70 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hneap_1548 on replicon NC_013422
Organism: Halothiobacillus neapolitanus c2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013422  Hneap_1548  squalene/phytoene synthase  100 
 
 		 293 aa  595  1e-169  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1524  putative terpenoid synthase  25.9 
 
 		 293 aa  97.4  2e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1958  squalene synthase HpnD  29.72 
 
 		 300 aa  96.3  5e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0340477  normal  0.450684 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1934  squalene/phytoene synthase  29.72 
 
 		 300 aa  96.7  5e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6145  squalene/phytoene synthase  29.72 
 
 		 300 aa  96.7  5e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1512  squalene synthase HpnD  26.41 
 
 		 285 aa  90.9  3e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.575071  normal  0.0112347 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1944  squalene/phytoene synthase  27.01 
 
 		 276 aa  90.5  3e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.134668  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1922  squalene/phytoene synthase  28.77 
 
 		 303 aa  89.7  6e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.691361  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1652  putative phytoene synthase protein  27.34 
 
 		 290 aa  87.4  3e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.665297 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1849  squalene synthase HpnD  28.62 
 
 		 277 aa  86.3  6e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.775732  hitchhiker  0.00598695 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1337  squalene synthase HpnD  27.46 
 
 		 352 aa  82.8  0.000000000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00058937 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1482  phytoene synthase, putative  28.82 
 
 		 307 aa  82.4  0.000000000000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.135853  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2502  phytoene synthase, putative  28.82 
 
 		 307 aa  82.4  0.000000000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1894  squalene synthase HpnD  26.76 
 
 		 277 aa  80.9  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.635436  normal  0.151415 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1371  squalene/phytoene synthase  27.11 
 
 		 302 aa  80.9  0.00000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.157684  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1202  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  24.23 
 
 		 279 aa  80.5  0.00000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0346934  normal  0.446286 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2964  squalene/phytoene synthase  23.85 
 
 		 293 aa  80.5  0.00000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00159614  decreased coverage  0.000921441 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1121  squalene synthase HpnD  24.23 
 
 		 279 aa  80.5  0.00000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.148736  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1565  squalene synthase HpnD  26.64 
 
 		 277 aa  80.9  0.00000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0179833  normal  0.166486 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2505  squalene synthase HpnD  26.52 
 
 		 279 aa  79.7  0.00000000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.522879  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2572  squalene synthase HpnD  26.79 
 
 		 281 aa  79.3  0.00000000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0455716 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1248  putative phytoene synthase  29.18 
 
 		 278 aa  79.3  0.00000000000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.245345  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1975  putative phytoene synthase  29.18 
 
 		 278 aa  79.3  0.00000000000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.264351  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3330  putative phytoene synthase  29.18 
 
 		 278 aa  79.3  0.00000000000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.10709  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5245  squalene/phytoene synthase  28.42 
 
 		 303 aa  79  0.00000000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2017  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  23.85 
 
 		 280 aa  79  0.0000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2389  putative phytoene synthase  28.98 
 
 		 280 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2347  putative phytoene synthase  28.98 
 
 		 280 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0906  squalene/phytoene synthase  27.5 
 
 		 284 aa  77.8  0.0000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0584416  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1469  squalene/phytoene synthase  23.79 
 
 		 278 aa  76.6  0.0000000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.093499 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2098  phytoene synthase, putative  28.37 
 
 		 278 aa  75.9  0.0000000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.389143  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1006  squalene/phytoene synthase  25.09 
 
 		 302 aa  75.9  0.0000000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.109233  normal  0.62289 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0070  squalene/phytoene synthase  23.37 
 
 		 280 aa  75.5  0.000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00181146  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1549  squalene/phytoene synthase  26.24 
 
 		 279 aa  74.7  0.000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2706  squalene/phytoene synthase  23.93 
 
 		 277 aa  73.9  0.000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000109995  hitchhiker  0.00000842168 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1697  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  25.61 
 
 		 281 aa  73.6  0.000000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.242152  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1883  Squalene/phytoene synthase  26.45 
 
 		 292 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0657917 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2303  putative phytoene synthase  25.52 
 
 		 284 aa  72.8  0.000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.244566  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2343  squalene/phytoene synthase  22.71 
 
 		 280 aa  72.4  0.000000000009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.149671  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1042  squalene/phytoene synthase  26.95 
 
 		 286 aa  70.9  0.00000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.100807  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1456  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  23.21 
 
 		 286 aa  69.3  0.00000000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2549  squalene synthase HpnD  23.37 
 
 		 278 aa  65.9  0.0000000009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00412385 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1507  Squalene/phytoene synthase  22.3 
 
 		 309 aa  65.5  0.000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.100446  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2158  squalene synthase HpnD  23.84 
 
 		 277 aa  64.7  0.000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1287  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  24.16 
 
 		 287 aa  61.6  0.00000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.200444  normal  0.0949052 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2729  phytoene synthase  27.65 
 
 		 287 aa  55.1  0.000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.241637  normal  0.249922 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0969  Squalene/phytoene synthase  20.36 
 
 		 311 aa  54.7  0.000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.641353 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1585  Squalene/phytoene synthase  22.52 
 
 		 309 aa  53.1  0.000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2858  Squalene/phytoene synthase  28.57 
 
 		 287 aa  53.1  0.000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0793384 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2774  phytoene synthase  26.98 
 
 		 288 aa  53.1  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.775472  normal  0.713554 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1759  putative phytoene synthase protein  24.86 
 
 		 282 aa  52.4  0.000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0469  Squalene/phytoene synthase  25.52 
 
 		 294 aa  52.4  0.000009  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4403  putative phytoene synthase (terpenoid synthase)  23.59 
 
 		 288 aa  51.2  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0617477  normal  0.124471 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2476  Squalene/phytoene synthase  26.15 
 
 		 321 aa  47.8  0.0002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0526  hypothetical protein  24.22 
 
 		 286 aa  46.2  0.0007  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3104  hypothetical protein  27.81 
 
 		 246 aa  45.8  0.0008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0665725  normal  0.469934 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3828  Phytoene synthase  24.89 
 
 		 299 aa  45.8  0.0008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.597595  normal  0.0686301 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2018  squalene/phytoene synthase  23.08 
 
 		 296 aa  45.8  0.0008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.971404  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1356  phytoene desaturase  21.43 
 
 		 311 aa  45.1  0.001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1738  squalene/phytoene synthase  19.79 
 
 		 310 aa  45.1  0.001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.214205  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2494  squalene/phytoene synthase  25.65 
 
 		 289 aa  44.7  0.002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2046  Squalene/phytoene synthase  23.73 
 
 		 279 aa  44.7  0.002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.951992  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2441  Phytoene synthase  23.13 
 
 		 289 aa  44.7  0.002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.214033  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1732  Squalene/phytoene synthase  19.46 
 
 		 310 aa  45.1  0.002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.956731  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3229  Squalene/phytoene synthase  22.22 
 
 		 332 aa  43.5  0.004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.584963  normal  0.0335688 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2703  squalene/phytoene synthase  25.35 
 
 		 324 aa  43.5  0.004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.80466  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0937  Squalene/phytoene synthase  24.17 
 
 		 331 aa  43.1  0.005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0100379  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1833  squalene synthase HpnD  25.71 
 
 		 283 aa  43.1  0.006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0306  squalene/phytoene synthase  22.43 
 
 		 288 aa  42.7  0.007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23110  squalene synthase HpnD  23.71 
 
 		 288 aa  42.4  0.008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.246209  normal  0.237195 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>