110 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3128 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_3128  response regulator receiver protein  100 
 
 		 270 aa  553  1e-156  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2324  response regulator receiver protein  77.38 
 
 		 256 aa  387  1e-106  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.618998 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1547  response regulator receiver protein  77.38 
 
 		 256 aa  371  1e-102  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  decreased coverage  0.00304895  normal  0.145074 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2180  response regulator receiver protein  45.39 
 
 		 227 aa  134  1.9999999999999998e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.532549 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3795  transcriptional regulator, CadC  38.46 
 
 		 325 aa  90.5  3e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.264433  decreased coverage  0.000000426063 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2701  hypothetical protein  48.28 
 
 		 270 aa  89.4  6e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0701  transcriptional regulator, CadC  34.97 
 
 		 308 aa  80.9  0.00000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0418  putative transcriptional regulator, CadC  40.18 
 
 		 297 aa  79.7  0.00000000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000126623  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0468  putative transcriptional regulator, CadC  37.93 
 
 		 306 aa  79.3  0.00000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3408  response regulator receiver protein  35.8 
 
 		 215 aa  63.9  0.000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000203949  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0126  hypothetical protein  36.96 
 
 		 190 aa  57  0.0000004  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.283613  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0092  response regulator receiver protein  34.38 
 
 		 383 aa  55.8  0.0000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.170556  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0004  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.82 
 
 		 1039 aa  53.9  0.000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.763661  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0051  two component transcriptional regulator  31.86 
 
 		 229 aa  53.5  0.000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2110  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.78 
 
 		 789 aa  53.1  0.000004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.377648  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0059  transcriptional regulatory protein KdpE  31.86 
 
 		 229 aa  52.8  0.000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1450  histidine kinase  27.27 
 
 		 785 aa  52.4  0.000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.106734  normal  0.251272 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4616  GAF sensor hybrid histidine kinase  29.93 
 
 		 701 aa  51.6  0.00001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.524944 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1875  histidine kinase  26.52 
 
 		 785 aa  50.8  0.00002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0661847  normal  0.240097 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1353  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.11 
 
 		 1078 aa  50.8  0.00002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1420  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.75 
 
 		 1121 aa  50.8  0.00002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0817518  normal  0.492636 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0051  two component transcriptional regulator  30.97 
 
 		 229 aa  50.8  0.00002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0030378 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0059  two component transcriptional regulator  30.97 
 
 		 229 aa  51.2  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000152099 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3840  histidine kinase  26.52 
 
 		 785 aa  50.8  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0989388  normal  0.369399 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4228  Hpt sensor hybrid histidine kinase  30.28 
 
 		 1011 aa  50.8  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.339192 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1709  putative PAS/PAC sensor protein  31.63 
 
 		 669 aa  51.2  0.00002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0628445  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2671  response regulator receiver domain-containing protein  39.08 
 
 		 287 aa  50.4  0.00003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0053  two component transcriptional regulator  30.09 
 
 		 229 aa  50.4  0.00003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000176822 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5499  hypothetical protein  35.53 
 
 		 238 aa  50.1  0.00003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0109  response regulator receiver  36.14 
 
 		 225 aa  48.1  0.0001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000662688  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0090  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  35.29 
 
 		 227 aa  48.5  0.0001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2382  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 454 aa  48.1  0.0001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.598165  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1697  response regulator receiver protein  37.11 
 
 		 164 aa  48.1  0.0001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.359972 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1339  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.69 
 
 		 931 aa  47.4  0.0002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4270  histidine kinase  29.66 
 
 		 1175 aa  48.1  0.0002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0047  signal transduction histidine kinase  34.34 
 
 		 980 aa  47.4  0.0002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1415  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.42 
 
 		 2072 aa  47.4  0.0003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.384608  normal  0.53452 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2462  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33 
 
 		 1032 aa  47.4  0.0003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1716  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.28 
 
 		 628 aa  46.6  0.0004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.805197  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1723  signal transduction histidine kinase  33.67 
 
 		 764 aa  46.6  0.0004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1943  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.2 
 
 		 596 aa  46.6  0.0004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3017  RcsC  27.73 
 
 		 1083 aa  46.6  0.0004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0332  response regulator receiver protein  40.91 
 
 		 147 aa  46.6  0.0004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1360  signal transduction histidine kinase  35.35 
 
 		 524 aa  46.6  0.0004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.0984724 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1138  response regulator receiver /GGDEF/PAS/PAC domain-containing protein  27.42 
 
 		 756 aa  46.6  0.0005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0305477  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1026  putative PAS/PAC sensor protein  35.71 
 
 		 559 aa  46.2  0.0005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1480  response regulator receiver protein  28.32 
 
 		 150 aa  46.2  0.0006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.963077  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0459  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.64 
 
 		 1301 aa  45.8  0.0007  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.012558 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0658  histidine kinase  26.71 
 
 		 627 aa  45.8  0.0008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1923  response regulator receiver domain-containing protein  33.03 
 
 		 149 aa  45.8  0.0008  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1121  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.69 
 
 		 1513 aa  45.8  0.0008  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0840  response regulator receiver domain-containing protein  32.67 
 
 		 196 aa  45.1  0.001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.351248  normal  0.247104 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1419  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.32 
 
 		 769 aa  45.1  0.001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0849788  normal  0.753623 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2296  response regulator receiver domain-containing protein  34.18 
 
 		 222 aa  45.4  0.001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000621544 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4966  two-component sensor response receiver component, histidine kinase  29.06 
 
 		 951 aa  45.4  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.292915 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0292  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.46 
 
 		 530 aa  45.1  0.001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1482  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.65 
 
 		 656 aa  45.1  0.001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.548294  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1749  two component heavy metal response transcriptional regulator  30.93 
 
 		 242 aa  44.3  0.002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0454  signal transduction histidine kinase  29.2 
 
 		 657 aa  44.3  0.002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.263033 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2968  putative PAS/PAC sensor protein  34.78 
 
 		 479 aa  44.3  0.002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4035  response regulator receiver protein  35.35 
 
 		 121 aa  44.7  0.002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.52498  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4303  two component transcriptional regulator  31.96 
 
 		 229 aa  44.3  0.002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.205089  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3298  hypothetical protein  33.33 
 
 		 121 aa  44.3  0.002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.244169  normal  0.765394 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4171  CheA signal transduction histidine kinase  28.85 
 
 		 686 aa  44.3  0.002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1023  response regulator receiver protein  29.52 
 
 		 128 aa  44.7  0.002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.456114  normal  0.530348 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0056  two component transcriptional regulator  31.96 
 
 		 229 aa  44.3  0.002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000725059 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3080  histidine kinase  28.32 
 
 		 1088 aa  44.3  0.002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0169759  normal  0.77184 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0738  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  25.22 
 
 		 925 aa  44.3  0.002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1708  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.31 
 
 		 869 aa  44.3  0.002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0611  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  26.98 
 
 		 925 aa  43.9  0.003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.62789  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3302  chemotaxis response regulator, CheY4  34.34 
 
 		 121 aa  43.9  0.003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.930651  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3207  response regulator receiver protein  27.35 
 
 		 124 aa  43.9  0.003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.138724  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_59780  putative kinase sensor protein  25.86 
 
 		 1084 aa  43.9  0.003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.000030188  hitchhiker  3.75506e-17 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3207  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.95 
 
 		 910 aa  43.5  0.003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0907  CheA signal transduction histidine kinase  31.71 
 
 		 911 aa  43.9  0.003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0908129  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2827  response regulator receiver protein  30.48 
 
 		 137 aa  43.9  0.003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0048  two component transcriptional regulator  31.96 
 
 		 229 aa  43.5  0.003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0055  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.96 
 
 		 229 aa  43.9  0.003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1335  putative PAS/PAC sensor protein  32.65 
 
 		 1113 aa  43.9  0.003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0717  two component transcriptional regulator, winged helix family  25.77 
 
 		 226 aa  43.5  0.003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000154116  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0156  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.78 
 
 		 720 aa  43.5  0.004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2986  putative PAS/PAC sensor protein  33 
 
 		 474 aa  43.1  0.004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1967  response regulator receiver protein  33.77 
 
 		 141 aa  43.5  0.004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0246648  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0558  two component transcriptional regulator, winged helix family  28.18 
 
 		 237 aa  43.5  0.004  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2980  response regulator receiver protein  29.9 
 
 		 138 aa  43.5  0.004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0932  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.69 
 
 		 753 aa  43.1  0.004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.20268 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1293  putative PAS/PAC sensor protein  32.99 
 
 		 1265 aa  43.1  0.004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.307468 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1607  response regulator receiver domain-containing protein  34.69 
 
 		 186 aa  43.1  0.005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.790082 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1034  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.82 
 
 		 219 aa  43.1  0.005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.171933  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1605  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.89 
 
 		 216 aa  43.1  0.005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1741  hypothetical protein  31.58 
 
 		 303 aa  43.1  0.005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000000000197568 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3288  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.12 
 
 		 1032 aa  43.1  0.005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.314025 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1580  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.89 
 
 		 216 aa  43.1  0.005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0015  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  30.09 
 
 		 347 aa  43.1  0.005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.84393  normal  0.0442191 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0165  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.71 
 
 		 826 aa  42.7  0.006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1484  histidine kinase  24.71 
 
 		 785 aa  42.7  0.006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1482  CheA signal transduction histidine kinases  27.43 
 
 		 734 aa  42.4  0.007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0181827 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2452  histidine kinase  28.7 
 
 		 459 aa  42.7  0.007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.137495  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3166  putative PAS/PAC sensor protein  29.9 
 
 		 483 aa  42.4  0.008  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0461  two component transcriptional regulator  27.19 
 
 		 248 aa  42.4  0.008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.735267  normal  0.697364 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>