281 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU1578 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU1578  B12-binding protein  100 
 
 		 134 aa  270  7e-72  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.432317  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1574  methylmalonyl-CoA mutase-like  91.79 
 
 		 134 aa  254  3e-67  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000332572  normal  0.305791 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2026  cobalamin B12-binding domain-containing protein  83.58 
 
 		 134 aa  238  2e-62  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000113125  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0388  cobalamin B12-binding domain-containing protein  85.07 
 
 		 134 aa  238  2e-62  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000031654  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3482  cobalamin B12-binding domain-containing protein  82.71 
 
 		 134 aa  233  1.0000000000000001e-60  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1548  cobalamin B12-binding domain protein  77.61 
 
 		 134 aa  222  2e-57  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000166361 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2691  cobalamin B12-binding domain protein  76.87 
 
 		 134 aa  221  3e-57  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0118523  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1832  methylmalonyl-CoA mutase  70.68 
 
 		 140 aa  206  8e-53  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.436511  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2028  cobalamin B12-binding domain protein  69.92 
 
 		 140 aa  206  1e-52  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.655901  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2098  cobalamin B12-binding domain protein  69.92 
 
 		 140 aa  205  2e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1910  cobalamin B12-binding domain protein  69.4 
 
 		 134 aa  200  5e-51  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.374857  normal  0.0962097 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1989  cobalamin B12-binding domain-containing protein  68.18 
 
 		 139 aa  196  7.999999999999999e-50  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1769  cobalamin B12-binding domain-containing protein  66.42 
 
 		 134 aa  193  5.000000000000001e-49  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00734137  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1854  cobalamin B12-binding domain-containing protein  67.69 
 
 		 137 aa  192  2e-48  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3814  cobalamin B12-binding domain-containing protein  68.7 
 
 		 134 aa  187  5.999999999999999e-47  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2369  methylmalonyl-CoA mutase-like protein  66.41 
 
 		 133 aa  186  1e-46  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.308524  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4204  cobalamin B12-binding domain-containing protein  67.94 
 
 		 134 aa  184  3e-46  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00605014 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0377  methylmalonyl-CoA mutase-like  65.91 
 
 		 158 aa  182  1.0000000000000001e-45  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.99713  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3774  cobalamin B12-binding domain protein  64.12 
 
 		 157 aa  182  1.0000000000000001e-45  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.137195  normal  0.13274 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1574  cobalamin B12-binding domain-containing protein  65.65 
 
 		 137 aa  182  2.0000000000000003e-45  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0630027 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1432  methylmalonyl-CoA mutase  62.12 
 
 		 140 aa  179  1e-44  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.329321 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1541  methylmalonyl-CoA mutase, alpha subunit  61.65 
 
 		 151 aa  176  7e-44  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0770461  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1242  methylmalonyl-CoA mutase  64.06 
 
 		 135 aa  176  9e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00778509 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0289  cobalamin B12-binding domain protein  63.36 
 
 		 140 aa  176  9e-44  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1715  cobalamin B12-binding domain protein  64.12 
 
 		 139 aa  176  1e-43  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7994  cobalamin B12-binding domain protein  65.89 
 
 		 135 aa  176  1e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1673  cobalamin B12-binding domain protein  61.72 
 
 		 153 aa  175  2e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0059  cobalamin B12-binding domain protein  62.88 
 
 		 136 aa  175  2e-43  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000107152 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1487  cobalamin B12-binding domain protein  62.9 
 
 		 135 aa  175  2e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.40083  normal  0.12756 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2692  cobalamin B12-binding domain protein  63.57 
 
 		 140 aa  174  4e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6220  cobalamin B12-binding domain-containing protein  67.44 
 
 		 134 aa  171  3.9999999999999995e-42  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0587  cobalamin B12-binding domain protein  62.02 
 
 		 135 aa  169  1e-41  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.901029 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0241  cobalamin B12-binding domain protein  60.47 
 
 		 139 aa  166  8e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4641  cobalamin B12-binding domain protein  66.67 
 
 		 143 aa  166  1e-40  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.123677 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4360  cobalamin B12-binding domain protein  59.09 
 
 		 138 aa  165  2.9999999999999998e-40  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.36975  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0457  cobalamin B12-binding domain-containing protein  60 
 
 		 133 aa  164  4e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.364165 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3591  cobalamin B12-binding domain-containing protein  66.67 
 
 		 143 aa  164  5e-40  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0550  cobalamin B12-binding domain-containing protein  64.23 
 
 		 133 aa  163  8e-40  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2998  cobalamin B12-binding domain-containing protein  57.58 
 
 		 134 aa  162  1.0000000000000001e-39  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.651513  normal  0.0337584 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4240  cobalamin B12-binding domain protein  56.59 
 
 		 139 aa  162  1.0000000000000001e-39  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0900  cobalamin B12-binding domain protein  59.09 
 
 		 138 aa  162  2.0000000000000002e-39  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2024  cobalamin B12-binding domain-containing protein  56.82 
 
 		 134 aa  160  5.0000000000000005e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000794891 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0510  cobalamin B12-binding domain protein  57.58 
 
 		 139 aa  160  5.0000000000000005e-39  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.736031  normal  0.90311 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2472  cobalamin B12-binding domain protein  58.78 
 
 		 152 aa  160  5.0000000000000005e-39  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3836  cobalamin B12-binding domain protein  57.58 
 
 		 138 aa  159  2e-38  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.692162  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0582  cobalamin B12-binding domain-containing protein  61.11 
 
 		 133 aa  157  5e-38  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3987  cobalamin B12-binding domain-containing protein  57.36 
 
 		 137 aa  157  6e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0195294  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0318  cobalamin B12-binding domain protein  57.69 
 
 		 162 aa  156  7e-38  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2805  cobalamin B12-binding domain protein  54.96 
 
 		 142 aa  155  1e-37  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.069341  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0081  cobalamin B12-binding domain protein  56.25 
 
 		 141 aa  156  1e-37  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2055  cobalamin B12-binding domain-containing protein  57.14 
 
 		 155 aa  156  1e-37  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1263  cobalamin B12-binding domain protein  64.17 
 
 		 149 aa  147  5e-35  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.728671  normal  0.8637 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1359  cobalamin B12-binding domain protein  61.16 
 
 		 128 aa  145  2.0000000000000003e-34  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.000000000160657  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5018  cobalamin B12-binding domain-containing protein  52.34 
 
 		 135 aa  143  8.000000000000001e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.622944  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0538  methylmalonyl-CoA mutase C-terminal domain-containing protein  50.38 
 
 		 136 aa  142  1e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000893241 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1322  cobalamin B12-binding domain-containing protein  56.15 
 
 		 136 aa  141  3e-33  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0958  cobalamin B12-binding domain-containing protein  55.91 
 
 		 140 aa  140  6e-33  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.0044288 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4260  cobalamin B12-binding domain-containing protein  59.84 
 
 		 133 aa  139  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.480541 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5088  cobalamin B12-binding domain-containing protein  50.76 
 
 		 153 aa  137  3.9999999999999997e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2388  cobalamin B12-binding domain-containing protein  59.5 
 
 		 133 aa  137  3.9999999999999997e-32  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.698998  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3825  methylmalonyl-CoA mutase C-terminal domain-containing protein  59.02 
 
 		 132 aa  136  1e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.438631  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3899  cobalamin B12-binding domain-containing protein  59.02 
 
 		 132 aa  136  1e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3811  cobalamin B12-binding domain-containing protein  59.02 
 
 		 132 aa  136  1e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0469463  normal  0.0948206 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3654  cobalamin B12-binding domain-containing protein  48.44 
 
 		 135 aa  134  4e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.136466 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4309  cobalamin B12-binding domain-containing protein  57.02 
 
 		 133 aa  131  3e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.734858 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4006  methylmalonyl-CoA mutase  51.97 
 
 		 716 aa  129  1.0000000000000001e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2510  methylmalonyl-CoA mutase  50.76 
 
 		 722 aa  128  3e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.178476 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1849  methylmalonyl-CoA mutase  50.39 
 
 		 720 aa  125  3e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2040  methylmalonyl-CoA mutase  50.39 
 
 		 720 aa  125  3e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3753  methylmalonyl-CoA mutase  50.39 
 
 		 738 aa  123  8.000000000000001e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.801598  normal  0.879758 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2127  methylmalonyl-CoA mutase  50 
 
 		 720 aa  123  8.000000000000001e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.063815  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0932  methylmalonyl-CoA mutase  48.12 
 
 		 724 aa  123  1e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2697  methylmalonyl-CoA mutase  48.89 
 
 		 720 aa  122  1e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.20812 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3398  methylmalonyl-CoA mutase  50 
 
 		 731 aa  122  1e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.526303  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4193  methylmalonyl-CoA mutase, large subunit  56.25 
 
 		 670 aa  122  2e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.669168  normal  0.90036 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0910  methylmalonyl-CoA mutase  47.37 
 
 		 739 aa  122  2e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.736612  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2805  methylmalonyl-CoA mutase  49.61 
 
 		 719 aa  121  3e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.147831  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2161  methylmalonyl-CoA mutase  49.62 
 
 		 723 aa  121  4e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.385791  normal  0.481947 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1772  methylmalonyl-CoA mutase  57.27 
 
 		 680 aa  121  4e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.292142  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2383  methylmalonyl-CoA mutase  50 
 
 		 718 aa  120  5e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0388  methylmalonyl-CoA mutase  51.69 
 
 		 714 aa  120  8e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1771  cobalamin B12-binding domain-containing protein  45.19 
 
 		 148 aa  120  8e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.379199  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1702  methylmalonyl-CoA mutase  48.46 
 
 		 718 aa  120  9e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0321557 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1014  methylmalonyl-CoA mutase  46.21 
 
 		 719 aa  119  1.9999999999999998e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.856859 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4373  methylmalonyl-CoA mutase, large subunit  46.92 
 
 		 735 aa  118  3e-26  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2300  methylmalonyl-CoA mutase  50.41 
 
 		 709 aa  117  3.9999999999999996e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2192  methylmalonyl-CoA mutase  50.41 
 
 		 709 aa  117  6e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.172259  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0867  methylmalonyl-CoA mutase  49.61 
 
 		 709 aa  117  6e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.134958  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4003  methylmalonyl-CoA mutase, large subunit  54.55 
 
 		 685 aa  117  7e-26  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.446619  hitchhiker  0.000372138 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3621  methylmalonyl-CoA mutase, large subunit  54.55 
 
 		 668 aa  117  7e-26  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1173  methylmalonyl-CoA mutase, large subunit  49.6 
 
 		 1106 aa  116  9e-26  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00593374 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1320  methylmalonyl-CoA mutase  46.88 
 
 		 722 aa  116  9e-26  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3681  methylmalonyl-CoA mutase  50.78 
 
 		 714 aa  116  9e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.542374  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3486  methylmalonyl-CoA mutase  48.44 
 
 		 721 aa  114  3e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1292  methylmalonyl-CoA mutase  47.46 
 
 		 714 aa  114  3.9999999999999997e-25  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.816153 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1034  methylmalonyl-CoA mutase, large subunit  51.79 
 
 		 666 aa  114  5e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.488774  normal  0.762762 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0726  methylmalonyl-CoA mutase  46.67 
 
 		 712 aa  113  6.9999999999999995e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.999011  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2169  methylmalonyl-CoA mutase  52.68 
 
 		 692 aa  113  7.999999999999999e-25  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.485789  normal  0.751366 
 
 
-
 
NC_004310  BR1190  methylmalonyl-CoA mutase  47.5 
 
 		 712 aa  113  8.999999999999998e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.942727  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4213  methylmalonyl-CoA mutase  47.11 
 
 		 714 aa  112  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>