More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_5781 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010511  M446_5781  alpha-L-glutamate ligase  100 
 
 		 305 aa  597  1e-170  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0459037  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6005  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  91.96 
 
 		 311 aa  527  1e-149  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.403561  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1832  alpha-L-glutamate ligase  78.22 
 
 		 304 aa  441  1e-123  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1783  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  78.22 
 
 		 304 aa  442  1e-123  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  hitchhiker  0.0099597  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2167  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  78.22 
 
 		 304 aa  441  1e-123  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.538668  normal  0.206065 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0531  alpha-L-glutamate ligase  78.48 
 
 		 302 aa  415  9.999999999999999e-116  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.831854 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1657  SSU ribosomal protein S6P modification protein  46.18 
 
 		 308 aa  237  2e-61  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.161868  normal  0.441172 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2864  ribosomal protein S6 modification protein, putative  45.39 
 
 		 308 aa  230  2e-59  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0259  S6 modification enzyme RimK  43.6 
 
 		 307 aa  226  5.0000000000000005e-58  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2388  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  46.18 
 
 		 321 aa  222  4.9999999999999996e-57  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6485  alpha-L-glutamate ligase  46.23 
 
 		 333 aa  218  1e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.74062 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3081  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  43.59 
 
 		 317 aa  206  5e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2434  SSU ribosomal protein S6P modification protein  47.04 
 
 		 344 aa  203  4e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1789  alpha-L-glutamate ligase  45.7 
 
 		 298 aa  202  4e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.186066  normal  0.64762 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2610  SSU ribosomal protein S6P modification protein  45.05 
 
 		 306 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.360533  normal  0.749824 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5945  alpha-L-glutamate ligase  43.48 
 
 		 317 aa  200  3e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00891733 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3149  alpha-L-glutamate ligase  43.39 
 
 		 332 aa  184  2.0000000000000003e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2585  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  39.3 
 
 		 324 aa  132  1.0000000000000001e-29  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0182  alpha-L-glutamate ligase  28.03 
 
 		 292 aa  129  8.000000000000001e-29  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1729  alpha-L-glutamate ligase  28.37 
 
 		 292 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0874  SSU ribosomal protein S6P modification protein  28.72 
 
 		 292 aa  125  8.000000000000001e-28  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.205884  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1118  alpha-L-glutamate ligase  34.41 
 
 		 292 aa  123  4e-27  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.36995  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0564  alpha-L-glutamate ligase  26 
 
 		 293 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.194605  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1580  alpha-L-glutamate ligase  27.34 
 
 		 292 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.261705  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1105  S6 modification enzyme RimK  35.65 
 
 		 262 aa  119  7.999999999999999e-26  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.352091  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0291  lysine biosynthesis enzyme LysX  37.98 
 
 		 302 aa  118  9.999999999999999e-26  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.42871  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2364  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  36.95 
 
 		 267 aa  117  3e-25  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.288925 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1687  S6 modification enzyme RimK  30.63 
 
 		 310 aa  115  8.999999999999998e-25  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2302  alpha-L-glutamate ligase  33.2 
 
 		 292 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.0136928 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1379  L-2-aminoadipate N-acetyltransferase  37.21 
 
 		 267 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.595719 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1291  lysine biosynthesis enzyme LysX  36.19 
 
 		 282 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0259  lysine biosynthesis enzyme LysX  35.94 
 
 		 283 aa  108  9.000000000000001e-23  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.661273 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0721  alpha-L-glutamate ligase  33.33 
 
 		 292 aa  108  1e-22  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.609176 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0723  alpha-L-glutamate ligase  33.07 
 
 		 299 aa  108  2e-22  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.349493 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2266  SSU ribosomal protein S6P modification protein  35.6 
 
 		 305 aa  107  2e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.484979  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3203  SSU ribosomal protein S6P modification protein  27.74 
 
 		 329 aa  107  3e-22  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.398244  normal  0.0345991 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2616  lysine biosynthesis enzyme LysX  35.45 
 
 		 294 aa  107  3e-22  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1276  SSU ribosomal protein S6P modification protein  26.32 
 
 		 310 aa  107  4e-22  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1761  lysine biosynthesis enzyme LysX  34.39 
 
 		 296 aa  106  5e-22  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1015  RimK domain-containing protein ATP-grasp  35.92 
 
 		 264 aa  105  9e-22  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  hitchhiker  0.0000921126  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0318  lysine biosynthesis enzyme LysX  30.72 
 
 		 288 aa  104  1e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1944  alpha-L-glutamate ligase  31.76 
 
 		 292 aa  103  3e-21  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.123222  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1747  alpha-L-glutamate ligase  32.9 
 
 		 299 aa  102  9e-21  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1999  ribosomal protein S6 modification protein, putative  32.43 
 
 		 309 aa  101  1e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00000304708  normal  0.227031 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3274  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  30.74 
 
 		 300 aa  100  2e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2724  lysine biosynthesis enzyme LysX  36.89 
 
 		 281 aa  100  4e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.772565  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1298  lysine biosynthesis enzyme LysX  36.36 
 
 		 271 aa  99.8  5e-20  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.18194  normal  0.20368 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0328  lysine biosynthesis enzyme LysX  33.05 
 
 		 294 aa  99.8  6e-20  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1175  hypothetical protein  31.78 
 
 		 267 aa  99.8  6e-20  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.521808 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_23180  SSU ribosomal protein S6P modification protein  37.19 
 
 		 411 aa  99.4  8e-20  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0316  lysine biosynthesis enzyme LysX  36.41 
 
 		 282 aa  98.6  1e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0145  alpha-L-glutamate ligase  39.49 
 
 		 264 aa  98.2  1e-19  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.563722  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2443  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  31.66 
 
 		 328 aa  97.8  2e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000377091  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1882  alpha-L-glutamate ligase  31.66 
 
 		 328 aa  97.8  2e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000288725  normal  0.927758 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1834  alpha-L-glutamate ligase  31.66 
 
 		 328 aa  97.8  2e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000258771  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1379  alpha-L-glutamate ligase  28.97 
 
 		 299 aa  97.8  2e-19  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.112928  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1848  alpha-L-glutamate ligase  31.66 
 
 		 328 aa  97.8  2e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000133826  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0506  SSU ribosomal protein S6P modification protein  31.12 
 
 		 299 aa  97.8  2e-19  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1137  lysine biosynthesis enzyme LysX  24.92 
 
 		 283 aa  97.4  3e-19  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0237722  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0772  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  32.08 
 
 		 312 aa  97.4  3e-19  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.788078 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6087  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  31.35 
 
 		 302 aa  97.1  3e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1502  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  32.29 
 
 		 291 aa  97.4  3e-19  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1744  alpha-L-glutamate ligase  30.88 
 
 		 331 aa  97.1  4e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0546  ribosomal protein S6 modification protein  29.13 
 
 		 301 aa  96.7  4e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0438  lysine biosynthesis enzyme LysX  35.44 
 
 		 281 aa  96.7  4e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00025755 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3160  ribosomal protein S6 modification protein  30.92 
 
 		 301 aa  96.3  6e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2113  alpha-L-glutamate ligase  35.5 
 
 		 340 aa  94.7  1e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.795675  normal  0.0912587 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1871  ribosomal protein S6 modification protein  32.99 
 
 		 301 aa  95.5  1e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1185  alpha-L-glutamate ligase  34.58 
 
 		 265 aa  95.1  1e-18  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2200  ribosomal protein S6 modification protein, putative  30.88 
 
 		 330 aa  94.7  2e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0546  alpha-L-glutamate ligase  29.08 
 
 		 301 aa  94.7  2e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2195  alpha-L-glutamate ligase  31.06 
 
 		 336 aa  94.7  2e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0177868  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2272  alpha-L-glutamate ligase  31.06 
 
 		 336 aa  94.7  2e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.218388  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3484  alpha-L-glutamate ligase  29.08 
 
 		 301 aa  94.7  2e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0545  alpha-L-glutamate ligase  29.08 
 
 		 301 aa  94.4  2e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2405  alpha-L-glutamate ligase  31.06 
 
 		 338 aa  94.7  2e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0279362  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0481  hypothetical protein  31.65 
 
 		 302 aa  93.6  3e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0457  hypothetical protein  31.65 
 
 		 302 aa  93.6  3e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0692  SSU ribosomal protein S6P modification protein  30.33 
 
 		 296 aa  93.2  5e-18  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.136634  hitchhiker  0.0000298511 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0151  alpha-L-glutamate ligase  33.77 
 
 		 293 aa  93.2  5e-18  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.751724  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_2074  alpha-L-glutamate ligase  30.9 
 
 		 292 aa  93.2  5e-18  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3327  alpha-L-glutamate ligase  29.45 
 
 		 301 aa  93.2  5e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2310  ribosomal protein S6 modification protein  30.17 
 
 		 301 aa  92  1e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2779  alpha-L-glutamate ligase  32.32 
 
 		 302 aa  91.7  1e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000513891  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3306  lysine biosynthesis enzyme LysX  29.39 
 
 		 287 aa  92  1e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0136  alpha-L-glutamate ligase  36.93 
 
 		 265 aa  90.9  2e-17  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.0680474 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0168  L-2-aminoadipate N-acetyltransferase  26.33 
 
 		 283 aa  91.3  2e-17  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  decreased coverage  0.0000000151287  normal  0.111818 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0763  alpha-L-glutamate ligase  33.88 
 
 		 299 aa  91.3  2e-17  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.708688  normal  0.325873 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3661  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  32.62 
 
 		 301 aa  91.3  2e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2828  alpha-L-glutamate ligases, ribosomal protein S6 modification protein of RimK family protein  33.07 
 
 		 302 aa  90.5  3e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1151  lysine biosynthesis enzyme LysX  37.12 
 
 		 292 aa  89.7  5e-17  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.492268  normal  0.326079 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3945  alpha-L-glutamate ligase  28.48 
 
 		 301 aa  89.4  7e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2032  SSU ribosomal protein S6P modification protein  32.83 
 
 		 301 aa  89.4  7e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000147156  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2583  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  35.12 
 
 		 302 aa  89  8e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.549073  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2213  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  35.12 
 
 		 302 aa  89  8e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.262107 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3121  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  37.31 
 
 		 447 aa  89.4  8e-17  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0619  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  32.61 
 
 		 302 aa  89  9e-17  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.875829  normal  0.913535 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0760  ribosomal protein S6 modification protein  31.83 
 
 		 301 aa  88.6  1e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00088888  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3819  alpha-L-glutamate ligase  28.48 
 
 		 301 aa  88.6  1e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0628  alpha-L-glutamate ligase  28.67 
 
 		 300 aa  89  1e-16  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>