More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew185_3408 on replicon NC_009665
Organism: Shewanella baltica OS185



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009665  Shew185_3408  response regulator receiver protein  100 
 
 		 215 aa  438  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000203949  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2180  response regulator receiver protein  29.82 
 
 		 227 aa  82.4  0.000000000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.532549 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0418  putative transcriptional regulator, CadC  39.53 
 
 		 297 aa  74.3  0.000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000126623  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1547  response regulator receiver protein  35.16 
 
 		 256 aa  67  0.0000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  decreased coverage  0.00304895  normal  0.145074 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3128  response regulator receiver protein  35.8 
 
 		 270 aa  63.9  0.000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2324  response regulator receiver protein  34.07 
 
 		 256 aa  63.5  0.000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.618998 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0701  transcriptional regulator, CadC  32.58 
 
 		 308 aa  61.2  0.00000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3795  transcriptional regulator, CadC  36.47 
 
 		 325 aa  57.4  0.0000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.264433  decreased coverage  0.000000426063 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0468  putative transcriptional regulator, CadC  29.51 
 
 		 306 aa  57.8  0.0000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1415  multi-sensor signal transduction histidine kinase  40 
 
 		 2072 aa  55.1  0.0000008  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.384608  normal  0.53452 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2189  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.8 
 
 		 628 aa  50.8  0.00002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0671838  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1627  two-component system sensor protein  32.56 
 
 		 988 aa  50.1  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0255919  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0141  two-component system sensor protein  28.28 
 
 		 952 aa  50.4  0.00002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2344  response regulator receiver domain-containing protein  33.33 
 
 		 135 aa  50.8  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4284  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.32 
 
 		 227 aa  50.4  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3783  histidine kinase  32.47 
 
 		 544 aa  50.4  0.00002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.401083  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1525  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 127 aa  50.8  0.00002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1530  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 127 aa  50.1  0.00002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.754323  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0292  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.98 
 
 		 530 aa  50.1  0.00002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1620  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 127 aa  50.8  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0904485  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0159  response regulator/sensor histidine kinase  32.56 
 
 		 1032 aa  50.1  0.00003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.636877  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2976  two component transcriptional regulator  30.69 
 
 		 225 aa  49.7  0.00003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.176642 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0180  response regulator/sensor histidine kinase  32.56 
 
 		 1014 aa  50.1  0.00003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.696748  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2673  response regulator receiver domain-containing protein  35.48 
 
 		 133 aa  49.7  0.00003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0888  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.57 
 
 		 1045 aa  49.7  0.00003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.628916  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1382  histidine kinase  31.13 
 
 		 912 aa  48.9  0.00005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2806  response regulator receiver protein  31.63 
 
 		 373 aa  49.3  0.00005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1426  response regulator receiver protein  32.76 
 
 		 118 aa  48.9  0.00006  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0402  sensor histidine kinase  28.78 
 
 		 618 aa  48.9  0.00006  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.928095  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2453  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 461 aa  48.5  0.00007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000196128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0867  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34 
 
 		 905 aa  48.5  0.00008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.768776  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5414  signal transduction histidine kinase  31.31 
 
 		 348 aa  48.5  0.00008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2941  multi-component transcriptional regulator, winged helix family  31.31 
 
 		 652 aa  48.5  0.00009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2373  multi-sensor hybrid histidine kinase  32 
 
 		 769 aa  48.1  0.00009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2486  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  29.29 
 
 		 224 aa  48.1  0.00009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0280  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.31 
 
 		 225 aa  47.8  0.0001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3528  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  29.81 
 
 		 690 aa  47.8  0.0001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.148332  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5387  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.77 
 
 		 236 aa  47.8  0.0001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3517  two component transcriptional regulator  29.13 
 
 		 238 aa  48.1  0.0001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0423488  normal  0.321822 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2032  hybrid sensory histidine kinase BarA  33 
 
 		 927 aa  47.8  0.0001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0864566  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1716  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.88 
 
 		 628 aa  48.1  0.0001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.805197  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1760  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  37.5 
 
 		 225 aa  47.4  0.0001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.133831  normal  0.402692 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5978  regulatory protein CzcR  37.5 
 
 		 225 aa  47.8  0.0001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000269255  normal  0.0723212 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0012  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.2 
 
 		 715 aa  47.8  0.0001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.99155  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1791  two component transcriptional regulator  31.68 
 
 		 224 aa  47.8  0.0001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.506547  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0312  two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 221 aa  48.1  0.0001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3402  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.1 
 
 		 874 aa  47.8  0.0001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4222  Hpt sensor hybrid histidine kinase  31.68 
 
 		 1002 aa  47.8  0.0001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.480663  normal  0.970552 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4200  two-component response regulator PhoP  29.7 
 
 		 225 aa  47.4  0.0002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.238609  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3078  two component transcriptional regulator  29.29 
 
 		 234 aa  47  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0203  response regulator receiver  32.08 
 
 		 231 aa  47.4  0.0002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.359659 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0047  signal transduction histidine kinase  32.1 
 
 		 980 aa  47  0.0002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6194  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.69 
 
 		 222 aa  47.4  0.0002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3752  two component transcriptional regulator  27.55 
 
 		 224 aa  47  0.0002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0943  two component transcriptional regulator  31.31 
 
 		 223 aa  47  0.0002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0172896  normal  0.994999 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3415  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 453 aa  47  0.0002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49180  two-component response regulator PhoP  29.7 
 
 		 225 aa  47.4  0.0002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000831037 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4616  two component transcriptional regulator  27.55 
 
 		 224 aa  47  0.0002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.055256 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1746  two component transcriptional regulator  30.69 
 
 		 224 aa  46.6  0.0003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000480188  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0378  DNA-binding heavy metal response regulator  40 
 
 		 224 aa  46.6  0.0003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1360  signal transduction histidine kinase  32.65 
 
 		 524 aa  46.6  0.0003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.0984724 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1876  histidine kinase  30.1 
 
 		 979 aa  46.6  0.0003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0246829  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0011  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.2 
 
 		 715 aa  46.6  0.0003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0459  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.37 
 
 		 1301 aa  46.6  0.0003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.012558 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2409  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.04 
 
 		 759 aa  46.6  0.0003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.456195  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0209  two component transcriptional regulator, winged helix family  35 
 
 		 251 aa  46.2  0.0003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2804  two component transcriptional regulator  30.69 
 
 		 224 aa  46.6  0.0003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000183823  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1372  response regulator receiver protein  29.59 
 
 		 367 aa  46.6  0.0003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0119088  hitchhiker  0.0000873565 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4268  histidine kinase  30.84 
 
 		 575 aa  46.6  0.0003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.396925 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0050  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.38 
 
 		 440 aa  46.2  0.0003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5688  two component transcriptional regulator  26.53 
 
 		 224 aa  46.6  0.0003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0612982 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3196  response regulator  29.59 
 
 		 367 aa  45.8  0.0004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2379  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 446 aa  46.2  0.0004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.373235  normal  0.0399931 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2223  winged helix family two component transcriptional regulator  29.81 
 
 		 229 aa  46.2  0.0004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.335669  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5710  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase (bvgS-like)  31.37 
 
 		 1040 aa  45.8  0.0004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1358  two component response regulator  35.24 
 
 		 224 aa  46.2  0.0004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.333715  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2348  two component transcriptional regulator  30.69 
 
 		 224 aa  45.8  0.0004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000162881  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2141  two component transcriptional regulator, winged helix family  29.29 
 
 		 241 aa  45.8  0.0004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.316028  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5216  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  27.39 
 
 		 1001 aa  46.2  0.0004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1727  two component transcriptional regulator  30.69 
 
 		 228 aa  46.2  0.0004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.284746  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4800  heavy metal response regulator  40 
 
 		 224 aa  45.8  0.0005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00185939 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1505  two component heavy metal response transcriptional regulator  42.59 
 
 		 225 aa  45.8  0.0005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.228186  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1525  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.73 
 
 		 813 aa  45.8  0.0005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2160  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  29.7 
 
 		 449 aa  45.8  0.0005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6324  two component heavy metal response transcriptional regulator  42.59 
 
 		 225 aa  45.8  0.0005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.313253  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6987  two component heavy metal response transcriptional regulator  42.59 
 
 		 225 aa  45.8  0.0005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.67799  normal  0.586494 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3041  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.25 
 
 		 873 aa  45.8  0.0005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.616698  normal  0.0609988 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2534  sensory box/response regulator  29.36 
 
 		 452 aa  45.4  0.0006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9846  two component response regulator  30.3 
 
 		 225 aa  45.4  0.0006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1089  DNA-binding response regulator RprY  31.37 
 
 		 245 aa  45.4  0.0006  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.414682 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1256  alkaline phosphatase synthesis transcriptional regulatory protein PhoP  32.14 
 
 		 236 aa  45.4  0.0006  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.577358  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0004  two component transcriptional regulator  31.37 
 
 		 223 aa  45.4  0.0006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000117037  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1381  two component heavy metal response transcriptional regulator  30.3 
 
 		 224 aa  45.4  0.0006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.961918 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0852  GAF sensor hybrid histidine kinase  28.42 
 
 		 1055 aa  45.4  0.0006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2645  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  28.45 
 
 		 364 aa  45.8  0.0006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1643  DNA-binding transcriptional regulator PhoP  30.77 
 
 		 224 aa  45.4  0.0006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0141  putative PAS/PAC sensor protein  34.57 
 
 		 837 aa  45.4  0.0007  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  decreased coverage  0.00355903 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0191  response regulator receiver hybrid histidine kinase  26.15 
 
 		 519 aa  45.4  0.0007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.835451  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4873  histidine kinase dimerisation/phosphoacceptor  29.29 
 
 		 348 aa  45.4  0.0007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.541831  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5358  signal transduction histidine kinase  29.29 
 
 		 348 aa  45.1  0.0007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>