More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_1104 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013165  Shel_12990  DNA polymerase I  53.56 
 
 		 878 aa  882    Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.000153824  normal  0.116301 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08230  DNA polymerase I  51.4 
 
 		 885 aa  845    Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.919287 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2014  DNA polymerase I  52.37 
 
 		 875 aa  874    Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  unclonable  0.0000063172  unclonable  0.00000000000000410772 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1104  DNA polymerase I  100 
 
 		 912 aa  1866    Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1599  DNA polymerase I  41.49 
 
 		 883 aa  645    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1441  DNA polymerase I  39.02 
 
 		 850 aa  621  1e-176  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2673  DNA polymerase I  39.34 
 
 		 878 aa  620  1e-176  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000968641  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1841  DNA polymerase I  42.42 
 
 		 885 aa  618  1e-175  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0941024  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2250  DNA polymerase I  39.51 
 
 		 866 aa  613  9.999999999999999e-175  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.177355  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1421  DNA polymerase I  39.13 
 
 		 896 aa  615  9.999999999999999e-175  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0115482  hitchhiker  0.000000064495 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04860  DNA polymerase I  39.73 
 
 		 870 aa  610  1e-173  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.029838  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1024  DNA polymerase I  41.44 
 
 		 868 aa  608  9.999999999999999e-173  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1254  DNA polymerase I  38.17 
 
 		 876 aa  602  1.0000000000000001e-171  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1747  DNA polymerase I  37.87 
 
 		 876 aa  605  1.0000000000000001e-171  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.724051  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1781  DNA polymerase I  37.87 
 
 		 876 aa  605  1.0000000000000001e-171  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0541  DNA polymerase I  40.59 
 
 		 891 aa  595  1e-169  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4712  DNA polymerase I  38.43 
 
 		 877 aa  596  1e-169  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.14352  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1403  DNA polymerase I  41.24 
 
 		 878 aa  598  1e-169  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4482  DNA polymerase I  38.32 
 
 		 891 aa  595  1e-168  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4317  DNA polymerase I  38.43 
 
 		 891 aa  595  1e-168  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4328  DNA polymerase I  38.43 
 
 		 891 aa  595  1e-168  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4702  DNA polymerase I  38.32 
 
 		 877 aa  595  1e-168  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.7101300000000004e-28 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4831  DNA polymerase I  38.32 
 
 		 877 aa  595  1e-168  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.318585  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3272  DNA polymerase I  38.18 
 
 		 877 aa  594  1e-168  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0345464  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4718  DNA polymerase I  38.21 
 
 		 877 aa  591  1e-167  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4417  DNA polymerase I  37.53 
 
 		 877 aa  586  1e-166  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0541  DNA polymerase I  37.82 
 
 		 877 aa  588  1e-166  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.375796  hitchhiker  0.00000000000567935 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2835  DNA polymerase I  38.99 
 
 		 893 aa  586  1e-166  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.333743  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2345  DNA polymerase I  38.59 
 
 		 895 aa  587  1e-166  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4697  DNA polymerase I  37.72 
 
 		 877 aa  578  1.0000000000000001e-163  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0439377  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2415  DNA polymerase I  39.08 
 
 		 888 aa  578  1.0000000000000001e-163  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.0701371 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1736  DNA polymerase I  39.65 
 
 		 879 aa  577  1.0000000000000001e-163  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2983  DNA polymerase I  40 
 
 		 892 aa  575  1.0000000000000001e-162  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1475  DNA polymerase I  39.28 
 
 		 893 aa  575  1.0000000000000001e-162  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3902  DNA polymerase I  39.21 
 
 		 892 aa  573  1.0000000000000001e-162  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000292646  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02590  DNA polymerase I  37.32 
 
 		 956 aa  572  1e-161  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2075  DNA polymerase I  38.79 
 
 		 896 aa  568  1e-160  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172322  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2860  DNA polymerase I  38.71 
 
 		 912 aa  567  1e-160  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.129264  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3361  DNA polymerase I  38.14 
 
 		 909 aa  562  1.0000000000000001e-159  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  decreased coverage  0.00788758  normal  0.41459 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1092  DNA polymerase I  35.88 
 
 		 932 aa  560  1e-158  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.416306  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0227  DNA polymerase I  37.69 
 
 		 934 aa  560  1e-158  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.774927  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3026  DNA polymerase I  36.83 
 
 		 929 aa  559  1e-158  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.248484  normal  0.0929498 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3011  DNA polymerase I  36.97 
 
 		 920 aa  562  1e-158  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.128275  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1688  DNA polymerase I  38.59 
 
 		 940 aa  561  1e-158  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3057  DNA polymerase I  36.97 
 
 		 920 aa  562  1e-158  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.826907 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0087  DNA polymerase I  37.84 
 
 		 903 aa  557  1e-157  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1794  DNA polymerase type I  37.01 
 
 		 926 aa  556  1e-157  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2573  DNA polymerase I  38.65 
 
 		 906 aa  557  1e-157  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2468  DNA polymerase I  39.15 
 
 		 873 aa  558  1e-157  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.095823  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0113  DNA polymerase I  37.79 
 
 		 896 aa  556  1e-157  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1200  DNA polymerase I  37.51 
 
 		 903 aa  557  1e-157  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2200  DNA polymerase I  37.61 
 
 		 910 aa  556  1e-157  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.759934  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2017  DNA polymerase I  37.06 
 
 		 866 aa  556  1e-157  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1330  DNA polymerase I  36.42 
 
 		 879 aa  559  1e-157  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.17915  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1391  DNA-directed DNA polymerase I  37.24 
 
 		 903 aa  553  1e-156  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.958554  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1247  DNA polymerase I  38.07 
 
 		 888 aa  555  1e-156  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00267055  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0099  DNA polymerase I  37.19 
 
 		 896 aa  553  1e-156  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3564  DNA polymerase I  37.34 
 
 		 908 aa  553  1e-156  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0954216  normal  0.139495 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2156  DNA polymerase I  36.71 
 
 		 872 aa  554  1e-156  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25960  DNA polymerase I  37.92 
 
 		 901 aa  555  1e-156  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1172  DNA-directed DNA polymerase I  37.17 
 
 		 903 aa  551  1e-155  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.813063  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1189  DNA polymerase I  37.81 
 
 		 929 aa  551  1e-155  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0554  DNA polymerase A  36.92 
 
 		 903 aa  549  1e-155  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.266566  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1617  DNA polymerase I  35.12 
 
 		 949 aa  550  1e-155  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.310116  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0021  DNA polymerase I  37.62 
 
 		 902 aa  551  1e-155  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1992  DNA polymerase I  37.51 
 
 		 902 aa  550  1e-155  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2445  DNA polymerase I  38.99 
 
 		 877 aa  549  1e-155  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2867  DNA polymerase I  38.83 
 
 		 884 aa  550  1e-155  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.991449  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2573  DNA polymerase I  38.72 
 
 		 892 aa  552  1e-155  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000431166  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2951  DNA polymerase I  37 
 
 		 933 aa  551  1e-155  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.04792  normal  0.12878 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0541  DNA polymerase I  37.21 
 
 		 908 aa  551  1e-155  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4517  DNA polymerase I  37.24 
 
 		 929 aa  546  1e-154  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.21603  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0718  DNA polymerase I  35.73 
 
 		 951 aa  547  1e-154  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3967  DNA polymerase I  38.26 
 
 		 931 aa  546  1e-154  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  unclonable  0.000137661  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3372  DNA polymerase I  37.7 
 
 		 899 aa  546  1e-154  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0398668  normal  0.0449106 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2852  DNA polymerase I  37.21 
 
 		 906 aa  545  1e-153  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00117674  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0023  DNA polymerase I  38.39 
 
 		 932 aa  544  1e-153  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000103572  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0021  DNA polymerase I  38.39 
 
 		 932 aa  544  1e-153  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.00121039  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1283  DNA polymerase I  36.2 
 
 		 893 aa  544  1e-153  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4195  DNA polymerase I  38.39 
 
 		 932 aa  544  1e-153  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00580719  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1088  DNA polymerase I  37.94 
 
 		 910 aa  543  1e-153  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.100396  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4978  DNA polymerase I  36.6 
 
 		 936 aa  541  9.999999999999999e-153  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0323  hypothetical protein  35.35 
 
 		 936 aa  542  9.999999999999999e-153  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.875781 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3011  DNA polymerase I  37.93 
 
 		 957 aa  540  9.999999999999999e-153  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4164  DNA polymerase I  37.17 
 
 		 928 aa  538  1e-151  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0170728  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2421  DNA polymerase I  38.54 
 
 		 904 aa  538  1e-151  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0819967  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0389  DNA polymerase I  37.77 
 
 		 880 aa  535  1e-150  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4088  DNA polymerase I  36.78 
 
 		 928 aa  533  1e-150  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000478192  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4227  DNA polymerase I  37.14 
 
 		 929 aa  535  1e-150  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0477521  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4214  DNA polymerase I  35.47 
 
 		 939 aa  535  1e-150  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.305733  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1172  DNA polymerase I  35.68 
 
 		 893 aa  533  1e-150  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4123  DNA polymerase I  36.78 
 
 		 928 aa  531  1e-149  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000018502  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00016  DNA polymerase I  36.2 
 
 		 930 aa  532  1e-149  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5306  DNA polymerase I  36.78 
 
 		 928 aa  531  1e-149  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000330989  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4337  DNA polymerase I  36.78 
 
 		 928 aa  531  1e-149  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.0000000000947993  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4246  DNA polymerase I  36.78 
 
 		 928 aa  531  1e-149  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000118244  normal  0.166094 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3145  DNA polymerase I  37.09 
 
 		 899 aa  530  1e-149  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3620  DNA polymerase I  36.8 
 
 		 921 aa  529  1e-149  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00307404  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4152  DNA polymerase I  36.78 
 
 		 928 aa  531  1e-149  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000213441  hitchhiker  0.000146367 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5677  DNA polymerase I  37.46 
 
 		 905 aa  530  1e-149  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.902906  normal  0.469276 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>