49 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_2725 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007493  RSP_2725  phytoene/squalene synthetase  100 
 
 		 255 aa  473  1e-132  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.629616  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1383  putative phytoene/squalene synthetase  96.08 
 
 		 255 aa  432  1e-120  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  hitchhiker  0.0024751  normal  0.842438 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2074  phytoene/squalene synthetase-like protein  84.71 
 
 		 255 aa  348  6e-95  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.14342  normal  0.219879 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1695  hypothetical protein  60.7 
 
 		 256 aa  261  4.999999999999999e-69  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.305402  normal  0.0354214 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1155  hypothetical protein  55.08 
 
 		 258 aa  196  2.0000000000000003e-49  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0425779 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1962  hypothetical protein  50.98 
 
 		 248 aa  185  6e-46  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.000465234  normal  0.472 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2656  phytoene synthase  33.58 
 
 		 270 aa  107  2e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.21364  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1180  phytoene/squalene synthetase-like protein  42.78 
 
 		 236 aa  101  1e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1759  putative phytoene synthase protein  40.11 
 
 		 282 aa  97.1  3e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3040  putative phytoene synthase  32.74 
 
 		 281 aa  96.7  3e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1176  putative phytoene synthase protein  36.16 
 
 		 280 aa  93.6  3e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.691183  normal  0.0670648 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2191  Squalene/phytoene synthase  39.85 
 
 		 289 aa  92.4  6e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1498  phytoene synthase protein  33.85 
 
 		 285 aa  92.4  7e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.587215 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1004  squalene/phytoene synthase  36.17 
 
 		 295 aa  91.7  1e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.10193  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2334  phytoene synthase  29.41 
 
 		 277 aa  91.3  1e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2494  squalene/phytoene synthase  39.1 
 
 		 289 aa  90.5  3e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2858  Squalene/phytoene synthase  30.66 
 
 		 287 aa  90.1  3e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0793384 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1696  Squalene/phytoene synthase  34.86 
 
 		 285 aa  89.7  4e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1766  squalene/phytoene synthase  35.71 
 
 		 286 aa  89.4  5e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0567631  normal  0.0104629 
 
 
-
 
NC_004310  BR0893  hypothetical protein  30.4 
 
 		 277 aa  88.6  9e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0889  hypothetical protein  30.04 
 
 		 277 aa  88.2  1e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4061  hypothetical protein  35.27 
 
 		 271 aa  87.4  2e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.607101 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4403  putative phytoene synthase (terpenoid synthase)  31.75 
 
 		 288 aa  86.7  4e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0617477  normal  0.124471 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1794  squalene/phytoene synthase  35.22 
 
 		 274 aa  85.9  6e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0830515  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2279  squalene/phytoene synthase  37.31 
 
 		 292 aa  84.7  0.000000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1894  hypothetical protein  35.07 
 
 		 273 aa  83.6  0.000000000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1802  squalene/phytoene synthase  35.06 
 
 		 287 aa  83.6  0.000000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.283074  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3169  putative phytoene synthase  33.91 
 
 		 290 aa  80.5  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.404092  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2774  phytoene synthase  34.32 
 
 		 288 aa  81.3  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.775472  normal  0.713554 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4744  Squalene/phytoene synthase  34.78 
 
 		 298 aa  75.9  0.0000000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0251048 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3104  hypothetical protein  39.22 
 
 		 246 aa  72  0.000000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0665725  normal  0.469934 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4312  squalene/phytoene synthase  37.3 
 
 		 276 aa  68.9  0.00000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0386  hypothetical protein  32.4 
 
 		 292 aa  68.9  0.00000000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.200827  normal  0.576494 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2773  phytoene synthase  34.1 
 
 		 288 aa  67  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.186675 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4225  squalene/phytoene synthase  34.78 
 
 		 298 aa  66.6  0.0000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0742858  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4595  Squalene/phytoene synthase  34.78 
 
 		 298 aa  66.6  0.0000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.476412  normal  0.0988127 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2729  phytoene synthase  30.85 
 
 		 287 aa  63.5  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.241637  normal  0.249922 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0526  hypothetical protein  22.46 
 
 		 286 aa  63.5  0.000000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00043  conserved hypothetical protein  26.9 
 
 		 392 aa  57.8  0.0000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1549  squalene/phytoene synthase  26.78 
 
 		 279 aa  45.8  0.0006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1469  squalene/phytoene synthase  25.47 
 
 		 278 aa  44.7  0.001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.093499 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2964  squalene/phytoene synthase  25.6 
 
 		 293 aa  44.7  0.002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00159614  decreased coverage  0.000921441 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2343  squalene/phytoene synthase  28.18 
 
 		 280 aa  44.3  0.002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.149671  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2017  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  26.37 
 
 		 280 aa  43.9  0.003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1524  putative terpenoid synthase  26.29 
 
 		 293 aa  43.9  0.003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2706  squalene/phytoene synthase  23.43 
 
 		 277 aa  42.7  0.005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000109995  hitchhiker  0.00000842168 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3405  squalene synthase HpnC  29.57 
 
 		 310 aa  42.7  0.005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.151553  normal  0.136347 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2046  Squalene/phytoene synthase  26.97 
 
 		 279 aa  43.1  0.005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.951992  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0906  squalene/phytoene synthase  27.03 
 
 		 284 aa  42.4  0.007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0584416  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>