290 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3149 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_3149  alpha-L-glutamate ligase  100 
 
 		 332 aa  658    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3081  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  75.31 
 
 		 317 aa  475  1e-133  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2610  SSU ribosomal protein S6P modification protein  73.51 
 
 		 306 aa  412  1e-114  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.360533  normal  0.749824 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5945  alpha-L-glutamate ligase  65.4 
 
 		 317 aa  377  1e-103  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00891733 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6485  alpha-L-glutamate ligase  64.44 
 
 		 333 aa  374  1e-102  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.74062 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2434  SSU ribosomal protein S6P modification protein  62.66 
 
 		 344 aa  330  2e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2864  ribosomal protein S6 modification protein, putative  50.33 
 
 		 308 aa  255  7e-67  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0259  S6 modification enzyme RimK  46.33 
 
 		 307 aa  241  2e-62  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1657  SSU ribosomal protein S6P modification protein  46.33 
 
 		 308 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.161868  normal  0.441172 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2388  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  46.49 
 
 		 321 aa  218  7.999999999999999e-56  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6005  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  42.86 
 
 		 311 aa  194  2e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.403561  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1789  alpha-L-glutamate ligase  43.28 
 
 		 298 aa  188  1e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.186066  normal  0.64762 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1783  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  42.63 
 
 		 304 aa  186  7e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  hitchhiker  0.0099597  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1832  alpha-L-glutamate ligase  42.63 
 
 		 304 aa  181  1e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2167  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  42.63 
 
 		 304 aa  181  1e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.538668  normal  0.206065 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5781  alpha-L-glutamate ligase  43.39 
 
 		 305 aa  177  3e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0459037  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0531  alpha-L-glutamate ligase  44.9 
 
 		 302 aa  176  5e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.831854 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0564  alpha-L-glutamate ligase  29.03 
 
 		 293 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.194605  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2585  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  31.31 
 
 		 324 aa  126  6e-28  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3203  SSU ribosomal protein S6P modification protein  30.28 
 
 		 329 aa  124  3e-27  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.398244  normal  0.0345991 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1580  alpha-L-glutamate ligase  27.91 
 
 		 292 aa  122  9.999999999999999e-27  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.261705  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1747  alpha-L-glutamate ligase  37.45 
 
 		 299 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0723  alpha-L-glutamate ligase  36.21 
 
 		 299 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.349493 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0874  SSU ribosomal protein S6P modification protein  28.1 
 
 		 292 aa  117  3e-25  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.205884  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0182  alpha-L-glutamate ligase  26.35 
 
 		 292 aa  115  6.9999999999999995e-25  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0721  alpha-L-glutamate ligase  33.88 
 
 		 292 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.609176 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1729  alpha-L-glutamate ligase  26.73 
 
 		 292 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1944  alpha-L-glutamate ligase  32.04 
 
 		 292 aa  108  1e-22  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.123222  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0506  SSU ribosomal protein S6P modification protein  34.62 
 
 		 299 aa  108  1e-22  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1118  alpha-L-glutamate ligase  30.42 
 
 		 292 aa  105  7e-22  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.36995  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1105  S6 modification enzyme RimK  35.02 
 
 		 262 aa  105  1e-21  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.352091  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2302  alpha-L-glutamate ligase  33.05 
 
 		 292 aa  104  2e-21  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.0136928 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2700  RimK domain protein ATP-grasp  26.32 
 
 		 290 aa  102  6e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.734268  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2113  alpha-L-glutamate ligase  34.09 
 
 		 340 aa  102  7e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.795675  normal  0.0912587 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0151  alpha-L-glutamate ligase  30.42 
 
 		 293 aa  102  7e-21  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.751724  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2364  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  34.12 
 
 		 267 aa  102  8e-21  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.288925 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1276  SSU ribosomal protein S6P modification protein  26.59 
 
 		 310 aa  100  3e-20  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0291  lysine biosynthesis enzyme LysX  34.42 
 
 		 302 aa  100  3e-20  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.42871  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1291  lysine biosynthesis enzyme LysX  34.65 
 
 		 282 aa  99.4  8e-20  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_2074  alpha-L-glutamate ligase  32.92 
 
 		 292 aa  99.4  9e-20  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0158  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  26.23 
 
 		 295 aa  97.8  2e-19  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.314526  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1999  ribosomal protein S6 modification protein, putative  31.5 
 
 		 309 aa  97.8  2e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00000304708  normal  0.227031 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1984  RimK domain protein ATP-grasp  24.75 
 
 		 292 aa  97.1  4e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.976929 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1015  RimK domain-containing protein ATP-grasp  35.45 
 
 		 264 aa  96.7  4e-19  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  hitchhiker  0.0000921126  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0763  alpha-L-glutamate ligase  38.72 
 
 		 299 aa  96.3  6e-19  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.708688  normal  0.325873 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1379  L-2-aminoadipate N-acetyltransferase  34.65 
 
 		 267 aa  96.3  7e-19  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.595719 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1761  lysine biosynthesis enzyme LysX  28.29 
 
 		 296 aa  95.1  1e-18  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0692  SSU ribosomal protein S6P modification protein  29.35 
 
 		 296 aa  94  3e-18  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.136634  hitchhiker  0.0000298511 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1288  lysine biosynthesis enzyme LysX  27.33 
 
 		 285 aa  94.4  3e-18  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0210035 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0259  lysine biosynthesis enzyme LysX  32.7 
 
 		 283 aa  93.2  5e-18  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.661273 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6289  lysine biosynthesis enzyme LysX  30.15 
 
 		 293 aa  93.6  5e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2405  alpha-L-glutamate ligase  29.54 
 
 		 338 aa  92.8  7e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0279362  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0628  alpha-L-glutamate ligase  31.62 
 
 		 300 aa  92.8  8e-18  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0438  lysine biosynthesis enzyme LysX  31.96 
 
 		 281 aa  91.7  1e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00025755 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2443  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  30.4 
 
 		 328 aa  91.7  1e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000377091  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1848  alpha-L-glutamate ligase  30.4 
 
 		 328 aa  91.7  1e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000133826  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1834  alpha-L-glutamate ligase  30.4 
 
 		 328 aa  91.7  2e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000258771  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1744  alpha-L-glutamate ligase  30.4 
 
 		 331 aa  91.3  2e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1882  alpha-L-glutamate ligase  30.4 
 
 		 328 aa  91.7  2e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000288725  normal  0.927758 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2195  alpha-L-glutamate ligase  30.8 
 
 		 336 aa  91.7  2e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0177868  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2272  alpha-L-glutamate ligase  30.8 
 
 		 336 aa  91.7  2e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.218388  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1502  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  28.76 
 
 		 291 aa  91.3  2e-17  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2200  ribosomal protein S6 modification protein, putative  30.4 
 
 		 330 aa  90.1  5e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0328  lysine biosynthesis enzyme LysX  28.52 
 
 		 294 aa  90.1  5e-17  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2616  lysine biosynthesis enzyme LysX  28.88 
 
 		 294 aa  90.1  5e-17  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2254  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  32.9 
 
 		 314 aa  89.7  6e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1379  alpha-L-glutamate ligase  23.72 
 
 		 299 aa  89.4  8e-17  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.112928  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1687  S6 modification enzyme RimK  27.41 
 
 		 310 aa  89  1e-16  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1295  lysine biosynthesis enzyme LysX  27.36 
 
 		 280 aa  89  1e-16  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00562119 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2724  lysine biosynthesis enzyme LysX  31.51 
 
 		 281 aa  87  4e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.772565  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_23180  SSU ribosomal protein S6P modification protein  27.65 
 
 		 411 aa  86.7  5e-16  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3306  lysine biosynthesis enzyme LysX  27.44 
 
 		 287 aa  86.7  5e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0318  lysine biosynthesis enzyme LysX  28.86 
 
 		 288 aa  85.1  0.000000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1137  lysine biosynthesis enzyme LysX  26.73 
 
 		 283 aa  85.1  0.000000000000002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0237722  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3966  alpha-L-glutamate ligase  26.35 
 
 		 456 aa  84  0.000000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.0000098482  normal  0.0844879 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00716  ribosomal protein S6 modification protein  27.39 
 
 		 301 aa  84.3  0.000000000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1175  hypothetical protein  30.85 
 
 		 267 aa  83.2  0.000000000000005  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.521808 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1691  SSU ribosomal protein S6P modification protein  33.88 
 
 		 314 aa  82  0.00000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0772  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  29.34 
 
 		 312 aa  82  0.00000000000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.788078 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0145  alpha-L-glutamate ligase  32.7 
 
 		 264 aa  81.3  0.00000000000002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.563722  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0316  lysine biosynthesis enzyme LysX  26.52 
 
 		 282 aa  81.6  0.00000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0012  alpha-L-glutamate ligase  29.08 
 
 		 329 aa  80.9  0.00000000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2266  SSU ribosomal protein S6P modification protein  29.18 
 
 		 305 aa  80.1  0.00000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.484979  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2779  alpha-L-glutamate ligase  26.21 
 
 		 302 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000513891  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2039  SSU ribosomal protein S6P modification protein  26.56 
 
 		 299 aa  78.6  0.0000000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.014544 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3597  lysine biosynthesis enzyme LysX  25.89 
 
 		 283 aa  79  0.0000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.109467 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3661  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  26.91 
 
 		 301 aa  79  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3274  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  26.97 
 
 		 300 aa  78.2  0.0000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4122  alpha-L-glutamate ligase  25.82 
 
 		 459 aa  77.4  0.0000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000650409  hitchhiker  0.00401578 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0136  alpha-L-glutamate ligase  33.18 
 
 		 265 aa  77.8  0.0000000000003  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.0680474 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6087  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  27.04 
 
 		 302 aa  77.4  0.0000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0619  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  25 
 
 		 302 aa  77  0.0000000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.875829  normal  0.913535 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0168  L-2-aminoadipate N-acetyltransferase  27.23 
 
 		 283 aa  77  0.0000000000004  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  decreased coverage  0.0000000151287  normal  0.111818 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0760  ribosomal protein S6 modification protein  27.7 
 
 		 301 aa  77  0.0000000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00088888  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2074  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  33.76 
 
 		 451 aa  77  0.0000000000004  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.139696  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1768  glutathione synthase/ribosomal protein S6 modification glutaminyl transferase-like protein  23.23 
 
 		 302 aa  76.6  0.0000000000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2322  RimK domain-containing protein ATP-grasp  25.87 
 
 		 296 aa  76.6  0.0000000000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2165  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  33.22 
 
 		 314 aa  76.6  0.0000000000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.398044  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2828  alpha-L-glutamate ligases, ribosomal protein S6 modification protein of RimK family protein  26.85 
 
 		 302 aa  76.3  0.0000000000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3664  alpha-L-glutamate ligase  25.89 
 
 		 301 aa  75.9  0.0000000000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.124246  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>