More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lferr_2213 on replicon NC_011206
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011761  AFE_2583  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  100 
 
 		 302 aa  595  1e-169  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.549073  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2213  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  100 
 
 		 302 aa  595  1e-169  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.262107 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2270  ribosomal protein S6 modification protein  39.86 
 
 		 299 aa  202  4e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1745  SSU ribosomal protein S6P modification protein  39.86 
 
 		 299 aa  202  6e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000225359  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1825  SSU ribosomal protein S6P modification protein  39.86 
 
 		 299 aa  202  6e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000123784  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2274  SSU ribosomal protein S6P modification protein  39.86 
 
 		 299 aa  202  6e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000086692  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2310  ribosomal protein S6 modification protein  38.01 
 
 		 301 aa  201  9e-51  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3664  alpha-L-glutamate ligase  39.66 
 
 		 301 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.124246  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68660  ribosomal protein S6 modification protein  40.89 
 
 		 301 aa  199  3e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5941  ribosomal protein S6 modification protein  40.89 
 
 		 301 aa  199  3e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0760  ribosomal protein S6 modification protein  37.87 
 
 		 301 aa  199  3.9999999999999996e-50  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00088888  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1299  ribosomal protein S6 modification protein  39.06 
 
 		 301 aa  198  9e-50  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.186898  normal  0.0117357 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1791  ribosomal protein S6 modification protein  39.73 
 
 		 301 aa  198  1.0000000000000001e-49  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0386  ribosomal protein S6 modification protein  39.73 
 
 		 301 aa  198  1.0000000000000001e-49  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.786331  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0248  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  39.86 
 
 		 301 aa  197  3e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0180089 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1240  SSU ribosomal protein S6P modification protein  37.88 
 
 		 302 aa  196  3e-49  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.272934  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0263  alpha-L-glutamate ligase  39.86 
 
 		 301 aa  197  3e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.553998 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1871  ribosomal protein S6 modification protein  38.46 
 
 		 301 aa  196  4.0000000000000005e-49  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0244  alpha-L-glutamate ligase  38.28 
 
 		 302 aa  196  4.0000000000000005e-49  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.12128  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0449  S6 modification enzyme RimK  40.48 
 
 		 301 aa  196  5.000000000000001e-49  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2779  alpha-L-glutamate ligase  37.76 
 
 		 302 aa  195  6e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000513891  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2143  alpha-L-glutamate ligase  38.57 
 
 		 301 aa  195  7e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000000119851  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2496  alpha-L-glutamate ligase  39.18 
 
 		 301 aa  195  8.000000000000001e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000126065  normal  0.0109329 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1967  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  39.18 
 
 		 301 aa  195  8.000000000000001e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000000256532  hitchhiker  0.00043621 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2391  alpha-L-glutamate ligase  39.18 
 
 		 301 aa  195  8.000000000000001e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000134298  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2380  alpha-L-glutamate ligase  39.18 
 
 		 301 aa  195  8.000000000000001e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.0000000000191941  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05140  ribosomal protein S6 modification enzyme RimK  39.73 
 
 		 301 aa  195  8.000000000000001e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2398  S6 modification enzyme RimK  38.91 
 
 		 307 aa  194  1e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2418  alpha-L-glutamate ligases, RimK family protein  38.57 
 
 		 298 aa  194  1e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0234  ribosomal protein S6 modification protein  39.18 
 
 		 301 aa  194  2e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0173  S6 modification enzyme RimK  39.46 
 
 		 301 aa  194  2e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1361  alpha-L-glutamate ligase  37.46 
 
 		 301 aa  193  2e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.934336  hitchhiker  0.0000103664 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0262  SSU ribosomal protein S6P modification protein  39.52 
 
 		 301 aa  194  2e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.345619 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0273  alpha-L-glutamate ligase  39.52 
 
 		 301 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3666  alpha-L-glutamate ligase  37.33 
 
 		 301 aa  193  3e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000000125802  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4964  alpha-L-glutamate ligase  39.52 
 
 		 301 aa  193  3e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000940925 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1549  S6 modification enzyme RimK  38.36 
 
 		 301 aa  192  5e-48  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02460  ribosomal protein S6 modification protein  38.41 
 
 		 290 aa  192  9e-48  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.76969  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0363  SSU ribosomal protein S6P modification protein  39.38 
 
 		 301 aa  191  1e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0619  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  38.7 
 
 		 302 aa  191  1e-47  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.875829  normal  0.913535 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2266  SSU ribosomal protein S6P modification protein  40.34 
 
 		 305 aa  191  1e-47  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.484979  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0604  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  38.7 
 
 		 302 aa  191  1e-47  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2032  SSU ribosomal protein S6P modification protein  38.64 
 
 		 301 aa  190  2.9999999999999997e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000147156  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2289  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  41.4 
 
 		 300 aa  190  2.9999999999999997e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2061  S6 modification enzyme RimK  39.12 
 
 		 301 aa  189  5e-47  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000579629  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2388  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  40.77 
 
 		 300 aa  188  1e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1212  alpha-L-glutamate ligases, RimK family protein  38.59 
 
 		 301 aa  186  3e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0387338  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000825  ribosomal protein S6 glutaminyl transferase  37.67 
 
 		 301 aa  186  4e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000778733  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2640  S6 modification enzyme RimK  37.92 
 
 		 301 aa  186  4e-46  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.363149  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1687  S6 modification enzyme RimK  36.75 
 
 		 310 aa  186  5e-46  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00857  ribosomal protein S6 modification protein  39.93 
 
 		 300 aa  185  6e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2790  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  39.93 
 
 		 300 aa  185  6e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1690  ribosomal protein S6 modification protein  40.7 
 
 		 303 aa  185  6e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00863  hypothetical protein  39.93 
 
 		 300 aa  185  6e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1006  ribosomal protein S6 modification protein  39.93 
 
 		 300 aa  185  6e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.195269 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2744  ribosomal protein S6 modification protein  39.93 
 
 		 300 aa  185  6e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.155924 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0955  ribosomal protein S6 modification protein  39.93 
 
 		 300 aa  185  6e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1366  ribosomal protein S6 modification protein  40.96 
 
 		 300 aa  185  8e-46  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1956  ribosomal protein S6 modification protein  40.35 
 
 		 303 aa  185  9e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.52107  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0879  ribosomal protein S6 modification protein  39.93 
 
 		 300 aa  185  9e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.734196  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2480  ribosomal protein S6 modification protein  39.93 
 
 		 300 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00716  ribosomal protein S6 modification protein  37.46 
 
 		 301 aa  184  1.0000000000000001e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0924  ribosomal protein S6 modification protein  39.93 
 
 		 300 aa  184  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02302  ribosomal protein S6 modification protein  40.07 
 
 		 305 aa  183  2.0000000000000003e-45  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0686  SSU ribosomal protein S6P modification protein  36.93 
 
 		 301 aa  183  3e-45  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  unclonable  0.0000000000000259145  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6087  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  39.86 
 
 		 302 aa  183  3e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2353  alpha-L-glutamate ligase  39.02 
 
 		 301 aa  183  3e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000863949  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2024  alpha-L-glutamate ligase  39.65 
 
 		 301 aa  182  5.0000000000000004e-45  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.095015  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2039  SSU ribosomal protein S6P modification protein  38.83 
 
 		 299 aa  182  5.0000000000000004e-45  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.014544 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2098  SSU ribosomal protein S6P modification protein  38.49 
 
 		 301 aa  182  7e-45  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.247188  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0912  ribosomal protein S6 modification protein  40.75 
 
 		 300 aa  181  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0948  ribosomal protein S6 modification protein  40.75 
 
 		 300 aa  181  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0481  hypothetical protein  38.1 
 
 		 302 aa  181  1e-44  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0457  hypothetical protein  38.1 
 
 		 302 aa  181  1e-44  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3274  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  38.03 
 
 		 300 aa  181  1e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1028  ribosomal protein S6 modification protein  40.75 
 
 		 300 aa  181  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.275544  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1009  ribosomal protein S6 modification protein  40.75 
 
 		 300 aa  181  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0980  ribosomal protein S6 modification protein  40.75 
 
 		 300 aa  181  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0524519  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2828  alpha-L-glutamate ligases, ribosomal protein S6 modification protein of RimK family protein  35.62 
 
 		 302 aa  181  1e-44  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2103  ribosomal protein S6 modification protein  39.44 
 
 		 301 aa  180  2e-44  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1766  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  36.99 
 
 		 301 aa  179  4.999999999999999e-44  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.918853 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0546  alpha-L-glutamate ligase  36.59 
 
 		 301 aa  179  5.999999999999999e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3484  alpha-L-glutamate ligase  36.59 
 
 		 301 aa  179  5.999999999999999e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0011  SSU ribosomal protein S6P modification protein  40.82 
 
 		 327 aa  178  9e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.991277  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0011  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  40.82 
 
 		 327 aa  178  9e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.532418  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0546  ribosomal protein S6 modification protein  36.36 
 
 		 301 aa  177  2e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1643  alpha-L-glutamate ligase  38.13 
 
 		 300 aa  177  2e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0124301 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0545  alpha-L-glutamate ligase  35.84 
 
 		 301 aa  177  2e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5981  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  36.7 
 
 		 301 aa  176  3e-43  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_23180  SSU ribosomal protein S6P modification protein  37.29 
 
 		 411 aa  175  7e-43  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3661  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  35.84 
 
 		 301 aa  175  8e-43  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3966  alpha-L-glutamate ligase  35.05 
 
 		 456 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.0000098482  normal  0.0844879 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2582  alpha-L-glutamate ligase  37.11 
 
 		 455 aa  174  1.9999999999999998e-42  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.151882  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0012  alpha-L-glutamate ligase  40 
 
 		 329 aa  174  1.9999999999999998e-42  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3160  ribosomal protein S6 modification protein  36.43 
 
 		 301 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0011  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  40.14 
 
 		 327 aa  173  3.9999999999999995e-42  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3184  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  38.54 
 
 		 292 aa  171  2e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4122  alpha-L-glutamate ligase  35.45 
 
 		 459 aa  170  2e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000650409  hitchhiker  0.00401578 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3945  alpha-L-glutamate ligase  34.92 
 
 		 301 aa  170  3e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3327  alpha-L-glutamate ligase  35.29 
 
 		 301 aa  169  4e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>