More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpe_A2610 on replicon NC_008825
Organism: Methylibium petroleiphilum PM1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008825  Mpe_A2610  SSU ribosomal protein S6P modification protein  100 
 
 		 306 aa  608  1e-173  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.360533  normal  0.749824 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3081  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  76.9 
 
 		 317 aa  450  1e-125  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3149  alpha-L-glutamate ligase  73.05 
 
 		 332 aa  417  9.999999999999999e-116  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6485  alpha-L-glutamate ligase  67.95 
 
 		 333 aa  402  1e-111  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.74062 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5945  alpha-L-glutamate ligase  66.23 
 
 		 317 aa  384  1e-105  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00891733 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2434  SSU ribosomal protein S6P modification protein  67.31 
 
 		 344 aa  372  1e-102  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2864  ribosomal protein S6 modification protein, putative  50 
 
 		 308 aa  257  2e-67  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1657  SSU ribosomal protein S6P modification protein  47.28 
 
 		 308 aa  247  2e-64  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.161868  normal  0.441172 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0259  S6 modification enzyme RimK  45.81 
 
 		 307 aa  246  3e-64  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2388  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  47.62 
 
 		 321 aa  227  2e-58  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1789  alpha-L-glutamate ligase  45.03 
 
 		 298 aa  208  1e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.186066  normal  0.64762 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6005  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  45.72 
 
 		 311 aa  205  6e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.403561  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2167  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  45.82 
 
 		 304 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.538668  normal  0.206065 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1783  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  45.82 
 
 		 304 aa  200  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  hitchhiker  0.0099597  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1832  alpha-L-glutamate ligase  45.82 
 
 		 304 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5781  alpha-L-glutamate ligase  45.07 
 
 		 305 aa  193  3e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0459037  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0531  alpha-L-glutamate ligase  45.39 
 
 		 302 aa  189  4e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.831854 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3203  SSU ribosomal protein S6P modification protein  31.27 
 
 		 329 aa  142  5e-33  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.398244  normal  0.0345991 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2585  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  32.79 
 
 		 324 aa  142  8e-33  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1580  alpha-L-glutamate ligase  32.08 
 
 		 292 aa  133  3e-30  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.261705  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0564  alpha-L-glutamate ligase  28.38 
 
 		 293 aa  134  3e-30  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.194605  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0182  alpha-L-glutamate ligase  30.39 
 
 		 292 aa  133  3.9999999999999996e-30  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0874  SSU ribosomal protein S6P modification protein  31.31 
 
 		 292 aa  132  6e-30  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.205884  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1729  alpha-L-glutamate ligase  31.31 
 
 		 292 aa  129  8.000000000000001e-29  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2113  alpha-L-glutamate ligase  37.21 
 
 		 340 aa  128  1.0000000000000001e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.795675  normal  0.0912587 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0723  alpha-L-glutamate ligase  37.67 
 
 		 299 aa  126  3e-28  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.349493 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0692  SSU ribosomal protein S6P modification protein  32.39 
 
 		 296 aa  122  6e-27  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.136634  hitchhiker  0.0000298511 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2700  RimK domain protein ATP-grasp  27.46 
 
 		 290 aa  122  9.999999999999999e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.734268  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0506  SSU ribosomal protein S6P modification protein  34.97 
 
 		 299 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1276  SSU ribosomal protein S6P modification protein  26.23 
 
 		 310 aa  119  4.9999999999999996e-26  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1747  alpha-L-glutamate ligase  36.28 
 
 		 299 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1984  RimK domain protein ATP-grasp  26.03 
 
 		 292 aa  115  7.999999999999999e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.976929 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0619  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  28.97 
 
 		 302 aa  114  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.875829  normal  0.913535 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0438  lysine biosynthesis enzyme LysX  38.69 
 
 		 281 aa  114  2.0000000000000002e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00025755 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1118  alpha-L-glutamate ligase  31.36 
 
 		 292 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.36995  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0721  alpha-L-glutamate ligase  31.91 
 
 		 292 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.609176 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3661  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  29.45 
 
 		 301 aa  114  3e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1944  alpha-L-glutamate ligase  33.45 
 
 		 292 aa  113  4.0000000000000004e-24  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.123222  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0604  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  28.62 
 
 		 302 aa  113  4.0000000000000004e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2254  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  33.23 
 
 		 314 aa  112  7.000000000000001e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0158  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  26.85 
 
 		 295 aa  111  1.0000000000000001e-23  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.314526  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0244  alpha-L-glutamate ligase  28.25 
 
 		 302 aa  111  1.0000000000000001e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.12128  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3664  alpha-L-glutamate ligase  28.57 
 
 		 301 aa  110  3e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.124246  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0318  lysine biosynthesis enzyme LysX  30.85 
 
 		 288 aa  110  3e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3274  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  31.1 
 
 		 300 aa  110  3e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2061  S6 modification enzyme RimK  29.97 
 
 		 301 aa  110  4.0000000000000004e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000579629  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1687  S6 modification enzyme RimK  31.53 
 
 		 310 aa  110  4.0000000000000004e-23  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2640  S6 modification enzyme RimK  29.58 
 
 		 301 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.363149  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1299  ribosomal protein S6 modification protein  30.24 
 
 		 301 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.186898  normal  0.0117357 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2391  alpha-L-glutamate ligase  29.1 
 
 		 301 aa  109  5e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000134298  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1967  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  29.1 
 
 		 301 aa  109  5e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000000256532  hitchhiker  0.00043621 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2496  alpha-L-glutamate ligase  29.1 
 
 		 301 aa  109  5e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000126065  normal  0.0109329 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2380  alpha-L-glutamate ligase  29.1 
 
 		 301 aa  109  5e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.0000000000191941  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1240  SSU ribosomal protein S6P modification protein  31.29 
 
 		 302 aa  109  6e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.272934  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2143  alpha-L-glutamate ligase  27.8 
 
 		 301 aa  109  7.000000000000001e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000000119851  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3160  ribosomal protein S6 modification protein  30.48 
 
 		 301 aa  108  9.000000000000001e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2039  SSU ribosomal protein S6P modification protein  30 
 
 		 299 aa  108  1e-22  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.014544 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2779  alpha-L-glutamate ligase  28.9 
 
 		 302 aa  108  2e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000513891  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2724  lysine biosynthesis enzyme LysX  37.69 
 
 		 281 aa  107  3e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.772565  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_23180  SSU ribosomal protein S6P modification protein  30.74 
 
 		 411 aa  106  4e-22  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0481  hypothetical protein  28.76 
 
 		 302 aa  106  4e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0457  hypothetical protein  28.76 
 
 		 302 aa  106  4e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2032  SSU ribosomal protein S6P modification protein  29.8 
 
 		 301 aa  106  4e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000147156  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1745  SSU ribosomal protein S6P modification protein  29.37 
 
 		 299 aa  106  4e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000225359  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1825  SSU ribosomal protein S6P modification protein  29.37 
 
 		 299 aa  106  4e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000123784  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2274  SSU ribosomal protein S6P modification protein  29.37 
 
 		 299 aa  106  4e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000086692  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2270  ribosomal protein S6 modification protein  29.79 
 
 		 299 aa  106  5e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1291  lysine biosynthesis enzyme LysX  35.05 
 
 		 282 aa  106  5e-22  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00716  ribosomal protein S6 modification protein  27.8 
 
 		 301 aa  106  6e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0151  alpha-L-glutamate ligase  30.48 
 
 		 293 aa  106  6e-22  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.751724  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2398  S6 modification enzyme RimK  30.14 
 
 		 307 aa  105  6e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2266  SSU ribosomal protein S6P modification protein  30.77 
 
 		 305 aa  105  8e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.484979  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1212  alpha-L-glutamate ligases, RimK family protein  28.57 
 
 		 301 aa  105  8e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0387338  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2364  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  35.2 
 
 		 267 aa  105  8e-22  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.288925 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1871  ribosomal protein S6 modification protein  28.94 
 
 		 301 aa  105  9e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3666  alpha-L-glutamate ligase  27.24 
 
 		 301 aa  105  1e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000000125802  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0449  S6 modification enzyme RimK  29.45 
 
 		 301 aa  103  3e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1028  ribosomal protein S6 modification protein  31.49 
 
 		 300 aa  103  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.275544  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1761  lysine biosynthesis enzyme LysX  31.8 
 
 		 296 aa  103  3e-21  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0948  ribosomal protein S6 modification protein  31.49 
 
 		 300 aa  103  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000825  ribosomal protein S6 glutaminyl transferase  28.19 
 
 		 301 aa  103  3e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000778733  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2302  alpha-L-glutamate ligase  34.33 
 
 		 292 aa  103  3e-21  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.0136928 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1009  ribosomal protein S6 modification protein  31.49 
 
 		 300 aa  103  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2418  alpha-L-glutamate ligases, RimK family protein  29.57 
 
 		 298 aa  103  3e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0980  ribosomal protein S6 modification protein  31.49 
 
 		 300 aa  103  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0524519  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0912  ribosomal protein S6 modification protein  31.49 
 
 		 300 aa  103  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0259  lysine biosynthesis enzyme LysX  34.78 
 
 		 283 aa  103  3e-21  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.661273 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1691  SSU ribosomal protein S6P modification protein  34.23 
 
 		 314 aa  103  4e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1379  L-2-aminoadipate N-acetyltransferase  35.14 
 
 		 267 aa  103  5e-21  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.595719 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0291  lysine biosynthesis enzyme LysX  35.27 
 
 		 302 aa  102  6e-21  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.42871  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1549  S6 modification enzyme RimK  27.51 
 
 		 301 aa  102  6e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1105  S6 modification enzyme RimK  35.2 
 
 		 262 aa  102  6e-21  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.352091  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3966  alpha-L-glutamate ligase  27.53 
 
 		 456 aa  102  6e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.0000098482  normal  0.0844879 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68660  ribosomal protein S6 modification protein  31.86 
 
 		 301 aa  102  6e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5941  ribosomal protein S6 modification protein  31.86 
 
 		 301 aa  102  6e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2310  ribosomal protein S6 modification protein  27.97 
 
 		 301 aa  102  8e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0760  ribosomal protein S6 modification protein  28.76 
 
 		 301 aa  102  9e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00088888  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1643  alpha-L-glutamate ligase  28.43 
 
 		 300 aa  101  1e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0124301 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2828  alpha-L-glutamate ligases, ribosomal protein S6 modification protein of RimK family protein  29.28 
 
 		 302 aa  102  1e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1015  RimK domain-containing protein ATP-grasp  37.56 
 
 		 264 aa  102  1e-20  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  hitchhiker  0.0000921126  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>