269 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_2388 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_2388  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  100 
 
 		 321 aa  643    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6485  alpha-L-glutamate ligase  46.11 
 
 		 333 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.74062 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3081  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  48.31 
 
 		 317 aa  231  1e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6005  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  44.1 
 
 		 311 aa  220  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.403561  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5945  alpha-L-glutamate ligase  46.26 
 
 		 317 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00891733 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2610  SSU ribosomal protein S6P modification protein  46.6 
 
 		 306 aa  219  6e-56  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.360533  normal  0.749824 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0259  S6 modification enzyme RimK  43.3 
 
 		 307 aa  217  2e-55  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2434  SSU ribosomal protein S6P modification protein  46.64 
 
 		 344 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3149  alpha-L-glutamate ligase  46.49 
 
 		 332 aa  213  1.9999999999999998e-54  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1832  alpha-L-glutamate ligase  43.4 
 
 		 304 aa  213  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2167  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  43.4 
 
 		 304 aa  213  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.538668  normal  0.206065 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1783  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  43.94 
 
 		 304 aa  213  2.9999999999999995e-54  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  hitchhiker  0.0099597  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2864  ribosomal protein S6 modification protein, putative  44.07 
 
 		 308 aa  213  3.9999999999999995e-54  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5781  alpha-L-glutamate ligase  44.44 
 
 		 305 aa  209  3e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0459037  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1789  alpha-L-glutamate ligase  49.25 
 
 		 298 aa  209  4e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.186066  normal  0.64762 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0531  alpha-L-glutamate ligase  45.02 
 
 		 302 aa  206  4e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.831854 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1657  SSU ribosomal protein S6P modification protein  42.12 
 
 		 308 aa  202  6e-51  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.161868  normal  0.441172 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0182  alpha-L-glutamate ligase  35.86 
 
 		 292 aa  139  7.999999999999999e-32  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1729  alpha-L-glutamate ligase  35.44 
 
 		 292 aa  136  6.0000000000000005e-31  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0874  SSU ribosomal protein S6P modification protein  35.44 
 
 		 292 aa  135  9.999999999999999e-31  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.205884  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2585  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  31.92 
 
 		 324 aa  132  1.0000000000000001e-29  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1118  alpha-L-glutamate ligase  35.79 
 
 		 292 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.36995  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1580  alpha-L-glutamate ligase  32.92 
 
 		 292 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.261705  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3203  SSU ribosomal protein S6P modification protein  32.38 
 
 		 329 aa  125  7e-28  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.398244  normal  0.0345991 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2364  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  36.41 
 
 		 267 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.288925 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0564  alpha-L-glutamate ligase  33.05 
 
 		 293 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.194605  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1276  SSU ribosomal protein S6P modification protein  29.8 
 
 		 310 aa  107  3e-22  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0328  lysine biosynthesis enzyme LysX  33.48 
 
 		 294 aa  103  4e-21  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1105  S6 modification enzyme RimK  31.01 
 
 		 262 aa  100  5e-20  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.352091  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0151  alpha-L-glutamate ligase  31.29 
 
 		 293 aa  99.8  6e-20  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.751724  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1502  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  34.48 
 
 		 291 aa  99.8  6e-20  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1379  alpha-L-glutamate ligase  28.5 
 
 		 299 aa  98.6  1e-19  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.112928  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0723  alpha-L-glutamate ligase  29.97 
 
 		 299 aa  98.2  2e-19  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.349493 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6289  lysine biosynthesis enzyme LysX  34.32 
 
 		 293 aa  97.4  3e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0721  alpha-L-glutamate ligase  29.48 
 
 		 292 aa  97.1  4e-19  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.609176 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0506  SSU ribosomal protein S6P modification protein  29.59 
 
 		 299 aa  96.3  6e-19  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1137  lysine biosynthesis enzyme LysX  27.46 
 
 		 283 aa  95.5  1e-18  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0237722  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2113  alpha-L-glutamate ligase  32.42 
 
 		 340 aa  94.7  2e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.795675  normal  0.0912587 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1984  RimK domain protein ATP-grasp  26.86 
 
 		 292 aa  93.6  4e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.976929 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2302  alpha-L-glutamate ligase  30.6 
 
 		 292 aa  93.6  4e-18  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.0136928 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1175  hypothetical protein  30.34 
 
 		 267 aa  93.6  4e-18  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.521808 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1288  lysine biosynthesis enzyme LysX  28.93 
 
 		 285 aa  93.2  5e-18  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0210035 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1761  lysine biosynthesis enzyme LysX  31.48 
 
 		 296 aa  93.2  5e-18  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3661  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  29.63 
 
 		 301 aa  92  1e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2616  lysine biosynthesis enzyme LysX  33.8 
 
 		 294 aa  91.7  2e-17  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0772  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  35.43 
 
 		 312 aa  90.5  4e-17  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.788078 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1747  alpha-L-glutamate ligase  31.11 
 
 		 299 aa  90.1  4e-17  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0692  SSU ribosomal protein S6P modification protein  27.11 
 
 		 296 aa  90.1  5e-17  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.136634  hitchhiker  0.0000298511 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1944  alpha-L-glutamate ligase  30.29 
 
 		 292 aa  90.1  5e-17  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.123222  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1175  alpha-L-glutamate ligase  29.52 
 
 		 285 aa  90.1  5e-17  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1291  lysine biosynthesis enzyme LysX  29.86 
 
 		 282 aa  88.6  1e-16  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1015  RimK domain-containing protein ATP-grasp  30.84 
 
 		 264 aa  89  1e-16  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  hitchhiker  0.0000921126  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2254  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  30.56 
 
 		 314 aa  87.8  2e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1059  lysine biosynthesis enzyme LysX  30.18 
 
 		 282 aa  87.4  3e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.411939  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_2074  alpha-L-glutamate ligase  32 
 
 		 292 aa  86.7  4e-16  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0780  alpha-L-glutamate ligase  27.5 
 
 		 285 aa  86.7  5e-16  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.304799  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1170  alpha-L-glutamate ligase  29 
 
 		 285 aa  86.7  5e-16  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.515796  normal  0.722984 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0449  S6 modification enzyme RimK  32.18 
 
 		 301 aa  86.7  6e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1505  alpha-L-glutamate ligase  27.5 
 
 		 285 aa  86.3  7e-16  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3469  lysine biosynthesis enzyme LysX  30.29 
 
 		 285 aa  85.9  9e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.072295 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0316  lysine biosynthesis enzyme LysX  31.55 
 
 		 282 aa  85.5  0.000000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1834  alpha-L-glutamate ligase  29.41 
 
 		 328 aa  85.5  0.000000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000258771  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0291  lysine biosynthesis enzyme LysX  30.3 
 
 		 302 aa  85.5  0.000000000000001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.42871  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2443  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  29.41 
 
 		 328 aa  85.1  0.000000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000377091  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1882  alpha-L-glutamate ligase  29.41 
 
 		 328 aa  85.1  0.000000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000288725  normal  0.927758 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1848  alpha-L-glutamate ligase  29.41 
 
 		 328 aa  85.1  0.000000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000133826  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0158  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  26.62 
 
 		 295 aa  84.7  0.000000000000002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.314526  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2310  ribosomal protein S6 modification protein  29.08 
 
 		 301 aa  84.3  0.000000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0168  L-2-aminoadipate N-acetyltransferase  27.59 
 
 		 283 aa  85.1  0.000000000000002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  decreased coverage  0.0000000151287  normal  0.111818 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2724  lysine biosynthesis enzyme LysX  33.5 
 
 		 281 aa  84.3  0.000000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.772565  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1151  lysine biosynthesis enzyme LysX  34.33 
 
 		 292 aa  84.7  0.000000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.492268  normal  0.326079 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2039  SSU ribosomal protein S6P modification protein  27.06 
 
 		 299 aa  84.3  0.000000000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.014544 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0619  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  29.29 
 
 		 302 aa  84.7  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.875829  normal  0.913535 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0628  alpha-L-glutamate ligase  29.39 
 
 		 300 aa  84.7  0.000000000000002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1744  alpha-L-glutamate ligase  28.74 
 
 		 331 aa  84.3  0.000000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0481  hypothetical protein  29.19 
 
 		 302 aa  84.3  0.000000000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0457  hypothetical protein  29.19 
 
 		 302 aa  84.3  0.000000000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0259  lysine biosynthesis enzyme LysX  32.32 
 
 		 283 aa  84.3  0.000000000000003  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.661273 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0318  lysine biosynthesis enzyme LysX  31.03 
 
 		 288 aa  84.3  0.000000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2405  alpha-L-glutamate ligase  28.74 
 
 		 338 aa  84  0.000000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0279362  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0604  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  29.29 
 
 		 302 aa  84  0.000000000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2754  alpha-L-glutamate ligase  30.35 
 
 		 299 aa  83.6  0.000000000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0894554  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2195  alpha-L-glutamate ligase  28.74 
 
 		 336 aa  83.6  0.000000000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0177868  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2272  alpha-L-glutamate ligase  28.74 
 
 		 336 aa  83.6  0.000000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.218388  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02450  Glutathione synthase  30.13 
 
 		 292 aa  83.6  0.000000000000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3597  lysine biosynthesis enzyme LysX  29.57 
 
 		 283 aa  83.2  0.000000000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.109467 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0438  lysine biosynthesis enzyme LysX  32.16 
 
 		 281 aa  83.6  0.000000000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00025755 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1687  S6 modification enzyme RimK  29.41 
 
 		 310 aa  83.2  0.000000000000006  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3306  lysine biosynthesis enzyme LysX  28.23 
 
 		 287 aa  82.8  0.000000000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1808  L-2-aminoadipate N-acetyltransferase  27.31 
 
 		 269 aa  82.4  0.000000000000009  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2200  ribosomal protein S6 modification protein, putative  28.74 
 
 		 330 aa  82  0.00000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0136  alpha-L-glutamate ligase  26.24 
 
 		 265 aa  82.4  0.00000000000001  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0877646  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2583  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  35.1 
 
 		 302 aa  81.3  0.00000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.549073  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2213  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  35.1 
 
 		 302 aa  81.3  0.00000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.262107 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3121  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  31.1 
 
 		 447 aa  80.5  0.00000000000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0847  alpha-L-glutamate ligase  26.24 
 
 		 269 aa  80.9  0.00000000000003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.652747  normal  0.189578 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02460  ribosomal protein S6 modification protein  28.12 
 
 		 290 aa  80.5  0.00000000000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.76969  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1999  ribosomal protein S6 modification protein, putative  27.78 
 
 		 309 aa  80.5  0.00000000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00000304708  normal  0.227031 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1070  alpha-L-glutamate ligase  26.85 
 
 		 269 aa  80.1  0.00000000000004  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.642798  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2322  RimK domain-containing protein ATP-grasp  26.12 
 
 		 296 aa  79.7  0.00000000000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>