288 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_4240 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013061  Phep_4240  cobalamin B12-binding domain protein  100 
 
 
139 aa  281  1.0000000000000001e-75  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0241  cobalamin B12-binding domain protein  75.54 
 
 
139 aa  219  9.999999999999999e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1673  cobalamin B12-binding domain protein  66.15 
 
 
153 aa  181  3e-45  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1832  methylmalonyl-CoA mutase  62.31 
 
 
140 aa  180  6e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.436511  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2028  cobalamin B12-binding domain protein  61.54 
 
 
140 aa  180  6e-45  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.655901  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2098  cobalamin B12-binding domain protein  61.54 
 
 
140 aa  179  8.000000000000001e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1989  cobalamin B12-binding domain-containing protein  63.08 
 
 
139 aa  178  2.9999999999999997e-44  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2369  methylmalonyl-CoA mutase-like protein  63.57 
 
 
133 aa  178  2.9999999999999997e-44  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.308524  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1854  cobalamin B12-binding domain-containing protein  64.06 
 
 
137 aa  176  1e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1432  methylmalonyl-CoA mutase  65.41 
 
 
140 aa  174  3e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.329321 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1715  cobalamin B12-binding domain protein  62.99 
 
 
139 aa  173  5e-43  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1574  cobalamin B12-binding domain-containing protein  62.99 
 
 
137 aa  171  1.9999999999999998e-42  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.0630027 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0081  cobalamin B12-binding domain protein  59.7 
 
 
141 aa  171  3.9999999999999995e-42  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0587  cobalamin B12-binding domain protein  60.74 
 
 
135 aa  169  1e-41  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.901029 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1541  methylmalonyl-CoA mutase, alpha subunit  58.02 
 
 
151 aa  169  1e-41  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0770461  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3814  cobalamin B12-binding domain-containing protein  57.25 
 
 
134 aa  168  2e-41  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1574  methylmalonyl-CoA mutase-like  58.14 
 
 
134 aa  166  7e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000332572  normal  0.305791 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0289  cobalamin B12-binding domain protein  57.46 
 
 
140 aa  166  8e-41  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4204  cobalamin B12-binding domain-containing protein  56.49 
 
 
134 aa  166  9e-41  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00605014 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2691  cobalamin B12-binding domain protein  58.78 
 
 
134 aa  166  1e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0118523  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2026  cobalamin B12-binding domain-containing protein  59.38 
 
 
134 aa  166  1e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000113125  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2024  cobalamin B12-binding domain-containing protein  59.38 
 
 
134 aa  164  2.9999999999999998e-40  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000794891 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2998  cobalamin B12-binding domain-containing protein  60.16 
 
 
134 aa  164  4e-40  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.651513  normal  0.0337584 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0377  methylmalonyl-CoA mutase-like  54.81 
 
 
158 aa  164  4e-40  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.99713  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1578  B12-binding protein  56.59 
 
 
134 aa  162  1.0000000000000001e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.432317  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3987  cobalamin B12-binding domain-containing protein  57.89 
 
 
137 aa  162  1.0000000000000001e-39  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0195294  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1242  methylmalonyl-CoA mutase  59.2 
 
 
135 aa  162  1.0000000000000001e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00778509 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1548  cobalamin B12-binding domain protein  58.02 
 
 
134 aa  162  1.0000000000000001e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000166361 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7994  cobalamin B12-binding domain protein  58.87 
 
 
135 aa  160  5.0000000000000005e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2055  cobalamin B12-binding domain-containing protein  56.3 
 
 
155 aa  160  6e-39  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3774  cobalamin B12-binding domain protein  54.69 
 
 
157 aa  160  6e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.137195  normal  0.13274 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1487  cobalamin B12-binding domain protein  60.32 
 
 
135 aa  160  8.000000000000001e-39  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.40083  normal  0.12756 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4641  cobalamin B12-binding domain protein  59.56 
 
 
143 aa  159  1e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.123677 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2692  cobalamin B12-binding domain protein  58.02 
 
 
140 aa  158  2e-38  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0388  cobalamin B12-binding domain-containing protein  58.4 
 
 
134 aa  158  2e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000031654  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3482  cobalamin B12-binding domain-containing protein  55.47 
 
 
134 aa  158  2e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1769  cobalamin B12-binding domain-containing protein  57.03 
 
 
134 aa  157  4e-38  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00734137  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0059  cobalamin B12-binding domain protein  56.56 
 
 
136 aa  157  6e-38  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000107152 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1910  cobalamin B12-binding domain protein  55.04 
 
 
134 aa  157  6e-38  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.374857  normal  0.0962097 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0510  cobalamin B12-binding domain protein  57.25 
 
 
139 aa  154  3e-37  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.736031  normal  0.90311 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0457  cobalamin B12-binding domain-containing protein  55.81 
 
 
133 aa  154  3e-37  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.364165 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0550  cobalamin B12-binding domain-containing protein  60.16 
 
 
133 aa  154  5.0000000000000005e-37  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0582  cobalamin B12-binding domain-containing protein  58.46 
 
 
133 aa  154  6e-37  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1359  cobalamin B12-binding domain protein  57.26 
 
 
128 aa  151  2e-36  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.000000000160657  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0958  cobalamin B12-binding domain-containing protein  54.14 
 
 
140 aa  149  8.999999999999999e-36  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.0044288 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6220  cobalamin B12-binding domain-containing protein  58.59 
 
 
134 aa  149  1e-35  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0318  cobalamin B12-binding domain protein  53.85 
 
 
162 aa  149  1e-35  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0538  methylmalonyl-CoA mutase C-terminal domain-containing protein  53.54 
 
 
136 aa  149  2e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000893241 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4360  cobalamin B12-binding domain protein  53.44 
 
 
138 aa  146  1.0000000000000001e-34  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.36975  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2805  cobalamin B12-binding domain protein  52.71 
 
 
142 aa  145  1.0000000000000001e-34  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.069341  normal 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5018  cobalamin B12-binding domain-containing protein  52.27 
 
 
135 aa  146  1.0000000000000001e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.622944  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3654  cobalamin B12-binding domain-containing protein  52.71 
 
 
135 aa  144  3e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.136466 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2472  cobalamin B12-binding domain protein  53.85 
 
 
152 aa  143  6e-34  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1322  cobalamin B12-binding domain-containing protein  57.81 
 
 
136 aa  143  9e-34  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0900  cobalamin B12-binding domain protein  52.67 
 
 
138 aa  142  2e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3836  cobalamin B12-binding domain protein  52.67 
 
 
138 aa  141  4e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.692162  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3591  cobalamin B12-binding domain-containing protein  54.69 
 
 
143 aa  141  4e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1263  cobalamin B12-binding domain protein  58.33 
 
 
149 aa  134  5e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.728671  normal  0.8637 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3825  methylmalonyl-CoA mutase C-terminal domain-containing protein  50.78 
 
 
132 aa  133  7.000000000000001e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.438631  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3899  cobalamin B12-binding domain-containing protein  50.78 
 
 
132 aa  133  7.000000000000001e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3811  cobalamin B12-binding domain-containing protein  50.78 
 
 
132 aa  133  7.000000000000001e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0469463  normal  0.0948206 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2388  cobalamin B12-binding domain-containing protein  52.07 
 
 
133 aa  132  9.999999999999999e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.698998  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4260  cobalamin B12-binding domain-containing protein  51.64 
 
 
133 aa  132  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.480541 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2128  cobalamin B12-binding domain-containing protein  46.97 
 
 
172 aa  130  6e-30  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4309  cobalamin B12-binding domain-containing protein  48.03 
 
 
133 aa  129  1.0000000000000001e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.734858 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5088  cobalamin B12-binding domain-containing protein  50.39 
 
 
153 aa  129  1.0000000000000001e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1173  methylmalonyl-CoA mutase, large subunit  50.86 
 
 
1106 aa  118  3e-26  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00593374 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1772  methylmalonyl-CoA mutase  48.03 
 
 
680 aa  117  7e-26  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.292142  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2192  methylmalonyl-CoA mutase  43.94 
 
 
709 aa  115  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.172259  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1167  methylmalonyl-CoA mutase  52.59 
 
 
712 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.169366  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0867  methylmalonyl-CoA mutase  43.94 
 
 
709 aa  115  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.134958  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1771  cobalamin B12-binding domain-containing protein  43.7 
 
 
148 aa  115  1.9999999999999998e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.379199  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0388  methylmalonyl-CoA mutase  47.41 
 
 
714 aa  114  3.9999999999999997e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1164  methylmalonyl-CoA mutase  51.72 
 
 
713 aa  114  3.9999999999999997e-25  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.197015  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2300  methylmalonyl-CoA mutase  44.27 
 
 
709 aa  114  5e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4193  methylmalonyl-CoA mutase, large subunit  44.92 
 
 
670 aa  113  7.999999999999999e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.669168  normal  0.90036 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1292  methylmalonyl-CoA mutase  50.86 
 
 
714 aa  113  8.999999999999998e-25  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.816153 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0868  methylmalonyl-CoA mutase  50.86 
 
 
715 aa  112  1.0000000000000001e-24  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1223  methylmalonyl-CoA mutase  44.27 
 
 
712 aa  112  2.0000000000000002e-24  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1034  methylmalonyl-CoA mutase, large subunit  43.94 
 
 
666 aa  112  2.0000000000000002e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.488774  normal  0.762762 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4213  methylmalonyl-CoA mutase  40.15 
 
 
714 aa  109  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5044  cobalamin B12-binding domain-containing protein  48.84 
 
 
148 aa  108  2.0000000000000002e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.256068  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0875  methylmalonyl-CoA mutase, large subunit  47.37 
 
 
1081 aa  108  2.0000000000000002e-23  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.036821 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3062  methylmalonyl-CoA mutase  44.07 
 
 
671 aa  107  5e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6511  methylmalonyl-CoA mutase  37.23 
 
 
712 aa  107  5e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0776  methylmalonyl-CoA mutase, large subunit  39.39 
 
 
714 aa  107  6e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0726  methylmalonyl-CoA mutase  43.51 
 
 
712 aa  107  6e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.999011  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3244  methylmalonyl-CoA mutase  39.39 
 
 
714 aa  107  6e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.98625  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3053  methylmalonyl-CoA mutase  39.39 
 
 
714 aa  107  6e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02748  methylmalonyl-CoA mutase  39.39 
 
 
714 aa  107  7.000000000000001e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02711  hypothetical protein  39.39 
 
 
714 aa  107  7.000000000000001e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1702  methylmalonyl-CoA mutase  40.58 
 
 
718 aa  107  7.000000000000001e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.0321557 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0793  methylmalonyl-CoA mutase  39.39 
 
 
714 aa  107  7.000000000000001e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4006  methylmalonyl-CoA mutase  42.74 
 
 
716 aa  105  1e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2169  methylmalonyl-CoA mutase  42.98 
 
 
692 aa  106  1e-22  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.485789  normal  0.751366 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1320  methylmalonyl-CoA mutase  42.62 
 
 
722 aa  105  1e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3872  methylmalonyl-CoA mutase  46.09 
 
 
740 aa  106  1e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.231489  normal  0.125312 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1197  methylmalonyl-CoA mutase, large subunit  44.07 
 
 
657 aa  105  2e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.282186  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0279  methylmalonyl-CoA mutase  47.41 
 
 
731 aa  105  2e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2855  methylmalonyl-CoA mutase  40.68 
 
 
657 aa  105  2e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>