More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_2585 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_2585  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  100 
 
 		 324 aa  652    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3203  SSU ribosomal protein S6P modification protein  31.38 
 
 		 329 aa  157  2e-37  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.398244  normal  0.0345991 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1276  SSU ribosomal protein S6P modification protein  35.43 
 
 		 310 aa  156  4e-37  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0692  SSU ribosomal protein S6P modification protein  33.22 
 
 		 296 aa  155  9e-37  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.136634  hitchhiker  0.0000298511 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6485  alpha-L-glutamate ligase  32.18 
 
 		 333 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.74062 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1118  alpha-L-glutamate ligase  34.8 
 
 		 292 aa  145  1e-33  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.36995  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1379  L-2-aminoadipate N-acetyltransferase  43.4 
 
 		 267 aa  143  4e-33  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.595719 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2434  SSU ribosomal protein S6P modification protein  34.1 
 
 		 344 aa  140  3e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0158  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  29.67 
 
 		 295 aa  139  7e-32  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.314526  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0259  S6 modification enzyme RimK  29.01 
 
 		 307 aa  139  7e-32  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2864  ribosomal protein S6 modification protein, putative  37.02 
 
 		 308 aa  135  7.000000000000001e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_2074  alpha-L-glutamate ligase  34.88 
 
 		 292 aa  135  7.000000000000001e-31  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0721  alpha-L-glutamate ligase  33.64 
 
 		 292 aa  135  7.000000000000001e-31  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.609176 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2167  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  33.88 
 
 		 304 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.538668  normal  0.206065 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1832  alpha-L-glutamate ligase  33.88 
 
 		 304 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1657  SSU ribosomal protein S6P modification protein  31.49 
 
 		 308 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.161868  normal  0.441172 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1783  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  33.22 
 
 		 304 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  hitchhiker  0.0099597  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2610  SSU ribosomal protein S6P modification protein  32.79 
 
 		 306 aa  133  3e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.360533  normal  0.749824 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5945  alpha-L-glutamate ligase  32.26 
 
 		 317 aa  133  5e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00891733 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2388  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  35.83 
 
 		 321 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1944  alpha-L-glutamate ligase  34.72 
 
 		 292 aa  130  3e-29  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.123222  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0259  lysine biosynthesis enzyme LysX  40.41 
 
 		 283 aa  130  3e-29  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.661273 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2302  alpha-L-glutamate ligase  35.48 
 
 		 292 aa  129  8.000000000000001e-29  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.0136928 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6289  lysine biosynthesis enzyme LysX  40.1 
 
 		 293 aa  127  2.0000000000000002e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0291  lysine biosynthesis enzyme LysX  36.12 
 
 		 302 aa  127  3e-28  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.42871  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1729  alpha-L-glutamate ligase  28.34 
 
 		 292 aa  125  7e-28  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3081  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  30.32 
 
 		 317 aa  124  2e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0182  alpha-L-glutamate ligase  28.01 
 
 		 292 aa  123  4e-27  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0151  alpha-L-glutamate ligase  32 
 
 		 293 aa  122  9.999999999999999e-27  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.751724  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1580  alpha-L-glutamate ligase  27.69 
 
 		 292 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.261705  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1789  alpha-L-glutamate ligase  31.79 
 
 		 298 aa  121  1.9999999999999998e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.186066  normal  0.64762 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1291  lysine biosynthesis enzyme LysX  37 
 
 		 282 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3597  lysine biosynthesis enzyme LysX  33.79 
 
 		 283 aa  121  1.9999999999999998e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.109467 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2616  lysine biosynthesis enzyme LysX  33.33 
 
 		 294 aa  120  3e-26  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0723  alpha-L-glutamate ligase  30.97 
 
 		 299 aa  120  3e-26  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.349493 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1137  lysine biosynthesis enzyme LysX  31.58 
 
 		 283 aa  119  9e-26  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0237722  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2724  lysine biosynthesis enzyme LysX  33.91 
 
 		 281 aa  117  1.9999999999999998e-25  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.772565  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1298  lysine biosynthesis enzyme LysX  37.34 
 
 		 271 aa  118  1.9999999999999998e-25  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.18194  normal  0.20368 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1761  lysine biosynthesis enzyme LysX  29.55 
 
 		 296 aa  117  3e-25  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0874  SSU ribosomal protein S6P modification protein  27.36 
 
 		 292 aa  117  3e-25  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.205884  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0506  SSU ribosomal protein S6P modification protein  30.51 
 
 		 299 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3149  alpha-L-glutamate ligase  31.31 
 
 		 332 aa  116  5e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6005  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  31.68 
 
 		 311 aa  116  5e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.403561  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1747  alpha-L-glutamate ligase  30 
 
 		 299 aa  116  6e-25  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1704  lysine biosynthesis enzyme LysX  32.14 
 
 		 282 aa  115  7.999999999999999e-25  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.3971  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2388  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  30.99 
 
 		 300 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2322  RimK domain-containing protein ATP-grasp  30.19 
 
 		 296 aa  114  2.0000000000000002e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1991  L-2-aminoadipate N-acetyltransferase  31.82 
 
 		 281 aa  113  3e-24  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.317152  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5781  alpha-L-glutamate ligase  37.55 
 
 		 305 aa  114  3e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0459037  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0531  alpha-L-glutamate ligase  30.84 
 
 		 302 aa  114  3e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.831854 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0316  lysine biosynthesis enzyme LysX  32.35 
 
 		 282 aa  114  3e-24  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0546  alpha-L-glutamate ligase  30.12 
 
 		 301 aa  113  3e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3484  alpha-L-glutamate ligase  30.12 
 
 		 301 aa  113  3e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0546  ribosomal protein S6 modification protein  30.22 
 
 		 301 aa  113  5e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0481  hypothetical protein  28.12 
 
 		 302 aa  113  5e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0457  hypothetical protein  28.12 
 
 		 302 aa  113  5e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3306  lysine biosynthesis enzyme LysX  32.63 
 
 		 287 aa  112  7.000000000000001e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3327  alpha-L-glutamate ligase  29.6 
 
 		 301 aa  112  8.000000000000001e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0545  alpha-L-glutamate ligase  29.81 
 
 		 301 aa  112  9e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0328  lysine biosynthesis enzyme LysX  31.78 
 
 		 294 aa  110  3e-23  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1105  S6 modification enzyme RimK  38.19 
 
 		 262 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.352091  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0438  lysine biosynthesis enzyme LysX  32.62 
 
 		 281 aa  109  5e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00025755 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3945  alpha-L-glutamate ligase  29.28 
 
 		 301 aa  108  1e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3966  alpha-L-glutamate ligase  27.74 
 
 		 456 aa  108  1e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.0000098482  normal  0.0844879 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2364  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  34.87 
 
 		 267 aa  108  1e-22  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.288925 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0505  alpha-L-glutamate ligase  29.28 
 
 		 301 aa  108  2e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1366  ribosomal protein S6 modification protein  28.89 
 
 		 300 aa  107  2e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3819  alpha-L-glutamate ligase  29.28 
 
 		 301 aa  108  2e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0564  alpha-L-glutamate ligase  24.92 
 
 		 293 aa  108  2e-22  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.194605  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3763  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  29.28 
 
 		 301 aa  108  2e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.86581 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3469  lysine biosynthesis enzyme LysX  35.38 
 
 		 285 aa  107  3e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.072295 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0924  ribosomal protein S6 modification protein  29.49 
 
 		 300 aa  106  4e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1999  ribosomal protein S6 modification protein, putative  31.73 
 
 		 309 aa  106  4e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00000304708  normal  0.227031 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3160  ribosomal protein S6 modification protein  31.03 
 
 		 301 aa  107  4e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4122  alpha-L-glutamate ligase  27.3 
 
 		 459 aa  106  6e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000650409  hitchhiker  0.00401578 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2480  ribosomal protein S6 modification protein  29.49 
 
 		 300 aa  105  7e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00857  ribosomal protein S6 modification protein  29.49 
 
 		 300 aa  105  8e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2790  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  29.49 
 
 		 300 aa  105  8e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1006  ribosomal protein S6 modification protein  29.49 
 
 		 300 aa  105  8e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.195269 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0955  ribosomal protein S6 modification protein  29.49 
 
 		 300 aa  105  8e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2744  ribosomal protein S6 modification protein  29.49 
 
 		 300 aa  105  8e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.155924 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00863  hypothetical protein  29.49 
 
 		 300 aa  105  8e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0655  SSU ribosomal protein S6P modification protein  28.48 
 
 		 299 aa  105  1e-21  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.922088  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0879  ribosomal protein S6 modification protein  29.49 
 
 		 300 aa  105  1e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.734196  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0168  L-2-aminoadipate N-acetyltransferase  32.47 
 
 		 283 aa  105  1e-21  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  decreased coverage  0.0000000151287  normal  0.111818 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2254  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  32.59 
 
 		 314 aa  104  2e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0449  S6 modification enzyme RimK  29.35 
 
 		 301 aa  104  2e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2289  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  30 
 
 		 300 aa  104  2e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1059  lysine biosynthesis enzyme LysX  35.38 
 
 		 282 aa  103  4e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.411939  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2098  SSU ribosomal protein S6P modification protein  33.47 
 
 		 301 aa  103  5e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.247188  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2101  alpha-L-glutamate ligase  27.94 
 
 		 458 aa  102  6e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00703256  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1288  lysine biosynthesis enzyme LysX  27.51 
 
 		 285 aa  102  9e-21  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0210035 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0619  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  28.12 
 
 		 302 aa  102  1e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.875829  normal  0.913535 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1502  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  31.28 
 
 		 291 aa  102  1e-20  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0760  ribosomal protein S6 modification protein  30 
 
 		 301 aa  101  1e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00088888  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2039  SSU ribosomal protein S6P modification protein  28.06 
 
 		 299 aa  102  1e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.014544 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0318  lysine biosynthesis enzyme LysX  31.86 
 
 		 288 aa  102  1e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1984  RimK domain protein ATP-grasp  28.93 
 
 		 292 aa  101  1e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.976929 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0948  ribosomal protein S6 modification protein  29.49 
 
 		 300 aa  101  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3184  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  29.94 
 
 		 292 aa  101  2e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>