More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene LGAS_1473 on replicon NC_008530
Organism: Lactobacillus gasseri ATCC 33323



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002936  DET0074  family A DNA-dependent DNA polymerase  58.95 
 
 		 646 aa  804    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1100  family A DNA-dependent DNA polymerase  56.48 
 
 		 662 aa  782    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0506694  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0377  DNA polymerase I  58.51 
 
 		 644 aa  811    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.052117  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2856  DNA-directed DNA polymerase  58.51 
 
 		 647 aa  808    Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000100854  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1191  DNA-directed DNA polymerase  54.77 
 
 		 650 aa  709    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0554061  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3062  DNA-directed DNA polymerase  53.53 
 
 		 652 aa  707    Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1234  DNA-directed DNA polymerase  58.39 
 
 		 644 aa  804    Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00000117572  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1473  DNA polymerase I  100 
 
 		 644 aa  1349    Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1058  DNA-directed DNA polymerase  47.79 
 
 		 653 aa  602  1.0000000000000001e-171  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1039  DNA-directed DNA polymerase  47.79 
 
 		 653 aa  602  1.0000000000000001e-171  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.74176  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1204  DNA-directed DNA polymerase  31.44 
 
 		 693 aa  325  2e-87  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1176  phage-related DNA polymerase  31.23 
 
 		 726 aa  296  9e-79  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0140258  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1206  DNA-directed DNA polymerase  30.6 
 
 		 726 aa  288  2.9999999999999996e-76  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1826  DNA-directed DNA polymerase  30.6 
 
 		 726 aa  288  2.9999999999999996e-76  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3411  DNA-directed DNA polymerase  29.07 
 
 		 704 aa  265  2e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0320259  hitchhiker  0.00284905 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1482  phage-related DNA polymerase  30.78 
 
 		 567 aa  232  1e-59  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0424  phage-related DNA polymerase  30.58 
 
 		 422 aa  155  2.9999999999999998e-36  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1407  DNA-directed DNA polymerase  28.87 
 
 		 377 aa  135  3e-30  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0371  DNA-directed DNA polymerase  40.41 
 
 		 154 aa  95.9  2e-18  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0678  DNA polymerase I  23.54 
 
 		 1016 aa  89.4  2e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.80797  normal  0.6811 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1501  DNA polymerase I  23.6 
 
 		 1024 aa  87  9e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.318672  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2764  DNA polymerase I  25 
 
 		 935 aa  85.1  0.000000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2909  DNA polymerase I  25.98 
 
 		 932 aa  82.8  0.00000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.033314  normal  0.843304 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1683  DNA polymerase I  26.78 
 
 		 929 aa  82.8  0.00000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.569036  normal  0.718828 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2399  DNA polymerase I  24.14 
 
 		 1047 aa  82.4  0.00000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.245921  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3945  DNA polymerase I  23.65 
 
 		 978 aa  82  0.00000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00793  phage-related DNA polymerase  26.35 
 
 		 361 aa  80.9  0.00000000000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00479153  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0123  DNA polymerase I  23.82 
 
 		 979 aa  80.5  0.00000000000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.389931  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0119  DNA polymerase I  23.82 
 
 		 978 aa  80.5  0.00000000000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0873  DNA polymerase I  32.65 
 
 		 941 aa  80.5  0.00000000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.504211  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0882  DNA polymerase I  24.24 
 
 		 855 aa  80.5  0.00000000000009  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2694  DNA polymerase I  24.14 
 
 		 1047 aa  80.1  0.0000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2471  DNA polymerase I  24.14 
 
 		 1047 aa  80.1  0.0000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.195384  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0848  DNA polymerase I  24.06 
 
 		 1032 aa  79.7  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3769  DNA polymerase I  36.43 
 
 		 917 aa  80.5  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.662383  hitchhiker  0.00614094 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3243  DNA polymerase I  36.43 
 
 		 917 aa  80.5  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0154529 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4718  DNA polymerase I  23.39 
 
 		 877 aa  79.3  0.0000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4482  DNA polymerase I  23.39 
 
 		 891 aa  79.3  0.0000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4317  DNA polymerase I  23.39 
 
 		 891 aa  79.7  0.0000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4328  DNA polymerase I  23.39 
 
 		 891 aa  79.7  0.0000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4831  DNA polymerase I  23.39 
 
 		 877 aa  79.3  0.0000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.318585  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4702  DNA polymerase I  23.39 
 
 		 877 aa  79.3  0.0000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.7101300000000004e-28 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3536  DNA polymerase I  23.89 
 
 		 1060 aa  79  0.0000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.139482  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0541  DNA polymerase I  23.16 
 
 		 877 aa  78.6  0.0000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.375796  hitchhiker  0.00000000000567935 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0299  DNA polymerase I  26.02 
 
 		 992 aa  79  0.0000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2744  DNA polymerase I  22.26 
 
 		 1043 aa  78.6  0.0000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.560241 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4697  DNA polymerase I  23.16 
 
 		 877 aa  78.6  0.0000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0439377  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4712  DNA polymerase I  23.39 
 
 		 877 aa  79  0.0000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.14352  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00016  DNA polymerase I  30.3 
 
 		 930 aa  78.2  0.0000000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2218  DNA polymerase I  35.66 
 
 		 917 aa  78.2  0.0000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4493  DNA polymerase I  35.66 
 
 		 917 aa  78.2  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3872  DNA polymerase I  35.66 
 
 		 917 aa  78.2  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3655  DNA polymerase I  35.66 
 
 		 917 aa  78.2  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.498636  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0137  DNA polymerase I  22.8 
 
 		 976 aa  78.2  0.0000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.909529  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1873  DNA-directed DNA polymerase  22.74 
 
 		 755 aa  77.8  0.0000000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000393429  normal  0.0429969 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4827  DNA polymerase I  34.88 
 
 		 917 aa  77.4  0.0000000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.00421235  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1080  DNA polymerase I  25.3 
 
 		 886 aa  77.4  0.0000000000008  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1747  DNA polymerase I  24.72 
 
 		 876 aa  76.6  0.000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.724051  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1781  DNA polymerase I  24.72 
 
 		 876 aa  76.6  0.000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1938  DNA polymerase I  22.22 
 
 		 945 aa  76.3  0.000000000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.632824  normal  0.0549057 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0453  DNA polymerase I  23.82 
 
 		 1014 aa  76.3  0.000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0625  DNA polymerase I  24.41 
 
 		 937 aa  75.9  0.000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.480617 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0886  DNA polymerase I  25.98 
 
 		 894 aa  75.9  0.000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2075  DNA polymerase I  25 
 
 		 896 aa  75.9  0.000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172322  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2014  DNA polymerase I  27.08 
 
 		 875 aa  75.1  0.000000000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  unclonable  0.0000063172  unclonable  0.00000000000000410772 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7357  DNA polymerase I  25.76 
 
 		 1020 aa  75.5  0.000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.409782  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3381  DNA polymerase I  24.68 
 
 		 1004 aa  75.5  0.000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.30865  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1421  DNA polymerase I  22.95 
 
 		 896 aa  75.5  0.000000000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0115482  hitchhiker  0.000000064495 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4417  DNA polymerase I  23.16 
 
 		 877 aa  74.7  0.000000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0002  DNA polymerase I  22.7 
 
 		 968 aa  75.1  0.000000000004  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0346  DNA polymerase I  23.61 
 
 		 892 aa  74.7  0.000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.335360000000001e-24 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5204  DNA polymerase I  23.84 
 
 		 1025 aa  74.7  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0357  DNA polymerase I  23.42 
 
 		 1010 aa  74.7  0.000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.577843 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0568  DNA polymerase I  27.71 
 
 		 905 aa  74.7  0.000000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0105  DNA polymerase I  21.92 
 
 		 979 aa  74.3  0.000000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.1277 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0365  DNA polymerase I  24.02 
 
 		 892 aa  74.3  0.000000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2224  DNA polymerase I  27.03 
 
 		 846 aa  74.3  0.000000000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.817961  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3272  DNA polymerase I  22.32 
 
 		 877 aa  73.9  0.000000000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0345464  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1104  DNA polymerase I  23.86 
 
 		 912 aa  73.6  0.00000000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1599  DNA polymerase I  25.48 
 
 		 883 aa  73.2  0.00000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3514  DNA polymerase A  26.58 
 
 		 924 aa  73.2  0.00000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0765  DNA polymerase I  26.21 
 
 		 930 aa  73.6  0.00000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0956  DNA polymerase I  23.65 
 
 		 1033 aa  73.6  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2624  DNA polymerase I  30.61 
 
 		 934 aa  73.6  0.00000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.972131  normal  0.775806 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1247  DNA polymerase I  22.52 
 
 		 888 aa  73.2  0.00000000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00267055  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2860  DNA polymerase I  23.62 
 
 		 912 aa  73.2  0.00000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.129264  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1441  DNA polymerase I  21.11 
 
 		 850 aa  73.6  0.00000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1612  DNA polymerase I  28.74 
 
 		 902 aa  73.6  0.00000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1254  DNA polymerase I  25.07 
 
 		 876 aa  72.4  0.00000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0558  DNA polymerase I superfamily protein  21.7 
 
 		 908 aa  72.8  0.00000000002  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.101615  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4214  DNA polymerase I  23.76 
 
 		 939 aa  72.8  0.00000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.305733  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0592  DNA polymerase I  22.16 
 
 		 891 aa  72.4  0.00000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000108203  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1391  DNA polymerase I  22.92 
 
 		 1013 aa  72.8  0.00000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.413806 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2156  DNA polymerase I  23.53 
 
 		 872 aa  72.8  0.00000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2409  DNA polymerase I  25.13 
 
 		 934 aa  72  0.00000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000078353  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_12990  DNA polymerase I  24.26 
 
 		 878 aa  72  0.00000000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.000153824  normal  0.116301 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2983  DNA polymerase I  24.31 
 
 		 892 aa  71.6  0.00000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0194  DNA polymerase I  21.7 
 
 		 953 aa  71.6  0.00000000004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0016  DNA polymerase I  25.19 
 
 		 928 aa  71.6  0.00000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0713  DNA polymerase I  26.52 
 
 		 893 aa  71.2  0.00000000005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>