 		 191 aa  258  4e-68  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3857  transcriptional regulator, TetR family  64.92 
 
 		 191 aa  258  4e-68  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4376  putative transcriptional regulator  64.92 
 
 		 191 aa  258  4e-68  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00211026  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4690  putative transcriptional regulator  64.92 
 
 		 191 aa  258  4e-68  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03967  hypothetical protein  64.92 
 
 		 191 aa  258  4e-68  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3877  putative transcriptional regulator  64.92 
 
 		 191 aa  258  4e-68  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.859498  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4604  putative transcriptional regulator  64.92 
 
 		 191 aa  258  4e-68  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000800065  normal  0.777869 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4664  putative transcriptional regulator  64.92 
 
 		 191 aa  258  4e-68  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5651  putative transcriptional regulator  64.92 
 
 		 191 aa  258  4e-68  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000374909  normal  0.719853 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4600  putative transcriptional regulator  64.4 
 
 		 191 aa  256  9e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4740  putative transcriptional regulator  64.4 
 
 		 191 aa  256  1e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.76084  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4683  putative transcriptional regulator  64.4 
 
 		 191 aa  256  2e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4592  putative transcriptional regulator  64.4 
 
 		 191 aa  256  2e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.457943  normal  0.315374 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4718  putative transcriptional regulator  64.4 
 
 		 191 aa  256  2e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.172421  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0322  putative transcriptional regulator  62.83 
 
 		 191 aa  252  2.0000000000000002e-66  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000306279 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3701  transcriptional regulator of TetR family protein  32.6 
 
 		 206 aa  91.3  7e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2951  TetR family transcriptional regulator  24.59 
 
 		 188 aa  75.9  0.0000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00777364 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24840  putative transcriptional regulator  28.18 
 
 		 185 aa  75.5  0.0000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0765  TetR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 196 aa  75.1  0.0000000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.448904  normal  0.172153 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2877  TetR family transcriptional regulator  24.86 
 
 		 188 aa  73.9  0.000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.477107  normal  0.116943 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2721  TetR family transcriptional regulator  24.59 
 
 		 194 aa  74.3  0.000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2715  transcriptional regulator, TetR family  23.73 
 
 		 189 aa  72  0.000000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1371  transcriptional regulator, TetR family  25 
 
 		 189 aa  69.3  0.00000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.91689  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2105  putative transcriptional regulator  27.07 
 
 		 185 aa  69.3  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2003  transcriptional regulator, TetR family  24.72 
 
 		 189 aa  68.9  0.00000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.323672  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0472  TetR family transcriptional regulator  22.98 
 
 		 190 aa  66.2  0.0000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.010781  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3097  TetR family transcriptional regulator  23.03 
 
 		 189 aa  63.9  0.000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.127725  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4037  TetR family transcriptional regulator  24.18 
 
 		 200 aa  62.4  0.000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.580741 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0417  transcriptional regulator, TetR family  23.53 
 
 		 183 aa  59.3  0.00000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.137134 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3566  TetR family transcriptional regulator  25.97 
 
 		 187 aa  58.5  0.00000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.730164  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1305  TetR family transcriptional regulator  25.41 
 
 		 181 aa  58.2  0.00000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1932  TetR family transcriptional regulator  23.46 
 
 		 210 aa  58.2  0.00000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5341  transcriptional regulator, TetR family  26.62 
 
 		 204 aa  57  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.087744  normal  0.833644 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3836  putative transcriptional regulator, TetR family  23.16 
 
 		 179 aa  55.8  0.0000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0612117 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1527  HTH-type transcriptional regulator, TetR family  21.91 
 
 		 185 aa  55.1  0.0000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.718491  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0421  transcriptional regulator, TetR family  24.52 
 
 		 189 aa  54.3  0.0000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0114693  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4472  transcriptional regulator, TetR family  25.79 
 
 		 205 aa  54.3  0.000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.590949  n/a   
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5713  transcriptional regulator, TetR family  23.53 
 
 		 190 aa  53.5  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31550  transcriptional regulator  24.03 
 
 		 191 aa  52.4  0.000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0627  transcriptional regulator, TetR family  25.5 
 
 		 191 aa  52.4  0.000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5419  TetR family transcriptional regulator  20.99 
 
 		 257 aa  52  0.000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3230  transcriptional regulator, TetR family  25.97 
 
 		 191 aa  51.6  0.000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0704446  hitchhiker  0.00000846551 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0612  TetR family transcriptional regulator  22.22 
 
 		 202 aa  50.8  0.00001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0141452  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28340  transcriptional regulator, TetR family  21.16 
 
 		 188 aa  50.4  0.00002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0595085  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0127  transcriptional regulator, TetR family  25 
 
 		 191 aa  49.7  0.00003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00410003  normal  0.28897 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2611  TetR family transcriptional regulator  23.93 
 
 		 228 aa  48.9  0.00004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.620771 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0250  transcriptional regulator, TetR family  23.53 
 
 		 201 aa  48.9  0.00005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.804071  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1157  transcriptional regulator, TetR family  22.56 
 
 		 194 aa  48.5  0.00005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0870204  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2898  TetR family transcriptional regulator  23.08 
 
 		 206 aa  48.5  0.00006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.881728  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3418  transcriptional regulator protein  22.08 
 
 		 193 aa  48.1  0.00008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2754  regulatory protein, TetR  28.43 
 
 		 219 aa  47.4  0.0001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.396057  normal  0.0231562 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3587  TetR family transcriptional regulator  22.37 
 
 		 206 aa  47.4  0.0001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4974  TetR family transcriptional regulator  21.08 
 
 		 204 aa  47.8  0.0001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.792599  normal  0.404801 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3995  regulatory protein, TetR  27.5 
 
 		 225 aa  47.4  0.0001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3878  transcriptional regulator, TetR family  26.14 
 
 		 200 aa  47.8  0.0001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0990278  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3117  TetR family transcriptional regulator  21.08 
 
 		 204 aa  47.8  0.0001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.490432 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0239  transcriptional regulator, TetR family  22.88 
 
 		 201 aa  47.4  0.0001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0220692  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3175  TetR family transcriptional regulator  19.88 
 
 		 201 aa  46.6  0.0002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0228  TetR family transcriptional regulator  22.88 
 
 		 201 aa  47  0.0002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.527328  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1405  TetR family transcriptional regulator  23.6 
 
 		 203 aa  47  0.0002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.520137 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5704  TetR family transcriptional regulator  20.48 
 
 		 201 aa  46.6  0.0002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.013286 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1449  transcriptional regulator, TetR family  19.89 
 
 		 203 aa  46.6  0.0002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0126985  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1393  TetR family transcriptional regulator  19.9 
 
 		 205 aa  46.2  0.0003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5155  TetR family transcriptional regulator  20.48 
 
 		 201 aa  45.8  0.0003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2884  TetR family transcriptional regulator  24.03 
 
 		 202 aa  45.8  0.0004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4534  TetR family transcriptional regulator  19.88 
 
 		 201 aa  45.8  0.0004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2832  transcriptional regulator, TetR family  24.02 
 
 		 210 aa  45.8  0.0004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0010  TetR family transcriptional regulator  20.24 
 
 		 205 aa  45.4  0.0005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3018  TetR family transcriptional regulator  20.61 
 
 		 221 aa  45.4  0.0005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3475  TetR family transcriptional regulator  22.29 
 
 		 197 aa  45.4  0.0005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.213074  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5796  transcriptional regulator, TetR family  25 
 
 		 207 aa  45.4  0.0005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0048122 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5297  TetR family transcriptional regulator  22.29 
 
 		 197 aa  45.1  0.0006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.755351  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2606  TetR family transcriptional regulator  22.73 
 
 		 206 aa  44.7  0.0007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.613239  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0499  TetR family transcriptional regulator  22.73 
 
 		 206 aa  44.7  0.0007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2816  TetR family transcriptional regulator  25.53 
 
 		 192 aa  44.7  0.0008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0355  TetR family transcriptional regulator  24.07 
 
 		 192 aa  44.7  0.0008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0481105 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2801  TetR family transcriptional regulator  24.03 
 
 		 202 aa  44.7  0.0008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5319  TetR family transcriptional regulator  21.39 
 
 		 208 aa  44.7  0.0008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0472  TetR family transcriptional regulator  22.73 
 
 		 206 aa  44.7  0.0008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.530719 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0430  TetR family transcriptional regulator  21.79 
 
 		 207 aa  44.7  0.0009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.469108 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3656  TetR family transcriptional regulator  20.92 
 
 		 207 aa  44.3  0.001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.311417  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0894  TetR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 260 aa  44.3  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2732  TetR family transcriptional regulator  20.54 
 
 		 222 aa  44.3  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1399  transcriptional regulator, TetR family  22.08 
 
 		 197 aa  43.5  0.002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.377036  hitchhiker  0.00124362 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0404  TetR family transcriptional regulator  21.79 
 
 		 207 aa  43.9  0.002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0630  transcriptional regulator  30.65 
 
 		 209 aa  43.5  0.002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.397184  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4162  TetR family transcriptional regulator  21.88 
 
 		 210 aa  43.5  0.002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7001  transcriptional regulator, TetR family  20 
 
 		 221 aa  43.9  0.002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6699  transcriptional regulator, TetR family  25.83 
 
 		 207 aa  43.5  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.678516  normal  0.427356 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48190  putative transcriptional regulator  26.58 
 
 		 186 aa  43.1  0.003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0114913  normal  0.0538885 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1896  transcriptional regulator, TetR family  22.5 
 
 		 196 aa  43.1  0.003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.589186 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6800  putative transcriptional regulator, TetR family  25.32 
 
 		 207 aa  42.7  0.003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.813677  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>