108 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_0418 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_0418  putative transcriptional regulator, CadC  100 
 
 		 297 aa  605  9.999999999999999e-173  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000126623  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0468  putative transcriptional regulator, CadC  44.56 
 
 		 306 aa  248  6e-65  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0701  transcriptional regulator, CadC  39.87 
 
 		 308 aa  202  6e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3795  transcriptional regulator, CadC  38.89 
 
 		 325 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.264433  decreased coverage  0.000000426063 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2324  response regulator receiver protein  42.06 
 
 		 256 aa  84.7  0.000000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.618998 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2180  response regulator receiver protein  43.3 
 
 		 227 aa  80.5  0.00000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.532549 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3128  response regulator receiver protein  40.18 
 
 		 270 aa  80.1  0.00000000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1547  response regulator receiver protein  39.45 
 
 		 256 aa  79  0.0000000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  decreased coverage  0.00304895  normal  0.145074 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3408  response regulator receiver protein  39.53 
 
 		 215 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000203949  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4743  transcriptional regulator, CadC  36 
 
 		 294 aa  69.7  0.00000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.274982 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0092  response regulator receiver protein  36.88 
 
 		 383 aa  60.1  0.00000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.170556  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3669  transcriptional regulatory protein-like  30.85 
 
 		 527 aa  58.2  0.0000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5711  transcriptional regulator  28.4 
 
 		 658 aa  55.8  0.0000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.591372 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6123  transcriptional regulator, winged helix family  34.44 
 
 		 1010 aa  54.3  0.000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4690  transcriptional regulator domain protein  29.17 
 
 		 521 aa  53.9  0.000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.347611  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4571  transcriptional regulator domain-containing protein  31.25 
 
 		 525 aa  54.3  0.000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1709  putative PAS/PAC sensor protein  32.67 
 
 		 669 aa  52.4  0.000009  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0628445  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2671  response regulator receiver domain-containing protein  39.47 
 
 		 287 aa  52  0.00001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5608  transcriptional regulator, CadC  28.12 
 
 		 521 aa  52  0.00001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1418  transcriptional regulator domain protein  25.6 
 
 		 522 aa  51.6  0.00001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2870  putative transcriptional regulator, CadC  26.73 
 
 		 425 aa  51.2  0.00002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.806107 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1360  signal transduction histidine kinase  35.42 
 
 		 524 aa  50.8  0.00003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.0984724 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4485  transcriptional regulator, CadC  28.1 
 
 		 520 aa  50.4  0.00004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0188012  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2376  transcriptional regulator  28.42 
 
 		 1001 aa  49.7  0.00005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2276  transcriptional regulatory protein-like  26.73 
 
 		 522 aa  49.7  0.00006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1629  multi-component transcriptional regulator  28.45 
 
 		 613 aa  49.3  0.00007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.703021  normal  0.230726 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1607  response regulator receiver domain-containing protein  36.59 
 
 		 186 aa  49.3  0.00009  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.790082 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4627  two component LuxR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 216 aa  49.3  0.00009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.527017  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2736  two component transcriptional regulator, winged helix family  26.79 
 
 		 257 aa  48.5  0.0001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00867541  hitchhiker  0.0000000494299 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3375  two component transcriptional regulator, winged helix family  26.79 
 
 		 257 aa  48.5  0.0001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2466  two component transcriptional regulator  28.42 
 
 		 235 aa  48.1  0.0002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.28267  hitchhiker  0.0000000000126243 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1710  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  27.08 
 
 		 413 aa  47.8  0.0002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00769573  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3304  transcriptional regulatory protein-like protein  29.75 
 
 		 580 aa  48.1  0.0002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3934  DNA-binding response regulator  31.63 
 
 		 223 aa  47.8  0.0002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1415  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.67 
 
 		 2072 aa  47.4  0.0003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.384608  normal  0.53452 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1463  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.59 
 
 		 768 aa  47.4  0.0003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.103172  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1419  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.94 
 
 		 769 aa  47  0.0004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0849788  normal  0.753623 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2110  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.37 
 
 		 789 aa  47  0.0004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.377648  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0932  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.93 
 
 		 753 aa  47  0.0004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.20268 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0004  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.98 
 
 		 1039 aa  46.6  0.0005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.763661  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1643  response regulator receiver domain-containing protein  34.07 
 
 		 200 aa  46.6  0.0005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.831648  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0964  transcriptional regulator  29.29 
 
 		 219 aa  46.2  0.0007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3769  transcriptional regulator, CadC  35.96 
 
 		 756 aa  45.8  0.0008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0208668  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3888  two component transcriptional regulator  27.08 
 
 		 223 aa  45.8  0.0008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.130623  normal  0.799765 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2923  transcriptional regulator, CadC  30.34 
 
 		 711 aa  45.8  0.0008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3772  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.65 
 
 		 934 aa  45.8  0.0009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3091  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  31.46 
 
 		 224 aa  45.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.418995  normal  0.496395 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1236  two component LuxR family transcriptional regulator  30.4 
 
 		 208 aa  45.8  0.001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.23752  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0840  response regulator receiver domain-containing protein  34.57 
 
 		 196 aa  45.4  0.001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.351248  normal  0.247104 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1420  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.88 
 
 		 1121 aa  45.1  0.001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0817518  normal  0.492636 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1649  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  32.53 
 
 		 550 aa  45.4  0.001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.181327  normal  0.670777 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4516  two component transcriptional regulator  30.21 
 
 		 225 aa  45.4  0.001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.158523  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4280  transcriptional regulator domain-containing protein  25 
 
 		 531 aa  45.1  0.001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1697  response regulator receiver protein  28.23 
 
 		 164 aa  45.4  0.001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.359972 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4156  two component transcriptional regulator  30.58 
 
 		 232 aa  45.4  0.001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.0000307056  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1762  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.88 
 
 		 830 aa  45.1  0.001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4398  two component transcriptional regulator, winged helix family  27.27 
 
 		 263 aa  45.4  0.001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.184239 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4972  transcriptional regulator  31.11 
 
 		 877 aa  44.3  0.002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.36225  normal  0.311827 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1943  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.59 
 
 		 596 aa  44.7  0.002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3319  transcriptional regulatory protein-like protein  27.17 
 
 		 691 aa  44.7  0.002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.389048  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1399  two component transcriptional regulator  35.9 
 
 		 239 aa  44.7  0.002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.365128 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3176  two component transcriptional regulator  36.25 
 
 		 223 aa  44.7  0.002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.987704  normal  0.0233237 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1016  transcriptional regulator, CadC  28.28 
 
 		 250 aa  44.7  0.002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.483037  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3011  two component transcriptional regulator  25.56 
 
 		 222 aa  44.7  0.002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.239282  normal  0.458357 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0047  signal transduction histidine kinase  34.15 
 
 		 980 aa  45.1  0.002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0622  putative PAS/PAC sensor protein  34.15 
 
 		 440 aa  44.3  0.002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4171  CheA signal transduction histidine kinase  32.41 
 
 		 686 aa  43.9  0.003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1671  histidine kinase  31.09 
 
 		 1937 aa  43.9  0.003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5187  transcriptional regulator, winged helix family  26.32 
 
 		 950 aa  43.9  0.003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1989  GAF sensor hybrid histidine kinase  31.09 
 
 		 1937 aa  43.9  0.003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0170  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.94 
 
 		 603 aa  43.9  0.003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.651305 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1308  transcriptional regulator  31.52 
 
 		 493 aa  43.5  0.004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5813  transcriptional regulator  29.89 
 
 		 591 aa  43.5  0.004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.183605  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6521  transcriptional regulator  31.52 
 
 		 493 aa  43.5  0.004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0681996  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0872  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.11 
 
 		 500 aa  43.5  0.004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.3427  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3210  GAF sensor hybrid histidine kinase  31.09 
 
 		 1936 aa  43.5  0.004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.596339  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6123  transcriptional regulator  31.52 
 
 		 493 aa  43.5  0.004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4228  winged helix family two component transcriptional regulator  25.44 
 
 		 509 aa  43.9  0.004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.290807  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2752  multi-component transcriptional regulator, winged helix family  29.67 
 
 		 799 aa  43.5  0.004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2967  putative PAS/PAC sensor protein  34.15 
 
 		 376 aa  43.1  0.005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0437  transcriptional regulatory protein-like protein  29.59 
 
 		 762 aa  43.5  0.005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000809247  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0318  two component transcriptional regulator  36.08 
 
 		 227 aa  43.1  0.005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1892  transcriptional regulator  27.08 
 
 		 972 aa  43.5  0.005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.642884  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3245  DNA-binding response regulator  30.34 
 
 		 224 aa  43.1  0.006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.124036  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0351  toxin co-regulated pilus biosynthesis protein P  31.25 
 
 		 221 aa  43.1  0.006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5597  transcriptional regulator  29.27 
 
 		 591 aa  43.1  0.006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.354046  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6136  transcriptional regulator, winged helix family  26.97 
 
 		 1014 aa  43.1  0.006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0229  two component transcriptional regulator, winged helix family  28.93 
 
 		 227 aa  42.7  0.006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.069189  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0794  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  25.21 
 
 		 724 aa  42.7  0.007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0459  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.53 
 
 		 1301 aa  42.7  0.007  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.012558 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3958  two component transcriptional regulator  30.51 
 
 		 237 aa  42.7  0.007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0836  transcriptional regulator, CadC  25.69 
 
 		 458 aa  42.4  0.008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1245  putative PAS/PAC sensor protein  32.93 
 
 		 400 aa  42.7  0.008  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3000  transcriptional regulator  25.69 
 
 		 458 aa  42.4  0.008  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000507386  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3173  transcriptional regulator  25.69 
 
 		 458 aa  42.4  0.008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5320  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.12 
 
 		 903 aa  42.4  0.008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.544718  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0862  transcriptional regulator  25.69 
 
 		 458 aa  42.4  0.008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.657213  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0257  two component transcriptional regulator  34.38 
 
 		 231 aa  42.7  0.008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0675  two component transcriptional regulator  25.81 
 
 		 252 aa  42.4  0.009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.512652  normal  0.0931169 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0292  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.8 
 
 		 530 aa  42.4  0.009  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>