185 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_2180 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009921  Franean1_2180  response regulator receiver protein  100 
 
 
227 aa  456  9.999999999999999e-129  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.532549 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2324  response regulator receiver protein  49.11 
 
 
256 aa  154  1e-36  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.618998 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3128  response regulator receiver protein  38.77 
 
 
270 aa  140  1.9999999999999998e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1547  response regulator receiver protein  48.65 
 
 
256 aa  140  1.9999999999999998e-32  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  decreased coverage  0.00304895  normal  0.145074 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3408  response regulator receiver protein  29.82 
 
 
215 aa  84  0.000000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000203949  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0418  putative transcriptional regulator, CadC  43.3 
 
 
297 aa  79.7  0.00000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000126623  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0468  putative transcriptional regulator, CadC  40 
 
 
306 aa  77.8  0.0000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0701  transcriptional regulator, CadC  35.2 
 
 
308 aa  77.8  0.0000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3795  transcriptional regulator, CadC  42.35 
 
 
325 aa  76.3  0.0000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.264433  decreased coverage  0.000000426063 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0092  response regulator receiver protein  36.48 
 
 
383 aa  66.2  0.0000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.170556  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3017  RcsC  33.64 
 
 
1083 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3975  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.85 
 
 
1214 aa  55.5  0.0000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1716  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.78 
 
 
628 aa  52.8  0.000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.805197  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4228  Hpt sensor hybrid histidine kinase  34.04 
 
 
1011 aa  52  0.000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.339192 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24720  putative two-component sensor  34.95 
 
 
741 aa  51.6  0.00001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3808  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.41 
 
 
808 aa  50.4  0.00002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0284545  normal  0.136228 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3921  Hpt sensor hybrid histidine kinase  34.41 
 
 
808 aa  50.4  0.00002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.799409 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1450  histidine kinase  34.38 
 
 
785 aa  50.8  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.106734  normal  0.251272 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1034  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.83 
 
 
219 aa  50.1  0.00003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.171933  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0633  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.66 
 
 
1480 aa  50.1  0.00003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.461456  normal  0.141694 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2224  putative two-component regulatory system, sensor kinase protein  34.02 
 
 
1082 aa  49.3  0.00005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4963  two-component sensor response receiver component, histidine kinase  32.65 
 
 
1122 aa  49.3  0.00005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.341676 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2021  Hpt sensor hybrid histidine kinase  34.02 
 
 
1082 aa  49.3  0.00005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2077  sensor histidine kinase/response regulator  34.02 
 
 
1082 aa  49.3  0.00005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.981024  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1353  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.42 
 
 
1078 aa  49.3  0.00006  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1709  putative PAS/PAC sensor protein  33.33 
 
 
669 aa  48.9  0.00007  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0628445  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_59780  putative kinase sensor protein  34.04 
 
 
1084 aa  48.9  0.00007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.000030188  hitchhiker  3.75506e-17 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2497  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  29.5 
 
 
948 aa  47.8  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0147984  normal  0.803827 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2511  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  29.5 
 
 
948 aa  47.8  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0476144 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2456  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  29.5 
 
 
948 aa  47.8  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.290959  normal  0.1829 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2407  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  29.5 
 
 
948 aa  47.8  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000239257  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2615  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  29.5 
 
 
915 aa  47.8  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.544475 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0358  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.58 
 
 
1485 aa  47.8  0.0001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0932  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.78 
 
 
753 aa  48.1  0.0001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.20268 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0998  CheA signal transduction histidine kinase  36.07 
 
 
783 aa  48.1  0.0001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.154879  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2110  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.54 
 
 
789 aa  47.8  0.0001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.377648  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1875  histidine kinase  33.33 
 
 
785 aa  47.8  0.0002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0661847  normal  0.240097 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1482  sensory box histidine kinase/response regulator  31.75 
 
 
1213 aa  47  0.0002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0156  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.89 
 
 
720 aa  47.4  0.0002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4270  histidine kinase  32.32 
 
 
1175 aa  47.4  0.0002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0736  Hpt sensor hybrid histidine kinase  31.13 
 
 
1074 aa  47.4  0.0002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0829  Hpt sensor hybrid histidine kinase  34.04 
 
 
812 aa  47  0.0002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.177536 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3840  histidine kinase  33.33 
 
 
785 aa  47.8  0.0002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0989388  normal  0.369399 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0738  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  34.83 
 
 
925 aa  47.4  0.0002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3080  histidine kinase  36 
 
 
1088 aa  47  0.0002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0169759  normal  0.77184 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0840  response regulator receiver domain-containing protein  33.33 
 
 
196 aa  46.6  0.0003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.351248  normal  0.247104 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4616  GAF sensor hybrid histidine kinase  36.14 
 
 
701 aa  46.6  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.524944 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2891  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  31.88 
 
 
858 aa  46.2  0.0004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.432629 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3038  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  36.84 
 
 
936 aa  46.2  0.0004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0749319  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4067  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.99 
 
 
1490 aa  46.2  0.0004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2574  response regulator receiver domain-containing protein  34.23 
 
 
678 aa  46.2  0.0004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.180795  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4966  two-component sensor response receiver component, histidine kinase  34.94 
 
 
951 aa  46.6  0.0004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.292915 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_59800  kinase sensor protein  36.73 
 
 
931 aa  46.6  0.0004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000197458  hitchhiker  2.65975e-17 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2887  LuxR family two component transcriptional regulator  31.53 
 
 
225 aa  46.2  0.0004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.526109  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4640  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.04 
 
 
1194 aa  46.6  0.0004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0814409  normal  0.0127622 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1360  signal transduction histidine kinase  38.2 
 
 
524 aa  46.2  0.0004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.0984724 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2671  response regulator receiver domain-containing protein  38.78 
 
 
287 aa  45.8  0.0005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1575  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  38.89 
 
 
577 aa  45.4  0.0006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.09451  normal  0.420465 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2839  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.67 
 
 
1478 aa  45.4  0.0006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.95588 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0059  transcriptional regulatory protein KdpE  35.79 
 
 
229 aa  45.4  0.0007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0051  two component transcriptional regulator  35.79 
 
 
229 aa  45.4  0.0007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0795  putative PAS/PAC sensor protein  34.65 
 
 
458 aa  45.4  0.0007  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0670898  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3628  two component LuxR family transcriptional regulator  31.53 
 
 
225 aa  45.4  0.0008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.717242  normal  0.142765 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0114  response regulator receiver protein  32.32 
 
 
120 aa  45.1  0.0008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2396  histidine kinase  35.16 
 
 
539 aa  45.1  0.0009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.106517 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00069  two component sensor-regulator hybrid protein RpfC  27.89 
 
 
718 aa  45.1  0.001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.397596  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2154  Hpt sensor hybrid histidine kinase  26.97 
 
 
815 aa  44.3  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.990707  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2940  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.5 
 
 
502 aa  44.7  0.001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0059  two component transcriptional regulator  35.79 
 
 
229 aa  44.7  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000152099 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0747  signal transduction histidine kinase-like protein  29.17 
 
 
1287 aa  44.7  0.001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3630  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.5 
 
 
502 aa  44.7  0.001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.670707  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4990  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.62 
 
 
955 aa  44.7  0.001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15460  membrane sensor hybrid histidine protein kinase  32.29 
 
 
772 aa  45.1  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.361903  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2798  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  30.3 
 
 
949 aa  44.7  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000245809  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3444  two component transcriptional regulator  37.5 
 
 
220 aa  44.7  0.001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.112849  normal  0.384843 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0357  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.89 
 
 
1310 aa  45.1  0.001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.464939  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2331  sensor histidine kinase/response regulator  32.29 
 
 
779 aa  44.7  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.600395  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7040  two component transcriptional regulator, LuxR family  28.97 
 
 
217 aa  44.7  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1503  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.5 
 
 
513 aa  44.7  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02145  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  30.3 
 
 
933 aa  43.9  0.002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1440  histidine kinase  30.3 
 
 
949 aa  43.9  0.002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00541515  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2113  PAS  27.18 
 
 
1206 aa  43.9  0.002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.819255  normal  0.387177 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3089  response regulator receiver domain-containing protein  37.84 
 
 
154 aa  44.3  0.002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0429158  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4783  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.03 
 
 
680 aa  43.9  0.002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.302794  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0622  putative PAS/PAC sensor protein  35.42 
 
 
440 aa  43.9  0.002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2407  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  40.98 
 
 
577 aa  44.3  0.002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.433609  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2844  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  30.61 
 
 
957 aa  43.9  0.002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.436473  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0459  regulator of pathogenicity factors  26.42 
 
 
717 aa  43.5  0.002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0053  two component transcriptional regulator  34.74 
 
 
229 aa  43.9  0.002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000176822 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0051  two component transcriptional regulator  35.79 
 
 
229 aa  44.3  0.002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0030378 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65860  putative two-component sensor  36.96 
 
 
770 aa  43.5  0.002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.407883  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0759  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.98 
 
 
818 aa  44.3  0.002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00885833 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1070  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  40.98 
 
 
575 aa  44.3  0.002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.677044  normal  0.746379 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2367  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  30.3 
 
 
949 aa  43.9  0.002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.000101959  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0720  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  30.3 
 
 
949 aa  43.9  0.002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00107574  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5715  putative two-component sensor  36.96 
 
 
750 aa  43.9  0.002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.901003  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2964  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.73 
 
 
647 aa  43.5  0.002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.443547 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2765  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  30.61 
 
 
949 aa  43.9  0.002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.266073  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2359  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  30.3 
 
 
949 aa  43.9  0.002  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.000000333746  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2519  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  30.3 
 
 
949 aa  43.9  0.002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000827535  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>