More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_2754 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_2754  alpha-L-glutamate ligase  100 
 
 		 299 aa  624  1e-178  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0894554  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0709  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  41.45 
 
 		 279 aa  174  9.999999999999999e-43  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1848  alpha-L-glutamate ligase  33.33 
 
 		 328 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000133826  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2443  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  33.33 
 
 		 328 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000377091  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1882  alpha-L-glutamate ligase  33.33 
 
 		 328 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000288725  normal  0.927758 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1744  alpha-L-glutamate ligase  33.33 
 
 		 331 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2098  SSU ribosomal protein S6P modification protein  36.74 
 
 		 301 aa  114  2.0000000000000002e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.247188  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1834  alpha-L-glutamate ligase  33.33 
 
 		 328 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000258771  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0481  hypothetical protein  35.93 
 
 		 302 aa  114  3e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0457  hypothetical protein  35.93 
 
 		 302 aa  114  3e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0259  lysine biosynthesis enzyme LysX  33.33 
 
 		 283 aa  114  3e-24  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.661273 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2195  alpha-L-glutamate ligase  32.88 
 
 		 336 aa  112  6e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0177868  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2272  alpha-L-glutamate ligase  32.88 
 
 		 336 aa  112  7.000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.218388  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2405  alpha-L-glutamate ligase  32.88 
 
 		 338 aa  112  8.000000000000001e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0279362  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2200  ribosomal protein S6 modification protein, putative  32.88 
 
 		 330 aa  112  9e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2388  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  34.98 
 
 		 300 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1999  ribosomal protein S6 modification protein, putative  33.79 
 
 		 309 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00000304708  normal  0.227031 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2724  lysine biosynthesis enzyme LysX  32.62 
 
 		 281 aa  111  2.0000000000000002e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.772565  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2289  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  34.38 
 
 		 300 aa  110  3e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0604  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  37.04 
 
 		 302 aa  110  4.0000000000000004e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0619  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  36.87 
 
 		 302 aa  109  6e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.875829  normal  0.913535 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0546  ribosomal protein S6 modification protein  36.73 
 
 		 301 aa  108  8.000000000000001e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1291  lysine biosynthesis enzyme LysX  30.43 
 
 		 282 aa  108  8.000000000000001e-23  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3327  alpha-L-glutamate ligase  38.14 
 
 		 301 aa  108  1e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0291  lysine biosynthesis enzyme LysX  34.15 
 
 		 302 aa  108  2e-22  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.42871  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1379  L-2-aminoadipate N-acetyltransferase  29.5 
 
 		 267 aa  107  2e-22  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.595719 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3160  ribosomal protein S6 modification protein  37.21 
 
 		 301 aa  107  3e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0546  alpha-L-glutamate ligase  36.12 
 
 		 301 aa  106  5e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3484  alpha-L-glutamate ligase  36.12 
 
 		 301 aa  106  5e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3661  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  35.65 
 
 		 301 aa  105  6e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3819  alpha-L-glutamate ligase  37.21 
 
 		 301 aa  105  6e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3763  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  37.21 
 
 		 301 aa  105  6e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.86581 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0505  alpha-L-glutamate ligase  37.21 
 
 		 301 aa  105  6e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3945  alpha-L-glutamate ligase  37.21 
 
 		 301 aa  105  7e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0545  alpha-L-glutamate ligase  37.21 
 
 		 301 aa  105  8e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3184  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  35.35 
 
 		 292 aa  105  1e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2310  ribosomal protein S6 modification protein  37.21 
 
 		 301 aa  104  2e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3966  alpha-L-glutamate ligase  31.82 
 
 		 456 aa  104  2e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.0000098482  normal  0.0844879 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1366  ribosomal protein S6 modification protein  34.88 
 
 		 300 aa  104  2e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0686  SSU ribosomal protein S6P modification protein  35.91 
 
 		 301 aa  103  3e-21  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  unclonable  0.0000000000000259145  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2039  SSU ribosomal protein S6P modification protein  34.88 
 
 		 299 aa  103  3e-21  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.014544 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0438  lysine biosynthesis enzyme LysX  31.76 
 
 		 281 aa  103  3e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00025755 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1549  S6 modification enzyme RimK  36.62 
 
 		 301 aa  103  4e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1791  ribosomal protein S6 modification protein  36.87 
 
 		 301 aa  103  5e-21  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0386  ribosomal protein S6 modification protein  36.87 
 
 		 301 aa  103  5e-21  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.786331  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4122  alpha-L-glutamate ligase  31.36 
 
 		 459 aa  102  6e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000650409  hitchhiker  0.00401578 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0449  S6 modification enzyme RimK  31.25 
 
 		 301 aa  102  7e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2640  S6 modification enzyme RimK  35.35 
 
 		 301 aa  102  8e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.363149  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1240  SSU ribosomal protein S6P modification protein  36.11 
 
 		 302 aa  102  8e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.272934  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0879  ribosomal protein S6 modification protein  34.88 
 
 		 300 aa  102  8e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.734196  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0244  alpha-L-glutamate ligase  33.86 
 
 		 302 aa  102  8e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.12128  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00857  ribosomal protein S6 modification protein  34.88 
 
 		 300 aa  102  9e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2790  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  34.88 
 
 		 300 aa  102  9e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00863  hypothetical protein  34.88 
 
 		 300 aa  102  9e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1006  ribosomal protein S6 modification protein  34.88 
 
 		 300 aa  102  9e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.195269 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2480  ribosomal protein S6 modification protein  34.88 
 
 		 300 aa  102  9e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0955  ribosomal protein S6 modification protein  34.88 
 
 		 300 aa  102  9e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2744  ribosomal protein S6 modification protein  34.88 
 
 		 300 aa  102  9e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.155924 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0924  ribosomal protein S6 modification protein  34.88 
 
 		 300 aa  101  1e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2391  alpha-L-glutamate ligase  33.95 
 
 		 301 aa  101  1e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000134298  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2496  alpha-L-glutamate ligase  33.95 
 
 		 301 aa  101  1e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000126065  normal  0.0109329 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1299  ribosomal protein S6 modification protein  34.42 
 
 		 301 aa  102  1e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.186898  normal  0.0117357 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1967  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  33.95 
 
 		 301 aa  101  1e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000000256532  hitchhiker  0.00043621 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2380  alpha-L-glutamate ligase  33.95 
 
 		 301 aa  101  1e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.0000000000191941  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2270  ribosomal protein S6 modification protein  34.42 
 
 		 299 aa  101  2e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02302  ribosomal protein S6 modification protein  35.19 
 
 		 305 aa  101  2e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0012  alpha-L-glutamate ligase  32.73 
 
 		 329 aa  100  2e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1690  ribosomal protein S6 modification protein  33.49 
 
 		 303 aa  100  2e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_23180  SSU ribosomal protein S6P modification protein  33.95 
 
 		 411 aa  101  2e-20  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1745  SSU ribosomal protein S6P modification protein  33.95 
 
 		 299 aa  101  2e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000225359  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1825  SSU ribosomal protein S6P modification protein  33.95 
 
 		 299 aa  101  2e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000123784  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2274  SSU ribosomal protein S6P modification protein  33.95 
 
 		 299 aa  101  2e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000086692  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2143  alpha-L-glutamate ligase  33.49 
 
 		 301 aa  99.8  6e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000000119851  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2398  S6 modification enzyme RimK  33.95 
 
 		 307 aa  99.8  6e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1956  ribosomal protein S6 modification protein  33.49 
 
 		 303 aa  99.4  7e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.52107  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2418  alpha-L-glutamate ligases, RimK family protein  34.42 
 
 		 298 aa  99.4  7e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3037  alpha-L-glutamate ligase  34.55 
 
 		 317 aa  99  8e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.342883  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0011  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  33.82 
 
 		 327 aa  99  8e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0011  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  33.82 
 
 		 327 aa  99  1e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.532418  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2585  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  30.97 
 
 		 324 aa  98.6  1e-19  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2266  SSU ribosomal protein S6P modification protein  35.4 
 
 		 305 aa  98.6  1e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.484979  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1212  alpha-L-glutamate ligases, RimK family protein  34.1 
 
 		 301 aa  98.2  1e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0387338  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1643  alpha-L-glutamate ligase  33.33 
 
 		 300 aa  98.6  1e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0124301 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1185  alpha-L-glutamate ligase  33.04 
 
 		 265 aa  98.6  1e-19  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1298  lysine biosynthesis enzyme LysX  30.19 
 
 		 271 aa  98.2  2e-19  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.18194  normal  0.20368 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0363  SSU ribosomal protein S6P modification protein  34.88 
 
 		 301 aa  97.4  2e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2353  alpha-L-glutamate ligase  34.53 
 
 		 301 aa  97.8  2e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000863949  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1871  ribosomal protein S6 modification protein  34.88 
 
 		 301 aa  98.2  2e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1704  lysine biosynthesis enzyme LysX  29.46 
 
 		 282 aa  97.1  3e-19  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.3971  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0011  SSU ribosomal protein S6P modification protein  33.33 
 
 		 327 aa  97.4  3e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.991277  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21920  RimK-like protein  39.22 
 
 		 279 aa  97.1  3e-19  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0852539  normal  0.847097 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68660  ribosomal protein S6 modification protein  34.7 
 
 		 301 aa  97.1  3e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5941  ribosomal protein S6 modification protein  34.7 
 
 		 301 aa  97.1  3e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02460  ribosomal protein S6 modification protein  33.95 
 
 		 290 aa  97.1  4e-19  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.76969  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2024  alpha-L-glutamate ligase  34.42 
 
 		 301 aa  96.3  5e-19  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.095015  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1288  lysine biosynthesis enzyme LysX  29.82 
 
 		 285 aa  96.3  6e-19  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0210035 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3664  alpha-L-glutamate ligase  35.48 
 
 		 301 aa  95.9  7e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.124246  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0655  SSU ribosomal protein S6P modification protein  32.99 
 
 		 299 aa  95.9  7e-19  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.922088  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6289  lysine biosynthesis enzyme LysX  30.17 
 
 		 293 aa  95.5  9e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2103  ribosomal protein S6 modification protein  33.95 
 
 		 301 aa  95.1  1e-18  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>