More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_2860 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_2860  HflC protein  100 
 
 		 295 aa  590  1e-168  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1988  putative serine protease transmembrane protein  78.57 
 
 		 296 aa  480  1e-134  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0922969  normal  0.083656 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2299  HflC protein  62.33 
 
 		 299 aa  374  1e-102  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0783703  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2098  HflC protein  58.98 
 
 		 300 aa  370  1e-101  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0730184 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0072  HflC protein  60.26 
 
 		 302 aa  364  1e-99  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.055112  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2078  hypothetical protein  59.3 
 
 		 303 aa  363  2e-99  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1178  HflC protein  59.8 
 
 		 301 aa  362  4e-99  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.7077 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1432  HflC protein  61.74 
 
 		 299 aa  359  3e-98  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.200171  normal  0.890554 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5011  HflC protein  60.88 
 
 		 296 aa  357  1.9999999999999998e-97  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.315968  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1098  HflC protein  60.13 
 
 		 301 aa  356  1.9999999999999998e-97  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2600  HflC protein  59.33 
 
 		 300 aa  351  7e-96  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.558304  normal  0.617958 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2195  HflC protein  60.74 
 
 		 301 aa  347  1e-94  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1223  putative serine protease transmembrane protein  56.08 
 
 		 304 aa  339  2.9999999999999998e-92  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00070103  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1880  HflC protein  61.05 
 
 		 299 aa  339  2.9999999999999998e-92  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.476846  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0674  HflC protein  55.28 
 
 		 289 aa  338  7e-92  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1067  HflC protein  56.76 
 
 		 304 aa  337  9.999999999999999e-92  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.277873  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1159  HflC protein  57.09 
 
 		 304 aa  337  9.999999999999999e-92  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.712281 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1283  HflC protein  56.1 
 
 		 289 aa  336  1.9999999999999998e-91  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.368114  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3382  HflC protein  54.83 
 
 		 293 aa  328  6e-89  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2977  hypothetical protein  54.55 
 
 		 295 aa  322  4e-87  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0444  HflC protein  49.13 
 
 		 292 aa  295  5e-79  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.653206  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0604  hypothetical protein  48.79 
 
 		 293 aa  284  1.0000000000000001e-75  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.256149 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1586  HflC protein  47.8 
 
 		 294 aa  273  2.0000000000000002e-72  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.258127  unclonable  0.000000224598 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1091  HflC protein  44.8 
 
 		 284 aa  246  3e-64  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0900  HflC protein  42.71 
 
 		 289 aa  236  3e-61  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.219855  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0576  HflC protein  43.86 
 
 		 298 aa  231  1e-59  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.484979  hitchhiker  0.000000000249888 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5105  membrane protein, HflC  42.71 
 
 		 299 aa  225  8e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.173706  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1828  HflC protein  43.06 
 
 		 300 aa  224  1e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.540549  normal  0.180131 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1471  band 7 protein  42.67 
 
 		 299 aa  224  1e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0967739  normal  0.234957 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1715  HflC protein  41.75 
 
 		 299 aa  224  2e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.90323  normal  0.244778 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6275  HflC protein  42.46 
 
 		 299 aa  223  3e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.364844  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1804  HflC protein  42.46 
 
 		 299 aa  223  3e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.266909  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0663  HflC protein  41.52 
 
 		 302 aa  221  9e-57  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0721748  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1742  HflC protein  41.4 
 
 		 299 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2242  HflC protein  45.1 
 
 		 299 aa  215  7e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.564384  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1941  HflC protein  40.88 
 
 		 294 aa  214  9.999999999999999e-55  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2587  HflC-like protein  43.51 
 
 		 304 aa  213  1.9999999999999998e-54  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0635076  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0606  hflC protein  38.46 
 
 		 297 aa  213  3.9999999999999995e-54  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1602  FtsH protease activity modulator HflC  44.59 
 
 		 300 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.155202  normal  0.359083 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2766  HflC protein  37.32 
 
 		 291 aa  212  7.999999999999999e-54  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.147962  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3981  HflC protein  38.75 
 
 		 294 aa  211  1e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.515796  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1412  band 7 protein  42.37 
 
 		 304 aa  211  1e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.667221  hitchhiker  0.0000177218 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0601  HflC protein  38.69 
 
 		 297 aa  209  3e-53  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000974479  hitchhiker  0.00702769 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3429  HflC protein  38.69 
 
 		 297 aa  209  3e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00841397  normal  0.0439963 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2533  band 7 protein  43.43 
 
 		 300 aa  209  4e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00510027  hitchhiker  0.0000246325 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4939  hflC protein  42.35 
 
 		 289 aa  208  8e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.744013  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0328  HflC protein  39.35 
 
 		 295 aa  207  1e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.791365  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2459  HflC protein  38.38 
 
 		 290 aa  207  1e-52  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.118766 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07570  membrane bound protease regulator HflC  42.86 
 
 		 287 aa  207  2e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0575  hypothetical protein  42.35 
 
 		 289 aa  207  2e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3707  HflC protein  38.36 
 
 		 297 aa  207  2e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000000572982  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0600  HflC protein  38.03 
 
 		 297 aa  207  2e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00172359  hitchhiker  0.00000122116 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0561  HflC protein  38.36 
 
 		 297 aa  207  2e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000351984  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3890  HflC protein  38.36 
 
 		 297 aa  207  2e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000138111  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3764  HflC protein  38.36 
 
 		 297 aa  207  2e-52  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000648597  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0526  hypothetical protein  43.98 
 
 		 289 aa  206  3e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0925485  normal  0.267523 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0569  HflC protein  38.64 
 
 		 292 aa  206  6e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000254764  normal  0.126336 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0800  HflC protein  37.46 
 
 		 292 aa  205  8e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00875081  hitchhiker  0.00773647 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3202  HflC protein  37.63 
 
 		 298 aa  204  1e-51  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.11004  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3277  HflC protein  38.03 
 
 		 297 aa  203  2e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000125944  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4167  HflC protein  37.93 
 
 		 292 aa  203  3e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00000744211  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2219  HflC protein  43.16 
 
 		 299 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1337  ftsH protease activity modulator HflC  43.16 
 
 		 299 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.127713  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1826  ftsH protease activity modulator HflC  43.16 
 
 		 299 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0070  ftsH protease activity modulator HflC  43.16 
 
 		 299 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.216158  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2346  HflC protein  43.16 
 
 		 299 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2181  HflC protein  43.16 
 
 		 299 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0165  HflC protein  37.86 
 
 		 286 aa  201  1.9999999999999998e-50  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.00225021  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02635  HflC protein  38.03 
 
 		 282 aa  200  3e-50  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00652  Membrane protease, stomatin/prohibitin family protein  36.93 
 
 		 293 aa  200  3e-50  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3537  HflC protein  37.46 
 
 		 292 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000127879  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4682  HflC protein  43.18 
 
 		 289 aa  198  7e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3308  HflC protein  39.05 
 
 		 292 aa  196  3e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0638  HflC protein  44.68 
 
 		 289 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0112821 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2202  hypothetical protein  40 
 
 		 293 aa  196  5.000000000000001e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1051  hflC protein  34.95 
 
 		 289 aa  193  3e-48  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5670  protease subunit HflC  42.65 
 
 		 289 aa  192  4e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65270  protease subunit HflC  42.65 
 
 		 289 aa  193  4e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1980  hflC protein  40.38 
 
 		 287 aa  192  7e-48  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4891  HflC protein  41.2 
 
 		 289 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.191561  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4943  HflC protein  41.2 
 
 		 289 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00429597 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4767  HflC protein  41.2 
 
 		 289 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1786  integral membrane proteinase  36.36 
 
 		 287 aa  190  2e-47  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3235  HflC protein  37.59 
 
 		 288 aa  190  2e-47  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.0000478035  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2629  HflC protein  40.97 
 
 		 293 aa  190  2.9999999999999997e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000000000539146 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1721  HflC protein  36.36 
 
 		 287 aa  190  2.9999999999999997e-47  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1280  HflC protein  36.68 
 
 		 297 aa  189  4e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.393692  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2774  HflC protein  37.06 
 
 		 294 aa  187  1e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3015  HflC protein  36.46 
 
 		 287 aa  187  2e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.698845  normal  0.140863 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0844  hypothetical protein  33.33 
 
 		 290 aa  187  2e-46  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2039  HflC protein  34.36 
 
 		 318 aa  187  2e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.826229 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2664  protease subunit HflC  38.87 
 
 		 291 aa  187  2e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1663  HflC protein  34.17 
 
 		 300 aa  186  3e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.107349 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2947  HflC protein  37.77 
 
 		 282 aa  184  1.0000000000000001e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1574  HflC protein  35.98 
 
 		 300 aa  184  1.0000000000000001e-45  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000132487  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2779  HflC protein  35.74 
 
 		 320 aa  183  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.312194 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2675  HflC protein  35.71 
 
 		 284 aa  184  2.0000000000000003e-45  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0148023 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3022  hflC protein  37.15 
 
 		 308 aa  183  3e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000029647  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1562  HflC protein  36.62 
 
 		 290 aa  183  3e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000166482 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1887  hflC protein  36.62 
 
 		 290 aa  183  3e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0578137  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>