More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_1999 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_1999  ribosomal protein S6 modification protein, putative  100 
 
 		 309 aa  637    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00000304708  normal  0.227031 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2195  alpha-L-glutamate ligase  92.53 
 
 		 336 aa  596  1e-169  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0177868  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2272  alpha-L-glutamate ligase  92.81 
 
 		 336 aa  594  1e-169  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.218388  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2405  alpha-L-glutamate ligase  92.53 
 
 		 338 aa  597  1e-169  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0279362  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2200  ribosomal protein S6 modification protein, putative  91.56 
 
 		 330 aa  589  1e-167  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1834  alpha-L-glutamate ligase  91.23 
 
 		 328 aa  583  1e-166  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000258771  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1744  alpha-L-glutamate ligase  91.56 
 
 		 331 aa  586  1e-166  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1882  alpha-L-glutamate ligase  91.23 
 
 		 328 aa  583  1e-166  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000288725  normal  0.927758 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2443  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  91.23 
 
 		 328 aa  583  1.0000000000000001e-165  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000377091  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1848  alpha-L-glutamate ligase  91.23 
 
 		 328 aa  583  1.0000000000000001e-165  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000133826  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0481  hypothetical protein  38.08 
 
 		 302 aa  195  1e-48  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0457  hypothetical protein  38.08 
 
 		 302 aa  195  1e-48  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0449  S6 modification enzyme RimK  36.56 
 
 		 301 aa  193  2e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1299  ribosomal protein S6 modification protein  37.14 
 
 		 301 aa  193  3e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.186898  normal  0.0117357 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02460  ribosomal protein S6 modification protein  36.92 
 
 		 290 aa  190  2.9999999999999997e-47  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.76969  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2061  S6 modification enzyme RimK  37.99 
 
 		 301 aa  189  7e-47  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000579629  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0619  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  37.63 
 
 		 302 aa  188  1e-46  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.875829  normal  0.913535 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0604  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  37.63 
 
 		 302 aa  187  2e-46  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1361  alpha-L-glutamate ligase  35.71 
 
 		 301 aa  187  2e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.934336  hitchhiker  0.0000103664 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0244  alpha-L-glutamate ligase  36.2 
 
 		 302 aa  185  8e-46  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.12128  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3661  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  36.43 
 
 		 301 aa  184  2.0000000000000003e-45  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2143  alpha-L-glutamate ligase  36.52 
 
 		 301 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000000119851  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2098  SSU ribosomal protein S6P modification protein  36.4 
 
 		 301 aa  184  2.0000000000000003e-45  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.247188  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2496  alpha-L-glutamate ligase  36.52 
 
 		 301 aa  183  3e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000126065  normal  0.0109329 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2380  alpha-L-glutamate ligase  36.52 
 
 		 301 aa  183  3e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.0000000000191941  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0686  SSU ribosomal protein S6P modification protein  36.56 
 
 		 301 aa  183  3e-45  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  unclonable  0.0000000000000259145  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1967  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  36.52 
 
 		 301 aa  183  3e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000000256532  hitchhiker  0.00043621 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2391  alpha-L-glutamate ligase  36.52 
 
 		 301 aa  183  3e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000134298  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2270  ribosomal protein S6 modification protein  36.52 
 
 		 299 aa  182  4.0000000000000006e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1745  SSU ribosomal protein S6P modification protein  36.17 
 
 		 299 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000225359  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1825  SSU ribosomal protein S6P modification protein  36.17 
 
 		 299 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000123784  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2274  SSU ribosomal protein S6P modification protein  36.17 
 
 		 299 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000086692  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2398  S6 modification enzyme RimK  35.46 
 
 		 307 aa  182  9.000000000000001e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4122  alpha-L-glutamate ligase  34.48 
 
 		 459 aa  181  1e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000650409  hitchhiker  0.00401578 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00716  ribosomal protein S6 modification protein  35.46 
 
 		 301 aa  181  1e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3966  alpha-L-glutamate ligase  34.39 
 
 		 456 aa  181  2e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.0000098482  normal  0.0844879 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0760  ribosomal protein S6 modification protein  36.92 
 
 		 301 aa  180  2e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00088888  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2039  SSU ribosomal protein S6P modification protein  35.66 
 
 		 299 aa  179  4.999999999999999e-44  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.014544 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5941  ribosomal protein S6 modification protein  35.59 
 
 		 301 aa  179  7e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68660  ribosomal protein S6 modification protein  35.59 
 
 		 301 aa  179  7e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2032  SSU ribosomal protein S6P modification protein  34.97 
 
 		 301 aa  178  8e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000147156  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2418  alpha-L-glutamate ligases, RimK family protein  34.64 
 
 		 298 aa  178  8e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1240  SSU ribosomal protein S6P modification protein  36.92 
 
 		 302 aa  177  2e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.272934  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0363  SSU ribosomal protein S6P modification protein  34.52 
 
 		 301 aa  177  2e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5981  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  33.68 
 
 		 301 aa  177  2e-43  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6087  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  34.98 
 
 		 302 aa  177  3e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1549  S6 modification enzyme RimK  36.2 
 
 		 301 aa  177  3e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2310  ribosomal protein S6 modification protein  34.75 
 
 		 301 aa  176  3e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3666  alpha-L-glutamate ligase  35.21 
 
 		 301 aa  177  3e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000000125802  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1212  alpha-L-glutamate ligases, RimK family protein  36.43 
 
 		 301 aa  176  4e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0387338  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1791  ribosomal protein S6 modification protein  35.59 
 
 		 301 aa  175  9.999999999999999e-43  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0386  ribosomal protein S6 modification protein  35.59 
 
 		 301 aa  175  9.999999999999999e-43  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.786331  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2779  alpha-L-glutamate ligase  35.36 
 
 		 302 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000513891  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0248  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  34.88 
 
 		 301 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0180089 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0263  alpha-L-glutamate ligase  34.88 
 
 		 301 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.553998 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2640  S6 modification enzyme RimK  36.52 
 
 		 301 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.363149  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1766  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  34.77 
 
 		 301 aa  172  6.999999999999999e-42  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.918853 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1871  ribosomal protein S6 modification protein  35.25 
 
 		 301 aa  172  6.999999999999999e-42  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05140  ribosomal protein S6 modification enzyme RimK  34.52 
 
 		 301 aa  172  7.999999999999999e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2266  SSU ribosomal protein S6P modification protein  35.61 
 
 		 305 aa  172  7.999999999999999e-42  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.484979  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_23180  SSU ribosomal protein S6P modification protein  32.49 
 
 		 411 aa  172  9e-42  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2828  alpha-L-glutamate ligases, ribosomal protein S6 modification protein of RimK family protein  34.86 
 
 		 302 aa  171  2e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3274  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  35.59 
 
 		 300 aa  171  2e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4964  alpha-L-glutamate ligase  34.52 
 
 		 301 aa  170  3e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000940925 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0234  ribosomal protein S6 modification protein  34.16 
 
 		 301 aa  169  4e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0273  alpha-L-glutamate ligase  34.52 
 
 		 301 aa  169  5e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1643  alpha-L-glutamate ligase  34.52 
 
 		 300 aa  169  5e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0124301 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0173  S6 modification enzyme RimK  34.16 
 
 		 301 aa  169  6e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1687  S6 modification enzyme RimK  31.53 
 
 		 310 aa  169  7e-41  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2101  alpha-L-glutamate ligase  33.33 
 
 		 458 aa  168  9e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00703256  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00857  ribosomal protein S6 modification protein  34.89 
 
 		 300 aa  167  1e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2790  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  34.89 
 
 		 300 aa  167  1e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0955  ribosomal protein S6 modification protein  34.89 
 
 		 300 aa  167  1e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2289  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  33.81 
 
 		 300 aa  168  1e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2744  ribosomal protein S6 modification protein  34.89 
 
 		 300 aa  167  1e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.155924 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1006  ribosomal protein S6 modification protein  34.89 
 
 		 300 aa  167  1e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.195269 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00863  hypothetical protein  34.89 
 
 		 300 aa  167  1e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1366  ribosomal protein S6 modification protein  35.25 
 
 		 300 aa  167  2e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2480  ribosomal protein S6 modification protein  34.89 
 
 		 300 aa  167  2e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3160  ribosomal protein S6 modification protein  33.57 
 
 		 301 aa  167  2e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1956  ribosomal protein S6 modification protein  34.17 
 
 		 303 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.52107  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0924  ribosomal protein S6 modification protein  34.89 
 
 		 300 aa  166  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02302  ribosomal protein S6 modification protein  34.77 
 
 		 305 aa  167  2.9999999999999998e-40  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0879  ribosomal protein S6 modification protein  34.53 
 
 		 300 aa  166  4e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.734196  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0262  SSU ribosomal protein S6P modification protein  33.81 
 
 		 301 aa  166  5e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.345619 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3664  alpha-L-glutamate ligase  33.81 
 
 		 301 aa  166  5e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.124246  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2353  alpha-L-glutamate ligase  34.66 
 
 		 301 aa  164  1.0000000000000001e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000863949  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1690  ribosomal protein S6 modification protein  33.45 
 
 		 303 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06734  glutathione synthase  34.29 
 
 		 286 aa  164  2.0000000000000002e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3184  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  33.81 
 
 		 292 aa  164  2.0000000000000002e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2582  alpha-L-glutamate ligase  33.57 
 
 		 455 aa  161  1e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.151882  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2388  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  32.01 
 
 		 300 aa  161  1e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000825  ribosomal protein S6 glutaminyl transferase  33.45 
 
 		 301 aa  161  2e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000778733  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1028  ribosomal protein S6 modification protein  34.89 
 
 		 300 aa  160  3e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.275544  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0011  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  34.64 
 
 		 327 aa  160  3e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.532418  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0011  SSU ribosomal protein S6P modification protein  34.64 
 
 		 327 aa  160  4e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.991277  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0980  ribosomal protein S6 modification protein  34.89 
 
 		 300 aa  159  5e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0524519  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0912  ribosomal protein S6 modification protein  34.89 
 
 		 300 aa  159  5e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1009  ribosomal protein S6 modification protein  34.89 
 
 		 300 aa  159  5e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0948  ribosomal protein S6 modification protein  34.89 
 
 		 300 aa  159  5e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>