More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tcr_0004 on replicon NC_007520
Organism: Thiomicrospira crunogena XCL-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007520  Tcr_0004  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 223 aa  452  1.0000000000000001e-126  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000117037  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0583  two component transcriptional regulator  49.09 
 
 		 224 aa  203  1e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0841609  normal  0.467543 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1913  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.05 
 
 		 221 aa  202  2e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1995  two component transcriptional regulator  49.55 
 
 		 222 aa  202  4e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.21218 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0660  two component transcriptional regulator  47.27 
 
 		 224 aa  200  9.999999999999999e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000259813  hitchhiker  0.0000270487 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3875  two component transcriptional regulator  48.64 
 
 		 224 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000754116  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3511  two component transcriptional regulator  48.2 
 
 		 224 aa  199  3e-50  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000699106  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3772  two component transcriptional regulator  49.55 
 
 		 222 aa  196  3e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.701851  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3006  response regulator receiver protein  47.06 
 
 		 224 aa  195  6e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0347664  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0622  DNA-binding response regulator  47.06 
 
 		 224 aa  192  2e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3875  two component transcriptional regulator  47.27 
 
 		 224 aa  193  2e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000900168  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0616  two component transcriptional regulator  46.43 
 
 		 224 aa  193  2e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0199047  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3414  two component transcriptional regulator  46.43 
 
 		 224 aa  193  2e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00145574  normal  0.355768 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3294  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  46.36 
 
 		 224 aa  192  2e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0118223  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3749  two component transcriptional regulator  46.82 
 
 		 224 aa  192  3e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.545663  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3692  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.82 
 
 		 224 aa  192  3e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0674602  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0576  two component transcriptional regulator  46.82 
 
 		 224 aa  192  3e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00494054  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0615  two component transcriptional regulator  46.43 
 
 		 224 aa  192  3e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0124209  normal  0.327567 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28580  Response regulator  48.87 
 
 		 221 aa  191  1e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0650  two component transcriptional regulator  45.91 
 
 		 224 aa  189  2e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000000493918  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1787  two component transcriptional regulator  48.44 
 
 		 222 aa  189  2e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.132601  normal  0.0795693 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3381  DNA-binding response regulator  47.95 
 
 		 222 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.060909  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1947  two component transcriptional regulator  48.23 
 
 		 222 aa  188  7e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.421076  normal  0.0119241 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1354  two comoponent transcriptional regulator  46.3 
 
 		 219 aa  187  8e-47  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.12417  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0242  two component transcriptional regulator  47.22 
 
 		 219 aa  187  8e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0357  two component transcriptional regulator  47.22 
 
 		 219 aa  187  8e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0239  two component transcriptional regulator  47.22 
 
 		 219 aa  187  8e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0239  two component transcriptional regulator  47.22 
 
 		 219 aa  187  9e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2347  winged helix family two component transcriptional regulator  48.23 
 
 		 222 aa  187  1e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000302018 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3212  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  47.49 
 
 		 222 aa  187  1e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.326214 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0588  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.37 
 
 		 220 aa  187  1e-46  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5130  OmpR/winged helix family two component transcriptional regulator  46.51 
 
 		 223 aa  187  1e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.76336  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3349  two component transcriptional regulator  48.23 
 
 		 222 aa  187  1e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29730  putative two-component response regulator  47.11 
 
 		 223 aa  187  1e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0229  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.55 
 
 		 227 aa  186  2e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.069189  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0245  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.76 
 
 		 219 aa  186  3e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000117592 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2543  putative two-component response regulator  47.96 
 
 		 223 aa  186  3e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0177943  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2695  two component transcriptional regulator  43.84 
 
 		 226 aa  185  4e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000581772  normal  0.101861 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0630  two component transcriptional regulator  44.19 
 
 		 223 aa  185  4e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0672917  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0312  two component transcriptional regulator  45.37 
 
 		 221 aa  185  4e-46  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1773  two component transcriptional regulator  44.09 
 
 		 227 aa  184  7e-46  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.894508  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1842  response regulator receiver protein  44.09 
 
 		 227 aa  184  7e-46  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1132  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  42.92 
 
 		 227 aa  184  9e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.12057  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0241  two component transcriptional regulator  46.76 
 
 		 220 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000169962 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0282  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  43.18 
 
 		 230 aa  183  2.0000000000000003e-45  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0932199  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0240  two component transcriptional regulator  46.3 
 
 		 220 aa  183  2.0000000000000003e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000039366 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3781  two component transcriptional regulator  46.3 
 
 		 220 aa  183  2.0000000000000003e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4487  DNA-binding response regulator  45.83 
 
 		 220 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02836  two-component system regulatory protein (response regulator) required for AvrXa21 activity R2 (raxR2)  43.78 
 
 		 223 aa  181  6e-45  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49180  two-component response regulator PhoP  43.84 
 
 		 225 aa  181  6e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000831037 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1358  two component response regulator  42.33 
 
 		 224 aa  180  1e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.333715  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4200  two-component response regulator PhoP  43.84 
 
 		 225 aa  180  1e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.238609  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02297  response regulator in two-component regulatory system with PhoQ  42.92 
 
 		 224 aa  180  1e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0428  transcriptional regulator FeuP  42.06 
 
 		 221 aa  180  2e-44  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.461578  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1264  response regulator receiver  43.38 
 
 		 243 aa  180  2e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000000227049  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3817  two component transcriptional regulator  42.47 
 
 		 227 aa  180  2e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000444115  decreased coverage  0.00121668 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3908  two component transcriptional regulator  42.47 
 
 		 227 aa  180  2e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000011766  normal  0.487109 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4647  DNA-binding response regulator  42.47 
 
 		 231 aa  179  2.9999999999999997e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3246  two component transcriptional regulator  42.47 
 
 		 231 aa  179  2.9999999999999997e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000050319  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2674  two component transcriptional regulator  41.28 
 
 		 230 aa  177  8e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.238816  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4240  two component transcriptional regulator  43.84 
 
 		 225 aa  177  9e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.735778  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1186  winged helix family two component transcriptional regulator  43.18 
 
 		 225 aa  176  2e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0603  DNA-binding response regulator  40.93 
 
 		 229 aa  177  2e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2976  two component transcriptional regulator  44.29 
 
 		 225 aa  177  2e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.176642 
 
 
-
 
NC_004310  BR0604  DNA-binding response regulator  40.93 
 
 		 229 aa  176  3e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.121209  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0917  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.33 
 
 		 223 aa  176  3e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.349593 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1433  two component transcriptional regulator  40.72 
 
 		 223 aa  176  3e-43  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3380  two component transcriptional regulator  42.41 
 
 		 230 aa  176  4e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000549651  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3067  two component transcriptional regulator  41.78 
 
 		 224 aa  176  4e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.43316  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4025  two component transcriptional regulator  41.55 
 
 		 227 aa  176  4e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4693  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.83 
 
 		 220 aa  175  5e-43  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1066  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.86 
 
 		 223 aa  175  5e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2066  two component transcriptional regulator  41.78 
 
 		 225 aa  174  7e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2126  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.78 
 
 		 224 aa  174  7e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.245988  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1216  two component transcriptional regulator  42.73 
 
 		 225 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1198  two component transcriptional regulator  42.73 
 
 		 225 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4230  two component transcriptional regulator  42.73 
 
 		 241 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1187  two component transcriptional regulatory protein  41.78 
 
 		 223 aa  173  1.9999999999999998e-42  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2228  two component transcriptional regulator  45.25 
 
 		 235 aa  173  1.9999999999999998e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0124  two component transcriptional regulator  43.52 
 
 		 221 aa  173  1.9999999999999998e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3444  two component transcriptional regulator  41.31 
 
 		 220 aa  172  2.9999999999999996e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.112849  normal  0.384843 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1997  winged helix family two component transcriptional regulator  41.31 
 
 		 224 aa  172  2.9999999999999996e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.981118  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3303  response regulator receiver protein  41.55 
 
 		 224 aa  172  2.9999999999999996e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.206004 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0894  two component transcriptional regulator  40.93 
 
 		 222 aa  172  3.9999999999999995e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0242  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.56 
 
 		 238 aa  172  5e-42  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.206504  normal  0.26673 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3454  two component transcriptional regulator  41.31 
 
 		 257 aa  171  5.999999999999999e-42  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.215717 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4311  two component transcriptional regulator  42.73 
 
 		 221 aa  171  5.999999999999999e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0333339  normal  0.0442497 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1884  two component transcriptional regulator  40.27 
 
 		 222 aa  171  6.999999999999999e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0239131 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1351  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.18 
 
 		 225 aa  170  1e-41  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00188361  unclonable  0.0000000206018 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4436  two component transcriptional regulator  42.25 
 
 		 227 aa  170  1e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.177006  normal  0.889846 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2505  two component transcriptional regulator  43.38 
 
 		 226 aa  170  1e-41  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.457878  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1679  transcriptional regulatory protein PhoP, putative  42.01 
 
 		 225 aa  170  2e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3709  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  42.01 
 
 		 225 aa  170  2e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00140607 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3852  two component transcriptional regulator  41.1 
 
 		 231 aa  170  2e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.15775  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0801  two component transcriptional regulator  40.93 
 
 		 221 aa  170  2e-41  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0203691 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0936  two component transcriptional regulator  40.74 
 
 		 225 aa  170  2e-41  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.966492  normal  0.099028 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3353  response regulator receiver domain-containing protein  39.91 
 
 		 225 aa  169  3e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000000371413  normal  0.100473 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3221  DNA-binding response regulator  41.47 
 
 		 224 aa  169  4e-41  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2033  DNA-binding response regulator  41.47 
 
 		 224 aa  169  4e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.725953  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0851  two component transcriptional regulator  41.28 
 
 		 222 aa  168  5e-41  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>