More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2909 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_03749  DNA polymerase I  45.74 
 
 
928 aa  766    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.000312835  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4123  DNA polymerase I  45.74 
 
 
928 aa  766    Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000018502  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0140  DNA polymerase I  46.32 
 
 
915 aa  744    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0541  DNA polymerase I  44.16 
 
 
891 aa  713    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0123  DNA polymerase I  46.26 
 
 
915 aa  744    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.121989  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3381  DNA polymerase I  57.55 
 
 
1004 aa  709    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.30865  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3902  DNA polymerase I  44.03 
 
 
892 aa  719    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000292646  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2573  DNA polymerase I  47.04 
 
 
906 aa  773    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4345  DNA polymerase I  43.35 
 
 
935 aa  711    Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000790678  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2230  DNA polymerase I  44.73 
 
 
946 aa  714    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3906  DNA polymerase I  44.03 
 
 
922 aa  713    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000887796  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4978  DNA polymerase I  42.72 
 
 
936 aa  715    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1148  DNA-directed DNA polymerase  43.5 
 
 
937 aa  690    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.725762  normal  0.433626 
 
 
-
 
NC_004310  BR0123  DNA polymerase I  56.88 
 
 
979 aa  1063    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.389931  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4669  DNA polymerase I  43.83 
 
 
922 aa  691    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0344  DNA polymerase I  43.65 
 
 
925 aa  704    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4102  DNA polymerase I  43.58 
 
 
930 aa  724    Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.0000162392  normal  0.404063 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1711  DNA polymerase I  41.95 
 
 
943 aa  700    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.338945  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0200  DNA polymerase I  73.46 
 
 
937 aa  1373    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.932691 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0319  DNA polymerase I  44.76 
 
 
926 aa  699    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0113  DNA polymerase I  42.75 
 
 
896 aa  708    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0099  DNA polymerase I  42.96 
 
 
896 aa  712    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0270  DNA polymerase I  42.83 
 
 
921 aa  690    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0378  DNA polymerase I  40.85 
 
 
956 aa  669    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0163  DNA polymerase A  43.58 
 
 
906 aa  672    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1841  DNA polymerase I  42.2 
 
 
936 aa  660    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.721717  normal  0.294412 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0873  DNA polymerase I  43.56 
 
 
941 aa  717    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.504211  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0048  DNA polymerase I  38.31 
 
 
861 aa  651    Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2453  DNA polymerase I  42.4 
 
 
907 aa  666    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0357  DNA polymerase I  53.15 
 
 
1010 aa  966    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.577843 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0002  DNA polymerase I  53.15 
 
 
968 aa  994    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0851  DNA polymerase I  44.9 
 
 
923 aa  699    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.280687  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0554  DNA polymerase A  43.12 
 
 
903 aa  716    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.266566  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0056  DNA polymerase I  45.23 
 
 
935 aa  722    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1028  DNA polymerase I  73.62 
 
 
937 aa  1373    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.447207  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0592  DNA polymerase I  46.74 
 
 
891 aa  784    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000108203  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2218  DNA polymerase I  43.46 
 
 
917 aa  664    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7357  DNA polymerase I  51.98 
 
 
1020 aa  936    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.409782  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0053  DNA polymerase I  43.43 
 
 
921 aa  708    Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000915793  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2409  DNA polymerase I  43.82 
 
 
934 aa  753    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000078353  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0353  DNA polymerase I  44.76 
 
 
926 aa  699    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2983  DNA polymerase I  43.66 
 
 
892 aa  701    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0044  DNA polymerase I  43.56 
 
 
939 aa  739    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00167336  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0154  DNA polymerase I  43.79 
 
 
931 aa  713    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6293  DNA polymerase I  44.55 
 
 
917 aa  728    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2403  DNA polymerase I  44.9 
 
 
923 aa  699    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2546  DNA polymerase I  44.9 
 
 
923 aa  698    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.809446  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0568  DNA polymerase I  41.55 
 
 
905 aa  660    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3514  DNA polymerase A  54.1 
 
 
924 aa  908    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1504  DNA polymerase I  51.81 
 
 
915 aa  844    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0605  DNA polymerase I  44.19 
 
 
926 aa  685    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.503998  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0119  DNA polymerase I  57.04 
 
 
978 aa  1063    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0848  DNA polymerase I  55.81 
 
 
1032 aa  665    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0278  DNA polymerase I  52.73 
 
 
945 aa  874    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0280  DNA polymerase I  42.67 
 
 
916 aa  726    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1683  DNA polymerase I  76.96 
 
 
929 aa  1417    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.569036  normal  0.718828 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1325  DNA polymerase I  41.32 
 
 
957 aa  662    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0073  DNA polymerase I  44.94 
 
 
926 aa  763    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.800167  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4857  DNA polymerase I  55.91 
 
 
1021 aa  670    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.450809 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0358  DNA polymerase I  42.98 
 
 
910 aa  684    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.681988  normal  0.0403702 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1729  DNA polymerase I  42.37 
 
 
944 aa  672    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2834  DNA polymerase I  43.48 
 
 
913 aa  657    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3620  DNA polymerase I  44.04 
 
 
921 aa  707    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00307404  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0956  DNA polymerase I  57.1 
 
 
1033 aa  674    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0548  DNA polymerase I  44.62 
 
 
928 aa  733    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.965006  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0453  DNA polymerase I  53.61 
 
 
1014 aa  965    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0419  DNA polymerase I  40.41 
 
 
988 aa  665    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2624  DNA polymerase I  43.49 
 
 
934 aa  706    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.972131  normal  0.775806 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2764  DNA polymerase I  79.61 
 
 
935 aa  1493    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0625  DNA polymerase I  51.84 
 
 
937 aa  871    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.480617 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4493  DNA polymerase I  44.11 
 
 
917 aa  670    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3317  DNA polymerase I  43.82 
 
 
922 aa  681    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.397865  normal  0.106648 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0015  DNA polymerase I  43.68 
 
 
928 aa  738    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.853211  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3945  DNA polymerase I  55.92 
 
 
978 aa  1063    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3657  DNA polymerase I  39.41 
 
 
946 aa  640    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1696  DNA polymerase I  44.76 
 
 
926 aa  699    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0718  DNA polymerase I  42.75 
 
 
951 aa  737    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3905  DNA polymerase I  43.33 
 
 
922 aa  701    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0001632  normal  0.292845 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3997  DNA polymerase I  43.43 
 
 
922 aa  704    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00125715  normal  0.0107257 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2860  DNA polymerase I  46.02 
 
 
912 aa  748    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.129264  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3943  DNA polymerase I  44 
 
 
918 aa  705    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000101899  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2048  DNA polymerase I  40.04 
 
 
1022 aa  667    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0016  DNA polymerase I  58.49 
 
 
928 aa  1041    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3243  DNA polymerase I  44.33 
 
 
917 aa  672    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0154529 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72490  DNA polymerase I  44.82 
 
 
913 aa  734    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.579087  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3714  DNA polymerase I  43.95 
 
 
930 aa  718    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00250516  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2689  DNA polymerase I  73.4 
 
 
937 aa  1372    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.283059  normal  0.26219 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3872  DNA polymerase I  44.11 
 
 
917 aa  670    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0450  DNA polymerase I  52.6 
 
 
941 aa  910    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3261  DNA polymerase I  45.19 
 
 
911 aa  729    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.155363 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4109  DNA polymerase I  43.54 
 
 
922 aa  710    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000411128  normal  0.224079 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2421  DNA polymerase I  44.94 
 
 
904 aa  726    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0819967  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2835  DNA polymerase I  43.7 
 
 
893 aa  718    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.333743  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1853  DNA polymerase I  71.14 
 
 
940 aa  1312    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0210712  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1930  DNA polymerase I  43.49 
 
 
927 aa  681    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.173956  normal  0.0298694 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0093  DNA-directed DNA polymerase  43.84 
 
 
923 aa  719    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00183207  normal  0.0262318 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1478  DNA polymerase I  42.99 
 
 
941 aa  682    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.495398 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3185  fused DNA polymerase 5'->3' exonuclease and 3'->5' polymerase and 3'->5' exonuclease  41.67 
 
 
938 aa  686    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.994376  normal  0.149667 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1500  DNA polymerase I  44.76 
 
 
926 aa  699    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.530484  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0541  DNA polymerase I  45.11 
 
 
908 aa  748    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>