More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mrub_1574 on replicon NC_013946
Organism: Meiothermus ruber DSM 1279



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013946  Mrub_1574  cobalamin B12-binding domain-containing protein  100 
 
 
137 aa  274  4e-73  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.0630027 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1715  cobalamin B12-binding domain protein  91.18 
 
 
139 aa  251  3e-66  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1541  methylmalonyl-CoA mutase, alpha subunit  78.52 
 
 
151 aa  219  9.999999999999999e-57  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0770461  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1673  cobalamin B12-binding domain protein  72 
 
 
153 aa  191  4e-48  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0289  cobalamin B12-binding domain protein  63.5 
 
 
140 aa  189  1e-47  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1854  cobalamin B12-binding domain-containing protein  68.46 
 
 
137 aa  188  2e-47  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1832  methylmalonyl-CoA mutase  67.91 
 
 
140 aa  183  7e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.436511  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0587  cobalamin B12-binding domain protein  69.47 
 
 
135 aa  182  1.0000000000000001e-45  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.901029 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2028  cobalamin B12-binding domain protein  67.16 
 
 
140 aa  182  1.0000000000000001e-45  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.655901  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1578  B12-binding protein  65.65 
 
 
134 aa  182  2.0000000000000003e-45  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.432317  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2026  cobalamin B12-binding domain-containing protein  65.65 
 
 
134 aa  181  2.0000000000000003e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000113125  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2369  methylmalonyl-CoA mutase-like protein  66.15 
 
 
133 aa  181  2.0000000000000003e-45  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.308524  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2098  cobalamin B12-binding domain protein  67.16 
 
 
140 aa  181  2.0000000000000003e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0388  cobalamin B12-binding domain-containing protein  66.41 
 
 
134 aa  181  4.0000000000000006e-45  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000031654  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3814  cobalamin B12-binding domain-containing protein  67.18 
 
 
134 aa  179  8.000000000000001e-45  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1242  methylmalonyl-CoA mutase  68.22 
 
 
135 aa  179  1e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00778509 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2691  cobalamin B12-binding domain protein  65.65 
 
 
134 aa  179  1e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0118523  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1574  methylmalonyl-CoA mutase-like  64.89 
 
 
134 aa  179  1e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000332572  normal  0.305791 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1432  methylmalonyl-CoA mutase  67.94 
 
 
140 aa  178  2e-44  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.329321 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4204  cobalamin B12-binding domain-containing protein  66.41 
 
 
134 aa  177  2.9999999999999997e-44  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00605014 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0377  methylmalonyl-CoA mutase-like  67.67 
 
 
158 aa  178  2.9999999999999997e-44  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.99713  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1548  cobalamin B12-binding domain protein  64.89 
 
 
134 aa  176  8e-44  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000166361 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0059  cobalamin B12-binding domain protein  68.03 
 
 
136 aa  174  5e-43  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000107152 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0241  cobalamin B12-binding domain protein  67.2 
 
 
139 aa  173  9e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1989  cobalamin B12-binding domain-containing protein  63.43 
 
 
139 aa  173  9e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1487  cobalamin B12-binding domain protein  60 
 
 
135 aa  172  9.999999999999999e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.40083  normal  0.12756 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4240  cobalamin B12-binding domain protein  62.99 
 
 
139 aa  171  1.9999999999999998e-42  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3482  cobalamin B12-binding domain-containing protein  60.31 
 
 
134 aa  172  1.9999999999999998e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3987  cobalamin B12-binding domain-containing protein  62.32 
 
 
137 aa  170  5.999999999999999e-42  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0195294  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2024  cobalamin B12-binding domain-containing protein  66.17 
 
 
134 aa  170  6.999999999999999e-42  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000794891 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2998  cobalamin B12-binding domain-containing protein  65.41 
 
 
134 aa  169  7.999999999999999e-42  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.651513  normal  0.0337584 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0550  cobalamin B12-binding domain-containing protein  67.46 
 
 
133 aa  169  1e-41  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0582  cobalamin B12-binding domain-containing protein  66.14 
 
 
133 aa  169  1e-41  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7994  cobalamin B12-binding domain protein  68.03 
 
 
135 aa  168  2e-41  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6220  cobalamin B12-binding domain-containing protein  69.6 
 
 
134 aa  167  4e-41  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0457  cobalamin B12-binding domain-containing protein  61.11 
 
 
133 aa  166  1e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.364165 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2692  cobalamin B12-binding domain protein  63.08 
 
 
140 aa  166  1e-40  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1769  cobalamin B12-binding domain-containing protein  60.77 
 
 
134 aa  166  1e-40  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00734137  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0081  cobalamin B12-binding domain protein  59.23 
 
 
141 aa  162  2.0000000000000002e-39  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2055  cobalamin B12-binding domain-containing protein  63.41 
 
 
155 aa  161  2.0000000000000002e-39  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3774  cobalamin B12-binding domain protein  59.68 
 
 
157 aa  162  2.0000000000000002e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.137195  normal  0.13274 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1910  cobalamin B12-binding domain protein  56.49 
 
 
134 aa  158  2e-38  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.374857  normal  0.0962097 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1322  cobalamin B12-binding domain-containing protein  63.57 
 
 
136 aa  157  5e-38  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4641  cobalamin B12-binding domain protein  62.2 
 
 
143 aa  154  5.0000000000000005e-37  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.123677 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3591  cobalamin B12-binding domain-containing protein  63.71 
 
 
143 aa  153  8e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2472  cobalamin B12-binding domain protein  57.25 
 
 
152 aa  152  2e-36  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0900  cobalamin B12-binding domain protein  58.91 
 
 
138 aa  152  2e-36  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4360  cobalamin B12-binding domain protein  55.73 
 
 
138 aa  149  1e-35  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.36975  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0510  cobalamin B12-binding domain protein  57.25 
 
 
139 aa  149  1e-35  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.736031  normal  0.90311 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1359  cobalamin B12-binding domain protein  61.79 
 
 
128 aa  146  9e-35  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.000000000160657  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3836  cobalamin B12-binding domain protein  54.96 
 
 
138 aa  145  1.0000000000000001e-34  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.692162  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1263  cobalamin B12-binding domain protein  67.77 
 
 
149 aa  145  1.0000000000000001e-34  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.728671  normal  0.8637 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2805  cobalamin B12-binding domain protein  54.2 
 
 
142 aa  145  2.0000000000000003e-34  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.069341  normal 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5018  cobalamin B12-binding domain-containing protein  55.3 
 
 
135 aa  144  5e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.622944  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3654  cobalamin B12-binding domain-containing protein  56.8 
 
 
135 aa  142  2e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.136466 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0538  methylmalonyl-CoA mutase C-terminal domain-containing protein  52.31 
 
 
136 aa  137  3.9999999999999997e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000893241 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5088  cobalamin B12-binding domain-containing protein  61.11 
 
 
153 aa  136  7e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0318  cobalamin B12-binding domain protein  55.38 
 
 
162 aa  136  1e-31  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3825  methylmalonyl-CoA mutase C-terminal domain-containing protein  58.06 
 
 
132 aa  131  3e-30  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.438631  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3899  cobalamin B12-binding domain-containing protein  58.06 
 
 
132 aa  131  3e-30  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4260  cobalamin B12-binding domain-containing protein  57.48 
 
 
133 aa  131  3e-30  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.480541 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3811  cobalamin B12-binding domain-containing protein  58.06 
 
 
132 aa  131  3e-30  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0469463  normal  0.0948206 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2388  cobalamin B12-binding domain-containing protein  57.94 
 
 
133 aa  130  5e-30  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.698998  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4309  cobalamin B12-binding domain-containing protein  55.65 
 
 
133 aa  128  2.0000000000000002e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.734858 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2128  cobalamin B12-binding domain-containing protein  52.34 
 
 
172 aa  127  6e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0958  cobalamin B12-binding domain-containing protein  52.42 
 
 
140 aa  126  9.000000000000001e-29  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.0044288 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4006  methylmalonyl-CoA mutase  47.69 
 
 
716 aa  116  9.999999999999999e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1197  methylmalonyl-CoA mutase, large subunit  52.68 
 
 
657 aa  115  1.9999999999999998e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.282186  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2510  methylmalonyl-CoA mutase  48.06 
 
 
722 aa  115  1.9999999999999998e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.178476 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1772  methylmalonyl-CoA mutase  53.15 
 
 
680 aa  114  3e-25  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.292142  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1034  methylmalonyl-CoA mutase, large subunit  51.75 
 
 
666 aa  114  5e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.488774  normal  0.762762 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2040  methylmalonyl-CoA mutase  46.62 
 
 
720 aa  114  6e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1849  methylmalonyl-CoA mutase  46.62 
 
 
720 aa  114  6.9999999999999995e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3753  methylmalonyl-CoA mutase  48.09 
 
 
738 aa  114  6.9999999999999995e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.801598  normal  0.879758 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4193  methylmalonyl-CoA mutase, large subunit  48.06 
 
 
670 aa  114  6.9999999999999995e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.669168  normal  0.90036 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1771  cobalamin B12-binding domain-containing protein  47.79 
 
 
148 aa  114  6.9999999999999995e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.379199  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1292  methylmalonyl-CoA mutase  50 
 
 
714 aa  112  1.0000000000000001e-24  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.816153 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2127  methylmalonyl-CoA mutase  46.92 
 
 
720 aa  111  3e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.063815  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3062  methylmalonyl-CoA mutase  49.12 
 
 
671 aa  111  4.0000000000000004e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2697  methylmalonyl-CoA mutase  47.29 
 
 
720 aa  110  5e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.20812 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2805  methylmalonyl-CoA mutase  46.15 
 
 
719 aa  110  6e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.147831  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0910  methylmalonyl-CoA mutase  46.15 
 
 
739 aa  110  8.000000000000001e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.736612  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2161  methylmalonyl-CoA mutase  46.15 
 
 
723 aa  109  1.0000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.385791  normal  0.481947 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0932  methylmalonyl-CoA mutase  46.15 
 
 
724 aa  109  1.0000000000000001e-23  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1625  methylmalonyl-CoA mutase, large subunit  47.32 
 
 
667 aa  109  2.0000000000000002e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1173  methylmalonyl-CoA mutase, large subunit  46.46 
 
 
1106 aa  108  2.0000000000000002e-23  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00593374 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1226  methylmalonyl-CoA mutase, large subunit  51.75 
 
 
672 aa  108  2.0000000000000002e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.6728  normal  0.0673448 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1014  methylmalonyl-CoA mutase  46.15 
 
 
719 aa  109  2.0000000000000002e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.856859 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2383  methylmalonyl-CoA mutase  46.15 
 
 
718 aa  108  3e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1702  methylmalonyl-CoA mutase  43.61 
 
 
718 aa  107  4.0000000000000004e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.0321557 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4213  methylmalonyl-CoA mutase  44.19 
 
 
714 aa  107  4.0000000000000004e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2169  methylmalonyl-CoA mutase  49.12 
 
 
692 aa  107  6e-23  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.485789  normal  0.751366 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6511  methylmalonyl-CoA mutase  47.01 
 
 
712 aa  106  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3398  methylmalonyl-CoA mutase  49.12 
 
 
731 aa  106  1e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.526303  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02748  methylmalonyl-CoA mutase  43.41 
 
 
714 aa  105  2e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02711  hypothetical protein  43.41 
 
 
714 aa  105  2e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3244  methylmalonyl-CoA mutase  43.41 
 
 
714 aa  105  2e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.98625  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3053  methylmalonyl-CoA mutase  43.41 
 
 
714 aa  105  2e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2855  methylmalonyl-CoA mutase  45.54 
 
 
657 aa  105  2e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0793  methylmalonyl-CoA mutase  43.41 
 
 
714 aa  105  2e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>