238 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dret_1984 on replicon NC_013223
Organism: Desulfohalobium retbaense DSM 5692



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013223  Dret_1984  RimK domain protein ATP-grasp  100 
 
 
292 aa  605  9.999999999999999e-173  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.976929 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2700  RimK domain protein ATP-grasp  65.85 
 
 
290 aa  380  1e-104  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.734268  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2322  RimK domain-containing protein ATP-grasp  49.13 
 
 
296 aa  295  4e-79  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1768  glutathione synthase/ribosomal protein S6 modification glutaminyl transferase-like protein  47.95 
 
 
302 aa  286  2.9999999999999996e-76  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0157  RimK domain-containing protein ATP-grasp  47.57 
 
 
311 aa  279  3e-74  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0174298 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3203  SSU ribosomal protein S6P modification protein  27.27 
 
 
329 aa  112  6e-24  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.398244  normal  0.0345991 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2610  SSU ribosomal protein S6P modification protein  26.03 
 
 
306 aa  107  3e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.360533  normal  0.749824 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0158  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  27 
 
 
295 aa  106  4e-22  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.314526  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1276  SSU ribosomal protein S6P modification protein  27.05 
 
 
310 aa  105  7e-22  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0721  alpha-L-glutamate ligase  30.8 
 
 
292 aa  104  2e-21  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.609176 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2302  alpha-L-glutamate ligase  31.98 
 
 
292 aa  104  2e-21  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.0136928 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0506  SSU ribosomal protein S6P modification protein  28.04 
 
 
299 aa  103  4e-21  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0723  alpha-L-glutamate ligase  27.31 
 
 
299 aa  103  5e-21  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.349493 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1944  alpha-L-glutamate ligase  31.67 
 
 
292 aa  102  6e-21  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.123222  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2585  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  28.93 
 
 
324 aa  101  1e-20  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1118  alpha-L-glutamate ligase  26.45 
 
 
292 aa  100  2e-20  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.36995  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2254  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  26.88 
 
 
314 aa  100  4e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0692  SSU ribosomal protein S6P modification protein  27.09 
 
 
296 aa  98.6  1e-19  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.136634  hitchhiker  0.0000298511 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_2074  alpha-L-glutamate ligase  30.8 
 
 
292 aa  98.6  1e-19  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3081  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  25.83 
 
 
317 aa  96.3  6e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1747  alpha-L-glutamate ligase  27.37 
 
 
299 aa  95.9  6e-19  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5945  alpha-L-glutamate ligase  26.26 
 
 
317 aa  92.8  6e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00891733 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2388  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  26.86 
 
 
321 aa  89.7  5e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3149  alpha-L-glutamate ligase  24.75 
 
 
332 aa  89.4  6e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6485  alpha-L-glutamate ligase  26.52 
 
 
333 aa  89.4  6e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.74062 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2113  alpha-L-glutamate ligase  27.24 
 
 
340 aa  89  9e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.795675  normal  0.0912587 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1691  SSU ribosomal protein S6P modification protein  26.52 
 
 
314 aa  86.7  5e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2388  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  27.09 
 
 
300 aa  84.3  0.000000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0628  alpha-L-glutamate ligase  27.54 
 
 
300 aa  84.7  0.000000000000002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0318  lysine biosynthesis enzyme LysX  28.51 
 
 
288 aa  84  0.000000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1549  S6 modification enzyme RimK  25.95 
 
 
301 aa  84  0.000000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0619  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  25.17 
 
 
302 aa  84  0.000000000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.875829  normal  0.913535 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2289  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  25.34 
 
 
300 aa  83.6  0.000000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0604  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  25.17 
 
 
302 aa  83.6  0.000000000000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3666  alpha-L-glutamate ligase  24.49 
 
 
301 aa  83.2  0.000000000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000000125802  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1761  lysine biosynthesis enzyme LysX  26.05 
 
 
296 aa  82.8  0.000000000000006  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0328  lysine biosynthesis enzyme LysX  26.89 
 
 
294 aa  82.8  0.000000000000006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0151  alpha-L-glutamate ligase  24.25 
 
 
293 aa  82.4  0.000000000000007  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.751724  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0686  SSU ribosomal protein S6P modification protein  24.32 
 
 
301 aa  82.4  0.000000000000008  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  unclonable  0.0000000000000259145  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1580  alpha-L-glutamate ligase  22.95 
 
 
292 aa  81.6  0.00000000000001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.261705  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2724  lysine biosynthesis enzyme LysX  29.44 
 
 
281 aa  81.3  0.00000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.772565  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2061  S6 modification enzyme RimK  25.26 
 
 
301 aa  81.3  0.00000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000579629  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0564  alpha-L-glutamate ligase  24.19 
 
 
293 aa  80.9  0.00000000000002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.194605  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2165  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  26.88 
 
 
314 aa  81.3  0.00000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.398044  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2434  SSU ribosomal protein S6P modification protein  25.94 
 
 
344 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3274  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  23.99 
 
 
300 aa  80.5  0.00000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0760  ribosomal protein S6 modification protein  25.1 
 
 
301 aa  80.5  0.00000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00088888  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0763  alpha-L-glutamate ligase  27.52 
 
 
299 aa  79.7  0.00000000000005  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.708688  normal  0.325873 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3661  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  25.8 
 
 
301 aa  79.7  0.00000000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0449  S6 modification enzyme RimK  26.62 
 
 
301 aa  79.7  0.00000000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3597  lysine biosynthesis enzyme LysX  30.77 
 
 
283 aa  79.7  0.00000000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.109467 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0316  lysine biosynthesis enzyme LysX  28.7 
 
 
282 aa  79.7  0.00000000000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2310  ribosomal protein S6 modification protein  24.38 
 
 
301 aa  79  0.00000000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2828  alpha-L-glutamate ligases, ribosomal protein S6 modification protein of RimK family protein  25.48 
 
 
302 aa  79  0.00000000000009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1643  alpha-L-glutamate ligase  25.08 
 
 
300 aa  78.2  0.0000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0124301 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1361  alpha-L-glutamate ligase  23.46 
 
 
301 aa  77.4  0.0000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.934336  hitchhiker  0.0000103664 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1956  ribosomal protein S6 modification protein  25.7 
 
 
303 aa  77.8  0.0000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.52107  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0244  alpha-L-glutamate ligase  25.08 
 
 
302 aa  77.8  0.0000000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.12128  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00716  ribosomal protein S6 modification protein  24.62 
 
 
301 aa  77  0.0000000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0291  lysine biosynthesis enzyme LysX  28.43 
 
 
302 aa  76.6  0.0000000000004  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.42871  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2779  alpha-L-glutamate ligase  24.71 
 
 
302 aa  76.6  0.0000000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000513891  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1871  ribosomal protein S6 modification protein  24.74 
 
 
301 aa  76.3  0.0000000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6087  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  24.22 
 
 
302 aa  76.3  0.0000000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0438  lysine biosynthesis enzyme LysX  28.5 
 
 
281 aa  75.9  0.0000000000007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00025755 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2039  SSU ribosomal protein S6P modification protein  26.25 
 
 
299 aa  75.9  0.0000000000007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.014544 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2032  SSU ribosomal protein S6P modification protein  23.85 
 
 
301 aa  75.9  0.0000000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000147156  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0259  S6 modification enzyme RimK  24.08 
 
 
307 aa  75.5  0.0000000000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0182  alpha-L-glutamate ligase  21.58 
 
 
292 aa  75.5  0.0000000000009  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0874  SSU ribosomal protein S6P modification protein  21.92 
 
 
292 aa  75.5  0.0000000000009  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.205884  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000825  ribosomal protein S6 glutaminyl transferase  23.85 
 
 
301 aa  75.1  0.000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000778733  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06734  glutathione synthase  23.85 
 
 
286 aa  75.1  0.000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1366  ribosomal protein S6 modification protein  25.09 
 
 
300 aa  75.1  0.000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0481  hypothetical protein  26.73 
 
 
302 aa  74.3  0.000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0457  hypothetical protein  26.73 
 
 
302 aa  74.3  0.000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4122  alpha-L-glutamate ligase  23.9 
 
 
459 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000650409  hitchhiker  0.00401578 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1690  ribosomal protein S6 modification protein  23.13 
 
 
303 aa  74.7  0.000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1791  ribosomal protein S6 modification protein  24.05 
 
 
301 aa  74.7  0.000000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0386  ribosomal protein S6 modification protein  24.05 
 
 
301 aa  74.7  0.000000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.786331  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1240  SSU ribosomal protein S6P modification protein  23.57 
 
 
302 aa  73.9  0.000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.272934  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1729  alpha-L-glutamate ligase  24.9 
 
 
292 aa  73.9  0.000000000003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1687  S6 modification enzyme RimK  23.22 
 
 
310 aa  73.6  0.000000000004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1704  lysine biosynthesis enzyme LysX  26.17 
 
 
282 aa  73.2  0.000000000005  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.3971  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0948  ribosomal protein S6 modification protein  28.42 
 
 
300 aa  73.2  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1009  ribosomal protein S6 modification protein  28.42 
 
 
300 aa  73.2  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1028  ribosomal protein S6 modification protein  28.42 
 
 
300 aa  73.2  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.275544  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0912  ribosomal protein S6 modification protein  28.42 
 
 
300 aa  73.2  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0980  ribosomal protein S6 modification protein  28.42 
 
 
300 aa  73.2  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0524519  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2616  lysine biosynthesis enzyme LysX  26.82 
 
 
294 aa  73.2  0.000000000006  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0928  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  27.62 
 
 
447 aa  72.8  0.000000000006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2074  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  28.28 
 
 
451 aa  72.8  0.000000000006  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.139696  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0924  ribosomal protein S6 modification protein  26.03 
 
 
300 aa  72.8  0.000000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00863  hypothetical protein  28.42 
 
 
300 aa  72  0.00000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2744  ribosomal protein S6 modification protein  28.42 
 
 
300 aa  72  0.00000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.155924 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0769  SSU ribosomal protein S6P modification protein  24.4 
 
 
471 aa  71.6  0.00000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.974202  normal  0.327706 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0363  SSU ribosomal protein S6P modification protein  23.88 
 
 
301 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1006  ribosomal protein S6 modification protein  28.42 
 
 
300 aa  72  0.00000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.195269 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68660  ribosomal protein S6 modification protein  23.88 
 
 
301 aa  71.6  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5941  ribosomal protein S6 modification protein  23.88 
 
 
301 aa  71.6  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0879  ribosomal protein S6 modification protein  28.42 
 
 
300 aa  71.6  0.00000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.734196  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3966  alpha-L-glutamate ligase  24.3 
 
 
456 aa  72  0.00000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.0000098482  normal  0.0844879 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>