284 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_6005 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_6005  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  100 
 
 		 311 aa  610  9.999999999999999e-175  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.403561  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5781  alpha-L-glutamate ligase  91.96 
 
 		 305 aa  506  9.999999999999999e-143  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0459037  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1832  alpha-L-glutamate ligase  78.32 
 
 		 304 aa  448  1e-125  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2167  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  78.32 
 
 		 304 aa  448  1e-125  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.538668  normal  0.206065 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1783  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  77.99 
 
 		 304 aa  447  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  hitchhiker  0.0099597  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0531  alpha-L-glutamate ligase  80.14 
 
 		 302 aa  421  1e-117  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.831854 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1657  SSU ribosomal protein S6P modification protein  47.32 
 
 		 308 aa  240  2.9999999999999997e-62  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.161868  normal  0.441172 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2864  ribosomal protein S6 modification protein, putative  44.71 
 
 		 308 aa  231  1e-59  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0259  S6 modification enzyme RimK  43.25 
 
 		 307 aa  229  5e-59  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2388  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  45.49 
 
 		 321 aa  219  3.9999999999999997e-56  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6485  alpha-L-glutamate ligase  45.9 
 
 		 333 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.74062 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3081  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  44.75 
 
 		 317 aa  209  5e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2610  SSU ribosomal protein S6P modification protein  45.73 
 
 		 306 aa  206  6e-52  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.360533  normal  0.749824 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1789  alpha-L-glutamate ligase  45.7 
 
 		 298 aa  201  9e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.186066  normal  0.64762 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2434  SSU ribosomal protein S6P modification protein  45.49 
 
 		 344 aa  199  6e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5945  alpha-L-glutamate ligase  42.81 
 
 		 317 aa  196  3e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00891733 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3149  alpha-L-glutamate ligase  44.75 
 
 		 332 aa  191  1e-47  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2585  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  31.68 
 
 		 324 aa  129  6e-29  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0182  alpha-L-glutamate ligase  28.03 
 
 		 292 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1729  alpha-L-glutamate ligase  27.68 
 
 		 292 aa  124  2e-27  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1118  alpha-L-glutamate ligase  34.05 
 
 		 292 aa  122  9e-27  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.36995  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0874  SSU ribosomal protein S6P modification protein  28.03 
 
 		 292 aa  121  9.999999999999999e-27  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.205884  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1687  S6 modification enzyme RimK  30.72 
 
 		 310 aa  120  3e-26  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0564  alpha-L-glutamate ligase  25 
 
 		 293 aa  117  3e-25  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.194605  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1580  alpha-L-glutamate ligase  26.64 
 
 		 292 aa  116  6e-25  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.261705  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1105  S6 modification enzyme RimK  36.36 
 
 		 262 aa  115  8.999999999999998e-25  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.352091  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2364  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  37.44 
 
 		 267 aa  114  3e-24  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.288925 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2266  SSU ribosomal protein S6P modification protein  36.6 
 
 		 305 aa  109  5e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.484979  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1276  SSU ribosomal protein S6P modification protein  26.1 
 
 		 310 aa  109  6e-23  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1999  ribosomal protein S6 modification protein, putative  31.66 
 
 		 309 aa  108  1e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00000304708  normal  0.227031 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2302  alpha-L-glutamate ligase  33.2 
 
 		 292 aa  108  1e-22  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.0136928 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1761  lysine biosynthesis enzyme LysX  34.39 
 
 		 296 aa  105  1e-21  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0291  lysine biosynthesis enzyme LysX  35.58 
 
 		 302 aa  105  1e-21  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.42871  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0723  alpha-L-glutamate ligase  32.42 
 
 		 299 aa  105  1e-21  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.349493 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3203  SSU ribosomal protein S6P modification protein  28.05 
 
 		 329 aa  104  2e-21  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.398244  normal  0.0345991 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2616  lysine biosynthesis enzyme LysX  34.09 
 
 		 294 aa  104  2e-21  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0721  alpha-L-glutamate ligase  32.89 
 
 		 292 aa  104  2e-21  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.609176 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1744  alpha-L-glutamate ligase  31.66 
 
 		 331 aa  103  3e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1291  lysine biosynthesis enzyme LysX  35.71 
 
 		 282 aa  103  3e-21  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1379  L-2-aminoadipate N-acetyltransferase  36.36 
 
 		 267 aa  103  3e-21  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.595719 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2200  ribosomal protein S6 modification protein, putative  31.66 
 
 		 330 aa  102  9e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1882  alpha-L-glutamate ligase  29.82 
 
 		 328 aa  102  9e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000288725  normal  0.927758 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2443  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  30.5 
 
 		 328 aa  102  1e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000377091  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1834  alpha-L-glutamate ligase  30.5 
 
 		 328 aa  102  1e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000258771  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1848  alpha-L-glutamate ligase  30.5 
 
 		 328 aa  102  1e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000133826  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0546  ribosomal protein S6 modification protein  30.1 
 
 		 301 aa  101  2e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0259  lysine biosynthesis enzyme LysX  35.48 
 
 		 283 aa  100  3e-20  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.661273 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2195  alpha-L-glutamate ligase  31.27 
 
 		 336 aa  100  3e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0177868  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2272  alpha-L-glutamate ligase  31.27 
 
 		 336 aa  100  3e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.218388  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2405  alpha-L-glutamate ligase  31.27 
 
 		 338 aa  100  3e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0279362  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2724  lysine biosynthesis enzyme LysX  36.79 
 
 		 281 aa  100  4e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.772565  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0481  hypothetical protein  30.69 
 
 		 302 aa  99.8  5e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0457  hypothetical protein  30.69 
 
 		 302 aa  99.8  5e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1747  alpha-L-glutamate ligase  32.47 
 
 		 299 aa  99.8  6e-20  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1175  hypothetical protein  32.2 
 
 		 267 aa  99  8e-20  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.521808 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0328  lysine biosynthesis enzyme LysX  32.77 
 
 		 294 aa  99  9e-20  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1944  alpha-L-glutamate ligase  31.33 
 
 		 292 aa  98.6  1e-19  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.123222  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1379  alpha-L-glutamate ligase  28.84 
 
 		 299 aa  98.6  1e-19  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.112928  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0546  alpha-L-glutamate ligase  30.07 
 
 		 301 aa  98.6  1e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3484  alpha-L-glutamate ligase  30.07 
 
 		 301 aa  98.6  1e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0545  alpha-L-glutamate ligase  30.07 
 
 		 301 aa  98.2  1e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3160  ribosomal protein S6 modification protein  33.07 
 
 		 301 aa  98.6  1e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1015  RimK domain-containing protein ATP-grasp  36.07 
 
 		 264 aa  98.2  1e-19  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  hitchhiker  0.0000921126  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1502  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  32.29 
 
 		 291 aa  97.4  2e-19  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0318  lysine biosynthesis enzyme LysX  31.71 
 
 		 288 aa  97.8  2e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2032  SSU ribosomal protein S6P modification protein  35 
 
 		 301 aa  97.8  2e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000147156  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3327  alpha-L-glutamate ligase  30.1 
 
 		 301 aa  97.4  2e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1871  ribosomal protein S6 modification protein  32.87 
 
 		 301 aa  96.7  4e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3274  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  34.87 
 
 		 300 aa  96.7  5e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1212  alpha-L-glutamate ligases, RimK family protein  33.86 
 
 		 301 aa  96.3  6e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0387338  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2828  alpha-L-glutamate ligases, ribosomal protein S6 modification protein of RimK family protein  33.86 
 
 		 302 aa  95.9  8e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1791  ribosomal protein S6 modification protein  34.31 
 
 		 301 aa  95.5  9e-19  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0386  ribosomal protein S6 modification protein  34.31 
 
 		 301 aa  95.5  9e-19  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.786331  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0506  SSU ribosomal protein S6P modification protein  31.12 
 
 		 299 aa  95.5  1e-18  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0438  lysine biosynthesis enzyme LysX  34.91 
 
 		 281 aa  94.7  2e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00025755 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3664  alpha-L-glutamate ligase  32.65 
 
 		 301 aa  94.4  2e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.124246  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1185  alpha-L-glutamate ligase  33.75 
 
 		 265 aa  94  3e-18  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_23180  SSU ribosomal protein S6P modification protein  38.19 
 
 		 411 aa  93.6  4e-18  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06734  glutathione synthase  32.91 
 
 		 286 aa  93.6  4e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3666  alpha-L-glutamate ligase  30.14 
 
 		 301 aa  93.2  5e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000000125802  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000825  ribosomal protein S6 glutaminyl transferase  30.1 
 
 		 301 aa  93.2  5e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000778733  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3945  alpha-L-glutamate ligase  29.13 
 
 		 301 aa  92.8  6e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2113  alpha-L-glutamate ligase  35.44 
 
 		 340 aa  92.8  7e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.795675  normal  0.0912587 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0692  SSU ribosomal protein S6P modification protein  31.15 
 
 		 296 aa  92.8  7e-18  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.136634  hitchhiker  0.0000298511 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2398  S6 modification enzyme RimK  32.92 
 
 		 307 aa  92.8  7e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2779  alpha-L-glutamate ligase  31.53 
 
 		 302 aa  92.4  8e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000513891  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1298  lysine biosynthesis enzyme LysX  35.9 
 
 		 271 aa  92  1e-17  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.18194  normal  0.20368 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1361  alpha-L-glutamate ligase  29.87 
 
 		 301 aa  92  1e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.934336  hitchhiker  0.0000103664 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3819  alpha-L-glutamate ligase  29.13 
 
 		 301 aa  92.4  1e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0772  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  31.98 
 
 		 312 aa  92  1e-17  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.788078 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3763  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  29.13 
 
 		 301 aa  92.4  1e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.86581 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0505  alpha-L-glutamate ligase  29.13 
 
 		 301 aa  92.4  1e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0628  alpha-L-glutamate ligase  30.1 
 
 		 300 aa  91.7  2e-17  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1137  lysine biosynthesis enzyme LysX  25.17 
 
 		 283 aa  90.5  3e-17  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0237722  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0760  ribosomal protein S6 modification protein  32.07 
 
 		 301 aa  90.9  3e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00088888  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1299  ribosomal protein S6 modification protein  33.76 
 
 		 301 aa  90.5  3e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.186898  normal  0.0117357 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6087  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  32.09 
 
 		 302 aa  90.9  3e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2254  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  35.83 
 
 		 314 aa  90.5  3e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2270  ribosomal protein S6 modification protein  33.76 
 
 		 299 aa  90.1  4e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2418  alpha-L-glutamate ligases, RimK family protein  31.9 
 
 		 298 aa  90.5  4e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>