More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_0109 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_0109  response regulator receiver  100 
 
 		 225 aa  460  9.999999999999999e-129  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000662688  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0090  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  79.11 
 
 		 227 aa  369  1e-101  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0097  two component transcriptional regulator  76.89 
 
 		 225 aa  355  2.9999999999999997e-97  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00144432  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4783  two component transcriptional regulator  76.65 
 
 		 225 aa  346  2e-94  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000784885  unclonable  0.00000000984925 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0286  two component transcriptional regulator  75.11 
 
 		 225 aa  345  3e-94  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0293  two component transcriptional regulator  75.11 
 
 		 225 aa  345  3e-94  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.973428  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0298  two component transcriptional regulator, winged helix family  75.11 
 
 		 225 aa  345  3e-94  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.77813  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4392  two component transcriptional regulator  76 
 
 		 225 aa  345  4e-94  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0025821  decreased coverage  0.00000564878 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0294  two component transcriptional regulator  74.67 
 
 		 225 aa  343  8.999999999999999e-94  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0397  two component transcriptional regulator  75.11 
 
 		 225 aa  343  1e-93  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0281  two component transcriptional regulator  75.11 
 
 		 225 aa  343  1e-93  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000001543 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3740  two component transcriptional regulator  75.11 
 
 		 225 aa  343  1e-93  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.026682 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0282  two component transcriptional regulator  75.11 
 
 		 225 aa  343  1e-93  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.919503  hitchhiker  0.00000025705 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4428  DNA-binding response regulator  75.11 
 
 		 225 aa  342  2.9999999999999997e-93  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4110  two component transcriptional regulator  73.78 
 
 		 225 aa  336  1.9999999999999998e-91  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3534  response regulator receiver protein  72.89 
 
 		 225 aa  309  2.9999999999999997e-83  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.868885  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0419  two component transcriptional regulator  60.71 
 
 		 229 aa  275  3e-73  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.509677  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3442  two component transcriptional regulator  56 
 
 		 241 aa  256  2e-67  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.297648  normal  0.0871248 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3078  two component transcriptional regulator  56 
 
 		 234 aa  256  2e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2012  winged helix family two component transcriptional regulator  56 
 
 		 241 aa  255  4e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.566736  normal  0.606644 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1442  two component transcriptional regulator  56 
 
 		 230 aa  255  4e-67  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2141  two component transcriptional regulator, winged helix family  55.56 
 
 		 241 aa  254  6e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.316028  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1842  two component transcriptional regulator  55.11 
 
 		 240 aa  254  6e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0723  transcriptional regulator, response regulator  55.91 
 
 		 225 aa  254  8e-67  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0943  two component transcriptional regulator  54.26 
 
 		 223 aa  253  2.0000000000000002e-66  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0172896  normal  0.994999 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2913  two component transcriptional regulator  55.16 
 
 		 227 aa  252  3e-66  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0379396  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0275  two component transcriptional regulator  56.64 
 
 		 228 aa  251  5.000000000000001e-66  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0264375 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5481  two component transcriptional regulator, winged helix family  55.75 
 
 		 228 aa  248  4e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.537932  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1196  two-component transcriptional regulator  54.22 
 
 		 238 aa  246  2e-64  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3484  two component transcriptional regulator  54.91 
 
 		 249 aa  245  4e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.524014  normal  0.179131 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3740  two component transcriptional regulator  52.47 
 
 		 226 aa  244  6e-64  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.487084  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0189  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.89 
 
 		 231 aa  244  6.999999999999999e-64  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.364869 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0435  DNA-binding response regulator  54.5 
 
 		 228 aa  243  1.9999999999999999e-63  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0406  two component transcriptional regulator, winged helix family  55.16 
 
 		 232 aa  243  3e-63  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.076876  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0612  DNA-binding response regulator  54.22 
 
 		 235 aa  242  3e-63  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.688885  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0611  DNA-binding response regulator  54.22 
 
 		 235 aa  242  3e-63  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1599  two component transcriptional regulator  51.77 
 
 		 228 aa  241  7e-63  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.118902  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0329  response regulator receiver  54.71 
 
 		 232 aa  241  9e-63  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0376  two component transcriptional regulator, winged helix family  54.71 
 
 		 232 aa  240  1e-62  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2666  two component transcriptional regulator  53.12 
 
 		 255 aa  240  1e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.128945  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0902  two component transcriptional regulator  53.64 
 
 		 224 aa  238  5.999999999999999e-62  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.375579  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0638  two component transcriptional regulator  52.97 
 
 		 233 aa  238  6.999999999999999e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.403787  normal  0.96994 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0016  two component transcriptional regulator  53.81 
 
 		 262 aa  237  9e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0450  two component transcriptional regulator  52.7 
 
 		 227 aa  237  1e-61  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4798  two component transcriptional regulator  50.45 
 
 		 230 aa  237  1e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.358461 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0785  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.9 
 
 		 226 aa  235  4e-61  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2236  two component transcriptional regulator  51.82 
 
 		 227 aa  234  8e-61  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.214459  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1370  two component response regulator  51.6 
 
 		 252 aa  234  9e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3517  two component transcriptional regulator  52.86 
 
 		 238 aa  234  1.0000000000000001e-60  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0423488  normal  0.321822 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0944  two component transcriptional regulator  51.58 
 
 		 225 aa  233  1.0000000000000001e-60  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.091613  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1074  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.51 
 
 		 248 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.798214 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0925  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.05 
 
 		 248 aa  231  7.000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0932454  normal  0.0109566 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1233  two component transcriptional regulator  49.55 
 
 		 226 aa  230  1e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2157  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.12 
 
 		 226 aa  230  1e-59  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4527  two component transcriptional regulator  49.55 
 
 		 226 aa  228  6e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03339  Response regulator consisting of a CheY-like receiver domain and a winged-helix DNA-binding domain  48.66 
 
 		 226 aa  228  9e-59  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2085  two component transcriptional regulator  48.66 
 
 		 224 aa  224  6e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6011  two component transcriptional regulator  48.66 
 
 		 224 aa  224  6e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2066  two component transcriptional regulator  48.66 
 
 		 224 aa  224  6e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4516  two component transcriptional regulator  49.77 
 
 		 225 aa  224  8e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.158523  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2102  two component transcriptional regulator  49.33 
 
 		 224 aa  224  8e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1972  two component transcriptional regulator  48.88 
 
 		 224 aa  223  3e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.41262  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5679  two component transcriptional regulator  49.55 
 
 		 248 aa  219  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.636814 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0274  DNA-binding response regulator  49.33 
 
 		 272 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3519  two component transcriptional regulator  48.88 
 
 		 227 aa  219  3e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.683413  normal  0.634912 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3888  two component transcriptional regulator  48.65 
 
 		 223 aa  219  3e-56  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.130623  normal  0.799765 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2876  two component transcriptional regulator  48.65 
 
 		 226 aa  219  3e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.5251  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3127  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  47.98 
 
 		 227 aa  218  5e-56  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.674952  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2907  winged helix family two component transcriptional regulator  48.2 
 
 		 226 aa  218  6e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00514074  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3297  DNA-binding heavy metal response regulator, putative  47.53 
 
 		 227 aa  218  6e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.441835  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2784  two component transcriptional regulator  48.2 
 
 		 226 aa  218  6e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2409  two component transcriptional regulator  48.2 
 
 		 226 aa  218  7.999999999999999e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.615174  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3743  two component transcriptional regulator  49.11 
 
 		 248 aa  217  8.999999999999998e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4625  two component transcriptional regulator  49.11 
 
 		 248 aa  217  8.999999999999998e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.560718 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0919  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.09 
 
 		 227 aa  214  9.999999999999999e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.767242 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3447  two component transcriptional regulator  47.75 
 
 		 277 aa  211  7e-54  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.679069  normal  0.861336 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1727  two component transcriptional regulator  45.37 
 
 		 228 aa  209  2e-53  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.284746  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0224  two component transcriptional regulator  47.27 
 
 		 226 aa  208  4e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.175792  normal  1 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9846  two component response regulator  43.44 
 
 		 225 aa  207  7e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2950  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.91 
 
 		 258 aa  206  2e-52  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0307025  normal  0.153934 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5713  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.9 
 
 		 225 aa  206  2e-52  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.953941  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0850  two component response regulator  46.36 
 
 		 225 aa  202  3e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.709175  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0451  DNA-binding response regulator  45.74 
 
 		 224 aa  202  4e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.313098  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0704  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.8 
 
 		 227 aa  201  7e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.205827  normal  0.593451 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0243  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.74 
 
 		 224 aa  201  9e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000226454  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5688  two component transcriptional regulator  43.89 
 
 		 224 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0612982 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3752  two component transcriptional regulator  43.89 
 
 		 224 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4616  two component transcriptional regulator  43.89 
 
 		 224 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.055256 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0767  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.34 
 
 		 229 aa  200  1.9999999999999998e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.870104  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3081  two component signal transduction response regulator  43.3 
 
 		 223 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1241  two component transcriptional regulator  44.25 
 
 		 247 aa  198  5e-50  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4293  two component transcriptional regulator  45.74 
 
 		 224 aa  198  7e-50  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000934276  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0227  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.29 
 
 		 224 aa  197  9e-50  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3383  two component transcriptional regulator  43.95 
 
 		 224 aa  196  2.0000000000000003e-49  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0851  two component transcriptional regulator  45.09 
 
 		 222 aa  196  3e-49  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3971  hypothetical protein  45.95 
 
 		 224 aa  195  6e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.139394 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1478  two component transcriptional regulator  44.84 
 
 		 240 aa  194  7e-49  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000111909  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3426  DNA-binding transcriptional activator CusR  43.44 
 
 		 226 aa  194  1e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1212  two component transcriptional regulator  44.75 
 
 		 232 aa  192  3e-48  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0899901  normal  0.616229 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3075  DNA-binding transcriptional activator CusR  42.99 
 
 		 227 aa  192  4e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.204173  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>