More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_3006 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008700  Sama_3006  response regulator receiver protein  100 
 
 
224 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0347664  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0622  DNA-binding response regulator  86.61 
 
 
224 aa  404  1.0000000000000001e-112  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0616  two component transcriptional regulator  87.05 
 
 
224 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0199047  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3414  two component transcriptional regulator  87.05 
 
 
224 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00145574  normal  0.355768 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0615  two component transcriptional regulator  86.61 
 
 
224 aa  404  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0124209  normal  0.327567 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0583  two component transcriptional regulator  86.94 
 
 
224 aa  400  1e-111  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0841609  normal  0.467543 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3875  two component transcriptional regulator  84.23 
 
 
224 aa  397  9.999999999999999e-111  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000754116  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3749  two component transcriptional regulator  85.14 
 
 
224 aa  394  1e-109  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.545663  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0650  two component transcriptional regulator  85.52 
 
 
224 aa  394  1e-109  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000000493918  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3511  two component transcriptional regulator  85.59 
 
 
224 aa  396  1e-109  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000699106  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0576  two component transcriptional regulator  85.14 
 
 
224 aa  394  1e-109  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00494054  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3692  two component transcriptional regulator, winged helix family  85.14 
 
 
224 aa  394  1e-109  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0674602  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3875  two component transcriptional regulator  84.68 
 
 
224 aa  392  1e-108  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000900168  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0660  two component transcriptional regulator  83.33 
 
 
224 aa  392  1e-108  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000259813  hitchhiker  0.0000270487 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3294  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  83.33 
 
 
224 aa  389  1e-107  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0118223  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1995  two component transcriptional regulator  52.04 
 
 
222 aa  227  1e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.21218 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0312  two component transcriptional regulator  50 
 
 
221 aa  225  5.0000000000000005e-58  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28580  Response regulator  50.9 
 
 
221 aa  221  8e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2347  winged helix family two component transcriptional regulator  50.68 
 
 
222 aa  219  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000302018 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1947  two component transcriptional regulator  50.68 
 
 
222 aa  219  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.421076  normal  0.0119241 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3349  two component transcriptional regulator  50.68 
 
 
222 aa  219  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1787  two component transcriptional regulator  50.68 
 
 
222 aa  218  5e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.132601  normal  0.0795693 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1354  two comoponent transcriptional regulator  49.32 
 
 
219 aa  217  1e-55  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.12417  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4487  DNA-binding response regulator  49.54 
 
 
220 aa  215  4e-55  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3381  DNA-binding response regulator  48.42 
 
 
222 aa  215  4e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.060909  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3212  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  47.96 
 
 
222 aa  215  5e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.326214 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0124  two component transcriptional regulator  46.85 
 
 
221 aa  213  1.9999999999999998e-54  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0242  two component transcriptional regulator  49.08 
 
 
219 aa  213  1.9999999999999998e-54  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0357  two component transcriptional regulator  49.08 
 
 
219 aa  213  1.9999999999999998e-54  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0239  two component transcriptional regulator  49.08 
 
 
219 aa  213  1.9999999999999998e-54  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0245  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.08 
 
 
219 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000117592 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0239  two component transcriptional regulator  48.62 
 
 
219 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29730  putative two-component response regulator  48.66 
 
 
223 aa  211  5.999999999999999e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0240  two component transcriptional regulator  48.62 
 
 
220 aa  211  7e-54  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000039366 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3781  two component transcriptional regulator  48.62 
 
 
220 aa  211  7e-54  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0241  two component transcriptional regulator  48.17 
 
 
220 aa  211  1e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000169962 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2543  putative two-component response regulator  48.65 
 
 
223 aa  209  2e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0177943  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3772  two component transcriptional regulator  48.42 
 
 
222 aa  209  3e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.701851  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1913  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.21 
 
 
221 aa  207  9e-53  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0588  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.65 
 
 
220 aa  206  3e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4311  two component transcriptional regulator  44.7 
 
 
221 aa  196  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0333339  normal  0.0442497 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0004  two component transcriptional regulator  47.06 
 
 
223 aa  195  6e-49  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000117037  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3060  two component transcriptional regulator  44.8 
 
 
223 aa  194  1e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4988  two component transcriptional regulator  45.21 
 
 
225 aa  189  4e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000131605 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1407  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.38 
 
 
225 aa  188  7e-47  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.440596  normal  0.126744 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1358  two component response regulator  43.75 
 
 
224 aa  187  1e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.333715  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4436  two component transcriptional regulator  44.29 
 
 
227 aa  187  1e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.177006  normal  0.889846 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5130  OmpR/winged helix family two component transcriptional regulator  47.47 
 
 
223 aa  187  1e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.76336  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1685  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.92 
 
 
225 aa  186  2e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00118059  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1411  response regulator receiver  42.92 
 
 
225 aa  186  2e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.110033 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0630  two component transcriptional regulator  44.24 
 
 
223 aa  186  2e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0672917  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3444  two component transcriptional regulator  43.78 
 
 
220 aa  185  4e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.112849  normal  0.384843 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4171  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.84 
 
 
225 aa  185  4e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02297  response regulator in two-component regulatory system with PhoQ  43.44 
 
 
224 aa  185  6e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2066  two component transcriptional regulator  44.24 
 
 
225 aa  184  1.0000000000000001e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0917  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.78 
 
 
223 aa  181  9.000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.349593 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0428  transcriptional regulator FeuP  44.24 
 
 
221 aa  181  9.000000000000001e-45  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.461578  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5304  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.83 
 
 
221 aa  180  2e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4239  two component transcriptional regulator  42.4 
 
 
220 aa  180  2e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0202421  normal  0.361244 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4932  two component transcriptional regulator  39.82 
 
 
221 aa  179  2e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.202515 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0630  two component transcriptional regulator  43.32 
 
 
223 aa  180  2e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000549408  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1884  two component transcriptional regulator  41.63 
 
 
222 aa  179  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0239131 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4404  winged helix family two component transcriptional regulator  40.72 
 
 
221 aa  179  2.9999999999999997e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.656013  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3067  two component transcriptional regulator  42.01 
 
 
224 aa  179  2.9999999999999997e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.43316  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0801  two component transcriptional regulator  42.86 
 
 
221 aa  179  4e-44  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0203691 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0229  two component transcriptional regulator, winged helix family  44 
 
 
227 aa  178  4.999999999999999e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.069189  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1066  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.86 
 
 
223 aa  178  5.999999999999999e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2126  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.47 
 
 
224 aa  178  5.999999999999999e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.245988  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2735  two component transcriptional regulator  44.24 
 
 
219 aa  178  7e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1842  response regulator receiver protein  44 
 
 
227 aa  177  8e-44  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1773  two component transcriptional regulator  44 
 
 
227 aa  177  8e-44  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.894508  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5573  two component transcriptional regulator  40.64 
 
 
221 aa  177  9e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.106335 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1187  two component transcriptional regulatory protein  42.01 
 
 
223 aa  177  1e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0136  two component transcriptional regulator  43.78 
 
 
220 aa  177  1e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.259962  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1287  two component transcriptional regulator  45.62 
 
 
221 aa  176  2e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00449543  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0434  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.38 
 
 
236 aa  176  2e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.569156 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2674  two component transcriptional regulator  41.94 
 
 
230 aa  176  2e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.238816  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1039  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.47 
 
 
222 aa  176  3e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.232578  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3217  two component transcriptional regulator  45.62 
 
 
221 aa  176  3e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.164246  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3187  two component transcriptional regulator  41.47 
 
 
229 aa  175  6e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4694  two component transcriptional regulator  39.82 
 
 
221 aa  175  6e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.73278  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5326  two component transcriptional regulator  44.3 
 
 
235 aa  174  8e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0936  two component transcriptional regulator  41.01 
 
 
225 aa  174  9e-43  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.966492  normal  0.099028 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1433  two component transcriptional regulator  41.55 
 
 
223 aa  174  9.999999999999999e-43  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0604  DNA-binding response regulator  41.01 
 
 
229 aa  173  1.9999999999999998e-42  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.121209  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0210  DNA-binding response regulator  42.86 
 
 
225 aa  173  1.9999999999999998e-42  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1244  DNA-binding response regulator  40.27 
 
 
219 aa  173  1.9999999999999998e-42  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000551267  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1997  winged helix family two component transcriptional regulator  41.55 
 
 
224 aa  173  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.981118  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0603  DNA-binding response regulator  41.01 
 
 
229 aa  173  1.9999999999999998e-42  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3454  two component transcriptional regulator  41.55 
 
 
257 aa  172  2.9999999999999996e-42  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.215717 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3284  two component transcriptional regulator  42.86 
 
 
219 aa  172  2.9999999999999996e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.0910618 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2840  two component transcriptional regulator  43.44 
 
 
226 aa  172  2.9999999999999996e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02836  two-component system regulatory protein (response regulator) required for AvrXa21 activity R2 (raxR2)  43.44 
 
 
223 aa  172  2.9999999999999996e-42  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2695  two component transcriptional regulator  40.97 
 
 
226 aa  172  3.9999999999999995e-42  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000581772  normal  0.101861 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3896  two component transcriptional regulator  44.7 
 
 
226 aa  172  5e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.253425  normal  0.177785 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3156  two component transcriptional regulator  41.01 
 
 
220 aa  171  1e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0570697 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1885  two component transcriptional regulator  39.27 
 
 
221 aa  171  1e-41  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0894  two component transcriptional regulator  40.55 
 
 
222 aa  171  1e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3252  two component transcriptional regulator  40.55 
 
 
220 aa  171  1e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3511  two component transcriptional regulator  41.01 
 
 
220 aa  170  2e-41  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.346117  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>