More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_3011 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011761  AFE_3094  DNA polymerase I  39.94 
 
 		 899 aa  636    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3011  DNA polymerase I  100 
 
 		 957 aa  1960    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0541  DNA polymerase I  39.77 
 
 		 891 aa  647    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2421  DNA polymerase I  40.57 
 
 		 904 aa  645    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0819967  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0123  DNA polymerase I  38.79 
 
 		 979 aa  635    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.389931  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4214  DNA polymerase I  38.86 
 
 		 939 aa  651    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.305733  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02590  DNA polymerase I  37.6 
 
 		 956 aa  657    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0119  DNA polymerase I  38.69 
 
 		 978 aa  637    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0554  DNA polymerase A  40.06 
 
 		 903 aa  654    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.266566  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2573  DNA polymerase I  40.55 
 
 		 892 aa  662    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000431166  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0592  DNA polymerase I  44.13 
 
 		 891 aa  759    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000108203  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0044  DNA polymerase I  38.97 
 
 		 939 aa  645    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00167336  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0137  DNA polymerase I  38.8 
 
 		 976 aa  642    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.909529  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1092  DNA polymerase I  38.76 
 
 		 932 aa  651    Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.416306  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3902  DNA polymerase I  40.11 
 
 		 892 aa  652    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000292646  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0073  DNA polymerase I  39.81 
 
 		 926 aa  636    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.800167  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3941  DNA polymerase I  41.01 
 
 		 924 aa  674    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2692  DNA polymerase I  39.94 
 
 		 899 aa  636    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.700333  hitchhiker  0.00010677 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1617  DNA polymerase I  37.55 
 
 		 949 aa  655    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.310116  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0015  DNA polymerase I  38.48 
 
 		 928 aa  644    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.853211  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3657  DNA polymerase I  39.69 
 
 		 946 aa  647    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03934  DNA polymerase I  40.68 
 
 		 933 aa  686    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.540261  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2860  DNA polymerase I  40.38 
 
 		 912 aa  652    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.129264  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0323  hypothetical protein  39.54 
 
 		 936 aa  665    Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.875781 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3261  DNA polymerase I  39.89 
 
 		 911 aa  669    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.155363 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1096  DNA polymerase I  38.28 
 
 		 963 aa  647    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0889452  normal  0.949667 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0087  DNA polymerase I  40.58 
 
 		 903 aa  663    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1349  DNA polymerase I  41.3 
 
 		 924 aa  672    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.38206  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4195  DNA polymerase I  39.7 
 
 		 932 aa  635  1e-180  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00580719  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0113  DNA polymerase I  38.94 
 
 		 896 aa  634  1e-180  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0021  DNA polymerase I  39.6 
 
 		 932 aa  634  1e-180  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.00121039  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0023  DNA polymerase I  39.7 
 
 		 932 aa  635  1e-180  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000103572  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1688  DNA polymerase I  39.58 
 
 		 940 aa  634  1e-180  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3945  DNA polymerase I  37.82 
 
 		 978 aa  633  1e-180  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0541  DNA polymerase I  38.64 
 
 		 908 aa  633  1e-180  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00016  DNA polymerase I  38.79 
 
 		 930 aa  630  1e-179  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0044  DNA polymerase I  40.49 
 
 		 911 aa  631  1e-179  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.812891  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4517  DNA polymerase I  38.88 
 
 		 929 aa  631  1e-179  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.21603  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0718  DNA polymerase I  36.92 
 
 		 951 aa  630  1e-179  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1711  DNA polymerase I  37.96 
 
 		 943 aa  629  1e-179  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.338945  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0712  DNA polymerase I  38.43 
 
 		 939 aa  629  1e-179  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0099  DNA polymerase I  38.72 
 
 		 896 aa  628  1e-178  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0021  DNA polymerase I  38.28 
 
 		 902 aa  627  1e-178  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1992  DNA polymerase I  38.28 
 
 		 902 aa  628  1e-178  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0548  DNA polymerase I  40.55 
 
 		 928 aa  627  1e-178  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.965006  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3967  DNA polymerase I  39.31 
 
 		 931 aa  627  1e-178  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  unclonable  0.000137661  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4164  DNA polymerase I  39.79 
 
 		 928 aa  629  1e-178  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0170728  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0365  DNA polymerase I  38.25 
 
 		 892 aa  627  1e-178  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2798  DNA polymerase I  39.28 
 
 		 888 aa  629  1e-178  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4978  DNA polymerase I  38.01 
 
 		 936 aa  625  1e-177  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0138  DNA polymerase I  39.67 
 
 		 915 aa  623  1e-177  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0002  DNA polymerase I  38.52 
 
 		 968 aa  622  1e-177  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4227  DNA polymerase I  39.05 
 
 		 929 aa  625  1e-177  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0477521  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4419  DNA polymerase I  38.99 
 
 		 915 aa  625  1e-177  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.251272  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2835  DNA polymerase I  39.43 
 
 		 893 aa  624  1e-177  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.333743  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0093  DNA-directed DNA polymerase  39.54 
 
 		 923 aa  625  1e-177  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00183207  normal  0.0262318 
 
 
-
 
NC_002950  PG1794  DNA polymerase type I  38.29 
 
 		 926 aa  619  1e-176  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0280  DNA polymerase I  38.32 
 
 		 916 aa  621  1e-176  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1429  DNA polymerase I  38 
 
 		 942 aa  621  1e-176  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0346  DNA polymerase I  38.04 
 
 		 892 aa  621  1e-176  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.335360000000001e-24 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1500  DNA polymerase I  39.08 
 
 		 926 aa  620  1e-176  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.530484  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0319  DNA polymerase I  39.08 
 
 		 926 aa  620  1e-176  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2546  DNA polymerase I  39.12 
 
 		 923 aa  620  1e-176  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.809446  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0353  DNA polymerase I  39.08 
 
 		 926 aa  620  1e-176  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0851  DNA polymerase I  39.12 
 
 		 923 aa  622  1e-176  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.280687  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1696  DNA polymerase I  39.08 
 
 		 926 aa  620  1e-176  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4887  DNA polymerase I  39.98 
 
 		 934 aa  619  1e-176  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000312634  hitchhiker  0.0000015928 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0105  DNA polymerase I  38.29 
 
 		 979 aa  620  1e-176  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.1277 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2403  DNA polymerase I  39.12 
 
 		 923 aa  620  1e-176  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2573  DNA polymerase I  38.27 
 
 		 906 aa  617  1e-175  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0299  DNA polymerase I  37.93 
 
 		 992 aa  617  1e-175  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0227  DNA polymerase I  38.94 
 
 		 934 aa  616  1e-175  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.774927  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2624  DNA polymerase I  38.67 
 
 		 934 aa  616  1e-175  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.972131  normal  0.775806 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2764  DNA polymerase I  38.89 
 
 		 935 aa  616  1e-175  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00630  DNA polymerase I  40.86 
 
 		 908 aa  617  1e-175  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0123  DNA polymerase I  39.27 
 
 		 915 aa  613  9.999999999999999e-175  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.121989  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0540  DNA polymerase I  38.46 
 
 		 936 aa  614  9.999999999999999e-175  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.560108  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5105  DNA polymerase I  39.31 
 
 		 915 aa  615  9.999999999999999e-175  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.186109 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0605  DNA polymerase I  38.74 
 
 		 926 aa  615  9.999999999999999e-175  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.503998  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1310  DNA polymerase I  41.55 
 
 		 897 aa  613  9.999999999999999e-175  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0646718  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0060  DNA polymerase I  38.37 
 
 		 945 aa  613  9.999999999999999e-175  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0959551  hitchhiker  0.000000934143 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0140  DNA polymerase I  39.73 
 
 		 915 aa  613  9.999999999999999e-175  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2409  DNA polymerase I  38.03 
 
 		 934 aa  613  9.999999999999999e-175  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000078353  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3185  fused DNA polymerase 5'->3' exonuclease and 3'->5' polymerase and 3'->5' exonuclease  38.39 
 
 		 938 aa  614  9.999999999999999e-175  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.994376  normal  0.149667 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0873  DNA polymerase I  38.49 
 
 		 941 aa  612  1e-173  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.504211  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0179  DNA polymerase A  38.27 
 
 		 924 aa  610  1e-173  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0390  DNA polymerase I  38.18 
 
 		 923 aa  611  1e-173  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2983  DNA polymerase I  38.65 
 
 		 892 aa  610  1e-173  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6788  DNA polymerase I  37.89 
 
 		 913 aa  609  1e-173  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0147599  hitchhiker  0.00000170009 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1062  DNA polymerase I  38.88 
 
 		 934 aa  610  1e-173  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72490  DNA polymerase I  39.31 
 
 		 913 aa  609  1e-173  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.579087  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1853  DNA polymerase I  39.81 
 
 		 940 aa  611  1e-173  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0210712  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3813  DNA polymerase I  38.97 
 
 		 939 aa  607  9.999999999999999e-173  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.273799  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2550  DNA polymerase I  41.58 
 
 		 897 aa  608  9.999999999999999e-173  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0448  DNA polymerase I  37.96 
 
 		 923 aa  605  9.999999999999999e-173  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.106408  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0200  DNA polymerase I  39.21 
 
 		 937 aa  609  9.999999999999999e-173  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.932691 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0655  DNA polymerase I  37.7 
 
 		 944 aa  605  9.999999999999999e-173  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2435  DNA polymerase I  37.75 
 
 		 937 aa  607  9.999999999999999e-173  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.326826  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2909  DNA polymerase I  38.42 
 
 		 932 aa  608  9.999999999999999e-173  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.033314  normal  0.843304 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4109  DNA polymerase I  38.52 
 
 		 922 aa  606  9.999999999999999e-173  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000411128  normal  0.224079 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>