127 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewana3_0468 on replicon NC_008577
Organism: Shewanella sp. ANA-3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008577  Shewana3_0468  putative transcriptional regulator, CadC  100 
 
 		 306 aa  635    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0418  putative transcriptional regulator, CadC  44.67 
 
 		 297 aa  243  1.9999999999999999e-63  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000126623  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3795  transcriptional regulator, CadC  38.68 
 
 		 325 aa  219  3.9999999999999997e-56  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.264433  decreased coverage  0.000000426063 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0701  transcriptional regulator, CadC  39.93 
 
 		 308 aa  206  4e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2324  response regulator receiver protein  38.79 
 
 		 256 aa  87.4  3e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.618998 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3128  response regulator receiver protein  37.93 
 
 		 270 aa  79.3  0.00000000000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2180  response regulator receiver protein  40 
 
 		 227 aa  77.8  0.0000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.532549 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1547  response regulator receiver protein  36.21 
 
 		 256 aa  75.5  0.000000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  decreased coverage  0.00304895  normal  0.145074 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4743  transcriptional regulator, CadC  36.63 
 
 		 294 aa  65.1  0.000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.274982 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3408  response regulator receiver protein  29.51 
 
 		 215 aa  57.8  0.0000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000203949  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1709  putative PAS/PAC sensor protein  35.35 
 
 		 669 aa  55.5  0.000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0628445  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6123  transcriptional regulator, winged helix family  30.94 
 
 		 1010 aa  55.1  0.000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1480  response regulator receiver protein  33.65 
 
 		 150 aa  54.3  0.000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.963077  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1723  signal transduction histidine kinase  36.36 
 
 		 764 aa  53.5  0.000005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0004  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.14 
 
 		 1039 aa  51.6  0.00002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.763661  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0795  putative PAS/PAC sensor protein  28.46 
 
 		 458 aa  51.6  0.00002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0670898  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1017  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 460 aa  50.4  0.00003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0996419 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1892  putative PAS/PAC sensor protein  34.38 
 
 		 632 aa  50.8  0.00003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.487702  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1023  response regulator receiver protein  31.93 
 
 		 128 aa  50.4  0.00004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.456114  normal  0.530348 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1949  putative PAS/PAC sensor protein  30.83 
 
 		 461 aa  50.1  0.00004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.724461 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1339  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.08 
 
 		 931 aa  50.1  0.00005  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4155  transcriptional regulatory protein-like  26.39 
 
 		 717 aa  49.7  0.00006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.297616 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3770  response regulator receiver protein  32.65 
 
 		 391 aa  49.7  0.00006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000112062 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0932  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.71 
 
 		 753 aa  49.7  0.00006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.20268 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4963  two-component sensor response receiver component, histidine kinase  28.71 
 
 		 1122 aa  49.7  0.00007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.341676 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3304  transcriptional regulatory protein-like protein  27.61 
 
 		 580 aa  48.9  0.0001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1360  signal transduction histidine kinase  30.08 
 
 		 524 aa  48.5  0.0001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.0984724 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1418  transcriptional regulator domain protein  28 
 
 		 522 aa  48.9  0.0001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4156  two component transcriptional regulator  33.01 
 
 		 232 aa  48.9  0.0001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.0000307056  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3852  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.67 
 
 		 879 aa  48.1  0.0002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0452097  normal  0.946176 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0174  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.04 
 
 		 208 aa  48.1  0.0002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0092  response regulator receiver protein  31.76 
 
 		 383 aa  48.1  0.0002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.170556  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1525  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.25 
 
 		 813 aa  48.1  0.0002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0304  two component LuxR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 207 aa  48.1  0.0002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4690  transcriptional regulator domain protein  28.16 
 
 		 521 aa  48.1  0.0002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.347611  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3038  signal transduction histidine kinase  30.83 
 
 		 878 aa  47.4  0.0003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3669  transcriptional regulatory protein-like  27.97 
 
 		 527 aa  47.4  0.0003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0191  histidine kinase  33.75 
 
 		 531 aa  47.4  0.0003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.363458 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2376  transcriptional regulator  29.29 
 
 		 1001 aa  47  0.0004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1943  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.89 
 
 		 596 aa  46.6  0.0005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1276  transcriptional regulator domain-containing protein  31 
 
 		 499 aa  46.6  0.0005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.110816  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4023  invasion protein regulator  26.13 
 
 		 565 aa  46.6  0.0005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.876946 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1846  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.93 
 
 		 737 aa  46.2  0.0007  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1649  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  30.1 
 
 		 550 aa  46.2  0.0008  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.181327  normal  0.670777 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2534  sensory box/response regulator  26.96 
 
 		 452 aa  45.1  0.001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2388  response regulator receiver  32.65 
 
 		 127 aa  45.8  0.001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0389923  normal  0.541574 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1607  response regulator receiver domain-containing protein  29.13 
 
 		 186 aa  45.4  0.001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.790082 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1497  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.69 
 
 		 880 aa  45.4  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1461  two component heavy metal response transcriptional regulator  32.04 
 
 		 227 aa  45.4  0.001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4297  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.37 
 
 		 243 aa  45.4  0.001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4185  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.37 
 
 		 243 aa  45.4  0.001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.469867  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2825  Fis family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 589 aa  44.7  0.002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.208492  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2505  two component transcriptional regulator  25.51 
 
 		 238 aa  45.1  0.002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.791438  normal  0.178168 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2870  putative transcriptional regulator, CadC  23.9 
 
 		 425 aa  44.3  0.002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.806107 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1399  two component transcriptional regulator  27.97 
 
 		 239 aa  45.1  0.002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.365128 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2213  two component transcriptional regulator / cell cycle transcriptional regulator CtrA  26 
 
 		 249 aa  44.7  0.002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.88155  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0766  two component transcriptional regulator  31.15 
 
 		 233 aa  44.3  0.002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.528482  normal  0.302775 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12780  putative two-component response regulator  30.19 
 
 		 209 aa  44.7  0.002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000436161  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2906  response regulator receiver protein  25.41 
 
 		 517 aa  44.3  0.002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.568683  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3444  two component transcriptional regulator  31.67 
 
 		 220 aa  44.7  0.002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.112849  normal  0.384843 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3357  response regulator receiver protein  27.27 
 
 		 283 aa  44.7  0.002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4280  transcriptional regulator domain-containing protein  25 
 
 		 531 aa  44.3  0.002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1336  two component transcriptional regulator, winged helix family  29.41 
 
 		 234 aa  44.7  0.002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.399223 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1114  response regulator receiver modulated serine phosphatase  30.93 
 
 		 391 aa  44.7  0.002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4485  transcriptional regulator, CadC  29.2 
 
 		 520 aa  45.1  0.002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0188012  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6136  transcriptional regulator, winged helix family  31.46 
 
 		 1014 aa  44.7  0.002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4200  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.71 
 
 		 678 aa  44.3  0.002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.679083  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03275  two-component system, transcriptional regulatory protein  28.1 
 
 		 234 aa  44.7  0.002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4310  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.71 
 
 		 631 aa  44.3  0.003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.917762  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1450  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 448 aa  43.9  0.003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0437  transcriptional regulatory protein-like protein  23.76 
 
 		 762 aa  43.9  0.003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000809247  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2412  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  29.31 
 
 		 448 aa  43.9  0.003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.408341  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2499  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  29.31 
 
 		 448 aa  43.9  0.003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0553938  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1090  response regulator receiver protein  29.25 
 
 		 846 aa  44.3  0.003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.874134  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1508  cell cycle transcriptional regulator ctrA  28.57 
 
 		 237 aa  44.3  0.003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.469708  normal  0.710734 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5711  transcriptional regulator  31.73 
 
 		 658 aa  43.9  0.003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.591372 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0736  Hpt sensor hybrid histidine kinase  27.03 
 
 		 1074 aa  43.9  0.004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1530  response regulator receiver protein  29.41 
 
 		 127 aa  43.5  0.004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.754323  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1463  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.29 
 
 		 768 aa  43.9  0.004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.103172  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0344  two component transcriptional regulator  25.51 
 
 		 233 aa  43.5  0.004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.348132 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1480  two component transcriptional regulator, winged helix family  29.59 
 
 		 219 aa  43.5  0.004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000681553  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2621  two component transcriptional regulator  26.27 
 
 		 237 aa  43.1  0.005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.75303  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4966  two-component sensor response receiver component, histidine kinase  39.76 
 
 		 951 aa  43.1  0.005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.292915 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1279  two component transcriptional regulator  26.27 
 
 		 237 aa  43.1  0.005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.461363  normal  0.257738 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3033  two component transcriptional regulator, winged helix family  29.41 
 
 		 218 aa  43.5  0.005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.190199 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1903  two component transcriptional regulator  26.27 
 
 		 237 aa  43.1  0.005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0604  two component transcriptional regulator  32.99 
 
 		 227 aa  43.1  0.005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00704602  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0338  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.9 
 
 		 653 aa  43.5  0.005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.84298 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3488  two component transcriptional regulator  24.49 
 
 		 233 aa  43.5  0.005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.487721  normal  0.120653 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0632  two component transcriptional regulator  32.99 
 
 		 227 aa  43.1  0.005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.157641  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7525  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.53 
 
 		 210 aa  43.5  0.005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.588744  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0231  two component LuxR family transcriptional regulator  32 
 
 		 330 aa  43.5  0.005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.523638  normal  0.456368 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5608  transcriptional regulator, CadC  25 
 
 		 521 aa  43.5  0.005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2276  transcriptional regulatory protein-like  25.74 
 
 		 522 aa  43.1  0.006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3336  two component transcriptional regulator, winged helix family  25.51 
 
 		 233 aa  43.1  0.006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.523001 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0563  two component transcriptional regulator  25.51 
 
 		 235 aa  43.1  0.006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.621979  normal  0.422433 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3527  two component response regulator  25.51 
 
 		 233 aa  43.1  0.006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2605  two component transcriptional regulator  25.51 
 
 		 233 aa  43.1  0.006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1708  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  31.96 
 
 		 463 aa  43.1  0.006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3079  two component transcriptional regulator, winged helix family  25.51 
 
 		 233 aa  43.1  0.006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.457382 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>