166 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_2858 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011666  Msil_2858  Squalene/phytoene synthase  100 
 
 
287 aa  580  1.0000000000000001e-165  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0793384 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1004  squalene/phytoene synthase  53.26 
 
 
295 aa  310  1e-83  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.10193  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2191  Squalene/phytoene synthase  53.96 
 
 
289 aa  247  1e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2494  squalene/phytoene synthase  51.87 
 
 
289 aa  239  4e-62  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2279  squalene/phytoene synthase  51.55 
 
 
292 aa  234  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4744  Squalene/phytoene synthase  50.77 
 
 
298 aa  233  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0251048 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4595  Squalene/phytoene synthase  50.77 
 
 
298 aa  226  4e-58  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.476412  normal  0.0988127 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4225  squalene/phytoene synthase  50.77 
 
 
298 aa  226  4e-58  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0742858  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4312  squalene/phytoene synthase  50 
 
 
276 aa  223  2e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1794  squalene/phytoene synthase  44.74 
 
 
274 aa  201  8e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0830515  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1696  Squalene/phytoene synthase  41.9 
 
 
285 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0889  hypothetical protein  38.91 
 
 
277 aa  194  2e-48  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0893  hypothetical protein  38.91 
 
 
277 aa  193  3e-48  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2334  phytoene synthase  37.82 
 
 
277 aa  193  3e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1498  phytoene synthase protein  41.35 
 
 
285 aa  187  1e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.587215 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1176  putative phytoene synthase protein  39.85 
 
 
280 aa  184  1.0000000000000001e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.691183  normal  0.0670648 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4403  putative phytoene synthase (terpenoid synthase)  38.41 
 
 
288 aa  183  2.0000000000000003e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0617477  normal  0.124471 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2656  phytoene synthase  40.82 
 
 
270 aa  179  5.999999999999999e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.21364  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0526  hypothetical protein  33.95 
 
 
286 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1766  squalene/phytoene synthase  35.51 
 
 
286 aa  172  5.999999999999999e-42  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0567631  normal  0.0104629 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2774  phytoene synthase  38.54 
 
 
288 aa  169  5e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.775472  normal  0.713554 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1802  squalene/phytoene synthase  36.81 
 
 
287 aa  167  2.9999999999999998e-40  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.283074  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3169  putative phytoene synthase  38.55 
 
 
290 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.404092  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2729  phytoene synthase  38.01 
 
 
287 aa  163  3e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.241637  normal  0.249922 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3040  putative phytoene synthase  41.22 
 
 
281 aa  160  2e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2773  phytoene synthase  41.32 
 
 
288 aa  158  1e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.186675 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1524  putative terpenoid synthase  29.54 
 
 
293 aa  108  2e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1759  putative phytoene synthase protein  35.42 
 
 
282 aa  104  2e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1180  phytoene/squalene synthetase-like protein  39.18 
 
 
236 aa  101  1e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1894  hypothetical protein  32.67 
 
 
273 aa  90.1  3e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2706  squalene/phytoene synthase  25.55 
 
 
277 aa  89.7  4e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000109995  hitchhiker  0.00000842168 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1469  squalene/phytoene synthase  28.22 
 
 
278 aa  89.4  7e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.093499 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1512  squalene synthase HpnD  28.1 
 
 
285 aa  88.2  1e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.575071  normal  0.0112347 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3104  hypothetical protein  37.8 
 
 
246 aa  85.9  7e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0665725  normal  0.469934 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2074  phytoene/squalene synthetase-like protein  34.76 
 
 
255 aa  85.5  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.14342  normal  0.219879 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1695  hypothetical protein  34.09 
 
 
256 aa  82.8  0.000000000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.305402  normal  0.0354214 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1356  phytoene desaturase  26.07 
 
 
311 aa  80.9  0.00000000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1383  putative phytoene/squalene synthetase  30.74 
 
 
255 aa  80.5  0.00000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  hitchhiker  0.0024751  normal  0.842438 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2158  squalene synthase HpnD  27.92 
 
 
277 aa  79.7  0.00000000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_5923  predicted protein  27.07 
 
 
293 aa  79.7  0.00000000000005  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.918435 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0306  squalene/phytoene synthase  27.36 
 
 
288 aa  78.6  0.0000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1004  Phytoene synthase  26.69 
 
 
318 aa  78.6  0.0000000000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.372404  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2343  squalene/phytoene synthase  23.49 
 
 
280 aa  75.9  0.0000000000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.149671  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1697  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  26.79 
 
 
281 aa  73.9  0.000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.242152  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1175  phytoene desaturase  24.83 
 
 
316 aa  74.7  0.000000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.111689  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3076  phytoene synthase  27.82 
 
 
330 aa  73.2  0.000000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.270581  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1962  hypothetical protein  36 
 
 
248 aa  73.2  0.000000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.000465234  normal  0.472 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3229  Squalene/phytoene synthase  28.44 
 
 
332 aa  73.2  0.000000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.584963  normal  0.0335688 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2725  phytoene/squalene synthetase  30.29 
 
 
255 aa  72.8  0.000000000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.629616  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00043  conserved hypothetical protein  27.44 
 
 
392 aa  72  0.00000000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1732  Squalene/phytoene synthase  23.47 
 
 
310 aa  71.6  0.00000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.956731  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1585  Squalene/phytoene synthase  24 
 
 
309 aa  71.6  0.00000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2549  squalene synthase HpnD  25.49 
 
 
278 aa  71.6  0.00000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00412385 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1042  squalene/phytoene synthase  24.73 
 
 
286 aa  70.9  0.00000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.100807  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1155  hypothetical protein  32.62 
 
 
258 aa  70.9  0.00000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.0425779 
 
 
-
 
NC_011672  PHATRDRAFT_33756  predicted protein  26.94 
 
 
711 aa  71.2  0.00000000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0254551  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2699  Phytoene synthase  25.44 
 
 
316 aa  70.1  0.00000000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2501  Phytoene synthase  27.4 
 
 
293 aa  70.1  0.00000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000012826  normal  0.0149177 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3405  squalene synthase HpnC  30.67 
 
 
310 aa  69.3  0.00000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.151553  normal  0.136347 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1984  phytoene synthase  23.81 
 
 
308 aa  69.3  0.00000000007  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.735846  normal  0.234628 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0386  hypothetical protein  32.61 
 
 
292 aa  68.2  0.0000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.200827  normal  0.576494 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0906  squalene/phytoene synthase  28.85 
 
 
284 aa  68.2  0.0000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0584416  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1507  Squalene/phytoene synthase  23.27 
 
 
309 aa  67.8  0.0000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.100446  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1738  squalene/phytoene synthase  22.51 
 
 
310 aa  65.9  0.0000000007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.214205  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1371  squalene/phytoene synthase  23.08 
 
 
302 aa  65.5  0.000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.157684  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1121  squalene synthase HpnD  24.62 
 
 
279 aa  65.5  0.000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.148736  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2964  squalene/phytoene synthase  23.94 
 
 
293 aa  65.5  0.000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00159614  decreased coverage  0.000921441 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4794  phytoene synthase  23.65 
 
 
310 aa  64.3  0.000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000000235829  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1752  squalene/phytoene synthase  27.21 
 
 
337 aa  64.3  0.000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2017  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  23.55 
 
 
280 aa  63.9  0.000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1202  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  24.24 
 
 
279 aa  63.9  0.000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0346934  normal  0.446286 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3828  Phytoene synthase  27.62 
 
 
299 aa  63.5  0.000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.597595  normal  0.0686301 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2476  Squalene/phytoene synthase  25.99 
 
 
321 aa  63.2  0.000000004  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2505  squalene synthase HpnD  25.1 
 
 
279 aa  63.2  0.000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.522879  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0969  Squalene/phytoene synthase  21.93 
 
 
311 aa  62.8  0.000000006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.641353 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2874  phytoene synthase  23.18 
 
 
310 aa  62  0.00000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.109595  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0494  phytoene synthase  26.53 
 
 
342 aa  60.8  0.00000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1549  squalene/phytoene synthase  24.32 
 
 
279 aa  61.6  0.00000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2117  squalene/phytoene synthase  26.87 
 
 
337 aa  61.2  0.00000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0309  Phytoene synthase  22.64 
 
 
310 aa  60.5  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.334071  normal 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3904  Phytoene synthase  25.52 
 
 
326 aa  60.8  0.00000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4931  squalene/phytoene synthase  26.34 
 
 
303 aa  60.1  0.00000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.974749  normal  0.56653 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0309  Squalene/phytoene synthase  22 
 
 
310 aa  59.7  0.00000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0937  Squalene/phytoene synthase  28.31 
 
 
331 aa  58.9  0.00000009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0100379  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0064  squalene-phytoene synthase  27.13 
 
 
687 aa  57.8  0.0000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4441  squalene/phytoene synthase  26.11 
 
 
312 aa  58.2  0.0000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.902716 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6667  squalene synthase HpnD  27.51 
 
 
287 aa  57.4  0.0000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.349811  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2244  Phytoene synthase  22.84 
 
 
303 aa  57.4  0.0000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1944  squalene/phytoene synthase  23.99 
 
 
276 aa  56.6  0.0000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.134668  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1694  squalene/phytoene synthase  26.18 
 
 
303 aa  56.2  0.0000006  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0597183  hitchhiker  0.0000516194 
 
 
-
 
NC_006682  CNM00870  conserved hypothetical protein  24.56 
 
 
278 aa  55.5  0.000001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1287  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  25.66 
 
 
287 aa  55.5  0.000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.200444  normal  0.0949052 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2572  squalene synthase HpnD  24.32 
 
 
281 aa  55.5  0.000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0455716 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4010  phytoene synthase  22.57 
 
 
325 aa  54.7  0.000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26641  squalene and phytoene synthase  25.51 
 
 
313 aa  54.7  0.000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23110  squalene synthase HpnD  26.87 
 
 
288 aa  53.9  0.000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.246209  normal  0.237195 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1975  putative phytoene synthase  24.69 
 
 
278 aa  53.5  0.000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.264351  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3330  putative phytoene synthase  24.69 
 
 
278 aa  53.5  0.000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.10709  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1248  putative phytoene synthase  24.69 
 
 
278 aa  53.5  0.000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.245345  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1548  squalene/phytoene synthase  28.57 
 
 
293 aa  53.1  0.000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>